MICAS: Microsatellite Analysis Server 3.0

All Repeats of Treponema pallidum subsp. pallidum str. Mexico A chromosome

Total Repeats: 24024

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S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Length	Start	End	A%	T%	G%	C%	Protein ID
18001	NC_018722	T	6	6	852434	852439	0 %	100 %	0 %	0 %	408502637
18002	NC_018722	GC	3	6	852473	852478	0 %	0 %	50 %	50 %	408502637
18003	NC_018722	GTTC	2	8	852491	852498	0 %	50 %	25 %	25 %	Non-Coding
18004	NC_018722	CTT	2	6	852502	852507	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
18005	NC_018722	TGT	2	6	852516	852521	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
18006	NC_018722	GTT	2	6	852544	852549	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
18007	NC_018722	CTT	2	6	852566	852571	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
18008	NC_018722	TGTC	2	8	852589	852596	0 %	50 %	25 %	25 %	Non-Coding
18009	NC_018722	CTT	2	6	852597	852602	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
18010	NC_018722	CTC	2	6	852668	852673	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	408502638
18011	NC_018722	CCT	2	6	852691	852696	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	408502638
18012	NC_018722	TGC	2	6	852704	852709	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	408502638
18013	NC_018722	CAG	2	6	852715	852720	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	408502638
18014	NC_018722	AC	3	6	852759	852764	50 %	0 %	0 %	50 %	408502638
18015	NC_018722	ACA	2	6	852801	852806	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	408502638
18016	NC_018722	CAC	2	6	852854	852859	33.33 %	0 %	0 %	66.67 %	408502638
18017	NC_018722	ACG	2	6	852900	852905	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	408502638
18018	NC_018722	ACTG	2	8	852950	852957	25 %	25 %	25 %	25 %	408502638
18019	NC_018722	CTT	2	6	852997	853002	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	408502638
18020	NC_018722	TGT	2	6	853114	853119	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	408502638
18021	NC_018722	GGTT	2	8	853126	853133	0 %	50 %	50 %	0 %	408502638
18022	NC_018722	GCAC	2	8	853145	853152	25 %	0 %	25 %	50 %	408502638
18023	NC_018722	CG	3	6	853217	853222	0 %	0 %	50 %	50 %	408502638
18024	NC_018722	CGC	2	6	853231	853236	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	408502638
18025	NC_018722	CG	3	6	853258	853263	0 %	0 %	50 %	50 %	408502639
18026	NC_018722	CTT	2	6	853293	853298	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	408502639
18027	NC_018722	CG	3	6	853356	853361	0 %	0 %	50 %	50 %	408502639
18028	NC_018722	T	6	6	853375	853380	0 %	100 %	0 %	0 %	408502639
18029	NC_018722	CG	3	6	853440	853445	0 %	0 %	50 %	50 %	408502639
18030	NC_018722	CGA	2	6	853497	853502	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	408502639
18031	NC_018722	ATC	2	6	853505	853510	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	408502639
18032	NC_018722	A	9	9	853541	853549	100 %	0 %	0 %	0 %	408502639
18033	NC_018722	TAC	2	6	853602	853607	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	408502639
18034	NC_018722	ACT	2	6	853611	853616	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	408502639
18035	NC_018722	TGC	2	6	853620	853625	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	408502639
18036	NC_018722	A	7	7	853685	853691	100 %	0 %	0 %	0 %	408502639
18037	NC_018722	TACC	2	8	853725	853732	25 %	25 %	0 %	50 %	408502639
18038	NC_018722	GTAT	2	8	853760	853767	25 %	50 %	25 %	0 %	408502639
18039	NC_018722	AAC	2	6	853925	853930	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	408502639
18040	NC_018722	CG	3	6	853961	853966	0 %	0 %	50 %	50 %	Non-Coding
18041	NC_018722	CAGAGA	2	12	854008	854019	50 %	0 %	33.33 %	16.67 %	Non-Coding
18042	NC_018722	A	7	7	854023	854029	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
18043	NC_018722	GAAT	2	8	854039	854046	50 %	25 %	25 %	0 %	Non-Coding
18044	NC_018722	GTG	2	6	854109	854114	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	408502640
18045	NC_018722	CGC	2	6	854260	854265	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	408502640
18046	NC_018722	GC	5	10	854279	854288	0 %	0 %	50 %	50 %	408502640
18047	NC_018722	GC	3	6	854354	854359	0 %	0 %	50 %	50 %	408502640
18048	NC_018722	GCT	2	6	854417	854422	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	408502640
18049	NC_018722	CTT	2	6	854528	854533	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	408502640
18050	NC_018722	TGA	2	6	854540	854545	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	408502640
18051	NC_018722	TCA	2	6	854629	854634	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	408502640
18052	NC_018722	ACGT	2	8	854644	854651	25 %	25 %	25 %	25 %	408502640
18053	NC_018722	GTA	2	6	854727	854732	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	408502640
18054	NC_018722	TC	3	6	854826	854831	0 %	50 %	0 %	50 %	408502641
18055	NC_018722	ACG	2	6	854900	854905	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	408502641
18056	NC_018722	CAG	2	6	854914	854919	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	408502641
18057	NC_018722	A	8	8	854948	854955	100 %	0 %	0 %	0 %	408502641
18058	NC_018722	CA	3	6	854976	854981	50 %	0 %	0 %	50 %	408502641
18059	NC_018722	ATA	2	6	855029	855034	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	408502641
18060	NC_018722	CA	3	6	855093	855098	50 %	0 %	0 %	50 %	408502641
18061	NC_018722	GCA	2	6	855099	855104	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	408502641
18062	NC_018722	AC	3	6	855112	855117	50 %	0 %	0 %	50 %	408502641
18063	NC_018722	CCG	2	6	855156	855161	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	408502641
18064	NC_018722	ACC	2	6	855264	855269	33.33 %	0 %	0 %	66.67 %	Non-Coding
18065	NC_018722	GC	3	6	855277	855282	0 %	0 %	50 %	50 %	Non-Coding
18066	NC_018722	GTTTT	2	10	855345	855354	0 %	80 %	20 %	0 %	408502642
18067	NC_018722	GTAC	2	8	855380	855387	25 %	25 %	25 %	25 %	408502642
18068	NC_018722	CGG	2	6	855422	855427	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	408502642
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18070	NC_018722	ACC	2	6	855464	855469	33.33 %	0 %	0 %	66.67 %	408502642
18071	NC_018722	GCT	2	6	855513	855518	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	408502642
18072	NC_018722	GAA	2	6	855552	855557	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	408502642
18073	NC_018722	GCT	2	6	855615	855620	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	408502642
18074	NC_018722	GC	3	6	855661	855666	0 %	0 %	50 %	50 %	408502642
18075	NC_018722	AAG	2	6	855677	855682	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	408502642
18076	NC_018722	CTCG	2	8	855729	855736	0 %	25 %	25 %	50 %	408502642
18077	NC_018722	CG	3	6	855795	855800	0 %	0 %	50 %	50 %	408502642
18078	NC_018722	GGT	2	6	855912	855917	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	408502642
18079	NC_018722	CG	3	6	855976	855981	0 %	0 %	50 %	50 %	408502642
18080	NC_018722	CGAAG	2	10	855984	855993	40 %	0 %	40 %	20 %	408502642
18081	NC_018722	GCA	2	6	856020	856025	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	408502642
18082	NC_018722	AGCGC	2	10	856034	856043	20 %	0 %	40 %	40 %	408502642
18083	NC_018722	T	6	6	856087	856092	0 %	100 %	0 %	0 %	408502642
18084	NC_018722	AAG	2	6	856165	856170	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	408502642
18085	NC_018722	GCCA	2	8	856180	856187	25 %	0 %	25 %	50 %	408502642
18086	NC_018722	GAA	2	6	856204	856209	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	408502642
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18088	NC_018722	GTA	2	6	856322	856327	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	408502643
18089	NC_018722	T	6	6	856426	856431	0 %	100 %	0 %	0 %	408502643
18090	NC_018722	TG	3	6	856512	856517	0 %	50 %	50 %	0 %	408502643
18091	NC_018722	GCAC	2	8	856533	856540	25 %	0 %	25 %	50 %	408502643
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18093	NC_018722	CAA	2	6	856602	856607	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	408502643
18094	NC_018722	C	7	7	856659	856665	0 %	0 %	0 %	100 %	408502643
18095	NC_018722	AAG	2	6	856742	856747	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	408502643
18096	NC_018722	CCG	2	6	856905	856910	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	408502643
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18099	NC_018722	AGGA	2	8	857071	857078	50 %	0 %	50 %	0 %	408502644
18100	NC_018722	ACAG	2	8	857186	857193	50 %	0 %	25 %	25 %	408502644
18101	NC_018722	GCCC	2	8	857210	857217	0 %	0 %	25 %	75 %	408502644
18102	NC_018722	CCA	2	6	857252	857257	33.33 %	0 %	0 %	66.67 %	408502644
18103	NC_018722	CG	3	6	857269	857274	0 %	0 %	50 %	50 %	408502644
18104	NC_018722	CGC	2	6	857281	857286	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	408502644
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18106	NC_018722	GTG	2	6	857342	857347	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	408502644
18107	NC_018722	A	6	6	857368	857373	100 %	0 %	0 %	0 %	408502644
18108	NC_018722	AAGG	2	8	857412	857419	50 %	0 %	50 %	0 %	408502644
18109	NC_018722	AGCG	2	8	857441	857448	25 %	0 %	50 %	25 %	408502644
18110	NC_018722	GAT	3	9	857461	857469	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	408502644
18111	NC_018722	AC	3	6	857477	857482	50 %	0 %	0 %	50 %	408502644
18112	NC_018722	A	6	6	857487	857492	100 %	0 %	0 %	0 %	408502644
18113	NC_018722	ACC	2	6	857516	857521	33.33 %	0 %	0 %	66.67 %	408502644
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18119	NC_018722	CG	3	6	857812	857817	0 %	0 %	50 %	50 %	408502644
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18122	NC_018722	CCGC	2	8	857973	857980	0 %	0 %	25 %	75 %	408502644
18123	NC_018722	ACC	2	6	858034	858039	33.33 %	0 %	0 %	66.67 %	408502644
18124	NC_018722	CAC	2	6	858043	858048	33.33 %	0 %	0 %	66.67 %	408502644
18125	NC_018722	GA	3	6	858127	858132	50 %	0 %	50 %	0 %	408502644
18126	NC_018722	TCAG	2	8	858173	858180	25 %	25 %	25 %	25 %	408502644
18127	NC_018722	ATC	2	6	858181	858186	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	408502644
18128	NC_018722	ACC	2	6	858265	858270	33.33 %	0 %	0 %	66.67 %	408502644
18129	NC_018722	TGC	3	9	858275	858283	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	408502644
18130	NC_018722	CAC	2	6	858301	858306	33.33 %	0 %	0 %	66.67 %	408502644
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18133	NC_018722	CAA	2	6	858396	858401	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	408502644
18134	NC_018722	ACA	2	6	858402	858407	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	408502644
18135	NC_018722	CA	4	8	858492	858499	50 %	0 %	0 %	50 %	408502644
18136	NC_018722	GAG	2	6	858523	858528	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	408502644
18137	NC_018722	ACGCC	2	10	858564	858573	20 %	0 %	20 %	60 %	408502644
18138	NC_018722	GGT	2	6	858646	858651	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	408502644
18139	NC_018722	A	7	7	858662	858668	100 %	0 %	0 %	0 %	408502644
18140	NC_018722	ATT	2	6	858677	858682	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	408502644
18141	NC_018722	GAG	2	6	858740	858745	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	408502644
18142	NC_018722	ACTA	2	8	858763	858770	50 %	25 %	0 %	25 %	408502644
18143	NC_018722	CA	3	6	858846	858851	50 %	0 %	0 %	50 %	408502644
18144	NC_018722	AAG	2	6	858905	858910	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	408502644
18145	NC_018722	GGC	2	6	858921	858926	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	408502644
18146	NC_018722	ACAA	2	8	858935	858942	75 %	0 %	0 %	25 %	408502644
18147	NC_018722	ATT	2	6	858950	858955	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	408502644
18148	NC_018722	CAC	2	6	858961	858966	33.33 %	0 %	0 %	66.67 %	408502644
18149	NC_018722	CG	3	6	859090	859095	0 %	0 %	50 %	50 %	408502644
18150	NC_018722	ACT	2	6	859120	859125	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	408502644
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18152	NC_018722	CG	3	6	859176	859181	0 %	0 %	50 %	50 %	408502644
18153	NC_018722	AGACT	2	10	859182	859191	40 %	20 %	20 %	20 %	408502644
18154	NC_018722	TCA	2	6	859262	859267	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	408502644
18155	NC_018722	AAC	2	6	859270	859275	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	408502644
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18157	NC_018722	GA	3	6	859331	859336	50 %	0 %	50 %	0 %	408502644
18158	NC_018722	AAGA	2	8	859399	859406	75 %	0 %	25 %	0 %	408502644
18159	NC_018722	ACG	2	6	859415	859420	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	408502644
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18161	NC_018722	AGCGT	2	10	859545	859554	20 %	20 %	40 %	20 %	408502644
18162	NC_018722	A	6	6	859570	859575	100 %	0 %	0 %	0 %	408502644
18163	NC_018722	GC	3	6	859584	859589	0 %	0 %	50 %	50 %	408502644
18164	NC_018722	CAA	2	6	859599	859604	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	408502644
18165	NC_018722	TCT	2	6	859706	859711	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
18166	NC_018722	CGC	2	6	859764	859769	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	Non-Coding
18167	NC_018722	CA	4	8	859811	859818	50 %	0 %	0 %	50 %	Non-Coding
18168	NC_018722	CACG	2	8	859844	859851	25 %	0 %	25 %	50 %	408502645
18169	NC_018722	CTG	2	6	859870	859875	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	408502645
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18185	NC_018722	AGC	2	6	860785	860790	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	408502646
18186	NC_018722	TTC	2	6	860930	860935	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
18187	NC_018722	GC	3	6	860960	860965	0 %	0 %	50 %	50 %	Non-Coding
18188	NC_018722	TCT	2	6	860973	860978	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
18189	NC_018722	A	6	6	861032	861037	100 %	0 %	0 %	0 %	408502647
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18196	NC_018722	CGC	3	9	861307	861315	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	408502647
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18198	NC_018722	GCT	2	6	861445	861450	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	408502647
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18200	NC_018722	CAT	2	6	861484	861489	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	408502647
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18203	NC_018722	CG	3	6	861549	861554	0 %	0 %	50 %	50 %	408502647
18204	NC_018722	GAT	2	6	861725	861730	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	408502647
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18206	NC_018722	TTCA	2	8	861795	861802	25 %	50 %	0 %	25 %	408502647
18207	NC_018722	TAC	2	6	861881	861886	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	408502647
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18210	NC_018722	CAT	3	9	861959	861967	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	408502647
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18212	NC_018722	TCT	2	6	862004	862009	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	408502647
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18214	NC_018722	CGG	2	6	862029	862034	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	408502647
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18217	NC_018722	A	6	6	862100	862105	100 %	0 %	0 %	0 %	408502647
18218	NC_018722	CACAA	2	10	862163	862172	60 %	0 %	0 %	40 %	408502647
18219	NC_018722	AC	3	6	862214	862219	50 %	0 %	0 %	50 %	408502647
18220	NC_018722	AGG	2	6	862266	862271	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	408502647
18221	NC_018722	CA	3	6	862326	862331	50 %	0 %	0 %	50 %	408502647
18222	NC_018722	TTC	2	6	862379	862384	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	408502647
18223	NC_018722	CG	4	8	862451	862458	0 %	0 %	50 %	50 %	408502647
18224	NC_018722	AGA	2	6	862471	862476	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	408502647
18225	NC_018722	CAG	2	6	862547	862552	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	408502647
18226	NC_018722	ATC	2	6	862592	862597	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	408502647
18227	NC_018722	A	6	6	862649	862654	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
18228	NC_018722	AG	3	6	862682	862687	50 %	0 %	50 %	0 %	408502648
18229	NC_018722	CA	3	6	862798	862803	50 %	0 %	0 %	50 %	408502648
18230	NC_018722	GT	3	6	862859	862864	0 %	50 %	50 %	0 %	408502648
18231	NC_018722	TG	3	6	862867	862872	0 %	50 %	50 %	0 %	408502648
18232	NC_018722	GC	4	8	862881	862888	0 %	0 %	50 %	50 %	408502648
18233	NC_018722	T	6	6	862989	862994	0 %	100 %	0 %	0 %	408502648
18234	NC_018722	CCT	2	6	863061	863066	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	408502648
18235	NC_018722	GGC	2	6	863071	863076	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	408502648
18236	NC_018722	GAT	2	6	863099	863104	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	408502648
18237	NC_018722	A	7	7	863171	863177	100 %	0 %	0 %	0 %	408502648
18238	NC_018722	TGC	2	6	863277	863282	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	408502648
18239	NC_018722	GCA	2	6	863397	863402	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	408502648
18240	NC_018722	GC	3	6	863419	863424	0 %	0 %	50 %	50 %	408502648
18241	NC_018722	G	6	6	863431	863436	0 %	0 %	100 %	0 %	408502648
18242	NC_018722	TGA	3	9	863562	863570	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	408502648
18243	NC_018722	CGCA	2	8	863731	863738	25 %	0 %	25 %	50 %	408502648
18244	NC_018722	CTCA	2	8	863819	863826	25 %	25 %	0 %	50 %	408502648
18245	NC_018722	A	6	6	863840	863845	100 %	0 %	0 %	0 %	408502648
18246	NC_018722	CTC	2	6	863862	863867	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	Non-Coding
18247	NC_018722	GCGCT	2	10	863930	863939	0 %	20 %	40 %	40 %	408502649
18248	NC_018722	CGCA	2	8	863978	863985	25 %	0 %	25 %	50 %	408502649
18249	NC_018722	CA	4	8	863991	863998	50 %	0 %	0 %	50 %	408502649
18250	NC_018722	ATG	2	6	864001	864006	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	408502649
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18253	NC_018722	CACG	2	8	864087	864094	25 %	0 %	25 %	50 %	408502650
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18369	NC_018722	GC	3	6	869277	869282	0 %	0 %	50 %	50 %	408502654
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18372	NC_018722	TTG	2	6	869545	869550	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	408502654
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18374	NC_018722	GTA	2	6	869613	869618	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	408502654
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