MICAS: Microsatellite Analysis Server 3.0

All Repeats of Treponema pallidum subsp. pallidum str. Mexico A chromosome

Total Repeats: 24024

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S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Length	Start	End	A%	T%	G%	C%	Protein ID
17001	NC_018722	GCT	2	6	804362	804367	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
17002	NC_018722	TCA	2	6	804372	804377	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
17003	NC_018722	CGG	2	6	804513	804518	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	408502593
17004	NC_018722	CT	3	6	804526	804531	0 %	50 %	0 %	50 %	408502593
17005	NC_018722	TCT	2	6	804551	804556	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	408502593
17006	NC_018722	GCA	2	6	804563	804568	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	408502593
17007	NC_018722	GAA	3	9	804583	804591	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	408502593
17008	NC_018722	GA	3	6	804617	804622	50 %	0 %	50 %	0 %	408502593
17009	NC_018722	TTGGAA	2	12	804661	804672	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	408502593
17010	NC_018722	CG	3	6	804732	804737	0 %	0 %	50 %	50 %	408502593
17011	NC_018722	TGT	2	6	804762	804767	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	408502593
17012	NC_018722	AAG	2	6	804830	804835	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	408502593
17013	NC_018722	TCC	2	6	804858	804863	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	408502593
17014	NC_018722	ACA	2	6	804932	804937	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	408502593
17015	NC_018722	TTGC	2	8	805075	805082	0 %	50 %	25 %	25 %	408502593
17016	NC_018722	GAC	2	6	805144	805149	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	408502593
17017	NC_018722	AAAC	2	8	805227	805234	75 %	0 %	0 %	25 %	408502593
17018	NC_018722	ACC	2	6	805235	805240	33.33 %	0 %	0 %	66.67 %	408502593
17019	NC_018722	GC	3	6	805246	805251	0 %	0 %	50 %	50 %	408502593
17020	NC_018722	TCAT	2	8	805262	805269	25 %	50 %	0 %	25 %	408502593
17021	NC_018722	ATCGC	2	10	805283	805292	20 %	20 %	20 %	40 %	408502593
17022	NC_018722	GCGT	2	8	805360	805367	0 %	25 %	50 %	25 %	408502593
17023	NC_018722	ACTG	2	8	805398	805405	25 %	25 %	25 %	25 %	408502593
17024	NC_018722	A	7	7	805438	805444	100 %	0 %	0 %	0 %	408502593
17025	NC_018722	GC	3	6	805445	805450	0 %	0 %	50 %	50 %	408502593
17026	NC_018722	CT	3	6	805474	805479	0 %	50 %	0 %	50 %	408502593
17027	NC_018722	GAA	2	6	805516	805521	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	408502593
17028	NC_018722	ACC	2	6	805549	805554	33.33 %	0 %	0 %	66.67 %	408502593
17029	NC_018722	AC	3	6	805652	805657	50 %	0 %	0 %	50 %	408502593
17030	NC_018722	CGC	2	6	805686	805691	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	408502593
17031	NC_018722	TGC	2	6	805727	805732	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	408502593
17032	NC_018722	GGA	2	6	805754	805759	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	408502593
17033	NC_018722	AG	3	6	805762	805767	50 %	0 %	50 %	0 %	408502593
17034	NC_018722	A	8	8	805775	805782	100 %	0 %	0 %	0 %	408502593
17035	NC_018722	CG	3	6	805838	805843	0 %	0 %	50 %	50 %	408502594
17036	NC_018722	GC	4	8	805883	805890	0 %	0 %	50 %	50 %	408502594
17037	NC_018722	GC	3	6	805893	805898	0 %	0 %	50 %	50 %	408502594
17038	NC_018722	T	7	7	805963	805969	0 %	100 %	0 %	0 %	408502594
17039	NC_018722	GCC	2	6	805997	806002	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	408502594
17040	NC_018722	GC	4	8	806080	806087	0 %	0 %	50 %	50 %	408502594
17041	NC_018722	AC	3	6	806097	806102	50 %	0 %	0 %	50 %	408502594
17042	NC_018722	TCC	2	6	806108	806113	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	408502594
17043	NC_018722	GC	4	8	806114	806121	0 %	0 %	50 %	50 %	408502594
17044	NC_018722	CA	3	6	806124	806129	50 %	0 %	0 %	50 %	408502594
17045	NC_018722	AGC	2	6	806149	806154	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	408502594
17046	NC_018722	CCT	2	6	806174	806179	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	408502595
17047	NC_018722	TCA	2	6	806248	806253	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	408502595
17048	NC_018722	CCA	2	6	806300	806305	33.33 %	0 %	0 %	66.67 %	408502595
17049	NC_018722	CGA	2	6	806336	806341	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	408502595
17050	NC_018722	CGT	2	6	806390	806395	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	408502595
17051	NC_018722	CGT	2	6	806421	806426	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	408502595
17052	NC_018722	GC	3	6	806427	806432	0 %	0 %	50 %	50 %	408502595
17053	NC_018722	AC	3	6	806474	806479	50 %	0 %	0 %	50 %	408502595
17054	NC_018722	T	6	6	806662	806667	0 %	100 %	0 %	0 %	408502595
17055	NC_018722	TGAA	2	8	806724	806731	50 %	25 %	25 %	0 %	408502595
17056	NC_018722	A	6	6	806733	806738	100 %	0 %	0 %	0 %	408502595
17057	NC_018722	CAA	2	6	806763	806768	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	408502595
17058	NC_018722	TG	3	6	806907	806912	0 %	50 %	50 %	0 %	408502595
17059	NC_018722	AG	3	6	806949	806954	50 %	0 %	50 %	0 %	408502595
17060	NC_018722	CTC	2	6	807045	807050	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	408502595
17061	NC_018722	CGCT	2	8	807058	807065	0 %	25 %	25 %	50 %	408502595
17062	NC_018722	CG	3	6	807144	807149	0 %	0 %	50 %	50 %	408502595
17063	NC_018722	ATA	2	6	807162	807167	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	408502595
17064	NC_018722	CAA	2	6	807170	807175	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	408502595
17065	NC_018722	ACAA	2	8	807211	807218	75 %	0 %	0 %	25 %	408502595
17066	NC_018722	AGA	2	6	807278	807283	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	408502595
17067	NC_018722	A	8	8	807309	807316	100 %	0 %	0 %	0 %	408502595
17068	NC_018722	GAG	2	6	807318	807323	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	408502595
17069	NC_018722	A	7	7	807325	807331	100 %	0 %	0 %	0 %	408502595
17070	NC_018722	TCG	2	6	807381	807386	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
17071	NC_018722	AC	4	8	807400	807407	50 %	0 %	0 %	50 %	Non-Coding
17072	NC_018722	CA	3	6	807521	807526	50 %	0 %	0 %	50 %	408502596
17073	NC_018722	CACT	2	8	807534	807541	25 %	25 %	0 %	50 %	408502596
17074	NC_018722	GCA	2	6	807548	807553	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	408502596
17075	NC_018722	TAACGT	2	12	807562	807573	33.33 %	33.33 %	16.67 %	16.67 %	408502596
17076	NC_018722	CGC	2	6	807595	807600	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	408502596
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17078	NC_018722	ACA	3	9	807696	807704	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	408502596
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17080	NC_018722	GC	3	6	807749	807754	0 %	0 %	50 %	50 %	408502596
17081	NC_018722	CGCA	2	8	807807	807814	25 %	0 %	25 %	50 %	408502596
17082	NC_018722	GCA	3	9	807812	807820	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	408502596
17083	NC_018722	CAA	2	6	807823	807828	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	408502596
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17085	NC_018722	ACG	2	6	807946	807951	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	408502596
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17087	NC_018722	GAAA	3	12	808069	808080	75 %	0 %	25 %	0 %	Non-Coding
17088	NC_018722	GAA	2	6	808085	808090	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
17089	NC_018722	GAA	2	6	808094	808099	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
17090	NC_018722	AAG	2	6	808116	808121	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
17091	NC_018722	CG	3	6	808149	808154	0 %	0 %	50 %	50 %	408502597
17092	NC_018722	ATA	2	6	808155	808160	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	408502597
17093	NC_018722	CCG	2	6	808258	808263	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	408502597
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17095	NC_018722	C	6	6	808316	808321	0 %	0 %	0 %	100 %	408502597
17096	NC_018722	GC	3	6	808340	808345	0 %	0 %	50 %	50 %	408502597
17097	NC_018722	GT	3	6	808364	808369	0 %	50 %	50 %	0 %	408502597
17098	NC_018722	GC	3	6	808406	808411	0 %	0 %	50 %	50 %	408502597
17099	NC_018722	TGC	2	6	808476	808481	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	408502597
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17102	NC_018722	ATC	2	6	808789	808794	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	408502598
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17104	NC_018722	CA	3	6	808856	808861	50 %	0 %	0 %	50 %	408502598
17105	NC_018722	AACGC	2	10	808866	808875	40 %	0 %	20 %	40 %	408502598
17106	NC_018722	AG	3	6	808891	808896	50 %	0 %	50 %	0 %	408502598
17107	NC_018722	CCT	2	6	808908	808913	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	408502598
17108	NC_018722	GCT	2	6	808986	808991	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	408502598
17109	NC_018722	CG	3	6	809040	809045	0 %	0 %	50 %	50 %	408502598
17110	NC_018722	GCAAA	2	10	809086	809095	60 %	0 %	20 %	20 %	408502598
17111	NC_018722	GTAT	2	8	809098	809105	25 %	50 %	25 %	0 %	408502598
17112	NC_018722	GCA	2	6	809262	809267	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	408502598
17113	NC_018722	CG	3	6	809310	809315	0 %	0 %	50 %	50 %	408502598
17114	NC_018722	CG	3	6	809318	809323	0 %	0 %	50 %	50 %	408502598
17115	NC_018722	A	7	7	809329	809335	100 %	0 %	0 %	0 %	408502598
17116	NC_018722	AGA	2	6	809344	809349	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	408502598
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17118	NC_018722	GC	3	6	809442	809447	0 %	0 %	50 %	50 %	408502598
17119	NC_018722	CTG	2	6	809458	809463	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	408502598
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17122	NC_018722	CGC	2	6	809742	809747	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	408502598
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17124	NC_018722	GCC	2	6	809770	809775	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	408502598
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17129	NC_018722	CTT	2	6	809934	809939	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
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17245	NC_018722	CG	3	6	815997	816002	0 %	0 %	50 %	50 %	408502604
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17493	NC_018722	GAG	3	9	828201	828209	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	408502617
17494	NC_018722	GT	3	6	828252	828257	0 %	50 %	50 %	0 %	Non-Coding
17495	NC_018722	GCAGGG	2	12	828263	828274	16.67 %	0 %	66.67 %	16.67 %	Non-Coding
17496	NC_018722	GCGT	2	8	828310	828317	0 %	25 %	50 %	25 %	408502618
17497	NC_018722	CTT	2	6	828358	828363	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	408502618
17498	NC_018722	GCG	2	6	828385	828390	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	408502618
17499	NC_018722	TGC	2	6	828427	828432	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	408502618
17500	NC_018722	CG	3	6	828444	828449	0 %	0 %	50 %	50 %	408502618

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