MICAS: Microsatellite Analysis Server 3.0

All Repeats of Treponema pallidum subsp. pallidum str. Mexico A chromosome

Total Repeats: 24024

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S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Length	Start	End	A%	T%	G%	C%	Protein ID
13501	NC_018722	CAC	2	6	637128	637133	33.33 %	0 %	0 %	66.67 %	408502451
13502	NC_018722	CGC	2	6	637241	637246	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	408502452
13503	NC_018722	GTA	2	6	637259	637264	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	408502452
13504	NC_018722	CTT	2	6	637271	637276	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	408502452
13505	NC_018722	CT	3	6	637284	637289	0 %	50 %	0 %	50 %	408502452
13506	NC_018722	TTCC	2	8	637290	637297	0 %	50 %	0 %	50 %	408502452
13507	NC_018722	A	10	10	637299	637308	100 %	0 %	0 %	0 %	408502452
13508	NC_018722	CGC	2	6	637317	637322	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	408502452
13509	NC_018722	GAAA	2	8	637334	637341	75 %	0 %	25 %	0 %	408502452
13510	NC_018722	CG	3	6	637398	637403	0 %	0 %	50 %	50 %	408502452
13511	NC_018722	GCT	2	6	637417	637422	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	408502452
13512	NC_018722	TTTC	2	8	637549	637556	0 %	75 %	0 %	25 %	408502452
13513	NC_018722	GAATG	2	10	637619	637628	40 %	20 %	40 %	0 %	408502452
13514	NC_018722	T	6	6	637642	637647	0 %	100 %	0 %	0 %	408502452
13515	NC_018722	CAG	2	6	637764	637769	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	408502452
13516	NC_018722	TTCA	2	8	637775	637782	25 %	50 %	0 %	25 %	408502452
13517	NC_018722	CAC	2	6	637793	637798	33.33 %	0 %	0 %	66.67 %	408502452
13518	NC_018722	CCACC	2	10	637813	637822	20 %	0 %	0 %	80 %	408502452
13519	NC_018722	CG	3	6	637849	637854	0 %	0 %	50 %	50 %	408502452
13520	NC_018722	CA	3	6	637872	637877	50 %	0 %	0 %	50 %	408502452
13521	NC_018722	ACA	2	6	637915	637920	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	408502452
13522	NC_018722	GTG	2	6	637937	637942	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	408502452
13523	NC_018722	GC	3	6	638024	638029	0 %	0 %	50 %	50 %	408502452
13524	NC_018722	GGA	2	6	638215	638220	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	408502452
13525	NC_018722	CG	3	6	638227	638232	0 %	0 %	50 %	50 %	408502452
13526	NC_018722	TATT	2	8	638234	638241	25 %	75 %	0 %	0 %	408502452
13527	NC_018722	GTA	2	6	638291	638296	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	408502452
13528	NC_018722	GC	4	8	638312	638319	0 %	0 %	50 %	50 %	408502452
13529	NC_018722	CG	3	6	638321	638326	0 %	0 %	50 %	50 %	408502452
13530	NC_018722	CTC	2	6	638367	638372	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	408502452
13531	NC_018722	AC	3	6	638594	638599	50 %	0 %	0 %	50 %	408502452
13532	NC_018722	CTG	2	6	638633	638638	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	408502452
13533	NC_018722	TCG	2	6	638668	638673	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	408502452
13534	NC_018722	CTT	2	6	638681	638686	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	408502452
13535	NC_018722	GCAG	2	8	638689	638696	25 %	0 %	50 %	25 %	408502452
13536	NC_018722	TGCA	2	8	638742	638749	25 %	25 %	25 %	25 %	408502452
13537	NC_018722	GCG	2	6	638764	638769	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	408502452
13538	NC_018722	AAG	2	6	638832	638837	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	408502452
13539	NC_018722	A	6	6	638979	638984	100 %	0 %	0 %	0 %	408502453
13540	NC_018722	TG	3	6	639018	639023	0 %	50 %	50 %	0 %	408502453
13541	NC_018722	GCG	2	6	639050	639055	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	408502453
13542	NC_018722	GGT	2	6	639162	639167	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	408502453
13543	NC_018722	CG	3	6	639247	639252	0 %	0 %	50 %	50 %	408502453
13544	NC_018722	CAGA	2	8	639284	639291	50 %	0 %	25 %	25 %	408502453
13545	NC_018722	GAA	2	6	639462	639467	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	408502453
13546	NC_018722	TGC	2	6	639480	639485	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	408502453
13547	NC_018722	GTG	2	6	639514	639519	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	408502453
13548	NC_018722	ATTGG	2	10	639619	639628	20 %	40 %	40 %	0 %	408502453
13549	NC_018722	GCG	2	6	639637	639642	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	408502453
13550	NC_018722	AC	3	6	639795	639800	50 %	0 %	0 %	50 %	408502453
13551	NC_018722	GCA	2	6	639837	639842	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	408502453
13552	NC_018722	A	6	6	639842	639847	100 %	0 %	0 %	0 %	408502453
13553	NC_018722	CAATC	2	10	639914	639923	40 %	20 %	0 %	40 %	408502453
13554	NC_018722	GTG	2	6	640059	640064	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	408502453
13555	NC_018722	GTC	2	6	640149	640154	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	408502453
13556	NC_018722	CG	3	6	640190	640195	0 %	0 %	50 %	50 %	408502453
13557	NC_018722	TTG	2	6	640204	640209	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	408502453
13558	NC_018722	TCCT	2	8	640319	640326	0 %	50 %	0 %	50 %	408502453
13559	NC_018722	CCG	2	6	640378	640383	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	408502453
13560	NC_018722	GC	3	6	640425	640430	0 %	0 %	50 %	50 %	408502453
13561	NC_018722	AAAC	2	8	640480	640487	75 %	0 %	0 %	25 %	408502453
13562	NC_018722	CTG	2	6	640511	640516	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	408502453
13563	NC_018722	GGT	2	6	640608	640613	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	408502453
13564	NC_018722	CGT	2	6	640732	640737	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	408502453
13565	NC_018722	GC	3	6	640759	640764	0 %	0 %	50 %	50 %	408502453
13566	NC_018722	ACG	2	6	640774	640779	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	408502453
13567	NC_018722	GTC	2	6	640875	640880	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	408502453
13568	NC_018722	TGA	2	6	640886	640891	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	408502453
13569	NC_018722	A	6	6	641008	641013	100 %	0 %	0 %	0 %	408502453
13570	NC_018722	GGC	2	6	641036	641041	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	408502453
13571	NC_018722	GCC	2	6	641075	641080	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	408502453
13572	NC_018722	GCAC	2	8	641090	641097	25 %	0 %	25 %	50 %	408502453
13573	NC_018722	GCA	2	6	641110	641115	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	408502453
13574	NC_018722	CGA	2	6	641162	641167	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	408502453
13575	NC_018722	TCAG	2	8	641197	641204	25 %	25 %	25 %	25 %	408502453
13576	NC_018722	ATG	2	6	641205	641210	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	408502453
13577	NC_018722	GGA	2	6	641242	641247	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	408502453
13578	NC_018722	CT	3	6	641289	641294	0 %	50 %	0 %	50 %	408502453
13579	NC_018722	CAC	2	6	641302	641307	33.33 %	0 %	0 %	66.67 %	408502453
13580	NC_018722	AGA	2	6	641315	641320	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	408502453
13581	NC_018722	TG	3	6	641332	641337	0 %	50 %	50 %	0 %	408502453
13582	NC_018722	GCACAC	2	12	641339	641350	33.33 %	0 %	16.67 %	50 %	408502453
13583	NC_018722	TG	3	6	641402	641407	0 %	50 %	50 %	0 %	408502453
13584	NC_018722	GTG	2	6	641415	641420	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	408502453
13585	NC_018722	CCG	2	6	641503	641508	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	408502453
13586	NC_018722	GCA	2	6	641531	641536	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	408502453
13587	NC_018722	TG	3	6	641621	641626	0 %	50 %	50 %	0 %	408502454
13588	NC_018722	GTCT	2	8	641715	641722	0 %	50 %	25 %	25 %	408502454
13589	NC_018722	GC	3	6	641776	641781	0 %	0 %	50 %	50 %	408502454
13590	NC_018722	TCC	2	6	641848	641853	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	408502454
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13592	NC_018722	TCT	2	6	642013	642018	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	408502454
13593	NC_018722	TG	3	6	642021	642026	0 %	50 %	50 %	0 %	408502454
13594	NC_018722	GCG	2	6	642060	642065	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	408502454
13595	NC_018722	A	8	8	642075	642082	100 %	0 %	0 %	0 %	408502454
13596	NC_018722	GTT	2	6	642120	642125	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	408502454
13597	NC_018722	CCA	2	6	642128	642133	33.33 %	0 %	0 %	66.67 %	408502454
13598	NC_018722	AAG	2	6	642138	642143	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	408502454
13599	NC_018722	CCT	2	6	642155	642160	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	408502454
13600	NC_018722	A	9	9	642183	642191	100 %	0 %	0 %	0 %	408502454
13601	NC_018722	T	6	6	642210	642215	0 %	100 %	0 %	0 %	408502454
13602	NC_018722	AAC	2	6	642223	642228	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	408502454
13603	NC_018722	A	6	6	642233	642238	100 %	0 %	0 %	0 %	408502454
13604	NC_018722	GC	3	6	642322	642327	0 %	0 %	50 %	50 %	408502454
13605	NC_018722	GCC	2	6	642330	642335	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	408502454
13606	NC_018722	CTT	2	6	642375	642380	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	408502454
13607	NC_018722	CG	3	6	642520	642525	0 %	0 %	50 %	50 %	408502454
13608	NC_018722	CCT	2	6	642530	642535	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	408502454
13609	NC_018722	GCA	2	6	642727	642732	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	408502455
13610	NC_018722	CAAC	2	8	642752	642759	50 %	0 %	0 %	50 %	408502455
13611	NC_018722	AGCCAT	2	12	642783	642794	33.33 %	16.67 %	16.67 %	33.33 %	408502455
13612	NC_018722	ATA	2	6	642802	642807	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	408502455
13613	NC_018722	TTCC	2	8	642951	642958	0 %	50 %	0 %	50 %	Non-Coding
13614	NC_018722	T	6	6	642977	642982	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
13615	NC_018722	ATC	2	6	642998	643003	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	408502456
13616	NC_018722	ATA	2	6	643010	643015	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	408502456
13617	NC_018722	TGC	2	6	643025	643030	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	408502456
13618	NC_018722	AGC	2	6	643112	643117	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	408502456
13619	NC_018722	GAT	2	6	643127	643132	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	408502456
13620	NC_018722	TTCC	2	8	643140	643147	0 %	50 %	0 %	50 %	408502456
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13622	NC_018722	GAA	2	6	643236	643241	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	408502456
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13988	NC_018722	AC	3	6	659160	659165	50 %	0 %	0 %	50 %	Non-Coding
13989	NC_018722	CTCATC	2	12	659215	659226	16.67 %	33.33 %	0 %	50 %	408502470
13990	NC_018722	CTC	2	6	659263	659268	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	408502470
13991	NC_018722	AGG	2	6	659269	659274	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	408502470
13992	NC_018722	CTC	2	6	659350	659355	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	408502470
13993	NC_018722	CCA	2	6	659508	659513	33.33 %	0 %	0 %	66.67 %	408502470
13994	NC_018722	CAA	2	6	659517	659522	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	408502470
13995	NC_018722	CTCGC	2	10	659535	659544	0 %	20 %	20 %	60 %	408502470
13996	NC_018722	GCC	2	6	659620	659625	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	408502470
13997	NC_018722	CCT	2	6	659670	659675	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	408502470
13998	NC_018722	AG	3	6	659680	659685	50 %	0 %	50 %	0 %	408502470
13999	NC_018722	TCT	2	6	659721	659726	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	408502470
14000	NC_018722	TGG	2	6	659751	659756	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	408502470

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