MICAS: Microsatellite Analysis Server 3.0

All Repeats of Treponema pallidum subsp. pallidum str. Mexico A chromosome

Total Repeats: 24024

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S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Length	Start	End	A%	T%	G%	C%	Protein ID
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12002	NC_018722	AT	3	6	568398	568403	50 %	50 %	0 %	0 %	408502394
12003	NC_018722	TCC	2	6	568413	568418	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	408502394
12004	NC_018722	GCGT	2	8	568447	568454	0 %	25 %	50 %	25 %	408502394
12005	NC_018722	TGC	2	6	568455	568460	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	408502394
12006	NC_018722	TCT	2	6	568461	568466	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	408502394
12007	NC_018722	TCT	2	6	568545	568550	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	408502394
12008	NC_018722	ACTGC	2	10	568654	568663	20 %	20 %	20 %	40 %	408502394
12009	NC_018722	TCT	2	6	568759	568764	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	408502394
12010	NC_018722	CAA	2	6	568976	568981	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	408502394
12011	NC_018722	TCA	2	6	568983	568988	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	408502394
12012	NC_018722	ACT	2	6	568995	569000	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	408502394
12013	NC_018722	GC	3	6	569040	569045	0 %	0 %	50 %	50 %	408502394
12014	NC_018722	TGC	2	6	569069	569074	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	408502394
12015	NC_018722	GC	3	6	569127	569132	0 %	0 %	50 %	50 %	408502394
12016	NC_018722	TCC	2	6	569133	569138	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	408502394
12017	NC_018722	CGGC	2	8	569200	569207	0 %	0 %	50 %	50 %	408502394
12018	NC_018722	CGT	2	6	569215	569220	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	408502394
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12022	NC_018722	TGC	2	6	569479	569484	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	408502395
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12029	NC_018722	CAAG	2	8	569878	569885	50 %	0 %	25 %	25 %	408502395
12030	NC_018722	GA	3	6	569886	569891	50 %	0 %	50 %	0 %	408502395
12031	NC_018722	GAAT	2	8	569914	569921	50 %	25 %	25 %	0 %	408502395
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12033	NC_018722	T	6	6	570044	570049	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
12034	NC_018722	GC	3	6	570144	570149	0 %	0 %	50 %	50 %	408502396
12035	NC_018722	TTG	2	6	570168	570173	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	408502396
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12039	NC_018722	CA	3	6	570368	570373	50 %	0 %	0 %	50 %	408502396
12040	NC_018722	CTC	2	6	570440	570445	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	408502396
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12043	NC_018722	TCA	2	6	570618	570623	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	408502396
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12049	NC_018722	GTC	2	6	570935	570940	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	408502396
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12053	NC_018722	CG	3	6	571143	571148	0 %	0 %	50 %	50 %	408502396
12054	NC_018722	AGC	2	6	571158	571163	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	408502396
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12057	NC_018722	TAT	2	6	571288	571293	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	408502396
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12059	NC_018722	AGA	2	6	571330	571335	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	408502396
12060	NC_018722	ATG	2	6	571364	571369	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	408502396
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12064	NC_018722	TCTG	2	8	571468	571475	0 %	50 %	25 %	25 %	408502396
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12067	NC_018722	A	6	6	571519	571524	100 %	0 %	0 %	0 %	408502396
12068	NC_018722	T	6	6	571567	571572	0 %	100 %	0 %	0 %	408502396
12069	NC_018722	CG	3	6	571583	571588	0 %	0 %	50 %	50 %	408502396
12070	NC_018722	AACA	2	8	571604	571611	75 %	0 %	0 %	25 %	408502396
12071	NC_018722	AGC	2	6	571674	571679	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	408502396
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12077	NC_018722	GTAT	2	8	571905	571912	25 %	50 %	25 %	0 %	408502396
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12097	NC_018722	CAAG	2	8	572688	572695	50 %	0 %	25 %	25 %	408502397
12098	NC_018722	TGG	2	6	572751	572756	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	408502397
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12102	NC_018722	CGATA	2	10	572974	572983	40 %	20 %	20 %	20 %	408502398
12103	NC_018722	CTGA	2	8	573035	573042	25 %	25 %	25 %	25 %	408502398
12104	NC_018722	GGTCA	2	10	573353	573362	20 %	20 %	40 %	20 %	408502398
12105	NC_018722	TCG	2	6	573381	573386	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	408502398
12106	NC_018722	GGA	2	6	573425	573430	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	408502398
12107	NC_018722	CTGC	2	8	573441	573448	0 %	25 %	25 %	50 %	408502398
12108	NC_018722	GC	3	6	573447	573452	0 %	0 %	50 %	50 %	408502398
12109	NC_018722	GTG	2	6	573522	573527	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	408502398
12110	NC_018722	AGT	2	6	573550	573555	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	408502398
12111	NC_018722	GTG	2	6	573634	573639	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	408502398
12112	NC_018722	ATA	2	6	573642	573647	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	408502398
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12117	NC_018722	ATACCC	2	12	573753	573764	33.33 %	16.67 %	0 %	50 %	408502398
12118	NC_018722	GCT	2	6	573825	573830	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	408502398
12119	NC_018722	AGA	2	6	573859	573864	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	408502398
12120	NC_018722	TGAA	2	8	573924	573931	50 %	25 %	25 %	0 %	408502398
12121	NC_018722	CG	4	8	573946	573953	0 %	0 %	50 %	50 %	408502398
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12123	NC_018722	AG	3	6	573995	574000	50 %	0 %	50 %	0 %	408502398
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12242	NC_018722	TCTT	2	8	579456	579463	0 %	75 %	0 %	25 %	408502403
12243	NC_018722	ACCC	2	8	579495	579502	25 %	0 %	0 %	75 %	408502403
12244	NC_018722	CTT	2	6	579520	579525	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	408502403
12245	NC_018722	ATC	2	6	579554	579559	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	408502403
12246	NC_018722	GTA	2	6	579596	579601	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	408502403
12247	NC_018722	TCA	2	6	579636	579641	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	408502403
12248	NC_018722	AGA	3	9	579779	579787	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	408502403
12249	NC_018722	AGCA	2	8	579818	579825	50 %	0 %	25 %	25 %	408502403
12250	NC_018722	A	6	6	579832	579837	100 %	0 %	0 %	0 %	408502403
12251	NC_018722	CGCA	2	8	579866	579873	25 %	0 %	25 %	50 %	408502403
12252	NC_018722	CA	3	6	579872	579877	50 %	0 %	0 %	50 %	408502403
12253	NC_018722	GCA	2	6	579883	579888	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	408502403
12254	NC_018722	CGC	2	6	579903	579908	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	408502403
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12257	NC_018722	CA	3	6	579979	579984	50 %	0 %	0 %	50 %	408502403
12258	NC_018722	CA	3	6	580036	580041	50 %	0 %	0 %	50 %	408502403
12259	NC_018722	CA	3	6	580094	580099	50 %	0 %	0 %	50 %	408502403
12260	NC_018722	A	6	6	580106	580111	100 %	0 %	0 %	0 %	408502404
12261	NC_018722	AAGG	2	8	580121	580128	50 %	0 %	50 %	0 %	408502404
12262	NC_018722	TCC	3	9	580146	580154	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	408502404
12263	NC_018722	CTTC	2	8	580267	580274	0 %	50 %	0 %	50 %	408502404
12264	NC_018722	GCC	2	6	580290	580295	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	408502404
12265	NC_018722	TCC	2	6	580359	580364	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	Non-Coding
12266	NC_018722	GGA	2	6	580463	580468	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	408502405
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12270	NC_018722	CTG	2	6	580591	580596	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	408502405
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12272	NC_018722	GTC	2	6	580618	580623	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	408502405
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12275	NC_018722	A	6	6	580663	580668	100 %	0 %	0 %	0 %	408502405
12276	NC_018722	CCA	2	6	580754	580759	33.33 %	0 %	0 %	66.67 %	408502405
12277	NC_018722	ACC	2	6	580799	580804	33.33 %	0 %	0 %	66.67 %	408502405
12278	NC_018722	ACC	3	9	580814	580822	33.33 %	0 %	0 %	66.67 %	408502405
12279	NC_018722	A	7	7	580950	580956	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
12280	NC_018722	CAC	2	6	580981	580986	33.33 %	0 %	0 %	66.67 %	Non-Coding
12281	NC_018722	TAC	2	6	580998	581003	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
12282	NC_018722	GC	3	6	581016	581021	0 %	0 %	50 %	50 %	408502406
12283	NC_018722	CG	3	6	581101	581106	0 %	0 %	50 %	50 %	408502406
12284	NC_018722	CCG	2	6	581125	581130	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	408502406
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12287	NC_018722	CA	3	6	581294	581299	50 %	0 %	0 %	50 %	408502406
12288	NC_018722	GC	3	6	581314	581319	0 %	0 %	50 %	50 %	408502406
12289	NC_018722	TGAT	2	8	581428	581435	25 %	50 %	25 %	0 %	408502406
12290	NC_018722	C	6	6	581543	581548	0 %	0 %	0 %	100 %	408502406
12291	NC_018722	ACT	2	6	581556	581561	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	408502406
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12298	NC_018722	CCG	2	6	581799	581804	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	Non-Coding
12299	NC_018722	CCCAA	2	10	581870	581879	40 %	0 %	0 %	60 %	Non-Coding
12300	NC_018722	CAC	2	6	581895	581900	33.33 %	0 %	0 %	66.67 %	Non-Coding
12301	NC_018722	C	6	6	581971	581976	0 %	0 %	0 %	100 %	408502407
12302	NC_018722	CTG	2	6	582020	582025	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	408502407
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12306	NC_018722	TCC	2	6	582376	582381	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	408502407
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12308	NC_018722	GAT	2	6	582444	582449	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	408502407
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12316	NC_018722	TCTT	2	8	582934	582941	0 %	75 %	0 %	25 %	408502407
12317	NC_018722	GAT	2	6	583023	583028	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	408502407
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12320	NC_018722	GTC	2	6	583065	583070	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	408502407
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12327	NC_018722	CCTG	2	8	583283	583290	0 %	25 %	25 %	50 %	408502408
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12331	NC_018722	GGT	2	6	583493	583498	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	Non-Coding
12332	NC_018722	GT	3	6	583497	583502	0 %	50 %	50 %	0 %	Non-Coding
12333	NC_018722	T	6	6	583550	583555	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
12334	NC_018722	TG	3	6	583585	583590	0 %	50 %	50 %	0 %	Non-Coding
12335	NC_018722	GTT	2	6	583747	583752	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	408502409
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12339	NC_018722	GCT	2	6	583921	583926	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	408502409
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12343	NC_018722	TGC	2	6	584075	584080	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
12344	NC_018722	ACGG	2	8	584147	584154	25 %	0 %	50 %	25 %	408502410
12345	NC_018722	AAG	2	6	584164	584169	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	408502410
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12351	NC_018722	CG	3	6	584499	584504	0 %	0 %	50 %	50 %	408502410
12352	NC_018722	TTGC	2	8	584507	584514	0 %	50 %	25 %	25 %	408502410
12353	NC_018722	CGA	2	6	584554	584559	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	408502410
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12355	NC_018722	TGC	2	6	584589	584594	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	408502410
12356	NC_018722	CGC	2	6	584623	584628	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	408502410
12357	NC_018722	CTG	2	6	584643	584648	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	408502410
12358	NC_018722	GA	3	6	584710	584715	50 %	0 %	50 %	0 %	408502410
12359	NC_018722	GCG	2	6	584729	584734	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	408502410
12360	NC_018722	CGCA	2	8	584835	584842	25 %	0 %	25 %	50 %	408502410
12361	NC_018722	GAA	2	6	584950	584955	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	408502410
12362	NC_018722	CG	3	6	584993	584998	0 %	0 %	50 %	50 %	408502410
12363	NC_018722	CTC	2	6	585008	585013	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	408502410
12364	NC_018722	CA	3	6	585074	585079	50 %	0 %	0 %	50 %	408502410
12365	NC_018722	CGC	2	6	585127	585132	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	408502411
12366	NC_018722	GGGC	2	8	585135	585142	0 %	0 %	75 %	25 %	408502411
12367	NC_018722	CA	4	8	585174	585181	50 %	0 %	0 %	50 %	408502411
12368	NC_018722	ATA	2	6	585193	585198	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	408502411
12369	NC_018722	CGA	2	6	585251	585256	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	408502411
12370	NC_018722	GA	3	6	585255	585260	50 %	0 %	50 %	0 %	408502411
12371	NC_018722	T	6	6	585299	585304	0 %	100 %	0 %	0 %	408502411
12372	NC_018722	AGA	2	6	585388	585393	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	408502411
12373	NC_018722	AGA	2	6	585443	585448	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	408502411
12374	NC_018722	AAT	2	6	585474	585479	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	408502411
12375	NC_018722	A	7	7	585523	585529	100 %	0 %	0 %	0 %	408502411
12376	NC_018722	A	6	6	585543	585548	100 %	0 %	0 %	0 %	408502411
12377	NC_018722	GTAC	2	8	585556	585563	25 %	25 %	25 %	25 %	408502411
12378	NC_018722	TG	3	6	585674	585679	0 %	50 %	50 %	0 %	408502411
12379	NC_018722	CAG	2	6	585687	585692	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	408502411
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12383	NC_018722	CA	3	6	585918	585923	50 %	0 %	0 %	50 %	408502411
12384	NC_018722	CTT	2	6	585966	585971	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	408502411
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12399	NC_018722	ACCGC	2	10	586854	586863	20 %	0 %	20 %	60 %	Non-Coding
12400	NC_018722	ACTC	2	8	586876	586883	25 %	25 %	0 %	50 %	408502412
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12407	NC_018722	CA	3	6	587264	587269	50 %	0 %	0 %	50 %	408502412
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12484	NC_018722	GT	3	6	591230	591235	0 %	50 %	50 %	0 %	408502415
12485	NC_018722	GCA	2	6	591292	591297	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	408502415
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12489	NC_018722	CGTT	2	8	591503	591510	0 %	50 %	25 %	25 %	408502415
12490	NC_018722	CAG	2	6	591517	591522	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	408502415
12491	NC_018722	ACC	2	6	591585	591590	33.33 %	0 %	0 %	66.67 %	408502415
12492	NC_018722	ACGC	2	8	591694	591701	25 %	0 %	25 %	50 %	408502415
12493	NC_018722	TAGT	2	8	591747	591754	25 %	50 %	25 %	0 %	408502415
12494	NC_018722	A	6	6	591780	591785	100 %	0 %	0 %	0 %	408502415
12495	NC_018722	GCA	2	6	591891	591896	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	408502415
12496	NC_018722	GC	3	6	591906	591911	0 %	0 %	50 %	50 %	408502415
12497	NC_018722	CCT	2	6	591943	591948	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	408502415
12498	NC_018722	A	6	6	592031	592036	100 %	0 %	0 %	0 %	408502415
12499	NC_018722	CG	3	6	592093	592098	0 %	0 %	50 %	50 %	408502415
12500	NC_018722	CA	3	6	592165	592170	50 %	0 %	0 %	50 %	408502415

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