MICAS: Microsatellite Analysis Server 3.0

All Repeats of Treponema pallidum subsp. pallidum str. Mexico A chromosome

Total Repeats: 24024

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S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Length	Start	End	A%	T%	G%	C%	Protein ID
11501	NC_018722	TTG	2	6	544147	544152	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	408502377
11502	NC_018722	CTT	2	6	544158	544163	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	408502377
11503	NC_018722	AGCAGG	2	12	544165	544176	33.33 %	0 %	50 %	16.67 %	408502377
11504	NC_018722	CTG	2	6	544186	544191	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	408502377
11505	NC_018722	GTAC	2	8	544208	544215	25 %	25 %	25 %	25 %	408502377
11506	NC_018722	TAT	2	6	544260	544265	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	408502377
11507	NC_018722	GGA	2	6	544271	544276	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	408502377
11508	NC_018722	TG	3	6	544291	544296	0 %	50 %	50 %	0 %	408502377
11509	NC_018722	TG	3	6	544341	544346	0 %	50 %	50 %	0 %	408502377
11510	NC_018722	TGAC	2	8	544372	544379	25 %	25 %	25 %	25 %	408502377
11511	NC_018722	TTC	2	6	544381	544386	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	408502377
11512	NC_018722	CGTG	2	8	544398	544405	0 %	25 %	50 %	25 %	408502377
11513	NC_018722	G	6	6	544446	544451	0 %	0 %	100 %	0 %	408502378
11514	NC_018722	T	6	6	544472	544477	0 %	100 %	0 %	0 %	408502378
11515	NC_018722	TTG	2	6	544483	544488	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	408502378
11516	NC_018722	TAT	2	6	544497	544502	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	408502378
11517	NC_018722	GGCGG	2	10	544615	544624	0 %	0 %	80 %	20 %	408502378
11518	NC_018722	TACGA	2	10	544645	544654	40 %	20 %	20 %	20 %	408502378
11519	NC_018722	GCA	2	6	544656	544661	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	408502378
11520	NC_018722	GCA	2	6	544711	544716	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	408502378
11521	NC_018722	AGG	2	6	544728	544733	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	408502378
11522	NC_018722	TCT	2	6	544762	544767	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	408502378
11523	NC_018722	TGA	2	6	544772	544777	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	408502378
11524	NC_018722	GGCA	2	8	544805	544812	25 %	0 %	50 %	25 %	408502378
11525	NC_018722	TG	3	6	544818	544823	0 %	50 %	50 %	0 %	408502378
11526	NC_018722	GGA	2	6	544911	544916	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	408502378
11527	NC_018722	TTC	2	6	544930	544935	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	408502378
11528	NC_018722	GCT	2	6	545028	545033	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	408502379
11529	NC_018722	A	7	7	545044	545050	100 %	0 %	0 %	0 %	408502379
11530	NC_018722	ATT	2	6	545100	545105	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	408502379
11531	NC_018722	AGGT	2	8	545287	545294	25 %	25 %	50 %	0 %	408502379
11532	NC_018722	ATTG	2	8	545314	545321	25 %	50 %	25 %	0 %	408502379
11533	NC_018722	TGC	2	6	545334	545339	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	408502379
11534	NC_018722	CTA	2	6	545424	545429	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	408502379
11535	NC_018722	TTA	2	6	545474	545479	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	408502379
11536	NC_018722	TGA	2	6	545539	545544	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	408502379
11537	NC_018722	CAG	2	6	545612	545617	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	408502379
11538	NC_018722	AAT	2	6	545629	545634	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	408502379
11539	NC_018722	G	6	6	545665	545670	0 %	0 %	100 %	0 %	408502379
11540	NC_018722	TGG	2	6	545731	545736	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	408502379
11541	NC_018722	CGTT	2	8	545739	545746	0 %	50 %	25 %	25 %	408502379
11542	NC_018722	GT	3	6	545774	545779	0 %	50 %	50 %	0 %	408502379
11543	NC_018722	GAT	2	6	545861	545866	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	408502379
11544	NC_018722	GTCTT	2	10	546024	546033	0 %	60 %	20 %	20 %	408502379
11545	NC_018722	TGA	2	6	546034	546039	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	408502379
11546	NC_018722	CAG	2	6	546062	546067	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	408502379
11547	NC_018722	A	6	6	546078	546083	100 %	0 %	0 %	0 %	408502379
11548	NC_018722	GAA	2	6	546181	546186	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	408502379
11549	NC_018722	TGGTG	2	10	546245	546254	0 %	40 %	60 %	0 %	Non-Coding
11550	NC_018722	ACTTT	2	10	546277	546286	20 %	60 %	0 %	20 %	Non-Coding
11551	NC_018722	GTTT	2	8	546292	546299	0 %	75 %	25 %	0 %	Non-Coding
11552	NC_018722	G	6	6	546395	546400	0 %	0 %	100 %	0 %	408502380
11553	NC_018722	TG	3	6	546478	546483	0 %	50 %	50 %	0 %	408502380
11554	NC_018722	CG	4	8	546505	546512	0 %	0 %	50 %	50 %	408502380
11555	NC_018722	GACA	2	8	546598	546605	50 %	0 %	25 %	25 %	408502380
11556	NC_018722	GAT	2	6	546628	546633	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	408502380
11557	NC_018722	GTT	2	6	546673	546678	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	408502380
11558	NC_018722	TCAG	2	8	546799	546806	25 %	25 %	25 %	25 %	408502380
11559	NC_018722	GC	3	6	546921	546926	0 %	0 %	50 %	50 %	Non-Coding
11560	NC_018722	TGC	2	6	546959	546964	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
11561	NC_018722	TG	3	6	546971	546976	0 %	50 %	50 %	0 %	Non-Coding
11562	NC_018722	GCA	2	6	547012	547017	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
11563	NC_018722	A	6	6	547068	547073	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
11564	NC_018722	CCA	2	6	547150	547155	33.33 %	0 %	0 %	66.67 %	408502381
11565	NC_018722	CTTC	2	8	547174	547181	0 %	50 %	0 %	50 %	408502381
11566	NC_018722	CG	3	6	547267	547272	0 %	0 %	50 %	50 %	408502381
11567	NC_018722	CCG	2	6	547284	547289	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	408502381
11568	NC_018722	CTG	2	6	547316	547321	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	408502381
11569	NC_018722	CA	3	6	547348	547353	50 %	0 %	0 %	50 %	408502381
11570	NC_018722	TAA	2	6	547423	547428	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	408502381
11571	NC_018722	CG	3	6	547607	547612	0 %	0 %	50 %	50 %	408502381
11572	NC_018722	CA	3	6	547735	547740	50 %	0 %	0 %	50 %	408502381
11573	NC_018722	GCT	2	6	547828	547833	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	408502381
11574	NC_018722	ACT	2	6	547836	547841	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	408502381
11575	NC_018722	CGT	2	6	547924	547929	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	408502381
11576	NC_018722	TCA	2	6	547971	547976	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	408502381
11577	NC_018722	ACC	2	6	548004	548009	33.33 %	0 %	0 %	66.67 %	408502381
11578	NC_018722	CA	3	6	548134	548139	50 %	0 %	0 %	50 %	408502381
11579	NC_018722	TCT	2	6	548181	548186	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	408502381
11580	NC_018722	GGA	2	6	548343	548348	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	408502381
11581	NC_018722	TC	3	6	548386	548391	0 %	50 %	0 %	50 %	408502381
11582	NC_018722	AC	3	6	548410	548415	50 %	0 %	0 %	50 %	408502381
11583	NC_018722	ACC	2	6	548583	548588	33.33 %	0 %	0 %	66.67 %	408502381
11584	NC_018722	GCA	2	6	548607	548612	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	408502381
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11586	NC_018722	AC	3	6	548708	548713	50 %	0 %	0 %	50 %	408502381
11587	NC_018722	TGT	2	6	548758	548763	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	408502381
11588	NC_018722	TGC	2	6	548778	548783	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	408502381
11589	NC_018722	CG	4	8	548798	548805	0 %	0 %	50 %	50 %	408502381
11590	NC_018722	GC	3	6	548898	548903	0 %	0 %	50 %	50 %	408502381
11591	NC_018722	TAG	2	6	548905	548910	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	408502381
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11593	NC_018722	T	6	6	549005	549010	0 %	100 %	0 %	0 %	408502382
11594	NC_018722	GTG	2	6	549071	549076	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	408502382
11595	NC_018722	A	6	6	549117	549122	100 %	0 %	0 %	0 %	408502382
11596	NC_018722	GCT	2	6	549139	549144	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	408502382
11597	NC_018722	TAC	2	6	549146	549151	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	408502382
11598	NC_018722	AGGA	2	8	549236	549243	50 %	0 %	50 %	0 %	408502382
11599	NC_018722	GC	3	6	549250	549255	0 %	0 %	50 %	50 %	408502382
11600	NC_018722	TCTG	2	8	549265	549272	0 %	50 %	25 %	25 %	408502382
11601	NC_018722	GTG	2	6	549339	549344	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	408502382
11602	NC_018722	GCTC	2	8	549372	549379	0 %	25 %	25 %	50 %	408502382
11603	NC_018722	ACC	2	6	549381	549386	33.33 %	0 %	0 %	66.67 %	408502382
11604	NC_018722	CGC	2	6	549579	549584	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	408502383
11605	NC_018722	GCAG	2	8	549601	549608	25 %	0 %	50 %	25 %	408502383
11606	NC_018722	GGT	2	6	549628	549633	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	408502383
11607	NC_018722	GT	3	6	549636	549641	0 %	50 %	50 %	0 %	408502383
11608	NC_018722	CCT	2	6	549690	549695	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	408502383
11609	NC_018722	CGTG	2	8	549708	549715	0 %	25 %	50 %	25 %	408502383
11610	NC_018722	TTC	2	6	549733	549738	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	408502383
11611	NC_018722	GTT	2	6	549745	549750	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	408502383
11612	NC_018722	GC	3	6	549882	549887	0 %	0 %	50 %	50 %	408502383
11613	NC_018722	ACG	2	6	549935	549940	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	408502383
11614	NC_018722	ATTC	2	8	549970	549977	25 %	50 %	0 %	25 %	408502383
11615	NC_018722	TGC	2	6	550050	550055	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	408502383
11616	NC_018722	GCT	2	6	550156	550161	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	408502383
11617	NC_018722	TGA	2	6	550182	550187	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	408502383
11618	NC_018722	CGCT	2	8	550200	550207	0 %	25 %	25 %	50 %	408502383
11619	NC_018722	GGA	2	6	550266	550271	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	408502383
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11621	NC_018722	GAA	2	6	550333	550338	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	408502383
11622	NC_018722	TG	3	6	550379	550384	0 %	50 %	50 %	0 %	408502383
11623	NC_018722	AAG	2	6	550426	550431	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	408502383
11624	NC_018722	GCA	2	6	550495	550500	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	408502383
11625	NC_018722	GACG	2	8	550537	550544	25 %	0 %	50 %	25 %	408502383
11626	NC_018722	GC	3	6	550596	550601	0 %	0 %	50 %	50 %	408502383
11627	NC_018722	GGC	2	6	550610	550615	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	408502383
11628	NC_018722	TGT	2	6	550632	550637	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	408502383
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11631	NC_018722	TCGC	2	8	550687	550694	0 %	25 %	25 %	50 %	408502383
11632	NC_018722	GCG	2	6	550774	550779	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	408502383
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11634	NC_018722	A	7	7	550860	550866	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
11635	NC_018722	CTA	2	6	550874	550879	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
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11644	NC_018722	TGCG	2	8	551277	551284	0 %	25 %	50 %	25 %	408502384
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11663	NC_018722	GGA	2	6	552278	552283	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	408502384
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11665	NC_018722	CTG	2	6	552413	552418	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	408502385
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11729	NC_018722	CTTAC	2	10	555699	555708	20 %	40 %	0 %	40 %	408502386
11730	NC_018722	AAGC	2	8	555783	555790	50 %	0 %	25 %	25 %	408502386
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11734	NC_018722	TTCA	2	8	555999	556006	25 %	50 %	0 %	25 %	408502386
11735	NC_018722	GAC	2	6	556007	556012	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	408502386
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11737	NC_018722	AGG	3	9	556081	556089	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	408502386
11738	NC_018722	CTTT	2	8	556156	556163	0 %	75 %	0 %	25 %	408502386
11739	NC_018722	CTAT	2	8	556252	556259	25 %	50 %	0 %	25 %	408502386
11740	NC_018722	ACC	2	6	556263	556268	33.33 %	0 %	0 %	66.67 %	408502386
11741	NC_018722	CTAT	2	8	556292	556299	25 %	50 %	0 %	25 %	408502386
11742	NC_018722	TTA	2	6	556322	556327	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	408502386
11743	NC_018722	TGTA	2	8	556363	556370	25 %	50 %	25 %	0 %	408502386
11744	NC_018722	ATGTGC	2	12	556372	556383	16.67 %	33.33 %	33.33 %	16.67 %	408502386
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11991	NC_018722	CGG	2	6	567920	567925	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	408502394
11992	NC_018722	CAG	2	6	567932	567937	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	408502394
11993	NC_018722	GAT	2	6	567938	567943	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	408502394
11994	NC_018722	TCA	2	6	568029	568034	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	408502394
11995	NC_018722	CTTT	2	8	568048	568055	0 %	75 %	0 %	25 %	408502394
11996	NC_018722	TCC	2	6	568065	568070	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	408502394
11997	NC_018722	AG	3	6	568094	568099	50 %	0 %	50 %	0 %	408502394
11998	NC_018722	GGT	2	6	568262	568267	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	408502394
11999	NC_018722	TAA	2	6	568376	568381	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	408502394
12000	NC_018722	TCTTTT	2	12	568383	568394	0 %	83.33 %	0 %	16.67 %	408502394

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