MICAS: Microsatellite Analysis Server 3.0

All Repeats of Treponema pallidum subsp. pallidum str. Chicago chromosome

Total Repeats: 23978

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S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Length	Start	End	A%	T%	G%	C%	Protein ID
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21002	NC_017268	ACT	2	6	996120	996125	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	384422408
21003	NC_017268	TTG	2	6	996178	996183	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	384422408
21004	NC_017268	G	6	6	996232	996237	0 %	0 %	100 %	0 %	384422408
21005	NC_017268	CAGT	2	8	996246	996253	25 %	25 %	25 %	25 %	384422408
21006	NC_017268	TTA	2	6	996263	996268	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	384422408
21007	NC_017268	GGC	2	6	996352	996357	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	384422408
21008	NC_017268	CAA	2	6	996368	996373	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	384422408
21009	NC_017268	TGA	2	6	996440	996445	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	384422408
21010	NC_017268	GTA	2	6	996451	996456	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	384422408
21011	NC_017268	TCCT	2	8	996479	996486	0 %	50 %	0 %	50 %	384422408
21012	NC_017268	CAT	2	6	996519	996524	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	384422408
21013	NC_017268	CAC	2	6	996540	996545	33.33 %	0 %	0 %	66.67 %	384422408
21014	NC_017268	TAC	2	6	996555	996560	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	384422408
21015	NC_017268	GC	3	6	996586	996591	0 %	0 %	50 %	50 %	384422408
21016	NC_017268	GTA	2	6	996592	996597	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	384422408
21017	NC_017268	AAC	2	6	996648	996653	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
21018	NC_017268	GCC	2	6	996666	996671	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	Non-Coding
21019	NC_017268	CGG	2	6	996678	996683	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	Non-Coding
21020	NC_017268	CCAG	2	8	996693	996700	25 %	0 %	25 %	50 %	Non-Coding
21021	NC_017268	CGC	2	6	996744	996749	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	Non-Coding
21022	NC_017268	GCAC	2	8	996770	996777	25 %	0 %	25 %	50 %	384422409
21023	NC_017268	GTC	2	6	996815	996820	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	384422409
21024	NC_017268	TAT	2	6	996894	996899	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	384422409
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21027	NC_017268	GCA	2	6	997065	997070	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	384422409
21028	NC_017268	GCC	2	6	997071	997076	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	384422409
21029	NC_017268	ACG	2	6	997188	997193	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	384422409
21030	NC_017268	TGC	2	6	997236	997241	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	384422409
21031	NC_017268	GC	4	8	997282	997289	0 %	0 %	50 %	50 %	384422409
21032	NC_017268	GCG	2	6	997311	997316	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	384422409
21033	NC_017268	TGA	2	6	997390	997395	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	384422409
21034	NC_017268	GAAA	2	8	997416	997423	75 %	0 %	25 %	0 %	Non-Coding
21035	NC_017268	TTC	2	6	997436	997441	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	384422410
21036	NC_017268	CTT	2	6	997494	997499	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	384422410
21037	NC_017268	GTC	2	6	997564	997569	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	384422410
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21040	NC_017268	TG	3	6	997910	997915	0 %	50 %	50 %	0 %	Non-Coding
21041	NC_017268	GC	3	6	997984	997989	0 %	0 %	50 %	50 %	384422412
21042	NC_017268	CAAAG	2	10	998007	998016	60 %	0 %	20 %	20 %	384422412
21043	NC_017268	CCT	2	6	998038	998043	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	384422412
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21046	NC_017268	TCT	2	6	998089	998094	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	384422412
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21048	NC_017268	GC	3	6	998242	998247	0 %	0 %	50 %	50 %	384422412
21049	NC_017268	AGGCG	2	10	998277	998286	20 %	0 %	60 %	20 %	384422412
21050	NC_017268	GCCT	2	8	998346	998353	0 %	25 %	25 %	50 %	384422412
21051	NC_017268	CGAG	2	8	998406	998413	25 %	0 %	50 %	25 %	384422412
21052	NC_017268	CTT	2	6	998473	998478	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	384422412
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21054	NC_017268	C	6	6	998525	998530	0 %	0 %	0 %	100 %	384422412
21055	NC_017268	GAT	2	6	998623	998628	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	384422412
21056	NC_017268	GTTT	2	8	998677	998684	0 %	75 %	25 %	0 %	384422412
21057	NC_017268	TGC	2	6	998685	998690	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	384422412
21058	NC_017268	GC	3	6	998781	998786	0 %	0 %	50 %	50 %	384422412
21059	NC_017268	GC	3	6	998813	998818	0 %	0 %	50 %	50 %	384422412
21060	NC_017268	A	6	6	998881	998886	100 %	0 %	0 %	0 %	384422412
21061	NC_017268	TCT	2	6	998922	998927	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	384422412
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21065	NC_017268	CAA	2	6	999049	999054	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	384422412
21066	NC_017268	CCT	2	6	999078	999083	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	384422412
21067	NC_017268	CA	3	6	999087	999092	50 %	0 %	0 %	50 %	384422412
21068	NC_017268	TTTC	2	8	999118	999125	0 %	75 %	0 %	25 %	384422412
21069	NC_017268	CTTGCA	2	12	999142	999153	16.67 %	33.33 %	16.67 %	33.33 %	384422412
21070	NC_017268	GCT	3	9	999172	999180	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	384422412
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21072	NC_017268	AGCA	2	8	999269	999276	50 %	0 %	25 %	25 %	384422412
21073	NC_017268	GCG	2	6	999295	999300	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	384422412
21074	NC_017268	T	7	7	999305	999311	0 %	100 %	0 %	0 %	384422412
21075	NC_017268	TAT	2	6	999409	999414	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	384422412
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21077	NC_017268	GA	3	6	999513	999518	50 %	0 %	50 %	0 %	384422412
21078	NC_017268	GCAC	2	8	999527	999534	25 %	0 %	25 %	50 %	384422412
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21081	NC_017268	CAG	2	6	999554	999559	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	384422412
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21083	NC_017268	T	7	7	999650	999656	0 %	100 %	0 %	0 %	384422412
21084	NC_017268	GC	4	8	999685	999692	0 %	0 %	50 %	50 %	384422412
21085	NC_017268	GGCT	2	8	999715	999722	0 %	25 %	50 %	25 %	384422412
21086	NC_017268	TG	3	6	999731	999736	0 %	50 %	50 %	0 %	384422412
21087	NC_017268	CG	4	8	999790	999797	0 %	0 %	50 %	50 %	384422412
21088	NC_017268	TA	3	6	999835	999840	50 %	50 %	0 %	0 %	384422412
21089	NC_017268	CAGCGC	2	12	999847	999858	16.67 %	0 %	33.33 %	50 %	384422412
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21091	NC_017268	CGG	2	6	999914	999919	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	384422412
21092	NC_017268	TCT	2	6	999948	999953	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	384422412
21093	NC_017268	GAG	2	6	1000021	1000026	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	384422412
21094	NC_017268	TGC	2	6	1000164	1000169	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	384422412
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21096	NC_017268	CG	3	6	1000345	1000350	0 %	0 %	50 %	50 %	384422412
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21101	NC_017268	ACC	2	6	1000572	1000577	33.33 %	0 %	0 %	66.67 %	384422413
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21103	NC_017268	A	7	7	1000705	1000711	100 %	0 %	0 %	0 %	384422413
21104	NC_017268	A	6	6	1000763	1000768	100 %	0 %	0 %	0 %	384422413
21105	NC_017268	TTA	2	6	1000822	1000827	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	384422413
21106	NC_017268	A	6	6	1000926	1000931	100 %	0 %	0 %	0 %	384422413
21107	NC_017268	AGC	2	6	1000936	1000941	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	384422413
21108	NC_017268	CCA	2	6	1001012	1001017	33.33 %	0 %	0 %	66.67 %	384422413
21109	NC_017268	A	7	7	1001017	1001023	100 %	0 %	0 %	0 %	384422413
21110	NC_017268	CGATG	2	10	1001036	1001045	20 %	20 %	40 %	20 %	384422413
21111	NC_017268	ATT	2	6	1001062	1001067	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	384422413
21112	NC_017268	ACG	2	6	1001068	1001073	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	384422413
21113	NC_017268	CATCA	2	10	1001112	1001121	40 %	20 %	0 %	40 %	384422413
21114	NC_017268	GCA	2	6	1001158	1001163	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	384422413
21115	NC_017268	GTG	2	6	1001181	1001186	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	384422413
21116	NC_017268	CTT	2	6	1001383	1001388	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	384422413
21117	NC_017268	ATGCG	2	10	1001407	1001416	20 %	20 %	40 %	20 %	384422413
21118	NC_017268	GCG	2	6	1001430	1001435	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	384422413
21119	NC_017268	GC	3	6	1001537	1001542	0 %	0 %	50 %	50 %	384422413
21120	NC_017268	CG	3	6	1001543	1001548	0 %	0 %	50 %	50 %	384422413
21121	NC_017268	A	7	7	1001649	1001655	100 %	0 %	0 %	0 %	384422413
21122	NC_017268	TC	3	6	1001719	1001724	0 %	50 %	0 %	50 %	384422413
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21231	NC_017268	AGGT	2	8	1006329	1006336	25 %	25 %	50 %	0 %	Non-Coding
21232	NC_017268	CAT	2	6	1006354	1006359	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
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21236	NC_017268	CG	3	6	1006537	1006542	0 %	0 %	50 %	50 %	Non-Coding
21237	NC_017268	TTC	2	6	1006562	1006567	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
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21240	NC_017268	GC	3	6	1006768	1006773	0 %	0 %	50 %	50 %	Non-Coding
21241	NC_017268	CTG	2	6	1006839	1006844	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
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21368	NC_017268	CGA	2	6	1013232	1013237	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	384422420
21369	NC_017268	TCT	2	6	1013271	1013276	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	384422420
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21471	NC_017268	A	6	6	1018433	1018438	100 %	0 %	0 %	0 %	384422423
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21474	NC_017268	A	7	7	1018561	1018567	100 %	0 %	0 %	0 %	384422423
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21479	NC_017268	GC	3	6	1018659	1018664	0 %	0 %	50 %	50 %	Non-Coding
21480	NC_017268	CTC	2	6	1018864	1018869	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	384422424
21481	NC_017268	T	6	6	1018888	1018893	0 %	100 %	0 %	0 %	384422424
21482	NC_017268	G	6	6	1018910	1018915	0 %	0 %	100 %	0 %	384422424
21483	NC_017268	CCCT	2	8	1018944	1018951	0 %	25 %	0 %	75 %	384422424
21484	NC_017268	CGAT	2	8	1019008	1019015	25 %	25 %	25 %	25 %	384422424
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21486	NC_017268	CGT	2	6	1019145	1019150	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	384422424
21487	NC_017268	CATC	2	8	1019190	1019197	25 %	25 %	0 %	50 %	384422424
21488	NC_017268	AACGC	2	10	1019274	1019283	40 %	0 %	20 %	40 %	384422424
21489	NC_017268	TCA	2	6	1019293	1019298	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	384422424
21490	NC_017268	TTA	2	6	1019393	1019398	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	384422424
21491	NC_017268	GCT	2	6	1019417	1019422	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	384422424
21492	NC_017268	GCC	2	6	1019483	1019488	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	384422424
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21494	NC_017268	TGC	2	6	1019665	1019670	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	384422424
21495	NC_017268	ATC	2	6	1019674	1019679	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	384422424
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21499	NC_017268	GCGCGT	2	12	1019806	1019817	0 %	16.67 %	50 %	33.33 %	384422424
21500	NC_017268	A	6	6	1019849	1019854	100 %	0 %	0 %	0 %	384422424

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