MICAS: Microsatellite Analysis Server 3.0

All Repeats of Treponema pallidum subsp. pallidum str. Chicago chromosome

Total Repeats: 23978

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S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Length	Start	End	A%	T%	G%	C%	Protein ID
18501	NC_017268	AC	3	6	876958	876963	50 %	0 %	0 %	50 %	Non-Coding
18502	NC_017268	ACC	2	6	877108	877113	33.33 %	0 %	0 %	66.67 %	384422296
18503	NC_017268	GCA	2	6	877146	877151	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	384422296
18504	NC_017268	CG	3	6	877297	877302	0 %	0 %	50 %	50 %	384422296
18505	NC_017268	CTT	2	6	877309	877314	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	384422296
18506	NC_017268	ACA	2	6	877408	877413	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	384422296
18507	NC_017268	TCA	2	6	877437	877442	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	384422296
18508	NC_017268	TTC	2	6	877494	877499	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	384422296
18509	NC_017268	GT	3	6	877501	877506	0 %	50 %	50 %	0 %	384422296
18510	NC_017268	TGC	2	6	877532	877537	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	384422296
18511	NC_017268	TGC	2	6	877577	877582	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	384422296
18512	NC_017268	ATA	2	6	877604	877609	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	384422296
18513	NC_017268	CGC	2	6	877640	877645	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	384422296
18514	NC_017268	T	6	6	877648	877653	0 %	100 %	0 %	0 %	384422296
18515	NC_017268	CCG	2	6	877678	877683	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	384422296
18516	NC_017268	CG	3	6	877682	877687	0 %	0 %	50 %	50 %	384422296
18517	NC_017268	CCT	2	6	877705	877710	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	384422296
18518	NC_017268	AGC	2	6	877790	877795	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	384422296
18519	NC_017268	CG	3	6	877809	877814	0 %	0 %	50 %	50 %	384422296
18520	NC_017268	AGC	2	6	877859	877864	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	384422296
18521	NC_017268	GC	3	6	877863	877868	0 %	0 %	50 %	50 %	384422296
18522	NC_017268	AGG	2	6	877936	877941	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	384422296
18523	NC_017268	GAGC	2	8	877955	877962	25 %	0 %	50 %	25 %	384422296
18524	NC_017268	GCA	2	6	877968	877973	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	384422296
18525	NC_017268	GC	3	6	878035	878040	0 %	0 %	50 %	50 %	384422296
18526	NC_017268	GC	4	8	878070	878077	0 %	0 %	50 %	50 %	384422296
18527	NC_017268	ACGT	2	8	878235	878242	25 %	25 %	25 %	25 %	384422296
18528	NC_017268	CGCT	2	8	878255	878262	0 %	25 %	25 %	50 %	384422296
18529	NC_017268	CT	3	6	878453	878458	0 %	50 %	0 %	50 %	384422296
18530	NC_017268	CA	3	6	878489	878494	50 %	0 %	0 %	50 %	384422296
18531	NC_017268	AAG	2	6	878518	878523	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
18532	NC_017268	CA	3	6	878524	878529	50 %	0 %	0 %	50 %	Non-Coding
18533	NC_017268	GAA	2	6	878552	878557	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
18534	NC_017268	TG	3	6	878576	878581	0 %	50 %	50 %	0 %	384422297
18535	NC_017268	GCAC	2	8	878665	878672	25 %	0 %	25 %	50 %	384422297
18536	NC_017268	TTG	2	6	878717	878722	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	384422297
18537	NC_017268	GT	4	8	878759	878766	0 %	50 %	50 %	0 %	384422297
18538	NC_017268	TGA	2	6	878808	878813	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	384422297
18539	NC_017268	AGG	2	6	878871	878876	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	Non-Coding
18540	NC_017268	GTT	2	6	878892	878897	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	384422298
18541	NC_017268	GGA	2	6	878937	878942	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	384422298
18542	NC_017268	TCC	2	6	878962	878967	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	384422298
18543	NC_017268	GAG	2	6	878972	878977	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	384422298
18544	NC_017268	CGA	2	6	879051	879056	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	384422298
18545	NC_017268	TCA	2	6	879098	879103	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	384422298
18546	NC_017268	T	6	6	879139	879144	0 %	100 %	0 %	0 %	384422299
18547	NC_017268	TC	3	6	879183	879188	0 %	50 %	0 %	50 %	384422299
18548	NC_017268	GCC	2	6	879348	879353	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	384422299
18549	NC_017268	GAG	2	6	879492	879497	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	384422299
18550	NC_017268	AGG	2	6	879503	879508	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	384422299
18551	NC_017268	A	6	6	879516	879521	100 %	0 %	0 %	0 %	384422299
18552	NC_017268	T	7	7	879562	879568	0 %	100 %	0 %	0 %	384422299
18553	NC_017268	GGC	2	6	879584	879589	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	384422299
18554	NC_017268	GA	3	6	879637	879642	50 %	0 %	50 %	0 %	384422299
18555	NC_017268	GTA	2	6	879700	879705	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	384422299
18556	NC_017268	GTC	2	6	879720	879725	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	384422299
18557	NC_017268	A	7	7	879813	879819	100 %	0 %	0 %	0 %	384422299
18558	NC_017268	TGC	2	6	879888	879893	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
18559	NC_017268	CCGC	2	8	879928	879935	0 %	0 %	25 %	75 %	384422300
18560	NC_017268	AGG	2	6	879953	879958	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	384422300
18561	NC_017268	GC	3	6	879962	879967	0 %	0 %	50 %	50 %	384422300
18562	NC_017268	ATCT	3	12	880089	880100	25 %	50 %	0 %	25 %	384422300
18563	NC_017268	CTG	2	6	880116	880121	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	384422300
18564	NC_017268	TG	3	6	880120	880125	0 %	50 %	50 %	0 %	384422300
18565	NC_017268	AGA	2	6	880151	880156	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	384422300
18566	NC_017268	CCTA	2	8	880197	880204	25 %	25 %	0 %	50 %	384422300
18567	NC_017268	GCG	2	6	880217	880222	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	384422300
18568	NC_017268	GCT	2	6	880285	880290	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	384422300
18569	NC_017268	TCAAT	2	10	880322	880331	40 %	40 %	0 %	20 %	384422300
18570	NC_017268	ACC	2	6	880374	880379	33.33 %	0 %	0 %	66.67 %	384422300
18571	NC_017268	GCG	2	6	880407	880412	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	384422300
18572	NC_017268	TGA	2	6	880439	880444	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	384422300
18573	NC_017268	GC	3	6	880462	880467	0 %	0 %	50 %	50 %	384422300
18574	NC_017268	GAG	2	6	880525	880530	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	384422300
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18576	NC_017268	TGC	2	6	880616	880621	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	384422300
18577	NC_017268	TGCA	2	8	880626	880633	25 %	25 %	25 %	25 %	384422300
18578	NC_017268	CG	3	6	880640	880645	0 %	0 %	50 %	50 %	384422300
18579	NC_017268	CAA	2	6	880716	880721	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	384422300
18580	NC_017268	ATCGC	2	10	880846	880855	20 %	20 %	20 %	40 %	Non-Coding
18581	NC_017268	GCG	2	6	880861	880866	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	Non-Coding
18582	NC_017268	AC	3	6	880943	880948	50 %	0 %	0 %	50 %	384422301
18583	NC_017268	GTA	2	6	880961	880966	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	384422301
18584	NC_017268	TGC	2	6	881144	881149	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
18585	NC_017268	GC	3	6	881215	881220	0 %	0 %	50 %	50 %	Non-Coding
18586	NC_017268	GCT	2	6	881438	881443	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
18587	NC_017268	ACGG	2	8	881540	881547	25 %	0 %	50 %	25 %	Non-Coding
18588	NC_017268	GAA	2	6	881581	881586	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
18589	NC_017268	GTG	2	6	881618	881623	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	Non-Coding
18590	NC_017268	CTC	2	6	881649	881654	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	Non-Coding
18591	NC_017268	CG	3	6	881695	881700	0 %	0 %	50 %	50 %	Non-Coding
18592	NC_017268	ACGC	2	8	881725	881732	25 %	0 %	25 %	50 %	Non-Coding
18593	NC_017268	T	6	6	881742	881747	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
18594	NC_017268	CTC	2	6	881750	881755	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	Non-Coding
18595	NC_017268	GT	3	6	881780	881785	0 %	50 %	50 %	0 %	Non-Coding
18596	NC_017268	T	8	8	881799	881806	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
18597	NC_017268	GCA	2	6	881861	881866	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
18598	NC_017268	AGC	2	6	881926	881931	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
18599	NC_017268	CGC	2	6	881940	881945	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	Non-Coding
18600	NC_017268	GGA	2	6	881976	881981	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	Non-Coding
18601	NC_017268	AC	3	6	882023	882028	50 %	0 %	0 %	50 %	Non-Coding
18602	NC_017268	AAAGAC	2	12	882123	882134	66.67 %	0 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
18603	NC_017268	GGCT	2	8	882300	882307	0 %	25 %	50 %	25 %	Non-Coding
18604	NC_017268	TCC	2	6	882349	882354	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	Non-Coding
18605	NC_017268	GCA	2	6	882358	882363	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
18606	NC_017268	GC	3	6	882387	882392	0 %	0 %	50 %	50 %	Non-Coding
18607	NC_017268	TTGT	2	8	882418	882425	0 %	75 %	25 %	0 %	Non-Coding
18608	NC_017268	CGTG	2	8	882442	882449	0 %	25 %	50 %	25 %	Non-Coding
18609	NC_017268	GCAC	2	8	882452	882459	25 %	0 %	25 %	50 %	Non-Coding
18610	NC_017268	CGAA	2	8	882518	882525	50 %	0 %	25 %	25 %	Non-Coding
18611	NC_017268	A	6	6	882610	882615	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
18612	NC_017268	AC	3	6	882646	882651	50 %	0 %	0 %	50 %	Non-Coding
18613	NC_017268	A	7	7	882726	882732	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
18614	NC_017268	TTC	2	6	882749	882754	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
18615	NC_017268	TAT	2	6	882815	882820	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
18616	NC_017268	TGCG	2	8	882863	882870	0 %	25 %	50 %	25 %	Non-Coding
18617	NC_017268	CTC	2	6	883004	883009	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	Non-Coding
18618	NC_017268	AAC	2	6	883092	883097	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
18619	NC_017268	CACAC	2	10	883147	883156	40 %	0 %	0 %	60 %	Non-Coding
18620	NC_017268	GC	3	6	883176	883181	0 %	0 %	50 %	50 %	Non-Coding
18621	NC_017268	CAG	2	6	883234	883239	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
18622	NC_017268	CG	3	6	883248	883253	0 %	0 %	50 %	50 %	Non-Coding
18623	NC_017268	TGCTCC	2	12	883260	883271	0 %	33.33 %	16.67 %	50 %	Non-Coding
18624	NC_017268	AG	4	8	883275	883282	50 %	0 %	50 %	0 %	Non-Coding
18625	NC_017268	AC	3	6	883307	883312	50 %	0 %	0 %	50 %	Non-Coding
18626	NC_017268	CCT	2	6	883375	883380	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	Non-Coding
18627	NC_017268	TGCG	2	8	883605	883612	0 %	25 %	50 %	25 %	Non-Coding
18628	NC_017268	CA	3	6	883618	883623	50 %	0 %	0 %	50 %	Non-Coding
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18999	NC_017268	AAC	2	6	901990	901995	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	384422324
19000	NC_017268	GC	3	6	901999	902004	0 %	0 %	50 %	50 %	384422324

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