MICAS: Microsatellite Analysis Server 3.0

All Repeats of Treponema pallidum subsp. pertenue str. SamoaD chromosome

Total Repeats: 23976

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S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Length	Start	End	A%	T%	G%	C%	Protein ID
23001	NC_016842	CT	4	8	1091256	1091263	0 %	50 %	0 %	50 %	378973525
23002	NC_016842	CGTG	2	8	1091278	1091285	0 %	25 %	50 %	25 %	378973525
23003	NC_016842	T	6	6	1091370	1091375	0 %	100 %	0 %	0 %	378973525
23004	NC_016842	AGC	2	6	1091394	1091399	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	378973525
23005	NC_016842	CAG	2	6	1091530	1091535	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	378973525
23006	NC_016842	TCA	2	6	1091541	1091546	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	378973525
23007	NC_016842	GGAC	2	8	1091733	1091740	25 %	0 %	50 %	25 %	378973525
23008	NC_016842	ACC	2	6	1091841	1091846	33.33 %	0 %	0 %	66.67 %	378973525
23009	NC_016842	TGC	2	6	1091847	1091852	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	378973525
23010	NC_016842	ACA	2	6	1092015	1092020	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	378973525
23011	NC_016842	CG	3	6	1092037	1092042	0 %	0 %	50 %	50 %	378973525
23012	NC_016842	AGA	2	6	1092161	1092166	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	378973525
23013	NC_016842	GCC	2	6	1092170	1092175	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	378973525
23014	NC_016842	AGC	2	6	1092180	1092185	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	378973525
23015	NC_016842	CAA	2	6	1092191	1092196	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	378973525
23016	NC_016842	GAC	2	6	1092230	1092235	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	378973525
23017	NC_016842	GAC	2	6	1092329	1092334	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	378973526
23018	NC_016842	CAA	3	9	1092389	1092397	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	378973526
23019	NC_016842	CTG	2	6	1092411	1092416	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	378973526
23020	NC_016842	TAA	2	6	1092422	1092427	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	378973526
23021	NC_016842	T	7	7	1092432	1092438	0 %	100 %	0 %	0 %	378973526
23022	NC_016842	CAC	2	6	1092483	1092488	33.33 %	0 %	0 %	66.67 %	378973526
23023	NC_016842	AC	3	6	1092542	1092547	50 %	0 %	0 %	50 %	378973526
23024	NC_016842	TGT	2	6	1092555	1092560	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	378973526
23025	NC_016842	ACC	2	6	1092577	1092582	33.33 %	0 %	0 %	66.67 %	378973526
23026	NC_016842	CGCAG	2	10	1092673	1092682	20 %	0 %	40 %	40 %	378973526
23027	NC_016842	AG	3	6	1092701	1092706	50 %	0 %	50 %	0 %	378973526
23028	NC_016842	GC	3	6	1092710	1092715	0 %	0 %	50 %	50 %	378973526
23029	NC_016842	AAGA	2	8	1092729	1092736	75 %	0 %	25 %	0 %	378973526
23030	NC_016842	CCCT	2	8	1092789	1092796	0 %	25 %	0 %	75 %	378973526
23031	NC_016842	CCA	2	6	1092821	1092826	33.33 %	0 %	0 %	66.67 %	378973526
23032	NC_016842	CGCA	2	8	1093023	1093030	25 %	0 %	25 %	50 %	378973526
23033	NC_016842	CA	3	6	1093059	1093064	50 %	0 %	0 %	50 %	378973526
23034	NC_016842	TCC	2	6	1093083	1093088	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	Non-Coding
23035	NC_016842	AAG	2	6	1093125	1093130	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
23036	NC_016842	GCA	2	6	1093141	1093146	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
23037	NC_016842	GTC	2	6	1093211	1093216	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	378973527
23038	NC_016842	CTG	2	6	1093241	1093246	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	378973527
23039	NC_016842	GCA	2	6	1093248	1093253	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	378973527
23040	NC_016842	TGG	2	6	1093285	1093290	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	378973527
23041	NC_016842	GC	3	6	1093313	1093318	0 %	0 %	50 %	50 %	378973527
23042	NC_016842	TCC	2	6	1093321	1093326	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	378973527
23043	NC_016842	AC	3	6	1093333	1093338	50 %	0 %	0 %	50 %	378973527
23044	NC_016842	CATG	2	8	1093354	1093361	25 %	25 %	25 %	25 %	378973527
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23047	NC_016842	TGC	2	6	1093402	1093407	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	378973527
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23052	NC_016842	TCG	2	6	1093495	1093500	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	378973527
23053	NC_016842	A	6	6	1093506	1093511	100 %	0 %	0 %	0 %	378973527
23054	NC_016842	TCC	2	6	1093581	1093586	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	378973527
23055	NC_016842	TTC	2	6	1093649	1093654	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	378973527
23056	NC_016842	TGCT	2	8	1093668	1093675	0 %	50 %	25 %	25 %	378973527
23057	NC_016842	CT	3	6	1093674	1093679	0 %	50 %	0 %	50 %	378973527
23058	NC_016842	TGTGC	2	10	1093738	1093747	0 %	40 %	40 %	20 %	378973527
23059	NC_016842	TTA	2	6	1093761	1093766	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	378973527
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23061	NC_016842	CA	3	6	1093816	1093821	50 %	0 %	0 %	50 %	378973527
23062	NC_016842	CTG	2	6	1093832	1093837	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	378973527
23063	NC_016842	ATAG	2	8	1093868	1093875	50 %	25 %	25 %	0 %	378973527
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23065	NC_016842	A	6	6	1093887	1093892	100 %	0 %	0 %	0 %	378973527
23066	NC_016842	CTA	2	6	1093963	1093968	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	378973527
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23068	NC_016842	TAC	2	6	1094066	1094071	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	378973527
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23072	NC_016842	AGT	2	6	1094220	1094225	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	378973527
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23075	NC_016842	T	6	6	1094384	1094389	0 %	100 %	0 %	0 %	378973528
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23084	NC_016842	GCA	2	6	1094679	1094684	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	378973528
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23086	NC_016842	CG	3	6	1094723	1094728	0 %	0 %	50 %	50 %	378973528
23087	NC_016842	ACT	2	6	1094827	1094832	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	378973528
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23089	NC_016842	TCCCC	2	10	1094958	1094967	0 %	20 %	0 %	80 %	378973529
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23091	NC_016842	AC	3	6	1094994	1094999	50 %	0 %	0 %	50 %	378973529
23092	NC_016842	CAC	2	6	1095001	1095006	33.33 %	0 %	0 %	66.67 %	378973529
23093	NC_016842	CA	3	6	1095016	1095021	50 %	0 %	0 %	50 %	378973529
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23100	NC_016842	GAA	2	6	1095317	1095322	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	378973529
23101	NC_016842	CG	3	6	1095352	1095357	0 %	0 %	50 %	50 %	378973529
23102	NC_016842	ACGC	2	8	1095384	1095391	25 %	0 %	25 %	50 %	378973529
23103	NC_016842	GAC	2	6	1095439	1095444	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	378973529
23104	NC_016842	AC	3	6	1095481	1095486	50 %	0 %	0 %	50 %	378973529
23105	NC_016842	CTG	2	6	1095514	1095519	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	378973529
23106	NC_016842	CTT	2	6	1095543	1095548	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	378973529
23107	NC_016842	ACTC	2	8	1095561	1095568	25 %	25 %	0 %	50 %	378973529
23108	NC_016842	GGC	2	6	1095853	1095858	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	378973529
23109	NC_016842	GCA	2	6	1095874	1095879	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	378973529
23110	NC_016842	TGC	2	6	1095892	1095897	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	378973529
23111	NC_016842	GTC	2	6	1095904	1095909	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	378973529
23112	NC_016842	T	8	8	1095925	1095932	0 %	100 %	0 %	0 %	378973529
23113	NC_016842	ATCTGC	2	12	1096058	1096069	16.67 %	33.33 %	16.67 %	33.33 %	378973529
23114	NC_016842	TTG	2	6	1096129	1096134	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	378973529
23115	NC_016842	GTT	2	6	1096175	1096180	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	378973529
23116	NC_016842	CGG	2	6	1096201	1096206	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	378973529
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23118	NC_016842	ATA	2	6	1096271	1096276	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	378973529
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23226	NC_016842	CAGT	2	8	1101733	1101740	25 %	25 %	25 %	25 %	378973532
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23231	NC_016842	TTTC	2	8	1101865	1101872	0 %	75 %	0 %	25 %	378973532
23232	NC_016842	T	6	6	1101933	1101938	0 %	100 %	0 %	0 %	378973532
23233	NC_016842	CTTCA	2	10	1101968	1101977	20 %	40 %	0 %	40 %	378973532
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23237	NC_016842	TGA	2	6	1102210	1102215	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	378973532
23238	NC_016842	AT	3	6	1102221	1102226	50 %	50 %	0 %	0 %	378973532
23239	NC_016842	TCCG	2	8	1102230	1102237	0 %	25 %	25 %	50 %	Non-Coding
23240	NC_016842	CG	3	6	1102325	1102330	0 %	0 %	50 %	50 %	Non-Coding
23241	NC_016842	GAA	2	6	1102331	1102336	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
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23350	NC_016842	CG	3	6	1107868	1107873	0 %	0 %	50 %	50 %	378973538
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23353	NC_016842	ACCC	2	8	1108008	1108015	25 %	0 %	0 %	75 %	378973538
23354	NC_016842	ACT	2	6	1108018	1108023	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	378973538
23355	NC_016842	AG	3	6	1108032	1108037	50 %	0 %	50 %	0 %	378973538
23356	NC_016842	TAC	2	6	1108049	1108054	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	378973538
23357	NC_016842	GTC	2	6	1108102	1108107	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	378973539
23358	NC_016842	ACG	3	9	1108148	1108156	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	378973539
23359	NC_016842	G	6	6	1108156	1108161	0 %	0 %	100 %	0 %	378973539
23360	NC_016842	CA	3	6	1108261	1108266	50 %	0 %	0 %	50 %	378973539
23361	NC_016842	AGG	2	6	1108339	1108344	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	378973539
23362	NC_016842	CGC	2	6	1108396	1108401	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	378973539
23363	NC_016842	AG	3	6	1108413	1108418	50 %	0 %	50 %	0 %	378973539
23364	NC_016842	GC	3	6	1108439	1108444	0 %	0 %	50 %	50 %	378973539
23365	NC_016842	CTC	2	6	1108445	1108450	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	378973539
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23373	NC_016842	GCA	3	9	1108942	1108950	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	378973540
23374	NC_016842	AAC	2	6	1108981	1108986	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	378973540
23375	NC_016842	TTA	2	6	1109017	1109022	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	378973540
23376	NC_016842	GTA	2	6	1109028	1109033	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	378973540
23377	NC_016842	CTT	2	6	1109085	1109090	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	378973540
23378	NC_016842	TGC	2	6	1109164	1109169	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	378973540
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23380	NC_016842	CAG	2	6	1109375	1109380	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	378973540
23381	NC_016842	CTT	2	6	1109388	1109393	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	378973540
23382	NC_016842	AAC	2	6	1109572	1109577	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
23383	NC_016842	CA	3	6	1109595	1109600	50 %	0 %	0 %	50 %	Non-Coding
23384	NC_016842	GCA	2	6	1109618	1109623	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
23385	NC_016842	CG	3	6	1109661	1109666	0 %	0 %	50 %	50 %	378973541
23386	NC_016842	CGC	2	6	1109671	1109676	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	378973541
23387	NC_016842	CGC	2	6	1109682	1109687	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	378973541
23388	NC_016842	CA	3	6	1109753	1109758	50 %	0 %	0 %	50 %	378973541
23389	NC_016842	AAC	2	6	1109818	1109823	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	378973541
23390	NC_016842	TGC	2	6	1110001	1110006	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	378973541
23391	NC_016842	GCA	2	6	1110041	1110046	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	378973541
23392	NC_016842	ACCC	2	8	1110095	1110102	25 %	0 %	0 %	75 %	378973541
23393	NC_016842	CGTAT	2	10	1110234	1110243	20 %	40 %	20 %	20 %	378973541
23394	NC_016842	ATC	2	6	1110301	1110306	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	378973541
23395	NC_016842	CAC	2	6	1110432	1110437	33.33 %	0 %	0 %	66.67 %	378973541
23396	NC_016842	GC	3	6	1110438	1110443	0 %	0 %	50 %	50 %	378973541
23397	NC_016842	GAGG	2	8	1110444	1110451	25 %	0 %	75 %	0 %	378973541
23398	NC_016842	CTTC	2	8	1110477	1110484	0 %	50 %	0 %	50 %	378973541
23399	NC_016842	CGT	2	6	1110617	1110622	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	378973541
23400	NC_016842	CA	3	6	1110759	1110764	50 %	0 %	0 %	50 %	378973541
23401	NC_016842	GAC	2	6	1110863	1110868	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	378973541
23402	NC_016842	AGG	2	6	1110882	1110887	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	378973541
23403	NC_016842	CCA	2	6	1110951	1110956	33.33 %	0 %	0 %	66.67 %	378973541
23404	NC_016842	A	6	6	1110973	1110978	100 %	0 %	0 %	0 %	378973541
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23408	NC_016842	ATGC	2	8	1111308	1111315	25 %	25 %	25 %	25 %	378973541
23409	NC_016842	CAG	2	6	1111316	1111321	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	378973541
23410	NC_016842	AAG	2	6	1111396	1111401	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	378973541
23411	NC_016842	TAT	2	6	1111455	1111460	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
23412	NC_016842	CTG	2	6	1111471	1111476	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
23413	NC_016842	CT	3	6	1111517	1111522	0 %	50 %	0 %	50 %	378973542
23414	NC_016842	CA	3	6	1111558	1111563	50 %	0 %	0 %	50 %	378973542
23415	NC_016842	A	6	6	1111598	1111603	100 %	0 %	0 %	0 %	378973542
23416	NC_016842	CA	4	8	1111613	1111620	50 %	0 %	0 %	50 %	378973542
23417	NC_016842	TCC	2	6	1111741	1111746	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	378973543
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23420	NC_016842	AAAAG	2	10	1111774	1111783	80 %	0 %	20 %	0 %	378973543
23421	NC_016842	GAAA	2	8	1111818	1111825	75 %	0 %	25 %	0 %	378973543
23422	NC_016842	CAG	2	6	1111827	1111832	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	378973543
23423	NC_016842	GAC	2	6	1111839	1111844	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	378973543
23424	NC_016842	AGCTG	2	10	1111856	1111865	20 %	20 %	40 %	20 %	378973543
23425	NC_016842	CTT	2	6	1111884	1111889	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	378973543
23426	NC_016842	CT	3	6	1111905	1111910	0 %	50 %	0 %	50 %	378973543
23427	NC_016842	CG	4	8	1111912	1111919	0 %	0 %	50 %	50 %	378973543
23428	NC_016842	AAG	2	6	1111975	1111980	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	378973543
23429	NC_016842	CTCA	2	8	1112019	1112026	25 %	25 %	0 %	50 %	378973543
23430	NC_016842	TCA	3	9	1112044	1112052	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	378973543
23431	NC_016842	ACG	2	6	1112077	1112082	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	378973543
23432	NC_016842	TCA	2	6	1112092	1112097	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	378973543
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23434	NC_016842	CG	5	10	1112136	1112145	0 %	0 %	50 %	50 %	378973543
23435	NC_016842	TAC	2	6	1112156	1112161	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	378973543
23436	NC_016842	CTG	2	6	1112176	1112181	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	378973543
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23439	NC_016842	CG	3	6	1112271	1112276	0 %	0 %	50 %	50 %	378973543
23440	NC_016842	AC	3	6	1112314	1112319	50 %	0 %	0 %	50 %	378973543
23441	NC_016842	GTC	2	6	1112328	1112333	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	378973543
23442	NC_016842	GC	3	6	1112367	1112372	0 %	0 %	50 %	50 %	378973543
23443	NC_016842	TC	3	6	1112374	1112379	0 %	50 %	0 %	50 %	378973543
23444	NC_016842	ATCC	2	8	1112406	1112413	25 %	25 %	0 %	50 %	378973543
23445	NC_016842	GC	3	6	1112415	1112420	0 %	0 %	50 %	50 %	378973543
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23449	NC_016842	TGC	2	6	1112668	1112673	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	378973543
23450	NC_016842	ATGA	2	8	1112748	1112755	50 %	25 %	25 %	0 %	378973543
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23452	NC_016842	GTGTT	2	10	1112807	1112816	0 %	60 %	40 %	0 %	378973543
23453	NC_016842	CTG	2	6	1112851	1112856	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	378973543
23454	NC_016842	TGG	2	6	1112881	1112886	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	378973543
23455	NC_016842	AAC	2	6	1112994	1112999	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	378973543
23456	NC_016842	AG	3	6	1113056	1113061	50 %	0 %	50 %	0 %	378973543
23457	NC_016842	CG	3	6	1113109	1113114	0 %	0 %	50 %	50 %	378973543
23458	NC_016842	GA	3	6	1113150	1113155	50 %	0 %	50 %	0 %	Non-Coding
23459	NC_016842	CAA	2	6	1113233	1113238	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	378973544
23460	NC_016842	GCT	2	6	1113293	1113298	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	378973544
23461	NC_016842	AGC	2	6	1113318	1113323	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	378973544
23462	NC_016842	CGA	2	6	1113407	1113412	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	378973544
23463	NC_016842	CTG	2	6	1113470	1113475	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	378973544
23464	NC_016842	TC	3	6	1113512	1113517	0 %	50 %	0 %	50 %	378973544
23465	NC_016842	CG	4	8	1113574	1113581	0 %	0 %	50 %	50 %	378973544
23466	NC_016842	TGCG	2	8	1113685	1113692	0 %	25 %	50 %	25 %	378973545
23467	NC_016842	AC	3	6	1113715	1113720	50 %	0 %	0 %	50 %	378973545
23468	NC_016842	GGA	2	6	1113767	1113772	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	378973545
23469	NC_016842	CG	3	6	1113776	1113781	0 %	0 %	50 %	50 %	378973545
23470	NC_016842	G	6	6	1113840	1113845	0 %	0 %	100 %	0 %	378973545
23471	NC_016842	GAAAG	2	10	1113905	1113914	60 %	0 %	40 %	0 %	378973545
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23473	NC_016842	GC	3	6	1113978	1113983	0 %	0 %	50 %	50 %	378973545
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