MICAS: Microsatellite Analysis Server 3.0

All Repeats of Treponema pallidum subsp. pertenue str. SamoaD chromosome

Total Repeats: 23976

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S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Length	Start	End	A%	T%	G%	C%	Protein ID
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19002	NC_016842	CTG	2	6	901816	901821	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	378973347
19003	NC_016842	TATCAG	2	12	901896	901907	33.33 %	33.33 %	16.67 %	16.67 %	378973347
19004	NC_016842	CCT	2	6	901912	901917	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	378973347
19005	NC_016842	TTC	2	6	901930	901935	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	378973347
19006	NC_016842	TAC	2	6	902067	902072	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	378973347
19007	NC_016842	GCG	2	6	902078	902083	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	378973347
19008	NC_016842	CG	3	6	902086	902091	0 %	0 %	50 %	50 %	378973347
19009	NC_016842	AC	4	8	902164	902171	50 %	0 %	0 %	50 %	378973347
19010	NC_016842	GCG	2	6	902174	902179	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	378973347
19011	NC_016842	GCG	2	6	902194	902199	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	378973347
19012	NC_016842	CG	3	6	902261	902266	0 %	0 %	50 %	50 %	378973347
19013	NC_016842	CGTG	2	8	902299	902306	0 %	25 %	50 %	25 %	378973347
19014	NC_016842	AAC	2	6	902324	902329	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	378973347
19015	NC_016842	GC	3	6	902333	902338	0 %	0 %	50 %	50 %	378973347
19016	NC_016842	TCG	2	6	902392	902397	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	378973347
19017	NC_016842	ACA	2	6	902427	902432	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	378973347
19018	NC_016842	GACAC	2	10	902443	902452	40 %	0 %	20 %	40 %	378973347
19019	NC_016842	ACT	2	6	902519	902524	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	378973348
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19021	NC_016842	T	6	6	902556	902561	0 %	100 %	0 %	0 %	378973348
19022	NC_016842	CG	3	6	902565	902570	0 %	0 %	50 %	50 %	378973348
19023	NC_016842	CCGTC	2	10	902579	902588	0 %	20 %	20 %	60 %	378973348
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19025	NC_016842	GTA	2	6	902692	902697	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	378973348
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19027	NC_016842	CCG	2	6	902797	902802	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	378973348
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19029	NC_016842	AATT	2	8	902894	902901	50 %	50 %	0 %	0 %	378973348
19030	NC_016842	CGC	2	6	902962	902967	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	378973348
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19033	NC_016842	CAA	2	6	903152	903157	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	378973348
19034	NC_016842	ATC	2	6	903171	903176	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	378973348
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19037	NC_016842	GAAAG	2	10	903260	903269	60 %	0 %	40 %	0 %	378973348
19038	NC_016842	CCAA	2	8	903371	903378	50 %	0 %	0 %	50 %	378973348
19039	NC_016842	ATT	2	6	903384	903389	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	378973348
19040	NC_016842	GAAA	2	8	903418	903425	75 %	0 %	25 %	0 %	378973348
19041	NC_016842	CG	3	6	903523	903528	0 %	0 %	50 %	50 %	378973348
19042	NC_016842	CA	3	6	903569	903574	50 %	0 %	0 %	50 %	378973348
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19053	NC_016842	CCT	2	6	904434	904439	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	378973349
19054	NC_016842	GC	3	6	904443	904448	0 %	0 %	50 %	50 %	378973349
19055	NC_016842	CGC	2	6	904451	904456	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	378973349
19056	NC_016842	ACTG	2	8	904461	904468	25 %	25 %	25 %	25 %	378973349
19057	NC_016842	CATA	2	8	904507	904514	50 %	25 %	0 %	25 %	378973349
19058	NC_016842	CTG	2	6	904517	904522	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	378973349
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19060	NC_016842	CCTG	2	8	904854	904861	0 %	25 %	25 %	50 %	378973349
19061	NC_016842	GCA	2	6	904867	904872	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	378973349
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19063	NC_016842	TCC	2	6	905027	905032	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	378973349
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19099	NC_016842	ATGC	2	8	906656	906663	25 %	25 %	25 %	25 %	378973349
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19101	NC_016842	GT	4	8	906700	906707	0 %	50 %	50 %	0 %	Non-Coding
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19106	NC_016842	CA	3	6	906957	906962	50 %	0 %	0 %	50 %	378973350
19107	NC_016842	GTA	2	6	906969	906974	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	378973350
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19121	NC_016842	CTA	2	6	907656	907661	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
19122	NC_016842	GGCGCA	2	12	907702	907713	16.67 %	0 %	50 %	33.33 %	Non-Coding
19123	NC_016842	TCC	2	6	907727	907732	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	Non-Coding
19124	NC_016842	ACC	2	6	907753	907758	33.33 %	0 %	0 %	66.67 %	Non-Coding
19125	NC_016842	AGA	2	6	907788	907793	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	378973351
19126	NC_016842	TGC	2	6	907805	907810	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	378973351
19127	NC_016842	CT	3	6	907880	907885	0 %	50 %	0 %	50 %	378973351
19128	NC_016842	GCC	2	6	907911	907916	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	378973351
19129	NC_016842	GC	3	6	907998	908003	0 %	0 %	50 %	50 %	378973351
19130	NC_016842	TGCG	2	8	908009	908016	0 %	25 %	50 %	25 %	378973351
19131	NC_016842	GGT	2	6	908037	908042	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	378973351
19132	NC_016842	CAAG	2	8	908085	908092	50 %	0 %	25 %	25 %	378973351
19133	NC_016842	GAC	2	6	908116	908121	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	378973351
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19135	NC_016842	CA	3	6	908311	908316	50 %	0 %	0 %	50 %	378973351
19136	NC_016842	GAA	2	6	908395	908400	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	378973351
19137	NC_016842	CAG	2	6	908455	908460	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	378973351
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19139	NC_016842	CT	3	6	908727	908732	0 %	50 %	0 %	50 %	378973351
19140	NC_016842	CCT	2	6	908829	908834	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	378973351
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19142	NC_016842	GAC	2	6	908917	908922	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	378973351
19143	NC_016842	AGC	2	6	908967	908972	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	378973351
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19146	NC_016842	C	6	6	909234	909239	0 %	0 %	0 %	100 %	378973351
19147	NC_016842	GCAG	2	8	909255	909262	25 %	0 %	50 %	25 %	378973351
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19151	NC_016842	CG	4	8	909533	909540	0 %	0 %	50 %	50 %	378973351
19152	NC_016842	GCT	2	6	909612	909617	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	378973352
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19154	NC_016842	GC	4	8	909639	909646	0 %	0 %	50 %	50 %	378973352
19155	NC_016842	CAT	2	6	909688	909693	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	378973352
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19157	NC_016842	CG	3	6	909708	909713	0 %	0 %	50 %	50 %	378973352
19158	NC_016842	TAAA	2	8	909771	909778	75 %	25 %	0 %	0 %	378973352
19159	NC_016842	A	6	6	909977	909982	100 %	0 %	0 %	0 %	378973352
19160	NC_016842	CGTA	2	8	909986	909993	25 %	25 %	25 %	25 %	378973352
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19171	NC_016842	A	6	6	910613	910618	100 %	0 %	0 %	0 %	378973352
19172	NC_016842	TTC	2	6	910669	910674	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	378973352
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19178	NC_016842	GCGATA	2	12	911075	911086	33.33 %	16.67 %	33.33 %	16.67 %	378973352
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19182	NC_016842	GCG	2	6	911257	911262	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	Non-Coding
19183	NC_016842	CA	3	6	911313	911318	50 %	0 %	0 %	50 %	Non-Coding
19184	NC_016842	AC	3	6	911383	911388	50 %	0 %	0 %	50 %	378973353
19185	NC_016842	CAA	2	6	911519	911524	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	378973353
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19202	NC_016842	TTCG	2	8	912529	912536	0 %	50 %	25 %	25 %	378973354
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19231	NC_016842	TGC	2	6	914001	914006	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	378973354
19232	NC_016842	ACT	2	6	914030	914035	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	378973354
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19235	NC_016842	TCG	2	6	914127	914132	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	378973354
19236	NC_016842	GCAC	2	8	914153	914160	25 %	0 %	25 %	50 %	378973354
19237	NC_016842	AC	3	6	914159	914164	50 %	0 %	0 %	50 %	378973354
19238	NC_016842	GC	3	6	914201	914206	0 %	0 %	50 %	50 %	378973354
19239	NC_016842	TGC	2	6	914226	914231	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	378973354
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19241	NC_016842	CA	3	6	914324	914329	50 %	0 %	0 %	50 %	378973354
19242	NC_016842	TACCG	2	10	914396	914405	20 %	20 %	20 %	40 %	378973354
19243	NC_016842	AGA	2	6	914443	914448	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	378973354
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19369	NC_016842	GGT	2	6	920472	920477	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	378973362
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19372	NC_016842	GCT	2	6	920538	920543	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	378973362
19373	NC_016842	CTTC	2	8	920601	920608	0 %	50 %	0 %	50 %	378973362
19374	NC_016842	TCC	2	6	920645	920650	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	378973362
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19484	NC_016842	TGCC	2	8	926151	926158	0 %	25 %	25 %	50 %	378973368
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19489	NC_016842	CTA	3	9	926412	926420	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	378973368
19490	NC_016842	CTT	2	6	926422	926427	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	378973368
19491	NC_016842	GCAA	2	8	926462	926469	50 %	0 %	25 %	25 %	378973368
19492	NC_016842	CA	3	6	926538	926543	50 %	0 %	0 %	50 %	Non-Coding
19493	NC_016842	TCTT	2	8	926577	926584	0 %	75 %	0 %	25 %	378973369
19494	NC_016842	ATC	2	6	926602	926607	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	378973369
19495	NC_016842	GTC	2	6	926614	926619	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	378973369
19496	NC_016842	GC	3	6	926674	926679	0 %	0 %	50 %	50 %	378973369
19497	NC_016842	T	6	6	926728	926733	0 %	100 %	0 %	0 %	378973369
19498	NC_016842	GGTT	2	8	926754	926761	0 %	50 %	50 %	0 %	378973369
19499	NC_016842	TGC	2	6	926934	926939	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	378973369
19500	NC_016842	CTC	2	6	926959	926964	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	378973369

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