MICAS: Microsatellite Analysis Server 3.0

All Repeats of Treponema pallidum subsp. pertenue str. SamoaD chromosome

Total Repeats: 23976

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S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Length	Start	End	A%	T%	G%	C%	Protein ID
13001	NC_016842	CCA	2	6	614409	614414	33.33 %	0 %	0 %	66.67 %	378973075
13002	NC_016842	TCG	2	6	614586	614591	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	378973075
13003	NC_016842	AGA	2	6	614614	614619	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	378973075
13004	NC_016842	AG	3	6	614670	614675	50 %	0 %	50 %	0 %	378973076
13005	NC_016842	CAC	2	6	614691	614696	33.33 %	0 %	0 %	66.67 %	378973076
13006	NC_016842	CGTG	2	8	614748	614755	0 %	25 %	50 %	25 %	378973076
13007	NC_016842	ACT	2	6	614846	614851	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	378973076
13008	NC_016842	TGTT	2	8	614894	614901	0 %	75 %	25 %	0 %	378973076
13009	NC_016842	TG	3	6	614941	614946	0 %	50 %	50 %	0 %	378973076
13010	NC_016842	AAT	2	6	614950	614955	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	378973076
13011	NC_016842	GC	3	6	614966	614971	0 %	0 %	50 %	50 %	378973076
13012	NC_016842	T	6	6	614973	614978	0 %	100 %	0 %	0 %	378973076
13013	NC_016842	CG	3	6	614986	614991	0 %	0 %	50 %	50 %	378973076
13014	NC_016842	CA	4	8	615013	615020	50 %	0 %	0 %	50 %	378973076
13015	NC_016842	CAT	2	6	615033	615038	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	378973076
13016	NC_016842	TCAT	2	8	615053	615060	25 %	50 %	0 %	25 %	378973076
13017	NC_016842	TTG	2	6	615094	615099	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	378973076
13018	NC_016842	TAA	2	6	615143	615148	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	378973076
13019	NC_016842	AGA	2	6	615166	615171	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	378973076
13020	NC_016842	CTT	2	6	615183	615188	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	378973076
13021	NC_016842	CCG	2	6	615230	615235	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	378973076
13022	NC_016842	CA	3	6	615261	615266	50 %	0 %	0 %	50 %	378973076
13023	NC_016842	GTT	2	6	615311	615316	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	378973076
13024	NC_016842	TTTC	2	8	615317	615324	0 %	75 %	0 %	25 %	378973076
13025	NC_016842	ACGGCC	2	12	615362	615373	16.67 %	0 %	33.33 %	50 %	378973076
13026	NC_016842	GCA	2	6	615410	615415	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	378973076
13027	NC_016842	A	6	6	615494	615499	100 %	0 %	0 %	0 %	378973076
13028	NC_016842	A	6	6	615672	615677	100 %	0 %	0 %	0 %	378973076
13029	NC_016842	TTA	2	6	615707	615712	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	378973076
13030	NC_016842	TGT	2	6	615754	615759	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	378973076
13031	NC_016842	CAT	2	6	615760	615765	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	378973076
13032	NC_016842	TAA	2	6	615786	615791	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	378973077
13033	NC_016842	AAAGAA	2	12	615833	615844	83.33 %	0 %	16.67 %	0 %	378973077
13034	NC_016842	CGC	2	6	615845	615850	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	378973077
13035	NC_016842	AGCA	2	8	615886	615893	50 %	0 %	25 %	25 %	378973077
13036	NC_016842	CG	4	8	615896	615903	0 %	0 %	50 %	50 %	378973077
13037	NC_016842	AC	3	6	615930	615935	50 %	0 %	0 %	50 %	378973077
13038	NC_016842	CA	3	6	615940	615945	50 %	0 %	0 %	50 %	378973077
13039	NC_016842	GCAC	2	8	616113	616120	25 %	0 %	25 %	50 %	378973077
13040	NC_016842	ACT	2	6	616139	616144	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	378973077
13041	NC_016842	T	6	6	616177	616182	0 %	100 %	0 %	0 %	378973077
13042	NC_016842	A	8	8	616283	616290	100 %	0 %	0 %	0 %	378973077
13043	NC_016842	CA	3	6	616294	616299	50 %	0 %	0 %	50 %	378973077
13044	NC_016842	AAATAC	2	12	616338	616349	66.67 %	16.67 %	0 %	16.67 %	378973077
13045	NC_016842	ACTG	2	8	616401	616408	25 %	25 %	25 %	25 %	378973077
13046	NC_016842	TGA	2	6	616522	616527	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	378973077
13047	NC_016842	GGAA	2	8	616559	616566	50 %	0 %	50 %	0 %	378973077
13048	NC_016842	AGAA	2	8	616595	616602	75 %	0 %	25 %	0 %	378973077
13049	NC_016842	ACC	2	6	616647	616652	33.33 %	0 %	0 %	66.67 %	378973077
13050	NC_016842	GC	3	6	616695	616700	0 %	0 %	50 %	50 %	378973077
13051	NC_016842	A	7	7	616721	616727	100 %	0 %	0 %	0 %	378973077
13052	NC_016842	A	7	7	616766	616772	100 %	0 %	0 %	0 %	378973077
13053	NC_016842	CT	3	6	616802	616807	0 %	50 %	0 %	50 %	378973077
13054	NC_016842	AT	3	6	616888	616893	50 %	50 %	0 %	0 %	378973077
13055	NC_016842	TG	3	6	616919	616924	0 %	50 %	50 %	0 %	378973077
13056	NC_016842	GCAC	2	8	616950	616957	25 %	0 %	25 %	50 %	378973077
13057	NC_016842	AAAAG	2	10	616993	617002	80 %	0 %	20 %	0 %	378973077
13058	NC_016842	CAA	2	6	617009	617014	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	378973077
13059	NC_016842	AGC	2	6	617163	617168	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	378973077
13060	NC_016842	A	8	8	617216	617223	100 %	0 %	0 %	0 %	378973077
13061	NC_016842	AGC	2	6	617234	617239	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	378973077
13062	NC_016842	GA	3	6	617249	617254	50 %	0 %	50 %	0 %	378973077
13063	NC_016842	A	7	7	617254	617260	100 %	0 %	0 %	0 %	378973077
13064	NC_016842	CAG	2	6	617306	617311	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	378973078
13065	NC_016842	AGG	2	6	617352	617357	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	378973078
13066	NC_016842	AG	3	6	617383	617388	50 %	0 %	50 %	0 %	378973078
13067	NC_016842	CCA	2	6	617417	617422	33.33 %	0 %	0 %	66.67 %	378973078
13068	NC_016842	ATC	2	6	617448	617453	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	378973078
13069	NC_016842	CAG	2	6	617460	617465	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	378973078
13070	NC_016842	CAA	2	6	617549	617554	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	378973078
13071	NC_016842	GC	4	8	617585	617592	0 %	0 %	50 %	50 %	378973078
13072	NC_016842	TCCTTT	2	12	617629	617640	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	378973078
13073	NC_016842	CAG	2	6	617735	617740	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	378973078
13074	NC_016842	CTCC	2	8	617750	617757	0 %	25 %	0 %	75 %	378973078
13075	NC_016842	AAT	2	6	617822	617827	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	378973078
13076	NC_016842	AGC	2	6	617872	617877	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	378973078
13077	NC_016842	GCC	2	6	617938	617943	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	Non-Coding
13078	NC_016842	CT	3	6	617959	617964	0 %	50 %	0 %	50 %	Non-Coding
13079	NC_016842	CCA	2	6	617984	617989	33.33 %	0 %	0 %	66.67 %	Non-Coding
13080	NC_016842	CTG	2	6	618021	618026	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	378973079
13081	NC_016842	ATT	2	6	618135	618140	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	378973079
13082	NC_016842	C	6	6	618151	618156	0 %	0 %	0 %	100 %	378973079
13083	NC_016842	CCG	2	6	618173	618178	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	378973079
13084	NC_016842	TCA	2	6	618200	618205	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	378973079
13085	NC_016842	TAC	2	6	618243	618248	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	378973079
13086	NC_016842	CAA	2	6	618335	618340	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	378973079
13087	NC_016842	CTG	2	6	618380	618385	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	378973079
13088	NC_016842	CTG	2	6	618393	618398	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	378973079
13089	NC_016842	GCA	2	6	618478	618483	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	378973079
13090	NC_016842	ACC	2	6	618519	618524	33.33 %	0 %	0 %	66.67 %	378973079
13091	NC_016842	CAC	2	6	618576	618581	33.33 %	0 %	0 %	66.67 %	378973079
13092	NC_016842	CTC	2	6	618633	618638	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	Non-Coding
13093	NC_016842	GC	3	6	618779	618784	0 %	0 %	50 %	50 %	378973080
13094	NC_016842	TACA	2	8	618814	618821	50 %	25 %	0 %	25 %	378973080
13095	NC_016842	CGC	3	9	618979	618987	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	378973080
13096	NC_016842	TCC	2	6	618992	618997	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	378973080
13097	NC_016842	TCCC	2	8	619000	619007	0 %	25 %	0 %	75 %	378973080
13098	NC_016842	TCCT	2	8	619009	619016	0 %	50 %	0 %	50 %	378973080
13099	NC_016842	CA	4	8	619019	619026	50 %	0 %	0 %	50 %	378973080
13100	NC_016842	ACC	2	6	619052	619057	33.33 %	0 %	0 %	66.67 %	378973080
13101	NC_016842	AGCC	2	8	619089	619096	25 %	0 %	25 %	50 %	378973080
13102	NC_016842	CGC	2	6	619147	619152	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	378973080
13103	NC_016842	CTC	2	6	619153	619158	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	378973080
13104	NC_016842	A	7	7	619161	619167	100 %	0 %	0 %	0 %	378973080
13105	NC_016842	GGA	2	6	619169	619174	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	378973080
13106	NC_016842	TCC	2	6	619210	619215	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	378973080
13107	NC_016842	ACCC	2	8	619273	619280	25 %	0 %	0 %	75 %	378973080
13108	NC_016842	GC	3	6	619375	619380	0 %	0 %	50 %	50 %	378973080
13109	NC_016842	GGT	2	6	619474	619479	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	378973080
13110	NC_016842	GC	3	6	619494	619499	0 %	0 %	50 %	50 %	378973080
13111	NC_016842	AAT	2	6	619508	619513	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	378973080
13112	NC_016842	A	6	6	619514	619519	100 %	0 %	0 %	0 %	378973080
13113	NC_016842	CG	4	8	619523	619530	0 %	0 %	50 %	50 %	378973080
13114	NC_016842	TGC	2	6	619537	619542	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	378973080
13115	NC_016842	GCA	2	6	619553	619558	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	378973080
13116	NC_016842	TGC	2	6	619600	619605	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	378973080
13117	NC_016842	TTC	2	6	619639	619644	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	378973080
13118	NC_016842	GCA	2	6	619670	619675	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	378973080
13119	NC_016842	TCA	2	6	619700	619705	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	378973080
13120	NC_016842	GCT	2	6	619725	619730	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	378973080
13121	NC_016842	GCTC	2	8	619796	619803	0 %	25 %	25 %	50 %	378973080
13122	NC_016842	CTC	2	6	619882	619887	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	378973080
13123	NC_016842	CTG	2	6	619908	619913	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	378973080
13124	NC_016842	CTG	2	6	619961	619966	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	378973080
13125	NC_016842	AGA	2	6	619999	620004	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	378973080
13126	NC_016842	AC	3	6	620044	620049	50 %	0 %	0 %	50 %	378973080
13127	NC_016842	GCG	2	6	620052	620057	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	378973080
13128	NC_016842	CCA	2	6	620073	620078	33.33 %	0 %	0 %	66.67 %	378973080
13129	NC_016842	GCA	2	6	620081	620086	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	378973080
13130	NC_016842	CAA	2	6	620104	620109	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	378973080
13131	NC_016842	CAC	2	6	620110	620115	33.33 %	0 %	0 %	66.67 %	378973080
13132	NC_016842	CTGC	2	8	620123	620130	0 %	25 %	25 %	50 %	378973080
13133	NC_016842	GC	3	6	620194	620199	0 %	0 %	50 %	50 %	378973080
13134	NC_016842	AC	3	6	620200	620205	50 %	0 %	0 %	50 %	378973080
13135	NC_016842	A	7	7	620212	620218	100 %	0 %	0 %	0 %	378973080
13136	NC_016842	ATGCA	2	10	620263	620272	40 %	20 %	20 %	20 %	378973080
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13138	NC_016842	AAAG	2	8	620298	620305	75 %	0 %	25 %	0 %	378973080
13139	NC_016842	GAC	2	6	620320	620325	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	378973080
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13142	NC_016842	CA	3	6	620387	620392	50 %	0 %	0 %	50 %	378973080
13143	NC_016842	ACA	2	6	620406	620411	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	378973080
13144	NC_016842	GC	3	6	620444	620449	0 %	0 %	50 %	50 %	378973080
13145	NC_016842	CAA	2	6	620497	620502	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	378973080
13146	NC_016842	GGAA	2	8	620512	620519	50 %	0 %	50 %	0 %	378973080
13147	NC_016842	CTG	2	6	620596	620601	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	378973080
13148	NC_016842	CGCC	2	8	620724	620731	0 %	0 %	25 %	75 %	378973080
13149	NC_016842	CAC	3	9	620830	620838	33.33 %	0 %	0 %	66.67 %	378973080
13150	NC_016842	ATCT	2	8	620884	620891	25 %	50 %	0 %	25 %	378973080
13151	NC_016842	CATC	2	8	620982	620989	25 %	25 %	0 %	50 %	378973080
13152	NC_016842	TC	3	6	620994	620999	0 %	50 %	0 %	50 %	378973080
13153	NC_016842	AC	3	6	621025	621030	50 %	0 %	0 %	50 %	378973080
13154	NC_016842	CAG	2	6	621036	621041	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	378973080
13155	NC_016842	T	7	7	621141	621147	0 %	100 %	0 %	0 %	378973081
13156	NC_016842	ACG	2	6	621217	621222	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	378973081
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13159	NC_016842	CGC	2	6	621317	621322	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	378973081
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13161	NC_016842	CG	4	8	621400	621407	0 %	0 %	50 %	50 %	378973081
13162	NC_016842	TGC	2	6	621419	621424	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	378973081
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13164	NC_016842	A	7	7	621479	621485	100 %	0 %	0 %	0 %	378973081
13165	NC_016842	AC	3	6	621488	621493	50 %	0 %	0 %	50 %	378973081
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13168	NC_016842	GT	3	6	621698	621703	0 %	50 %	50 %	0 %	378973081
13169	NC_016842	GCA	2	6	621735	621740	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	378973081
13170	NC_016842	AGTCC	2	10	621750	621759	20 %	20 %	20 %	40 %	378973081
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13173	NC_016842	GC	3	6	621834	621839	0 %	0 %	50 %	50 %	378973081
13174	NC_016842	GA	3	6	621905	621910	50 %	0 %	50 %	0 %	378973081
13175	NC_016842	CA	3	6	621962	621967	50 %	0 %	0 %	50 %	Non-Coding
13176	NC_016842	GCA	2	6	621988	621993	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	378973082
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13178	NC_016842	GC	3	6	622183	622188	0 %	0 %	50 %	50 %	378973082
13179	NC_016842	CAA	2	6	622215	622220	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	378973082
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13181	NC_016842	CACC	2	8	622298	622305	25 %	0 %	0 %	75 %	378973082
13182	NC_016842	TCA	2	6	622465	622470	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	378973082
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13185	NC_016842	ACAA	2	8	622616	622623	75 %	0 %	0 %	25 %	378973082
13186	NC_016842	CCG	2	6	622634	622639	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	378973082
13187	NC_016842	CTT	2	6	622642	622647	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
13188	NC_016842	CGGTTG	2	12	622655	622666	0 %	33.33 %	50 %	16.67 %	378973083
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13206	NC_016842	GCT	2	6	623473	623478	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	378973083
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13210	NC_016842	CAGA	2	8	623652	623659	50 %	0 %	25 %	25 %	378973083
13211	NC_016842	GC	3	6	623686	623691	0 %	0 %	50 %	50 %	378973083
13212	NC_016842	CTC	2	6	623740	623745	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	Non-Coding
13213	NC_016842	AC	3	6	623819	623824	50 %	0 %	0 %	50 %	Non-Coding
13214	NC_016842	CGCA	2	8	623862	623869	25 %	0 %	25 %	50 %	378973084
13215	NC_016842	AACCT	2	10	623887	623896	40 %	20 %	0 %	40 %	378973084
13216	NC_016842	AG	3	6	623931	623936	50 %	0 %	50 %	0 %	378973084
13217	NC_016842	GCA	2	6	624007	624012	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	378973084
13218	NC_016842	TCCGCG	2	12	624025	624036	0 %	16.67 %	33.33 %	50 %	378973084
13219	NC_016842	GAAG	2	8	624095	624102	50 %	0 %	50 %	0 %	378973084
13220	NC_016842	GTA	2	6	624153	624158	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	378973084
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13222	NC_016842	CAG	2	6	624245	624250	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	378973084
13223	NC_016842	TCA	2	6	624295	624300	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	378973084
13224	NC_016842	GTA	2	6	624303	624308	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	378973084
13225	NC_016842	TCA	2	6	624332	624337	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	378973084
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13228	NC_016842	GCAC	2	8	624772	624779	25 %	0 %	25 %	50 %	378973084
13229	NC_016842	T	6	6	624817	624822	0 %	100 %	0 %	0 %	378973084
13230	NC_016842	CTG	2	6	624829	624834	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	378973084
13231	NC_016842	GA	3	6	624853	624858	50 %	0 %	50 %	0 %	378973084
13232	NC_016842	CG	3	6	624966	624971	0 %	0 %	50 %	50 %	378973084
13233	NC_016842	AGT	2	6	625031	625036	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	378973084
13234	NC_016842	ATG	2	6	625074	625079	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	378973084
13235	NC_016842	CAAC	2	8	625097	625104	50 %	0 %	0 %	50 %	378973084
13236	NC_016842	AGT	2	6	625126	625131	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	378973084
13237	NC_016842	TTTCAC	2	12	625137	625148	16.67 %	50 %	0 %	33.33 %	378973084
13238	NC_016842	CA	4	8	625219	625226	50 %	0 %	0 %	50 %	378973085
13239	NC_016842	TCCT	2	8	625233	625240	0 %	50 %	0 %	50 %	378973085
13240	NC_016842	GGA	2	6	625248	625253	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	378973085
13241	NC_016842	ATT	2	6	625299	625304	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	378973085
13242	NC_016842	CAG	2	6	625309	625314	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	378973085
13243	NC_016842	CTAC	2	8	625353	625360	25 %	25 %	0 %	50 %	378973085
13244	NC_016842	C	6	6	625391	625396	0 %	0 %	0 %	100 %	378973085
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13246	NC_016842	GC	3	6	625472	625477	0 %	0 %	50 %	50 %	378973086
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13491	NC_016842	GGA	2	6	637834	637839	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	378973095
13492	NC_016842	CG	3	6	637846	637851	0 %	0 %	50 %	50 %	378973095
13493	NC_016842	TATT	2	8	637853	637860	25 %	75 %	0 %	0 %	378973095
13494	NC_016842	GTA	2	6	637910	637915	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	378973095
13495	NC_016842	GC	4	8	637931	637938	0 %	0 %	50 %	50 %	378973095
13496	NC_016842	CG	3	6	637940	637945	0 %	0 %	50 %	50 %	378973095
13497	NC_016842	CTC	2	6	637986	637991	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	378973095
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13499	NC_016842	CTG	2	6	638252	638257	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	378973095
13500	NC_016842	TCG	2	6	638287	638292	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	378973095

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