MICAS: Microsatellite Analysis Server 3.0

All Repeats of Treponema pallidum subsp. pertenue str. SamoaD chromosome

Total Repeats: 23976

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S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Length	Start	End	A%	T%	G%	C%	Protein ID
11501	NC_016842	AGGT	2	8	544860	544867	25 %	25 %	50 %	0 %	378973014
11502	NC_016842	ATTG	2	8	544887	544894	25 %	50 %	25 %	0 %	378973014
11503	NC_016842	TGC	2	6	544907	544912	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	378973014
11504	NC_016842	CTA	2	6	544997	545002	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	378973014
11505	NC_016842	TTA	2	6	545047	545052	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	378973014
11506	NC_016842	TGA	2	6	545112	545117	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	378973014
11507	NC_016842	CAG	2	6	545185	545190	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	378973014
11508	NC_016842	AAT	2	6	545202	545207	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	378973014
11509	NC_016842	G	6	6	545238	545243	0 %	0 %	100 %	0 %	378973014
11510	NC_016842	TGG	2	6	545304	545309	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	378973014
11511	NC_016842	CGTT	2	8	545312	545319	0 %	50 %	25 %	25 %	378973014
11512	NC_016842	GT	3	6	545347	545352	0 %	50 %	50 %	0 %	378973014
11513	NC_016842	GAT	2	6	545434	545439	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	378973014
11514	NC_016842	GTCTT	2	10	545597	545606	0 %	60 %	20 %	20 %	378973014
11515	NC_016842	TGA	2	6	545607	545612	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	378973014
11516	NC_016842	CAG	2	6	545635	545640	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	378973014
11517	NC_016842	A	6	6	545651	545656	100 %	0 %	0 %	0 %	378973014
11518	NC_016842	GAA	2	6	545754	545759	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	378973014
11519	NC_016842	TGGTG	2	10	545818	545827	0 %	40 %	60 %	0 %	Non-Coding
11520	NC_016842	ACTTT	2	10	545850	545859	20 %	60 %	0 %	20 %	Non-Coding
11521	NC_016842	GTTT	2	8	545865	545872	0 %	75 %	25 %	0 %	Non-Coding
11522	NC_016842	G	6	6	545968	545973	0 %	0 %	100 %	0 %	378973015
11523	NC_016842	TG	3	6	546051	546056	0 %	50 %	50 %	0 %	378973015
11524	NC_016842	CG	4	8	546078	546085	0 %	0 %	50 %	50 %	378973015
11525	NC_016842	GACA	2	8	546171	546178	50 %	0 %	25 %	25 %	378973015
11526	NC_016842	GAT	2	6	546201	546206	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	378973015
11527	NC_016842	GTT	2	6	546246	546251	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	378973015
11528	NC_016842	TCAG	2	8	546372	546379	25 %	25 %	25 %	25 %	378973015
11529	NC_016842	GC	3	6	546494	546499	0 %	0 %	50 %	50 %	Non-Coding
11530	NC_016842	TGC	2	6	546532	546537	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
11531	NC_016842	TG	3	6	546544	546549	0 %	50 %	50 %	0 %	Non-Coding
11532	NC_016842	GCA	2	6	546585	546590	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
11533	NC_016842	A	6	6	546641	546646	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
11534	NC_016842	CCA	2	6	546723	546728	33.33 %	0 %	0 %	66.67 %	378973016
11535	NC_016842	CTTC	2	8	546747	546754	0 %	50 %	0 %	50 %	378973016
11536	NC_016842	CG	3	6	546840	546845	0 %	0 %	50 %	50 %	378973016
11537	NC_016842	CCG	2	6	546857	546862	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	378973016
11538	NC_016842	CTG	2	6	546889	546894	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	378973016
11539	NC_016842	CA	3	6	546921	546926	50 %	0 %	0 %	50 %	378973016
11540	NC_016842	TAA	2	6	546996	547001	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	378973016
11541	NC_016842	CG	3	6	547180	547185	0 %	0 %	50 %	50 %	378973016
11542	NC_016842	CA	3	6	547308	547313	50 %	0 %	0 %	50 %	378973016
11543	NC_016842	GCT	2	6	547401	547406	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	378973016
11544	NC_016842	ACT	2	6	547409	547414	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	378973016
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11546	NC_016842	TCA	2	6	547544	547549	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	378973016
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11549	NC_016842	TCT	2	6	547754	547759	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	378973016
11550	NC_016842	GGA	2	6	547916	547921	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	378973016
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11553	NC_016842	ACC	2	6	548156	548161	33.33 %	0 %	0 %	66.67 %	378973016
11554	NC_016842	GCA	2	6	548180	548185	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	378973016
11555	NC_016842	GC	3	6	548189	548194	0 %	0 %	50 %	50 %	378973016
11556	NC_016842	AC	3	6	548281	548286	50 %	0 %	0 %	50 %	378973016
11557	NC_016842	TGT	2	6	548331	548336	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	378973016
11558	NC_016842	GC	4	8	548346	548353	0 %	0 %	50 %	50 %	378973016
11559	NC_016842	CG	4	8	548371	548378	0 %	0 %	50 %	50 %	378973016
11560	NC_016842	GC	3	6	548471	548476	0 %	0 %	50 %	50 %	378973016
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11564	NC_016842	GTG	2	6	548644	548649	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	378973017
11565	NC_016842	A	6	6	548690	548695	100 %	0 %	0 %	0 %	378973017
11566	NC_016842	GCT	2	6	548712	548717	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	378973017
11567	NC_016842	TAC	2	6	548719	548724	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	378973017
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11570	NC_016842	TCTG	2	8	548838	548845	0 %	50 %	25 %	25 %	378973017
11571	NC_016842	GTG	2	6	548912	548917	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	378973017
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11593	NC_016842	AAG	2	6	549999	550004	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	378973018
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11596	NC_016842	GC	3	6	550169	550174	0 %	0 %	50 %	50 %	378973018
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11601	NC_016842	GCG	2	6	550347	550352	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	378973018
11602	NC_016842	GC	3	6	550418	550423	0 %	0 %	50 %	50 %	Non-Coding
11603	NC_016842	A	7	7	550433	550439	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
11604	NC_016842	CTA	2	6	550447	550452	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
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11607	NC_016842	TTG	2	6	550547	550552	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	378973019
11608	NC_016842	TCA	2	6	550611	550616	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	378973019
11609	NC_016842	TTG	2	6	550670	550675	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	378973019
11610	NC_016842	TG	3	6	550709	550714	0 %	50 %	50 %	0 %	378973019
11611	NC_016842	GCC	2	6	550720	550725	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	378973019
11612	NC_016842	GT	3	6	550786	550791	0 %	50 %	50 %	0 %	378973019
11613	NC_016842	TGCG	2	8	550850	550857	0 %	25 %	50 %	25 %	378973019
11614	NC_016842	CT	3	6	550972	550977	0 %	50 %	0 %	50 %	378973019
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11619	NC_016842	GGTA	2	8	551184	551191	25 %	25 %	50 %	0 %	378973019
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11741	NC_016842	TCTT	2	8	557227	557234	0 %	75 %	0 %	25 %	378973021
11742	NC_016842	TCT	2	6	557236	557241	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	378973021
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11993	NC_016842	GC	3	6	569062	569067	0 %	0 %	50 %	50 %	378973030
11994	NC_016842	CTCA	2	8	569101	569108	25 %	25 %	0 %	50 %	378973030
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11999	NC_016842	CAAG	2	8	569451	569458	50 %	0 %	25 %	25 %	378973030
12000	NC_016842	GA	3	6	569459	569464	50 %	0 %	50 %	0 %	378973030

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