MICAS: Microsatellite Analysis Server 3.0

All Repeats of Treponema pallidum subsp. pertenue str. SamoaD chromosome

Total Repeats: 23976

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S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Length	Start	End	A%	T%	G%	C%	Protein ID
11001	NC_016842	ATG	2	6	520212	520217	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	378972992
11002	NC_016842	CCG	2	6	520299	520304	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	378972992
11003	NC_016842	GCG	3	9	520344	520352	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	378972992
11004	NC_016842	CA	3	6	520468	520473	50 %	0 %	0 %	50 %	378972992
11005	NC_016842	GCA	2	6	520477	520482	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	378972992
11006	NC_016842	TTC	2	6	520485	520490	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	378972992
11007	NC_016842	TCA	2	6	520567	520572	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
11008	NC_016842	GC	4	8	520701	520708	0 %	0 %	50 %	50 %	378972993
11009	NC_016842	GCGT	2	8	520752	520759	0 %	25 %	50 %	25 %	378972993
11010	NC_016842	AGT	2	6	520789	520794	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	378972993
11011	NC_016842	TGC	2	6	520929	520934	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	378972993
11012	NC_016842	AAG	2	6	520995	521000	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	378972993
11013	NC_016842	TCCT	2	8	521046	521053	0 %	50 %	0 %	50 %	378972993
11014	NC_016842	GCG	2	6	521108	521113	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	378972993
11015	NC_016842	TG	3	6	521118	521123	0 %	50 %	50 %	0 %	378972993
11016	NC_016842	TGTC	2	8	521138	521145	0 %	50 %	25 %	25 %	378972993
11017	NC_016842	T	6	6	521155	521160	0 %	100 %	0 %	0 %	378972993
11018	NC_016842	GAAGA	2	10	521173	521182	60 %	0 %	40 %	0 %	378972993
11019	NC_016842	GGA	2	6	521190	521195	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	378972993
11020	NC_016842	GCA	2	6	521230	521235	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	378972993
11021	NC_016842	GAA	2	6	521275	521280	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	378972993
11022	NC_016842	TAC	2	6	521379	521384	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	378972993
11023	NC_016842	GTG	2	6	521395	521400	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	378972993
11024	NC_016842	GC	3	6	521447	521452	0 %	0 %	50 %	50 %	378972993
11025	NC_016842	CGT	2	6	521582	521587	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	378972993
11026	NC_016842	GCAC	2	8	521590	521597	25 %	0 %	25 %	50 %	378972993
11027	NC_016842	TG	3	6	521662	521667	0 %	50 %	50 %	0 %	378972993
11028	NC_016842	GCACCG	2	12	521675	521686	16.67 %	0 %	33.33 %	50 %	378972993
11029	NC_016842	TGC	2	6	521695	521700	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	378972993
11030	NC_016842	ACG	2	6	521785	521790	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	378972993
11031	NC_016842	GC	3	6	521833	521838	0 %	0 %	50 %	50 %	378972993
11032	NC_016842	T	8	8	521847	521854	0 %	100 %	0 %	0 %	378972993
11033	NC_016842	TGA	2	6	521897	521902	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	378972993
11034	NC_016842	CG	3	6	521909	521914	0 %	0 %	50 %	50 %	378972993
11035	NC_016842	GGA	2	6	521929	521934	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	378972993
11036	NC_016842	AGG	2	6	521935	521940	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	378972993
11037	NC_016842	CTG	2	6	521983	521988	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	378972993
11038	NC_016842	CAG	2	6	521994	521999	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	378972993
11039	NC_016842	GGT	2	6	522009	522014	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	378972993
11040	NC_016842	CAG	2	6	522018	522023	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	378972993
11041	NC_016842	CCGT	2	8	522024	522031	0 %	25 %	25 %	50 %	378972993
11042	NC_016842	C	6	6	522060	522065	0 %	0 %	0 %	100 %	378972993
11043	NC_016842	CGC	2	6	522069	522074	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	378972993
11044	NC_016842	CG	3	6	522095	522100	0 %	0 %	50 %	50 %	378972993
11045	NC_016842	GCA	2	6	522103	522108	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	378972993
11046	NC_016842	CTGG	2	8	522141	522148	0 %	25 %	50 %	25 %	378972993
11047	NC_016842	AGG	2	6	522365	522370	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	378972993
11048	NC_016842	GCG	2	6	522391	522396	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	378972993
11049	NC_016842	TGCG	2	8	522401	522408	0 %	25 %	50 %	25 %	378972993
11050	NC_016842	GAGG	2	8	522509	522516	25 %	0 %	75 %	0 %	378972993
11051	NC_016842	GT	3	6	522517	522522	0 %	50 %	50 %	0 %	378972993
11052	NC_016842	GCG	2	6	522594	522599	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	378972993
11053	NC_016842	CAT	2	6	522743	522748	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	378972994
11054	NC_016842	TCA	2	6	522780	522785	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	378972994
11055	NC_016842	TCT	2	6	522798	522803	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	378972994
11056	NC_016842	GGTT	2	8	522830	522837	0 %	50 %	50 %	0 %	378972994
11057	NC_016842	GCT	2	6	522875	522880	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	378972994
11058	NC_016842	GTCTG	2	10	522890	522899	0 %	40 %	40 %	20 %	378972994
11059	NC_016842	GC	3	6	523012	523017	0 %	0 %	50 %	50 %	378972994
11060	NC_016842	GAAG	2	8	523103	523110	50 %	0 %	50 %	0 %	378972994
11061	NC_016842	T	6	6	523113	523118	0 %	100 %	0 %	0 %	378972994
11062	NC_016842	GGT	2	6	523142	523147	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	378972994
11063	NC_016842	GGA	2	6	523172	523177	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	378972994
11064	NC_016842	CAG	2	6	523215	523220	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	378972994
11065	NC_016842	CGT	2	6	523233	523238	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	378972994
11066	NC_016842	TCGC	2	8	523256	523263	0 %	25 %	25 %	50 %	378972994
11067	NC_016842	TCG	2	6	523266	523271	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	378972994
11068	NC_016842	TA	3	6	523303	523308	50 %	50 %	0 %	0 %	378972994
11069	NC_016842	CGG	2	6	523317	523322	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	378972994
11070	NC_016842	ATT	2	6	523323	523328	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	378972994
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11072	NC_016842	GCA	2	6	523466	523471	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	378972994
11073	NC_016842	CGTC	2	8	523516	523523	0 %	25 %	25 %	50 %	378972994
11074	NC_016842	GAG	2	6	523536	523541	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	378972994
11075	NC_016842	CGT	2	6	523637	523642	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	378972994
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11077	NC_016842	AGA	2	6	523799	523804	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	378972994
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11079	NC_016842	GCT	2	6	523868	523873	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	378972994
11080	NC_016842	GCG	2	6	523949	523954	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	378972994
11081	NC_016842	ATC	2	6	524094	524099	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	378972994
11082	NC_016842	TCC	2	6	524160	524165	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	378972994
11083	NC_016842	TGA	2	6	524222	524227	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	378972994
11084	NC_016842	GCTT	2	8	524323	524330	0 %	50 %	25 %	25 %	378972994
11085	NC_016842	CGC	2	6	524387	524392	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	378972994
11086	NC_016842	GGC	2	6	524399	524404	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	378972994
11087	NC_016842	GGT	2	6	524435	524440	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	378972994
11088	NC_016842	GAG	2	6	524559	524564	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	378972994
11089	NC_016842	GCC	2	6	524688	524693	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	378972994
11090	NC_016842	AGG	2	6	524707	524712	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	378972994
11091	NC_016842	GAC	2	6	524769	524774	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	378972994
11092	NC_016842	ATGA	2	8	524799	524806	50 %	25 %	25 %	0 %	378972994
11093	NC_016842	AGCA	2	8	524871	524878	50 %	0 %	25 %	25 %	378972994
11094	NC_016842	CAG	2	6	524885	524890	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	378972994
11095	NC_016842	CTG	2	6	524944	524949	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
11096	NC_016842	CG	3	6	525007	525012	0 %	0 %	50 %	50 %	Non-Coding
11097	NC_016842	GCT	2	6	525278	525283	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
11098	NC_016842	CGTGCG	3	18	525323	525340	0 %	16.67 %	50 %	33.33 %	Non-Coding
11099	NC_016842	CG	3	6	525339	525344	0 %	0 %	50 %	50 %	Non-Coding
11100	NC_016842	GGA	2	6	525366	525371	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	Non-Coding
11101	NC_016842	CGTG	2	8	525377	525384	0 %	25 %	50 %	25 %	378972995
11102	NC_016842	G	6	6	525394	525399	0 %	0 %	100 %	0 %	378972995
11103	NC_016842	CTGC	2	8	525525	525532	0 %	25 %	25 %	50 %	378972995
11104	NC_016842	TAC	2	6	525560	525565	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	378972995
11105	NC_016842	TGGAGA	2	12	525571	525582	33.33 %	16.67 %	50 %	0 %	378972995
11106	NC_016842	ACC	2	6	525685	525690	33.33 %	0 %	0 %	66.67 %	378972995
11107	NC_016842	GAG	2	6	525903	525908	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	378972995
11108	NC_016842	TGG	2	6	525992	525997	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	378972995
11109	NC_016842	GAA	2	6	525998	526003	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	378972995
11110	NC_016842	T	6	6	526009	526014	0 %	100 %	0 %	0 %	378972995
11111	NC_016842	A	6	6	526131	526136	100 %	0 %	0 %	0 %	378972995
11112	NC_016842	G	6	6	526189	526194	0 %	0 %	100 %	0 %	378972995
11113	NC_016842	CCA	2	6	526214	526219	33.33 %	0 %	0 %	66.67 %	378972995
11114	NC_016842	ATG	2	6	526231	526236	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	378972995
11115	NC_016842	GTT	2	6	526244	526249	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	378972995
11116	NC_016842	CTG	2	6	526268	526273	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	378972995
11117	NC_016842	AGGA	2	8	526321	526328	50 %	0 %	50 %	0 %	378972995
11118	NC_016842	TGAG	2	8	526344	526351	25 %	25 %	50 %	0 %	378972995
11119	NC_016842	GAG	3	9	526349	526357	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	378972996
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11242	NC_016842	CT	3	6	532188	532193	0 %	50 %	0 %	50 %	Non-Coding
11243	NC_016842	ACGGC	2	10	532288	532297	20 %	0 %	40 %	40 %	Non-Coding
11244	NC_016842	TCA	2	6	532303	532308	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
11245	NC_016842	AGC	2	6	532321	532326	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
11246	NC_016842	TA	3	6	532370	532375	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
11247	NC_016842	AT	3	6	532379	532384	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
11248	NC_016842	GAT	2	6	532396	532401	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
11249	NC_016842	T	7	7	532436	532442	0 %	100 %	0 %	0 %	378973002
11250	NC_016842	CTA	2	6	532461	532466	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	378973002
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11260	NC_016842	CTA	2	6	532871	532876	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	378973002
11261	NC_016842	TAC	2	6	532890	532895	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	378973002
11262	NC_016842	TGC	2	6	533180	533185	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	378973002
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11358	NC_016842	TTCT	2	8	538692	538699	0 %	75 %	0 %	25 %	378973007
11359	NC_016842	TTG	2	6	538713	538718	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	378973007
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11486	NC_016842	TAT	2	6	544070	544075	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	378973013
11487	NC_016842	GGCGG	2	10	544188	544197	0 %	0 %	80 %	20 %	378973013
11488	NC_016842	TACGA	2	10	544218	544227	40 %	20 %	20 %	20 %	378973013
11489	NC_016842	GCA	2	6	544229	544234	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	378973013
11490	NC_016842	GCA	2	6	544284	544289	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	378973013
11491	NC_016842	AGG	2	6	544301	544306	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	378973013
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