MICAS: Microsatellite Analysis Server 3.0

All Repeats of Treponema pallidum subsp. pertenue str. SamoaD chromosome

Total Repeats: 23976

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S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Length	Start	End	A%	T%	G%	C%	Protein ID
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10002	NC_016842	GCG	2	6	472911	472916	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	378972951
10003	NC_016842	TA	3	6	472939	472944	50 %	50 %	0 %	0 %	378972951
10004	NC_016842	A	8	8	472944	472951	100 %	0 %	0 %	0 %	378972951
10005	NC_016842	TTC	2	6	472992	472997	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
10006	NC_016842	GTGCT	2	10	473010	473019	0 %	40 %	40 %	20 %	Non-Coding
10007	NC_016842	GGA	2	6	473054	473059	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	Non-Coding
10008	NC_016842	TG	3	6	473075	473080	0 %	50 %	50 %	0 %	Non-Coding
10009	NC_016842	TTG	2	6	473149	473154	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	378972952
10010	NC_016842	GTT	2	6	473250	473255	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	378972952
10011	NC_016842	TTC	3	9	473350	473358	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	378972952
10012	NC_016842	G	6	6	473361	473366	0 %	0 %	100 %	0 %	378972952
10013	NC_016842	GCC	2	6	473388	473393	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	378972952
10014	NC_016842	GCG	2	6	473397	473402	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	378972952
10015	NC_016842	GGA	2	6	473436	473441	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	378972952
10016	NC_016842	TCG	2	6	473443	473448	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	378972952
10017	NC_016842	TG	3	6	473455	473460	0 %	50 %	50 %	0 %	378972952
10018	NC_016842	CT	3	6	473478	473483	0 %	50 %	0 %	50 %	378972952
10019	NC_016842	CGG	2	6	473536	473541	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	378972952
10020	NC_016842	AGG	2	6	473584	473589	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	378972952
10021	NC_016842	GC	4	8	473615	473622	0 %	0 %	50 %	50 %	378972952
10022	NC_016842	GGT	2	6	473624	473629	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	378972952
10023	NC_016842	AGA	2	6	473672	473677	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	378972952
10024	NC_016842	TTTC	2	8	473680	473687	0 %	75 %	0 %	25 %	378972952
10025	NC_016842	GTGGA	2	10	473707	473716	20 %	20 %	60 %	0 %	378972952
10026	NC_016842	GTGC	2	8	473730	473737	0 %	25 %	50 %	25 %	378972952
10027	NC_016842	GTG	2	6	473742	473747	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	378972952
10028	NC_016842	TGC	2	6	473773	473778	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	378972953
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10030	NC_016842	GGA	2	6	473915	473920	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	378972953
10031	NC_016842	TGCG	2	8	473931	473938	0 %	25 %	50 %	25 %	378972953
10032	NC_016842	GC	4	8	474114	474121	0 %	0 %	50 %	50 %	378972953
10033	NC_016842	TTG	2	6	474135	474140	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	378972953
10034	NC_016842	GGAC	2	8	474181	474188	25 %	0 %	50 %	25 %	378972953
10035	NC_016842	GCGT	2	8	474237	474244	0 %	25 %	50 %	25 %	378972953
10036	NC_016842	GGT	2	6	474247	474252	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	378972953
10037	NC_016842	GTG	2	6	474317	474322	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	378972953
10038	NC_016842	GC	3	6	474325	474330	0 %	0 %	50 %	50 %	378972953
10039	NC_016842	GCG	2	6	474335	474340	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	378972953
10040	NC_016842	GGATG	2	10	474349	474358	20 %	20 %	60 %	0 %	378972953
10041	NC_016842	CAGT	2	8	474359	474366	25 %	25 %	25 %	25 %	378972953
10042	NC_016842	GCA	2	6	474505	474510	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	378972953
10043	NC_016842	GCTG	2	8	474661	474668	0 %	25 %	50 %	25 %	378972953
10044	NC_016842	TGG	2	6	474703	474708	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	378972953
10045	NC_016842	GGA	2	6	474886	474891	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	378972953
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10047	NC_016842	CG	3	6	474966	474971	0 %	0 %	50 %	50 %	378972953
10048	NC_016842	GCG	2	6	475033	475038	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	378972954
10049	NC_016842	TGC	2	6	475050	475055	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	378972954
10050	NC_016842	GGA	2	6	475110	475115	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	378972954
10051	NC_016842	CGG	2	6	475207	475212	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	378972954
10052	NC_016842	GCAC	2	8	475249	475256	25 %	0 %	25 %	50 %	378972954
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10054	NC_016842	GCA	2	6	475497	475502	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	378972954
10055	NC_016842	CGCT	2	8	475548	475555	0 %	25 %	25 %	50 %	378972954
10056	NC_016842	TCAG	2	8	475595	475602	25 %	25 %	25 %	25 %	378972954
10057	NC_016842	CTC	2	6	475710	475715	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	378972954
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10059	NC_016842	GC	3	6	475770	475775	0 %	0 %	50 %	50 %	378972954
10060	NC_016842	GTAC	2	8	475797	475804	25 %	25 %	25 %	25 %	378972954
10061	NC_016842	T	6	6	475878	475883	0 %	100 %	0 %	0 %	378972954
10062	NC_016842	ATTT	2	8	475925	475932	25 %	75 %	0 %	0 %	378972954
10063	NC_016842	CG	3	6	476094	476099	0 %	0 %	50 %	50 %	378972954
10064	NC_016842	TGC	2	6	476103	476108	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	378972954
10065	NC_016842	TC	3	6	476119	476124	0 %	50 %	0 %	50 %	378972954
10066	NC_016842	GTG	2	6	476134	476139	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	Non-Coding
10067	NC_016842	CG	3	6	476154	476159	0 %	0 %	50 %	50 %	Non-Coding
10068	NC_016842	GAG	2	6	476180	476185	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	Non-Coding
10069	NC_016842	GC	3	6	476206	476211	0 %	0 %	50 %	50 %	378972955
10070	NC_016842	TGA	2	6	476238	476243	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	378972955
10071	NC_016842	TAT	2	6	476266	476271	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	378972955
10072	NC_016842	CAG	2	6	476332	476337	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	378972955
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10074	NC_016842	ATC	2	6	476371	476376	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	378972955
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10079	NC_016842	GCGT	2	8	476547	476554	0 %	25 %	50 %	25 %	378972955
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10083	NC_016842	GAG	2	6	476717	476722	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	378972955
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10087	NC_016842	GAT	2	6	476815	476820	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	378972955
10088	NC_016842	TGA	2	6	476826	476831	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	378972955
10089	NC_016842	GGT	2	6	476932	476937	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	378972955
10090	NC_016842	TGGA	2	8	477076	477083	25 %	25 %	50 %	0 %	378972955
10091	NC_016842	CG	3	6	477096	477101	0 %	0 %	50 %	50 %	378972955
10092	NC_016842	TAT	2	6	477108	477113	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	378972955
10093	NC_016842	CTGA	2	8	477270	477277	25 %	25 %	25 %	25 %	378972955
10094	NC_016842	T	8	8	477301	477308	0 %	100 %	0 %	0 %	378972956
10095	NC_016842	GTC	2	6	477354	477359	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	378972956
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10098	NC_016842	CTG	2	6	477521	477526	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	378972956
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10101	NC_016842	CTTT	2	8	477601	477608	0 %	75 %	0 %	25 %	378972956
10102	NC_016842	CG	3	6	477622	477627	0 %	0 %	50 %	50 %	378972956
10103	NC_016842	CTT	2	6	477631	477636	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	378972956
10104	NC_016842	A	6	6	477712	477717	100 %	0 %	0 %	0 %	378972956
10105	NC_016842	A	7	7	477746	477752	100 %	0 %	0 %	0 %	378972956
10106	NC_016842	TGC	2	6	477785	477790	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	378972956
10107	NC_016842	ACC	2	6	477822	477827	33.33 %	0 %	0 %	66.67 %	378972956
10108	NC_016842	GCT	2	6	477932	477937	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
10109	NC_016842	ATG	2	6	477938	477943	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
10110	NC_016842	AGT	2	6	477950	477955	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
10111	NC_016842	T	6	6	477967	477972	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
10112	NC_016842	ACA	2	6	478009	478014	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	378972957
10113	NC_016842	ACT	2	6	478061	478066	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	378972957
10114	NC_016842	T	6	6	478083	478088	0 %	100 %	0 %	0 %	378972957
10115	NC_016842	TGA	2	6	478120	478125	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	378972957
10116	NC_016842	TGGAT	2	10	478140	478149	20 %	40 %	40 %	0 %	378972957
10117	NC_016842	ACAGGA	2	12	478153	478164	50 %	0 %	33.33 %	16.67 %	378972957
10118	NC_016842	TGC	2	6	478186	478191	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	378972957
10119	NC_016842	ACG	2	6	478193	478198	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	378972957
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10121	NC_016842	GTG	2	6	478298	478303	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	378972957
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10123	NC_016842	CAGA	2	8	478334	478341	50 %	0 %	25 %	25 %	378972957
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10246	NC_016842	TGA	2	6	485516	485521	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	378972962
10247	NC_016842	AGC	2	6	485524	485529	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	378972962
10248	NC_016842	ATC	2	6	485640	485645	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	378972962
10249	NC_016842	TCA	2	6	485663	485668	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	378972962
10250	NC_016842	GGA	2	6	485723	485728	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	378972963
10251	NC_016842	CTT	2	6	485747	485752	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	378972963
10252	NC_016842	T	6	6	485821	485826	0 %	100 %	0 %	0 %	378972963
10253	NC_016842	GCA	2	6	485850	485855	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	378972963
10254	NC_016842	ATCA	2	8	485900	485907	50 %	25 %	0 %	25 %	378972963
10255	NC_016842	TGT	2	6	485908	485913	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	378972963
10256	NC_016842	GCG	2	6	485942	485947	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	378972963
10257	NC_016842	A	6	6	485996	486001	100 %	0 %	0 %	0 %	378972963
10258	NC_016842	G	6	6	486092	486097	0 %	0 %	100 %	0 %	378972963
10259	NC_016842	GCC	2	6	486120	486125	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	378972963
10260	NC_016842	GCA	2	6	486126	486131	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	378972963
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10263	NC_016842	TTC	2	6	486384	486389	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	378972963
10264	NC_016842	GTC	2	6	486425	486430	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	378972963
10265	NC_016842	AGCAA	2	10	486592	486601	60 %	0 %	20 %	20 %	378972963
10266	NC_016842	TAC	2	6	486771	486776	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	378972964
10267	NC_016842	AAG	2	6	486785	486790	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	378972964
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10270	NC_016842	GA	3	6	486827	486832	50 %	0 %	50 %	0 %	378972964
10271	NC_016842	GAAG	2	8	486835	486842	50 %	0 %	50 %	0 %	378972964
10272	NC_016842	CGTG	2	8	486875	486882	0 %	25 %	50 %	25 %	378972964
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10278	NC_016842	CG	3	6	487089	487094	0 %	0 %	50 %	50 %	378972964
10279	NC_016842	CAAG	2	8	487095	487102	50 %	0 %	25 %	25 %	378972964
10280	NC_016842	TGA	2	6	487133	487138	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	378972964
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10283	NC_016842	AGGG	2	8	487289	487296	25 %	0 %	75 %	0 %	378972964
10284	NC_016842	GC	3	6	487412	487417	0 %	0 %	50 %	50 %	378972964
10285	NC_016842	AGCG	2	8	487437	487444	25 %	0 %	50 %	25 %	378972964
10286	NC_016842	AACA	2	8	487525	487532	75 %	0 %	0 %	25 %	378972964
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10289	NC_016842	G	6	6	487621	487626	0 %	0 %	100 %	0 %	378972964
10290	NC_016842	GTC	2	6	487643	487648	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	378972964
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10293	NC_016842	CGTC	2	8	487856	487863	0 %	25 %	25 %	50 %	378972964
10294	NC_016842	CGTG	2	8	487864	487871	0 %	25 %	50 %	25 %	378972964
10295	NC_016842	CGG	2	6	487923	487928	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	378972964
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10297	NC_016842	GTGC	2	8	487973	487980	0 %	25 %	50 %	25 %	378972964
10298	NC_016842	CA	3	6	488013	488018	50 %	0 %	0 %	50 %	378972964
10299	NC_016842	GGCG	2	8	488086	488093	0 %	0 %	75 %	25 %	Non-Coding
10300	NC_016842	CAG	2	6	488104	488109	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
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10303	NC_016842	TGC	2	6	488250	488255	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	378972965
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10311	NC_016842	CG	3	6	488787	488792	0 %	0 %	50 %	50 %	378972965
10312	NC_016842	TGTA	2	8	488805	488812	25 %	50 %	25 %	0 %	378972965
10313	NC_016842	TG	3	6	488863	488868	0 %	50 %	50 %	0 %	378972965
10314	NC_016842	ACGTGC	2	12	488877	488888	16.67 %	16.67 %	33.33 %	33.33 %	378972965
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10317	NC_016842	GGAT	2	8	489070	489077	25 %	25 %	50 %	0 %	378972965
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10319	NC_016842	A	6	6	489274	489279	100 %	0 %	0 %	0 %	378972965
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10332	NC_016842	GGTGCG	2	12	489850	489861	0 %	16.67 %	66.67 %	16.67 %	378972965
10333	NC_016842	AGG	2	6	489951	489956	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	Non-Coding
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10355	NC_016842	CG	3	6	490907	490912	0 %	0 %	50 %	50 %	378972967
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10361	NC_016842	GC	4	8	491153	491160	0 %	0 %	50 %	50 %	378972967
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10363	NC_016842	CTGG	2	8	491393	491400	0 %	25 %	50 %	25 %	Non-Coding
10364	NC_016842	G	6	6	491399	491404	0 %	0 %	100 %	0 %	Non-Coding
10365	NC_016842	TGC	2	6	491450	491455	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	378972968
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10367	NC_016842	GAG	2	6	491491	491496	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	378972968
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