MICAS: Microsatellite Analysis Server 3.0

All Repeats of Thermovirga lienii DSM 17291 chromosome

Total Repeats: 38427

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S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Length	Start	End	A%	T%	G%	C%	Protein ID
1	NC_016148	ATT	2	6	10	15	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
2	NC_016148	T	6	6	52	57	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
3	NC_016148	TGA	2	6	76	81	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	357418852
4	NC_016148	CTT	2	6	111	116	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	357418852
5	NC_016148	GA	3	6	125	130	50 %	0 %	50 %	0 %	357418852
6	NC_016148	AT	3	6	154	159	50 %	50 %	0 %	0 %	357418852
7	NC_016148	TTC	2	6	307	312	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	357418852
8	NC_016148	AGA	2	6	335	340	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	357418852
9	NC_016148	GCC	2	6	364	369	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	357418852
10	NC_016148	GGCT	2	8	442	449	0 %	25 %	50 %	25 %	357418852
11	NC_016148	GAG	2	6	514	519	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	357418852
12	NC_016148	AAT	2	6	645	650	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	357418852
13	NC_016148	CAAA	2	8	665	672	75 %	0 %	0 %	25 %	357418852
14	NC_016148	CTC	2	6	693	698	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	357418852
15	NC_016148	GAC	2	6	702	707	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	357418852
16	NC_016148	ATG	2	6	772	777	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	357418852
17	NC_016148	A	7	7	779	785	100 %	0 %	0 %	0 %	357418852
18	NC_016148	GAG	2	6	834	839	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	357418852
19	NC_016148	GCC	2	6	884	889	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	357418852
20	NC_016148	AAAG	2	8	920	927	75 %	0 %	25 %	0 %	357418852
21	NC_016148	A	6	6	935	940	100 %	0 %	0 %	0 %	357418852
22	NC_016148	TTC	2	6	966	971	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	357418852
23	NC_016148	CAA	2	6	1046	1051	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	357418852
24	NC_016148	CAG	2	6	1140	1145	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	357418852
25	NC_016148	CAG	2	6	1150	1155	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	357418852
26	NC_016148	AGC	2	6	1188	1193	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	357418852
27	NC_016148	CAGA	2	8	1220	1227	50 %	0 %	25 %	25 %	357418852
28	NC_016148	CAG	2	6	1241	1246	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	357418852
29	NC_016148	GAA	2	6	1325	1330	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	357418852
30	NC_016148	AGG	2	6	1336	1341	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	357418852
31	NC_016148	AAG	2	6	1347	1352	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	357418852
32	NC_016148	ATAAA	2	10	1378	1387	80 %	20 %	0 %	0 %	357418852
33	NC_016148	AAGG	2	8	1433	1440	50 %	0 %	50 %	0 %	Non-Coding
34	NC_016148	TTG	2	6	1513	1518	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
35	NC_016148	T	7	7	1529	1535	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
36	NC_016148	A	6	6	1547	1552	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
37	NC_016148	ATT	2	6	1556	1561	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
38	NC_016148	CTA	2	6	1572	1577	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
39	NC_016148	AT	3	6	1587	1592	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
40	NC_016148	A	7	7	1621	1627	100 %	0 %	0 %	0 %	357418853
41	NC_016148	CTT	2	6	1669	1674	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	357418853
42	NC_016148	GTA	2	6	1682	1687	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	357418853
43	NC_016148	GCAA	2	8	1758	1765	50 %	0 %	25 %	25 %	357418853
44	NC_016148	GTA	2	6	1846	1851	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	357418853
45	NC_016148	AAG	2	6	1864	1869	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	357418853
46	NC_016148	GGA	2	6	1903	1908	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	357418853
47	NC_016148	A	7	7	1931	1937	100 %	0 %	0 %	0 %	357418853
48	NC_016148	T	6	6	2007	2012	0 %	100 %	0 %	0 %	357418853
49	NC_016148	CTT	2	6	2041	2046	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	357418853
50	NC_016148	GAA	2	6	2047	2052	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	357418853
51	NC_016148	GAG	2	6	2077	2082	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	357418853
52	NC_016148	GAA	2	6	2153	2158	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	357418853
53	NC_016148	CT	3	6	2167	2172	0 %	50 %	0 %	50 %	357418853
54	NC_016148	GAA	2	6	2197	2202	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	357418853
55	NC_016148	AGGA	2	8	2241	2248	50 %	0 %	50 %	0 %	357418853
56	NC_016148	TCC	2	6	2254	2259	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	357418853
57	NC_016148	TGG	2	6	2315	2320	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	357418853
58	NC_016148	TCC	2	6	2361	2366	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	357418853
59	NC_016148	CT	3	6	2380	2385	0 %	50 %	0 %	50 %	357418853
60	NC_016148	AGA	2	6	2390	2395	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	357418853
61	NC_016148	TGGA	2	8	2401	2408	25 %	25 %	50 %	0 %	357418853
62	NC_016148	GGA	2	6	2500	2505	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	357418853
63	NC_016148	GAG	2	6	2551	2556	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	357418853
64	NC_016148	TGGA	2	8	2615	2622	25 %	25 %	50 %	0 %	357418853
65	NC_016148	TGT	2	6	2681	2686	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	357418853
66	NC_016148	GAT	2	6	2767	2772	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	357418854
67	NC_016148	GA	3	6	2856	2861	50 %	0 %	50 %	0 %	357418854
68	NC_016148	GATGG	2	10	2905	2914	20 %	20 %	60 %	0 %	357418854
69	NC_016148	A	6	6	2970	2975	100 %	0 %	0 %	0 %	357418854
70	NC_016148	TTTG	2	8	2978	2985	0 %	75 %	25 %	0 %	357418854
71	NC_016148	GAA	2	6	3002	3007	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	357418854
72	NC_016148	GGC	2	6	3016	3021	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	357418854
73	NC_016148	TGG	2	6	3055	3060	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	357418854
74	NC_016148	CAG	2	6	3067	3072	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	357418854
75	NC_016148	CTT	2	6	3099	3104	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	357418854
76	NC_016148	TGG	2	6	3132	3137	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	357418854
77	NC_016148	GGA	2	6	3140	3145	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	357418854
78	NC_016148	AGG	3	9	3152	3160	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	357418854
79	NC_016148	AT	3	6	3212	3217	50 %	50 %	0 %	0 %	357418854
80	NC_016148	A	7	7	3240	3246	100 %	0 %	0 %	0 %	357418854
81	NC_016148	AAG	2	6	3259	3264	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	357418854
82	NC_016148	AT	3	6	3270	3275	50 %	50 %	0 %	0 %	357418854
83	NC_016148	AG	3	6	3298	3303	50 %	0 %	50 %	0 %	357418854
84	NC_016148	AGGTT	2	10	3350	3359	20 %	40 %	40 %	0 %	357418854
85	NC_016148	TGA	2	6	3385	3390	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	357418854
86	NC_016148	TC	3	6	3401	3406	0 %	50 %	0 %	50 %	357418854
87	NC_016148	GAT	2	6	3431	3436	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	357418854
88	NC_016148	GGA	2	6	3442	3447	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	357418854
89	NC_016148	AGA	2	6	3481	3486	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	357418854
90	NC_016148	TA	3	6	3489	3494	50 %	50 %	0 %	0 %	357418854
91	NC_016148	T	6	6	3562	3567	0 %	100 %	0 %	0 %	357418854
92	NC_016148	CAG	2	6	3568	3573	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	357418854
93	NC_016148	AGA	2	6	3581	3586	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	357418854
94	NC_016148	GA	3	6	3629	3634	50 %	0 %	50 %	0 %	357418854
95	NC_016148	A	6	6	3644	3649	100 %	0 %	0 %	0 %	357418854
96	NC_016148	GGAA	2	8	3691	3698	50 %	0 %	50 %	0 %	357418854
97	NC_016148	GA	3	6	3699	3704	50 %	0 %	50 %	0 %	357418854
98	NC_016148	GAC	2	6	3748	3753	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	357418854
99	NC_016148	TC	3	6	3815	3820	0 %	50 %	0 %	50 %	357418854
100	NC_016148	ATG	2	6	3876	3881	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	357418855
101	NC_016148	TAG	2	6	3885	3890	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	357418855
102	NC_016148	AGC	2	6	3916	3921	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	357418855
103	NC_016148	ACTTT	2	10	3950	3959	20 %	60 %	0 %	20 %	357418855
104	NC_016148	AGG	2	6	4009	4014	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	357418855
105	NC_016148	TGG	2	6	4054	4059	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	357418855
106	NC_016148	GGC	2	6	4072	4077	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	357418855
107	NC_016148	ACC	2	6	4167	4172	33.33 %	0 %	0 %	66.67 %	357418855
108	NC_016148	AAG	2	6	4221	4226	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	357418855
109	NC_016148	GGA	2	6	4334	4339	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	357418855
110	NC_016148	TGA	2	6	4500	4505	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	357418855
111	NC_016148	AG	3	6	4520	4525	50 %	0 %	50 %	0 %	357418855
112	NC_016148	GA	3	6	4548	4553	50 %	0 %	50 %	0 %	357418855
113	NC_016148	ATA	2	6	4613	4618	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	357418855
114	NC_016148	AT	4	8	4772	4779	50 %	50 %	0 %	0 %	357418855
115	NC_016148	CAA	2	6	4791	4796	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	357418855
116	NC_016148	CCTTC	2	10	4798	4807	0 %	40 %	0 %	60 %	357418855
117	NC_016148	A	6	6	4930	4935	100 %	0 %	0 %	0 %	357418855
118	NC_016148	GAG	2	6	4985	4990	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	357418855
119	NC_016148	AAT	2	6	5005	5010	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	357418855
120	NC_016148	AT	3	6	5077	5082	50 %	50 %	0 %	0 %	357418855
121	NC_016148	GAT	2	6	5096	5101	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	357418855
122	NC_016148	GAA	2	6	5208	5213	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	357418855
123	NC_016148	GAA	3	9	5273	5281	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	357418855
124	NC_016148	AT	3	6	5306	5311	50 %	50 %	0 %	0 %	357418855
125	NC_016148	ACG	2	6	5493	5498	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	357418855
126	NC_016148	TA	3	6	5501	5506	50 %	50 %	0 %	0 %	357418855
127	NC_016148	GA	3	6	5528	5533	50 %	0 %	50 %	0 %	357418855
128	NC_016148	GAA	2	6	5536	5541	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	357418855
129	NC_016148	TGAA	2	8	5598	5605	50 %	25 %	25 %	0 %	357418855
130	NC_016148	GCAG	2	8	5607	5614	25 %	0 %	50 %	25 %	357418855
131	NC_016148	A	7	7	5621	5627	100 %	0 %	0 %	0 %	357418855
132	NC_016148	GATAGA	2	12	5698	5709	50 %	16.67 %	33.33 %	0 %	357418855
133	NC_016148	A	6	6	5709	5714	100 %	0 %	0 %	0 %	357418855
134	NC_016148	GAAG	2	8	5718	5725	50 %	0 %	50 %	0 %	357418855
135	NC_016148	AGA	2	6	5726	5731	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	357418855
136	NC_016148	AAG	2	6	5733	5738	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	357418855
137	NC_016148	AGG	2	6	5775	5780	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	357418856
138	NC_016148	A	6	6	5783	5788	100 %	0 %	0 %	0 %	357418856
139	NC_016148	AGT	2	6	5801	5806	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	357418856
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142	NC_016148	TTG	3	9	5923	5931	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	357418856
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267	NC_016148	TGA	2	6	11412	11417	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
268	NC_016148	CTT	2	6	11432	11437	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
269	NC_016148	AGGG	2	8	11447	11454	25 %	0 %	75 %	0 %	Non-Coding
270	NC_016148	CAT	2	6	11489	11494	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
271	NC_016148	ACT	2	6	11502	11507	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	357418861
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273	NC_016148	TTA	2	6	11555	11560	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	357418861
274	NC_016148	TGA	2	6	11604	11609	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	357418861
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277	NC_016148	TGAA	2	8	11777	11784	50 %	25 %	25 %	0 %	357418861
278	NC_016148	TA	3	6	11809	11814	50 %	50 %	0 %	0 %	357418861
279	NC_016148	T	6	6	11823	11828	0 %	100 %	0 %	0 %	357418861
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401	NC_016148	TC	3	6	18094	18099	0 %	50 %	0 %	50 %	357418865
402	NC_016148	GGGT	2	8	18121	18128	0 %	25 %	75 %	0 %	357418865
403	NC_016148	TTTC	2	8	18161	18168	0 %	75 %	0 %	25 %	357418865
404	NC_016148	ATT	2	6	18271	18276	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	357418865
405	NC_016148	CCA	2	6	18278	18283	33.33 %	0 %	0 %	66.67 %	357418865
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407	NC_016148	GTT	2	6	18499	18504	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	357418865
408	NC_016148	ATG	2	6	18553	18558	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
409	NC_016148	AGG	2	6	18567	18572	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	Non-Coding
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435	NC_016148	GCCA	2	8	19575	19582	25 %	0 %	25 %	50 %	357418866
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437	NC_016148	C	6	6	19606	19611	0 %	0 %	0 %	100 %	Non-Coding
438	NC_016148	ATT	2	6	19633	19638	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
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442	NC_016148	CCA	2	6	19817	19822	33.33 %	0 %	0 %	66.67 %	357418867
443	NC_016148	T	6	6	19837	19842	0 %	100 %	0 %	0 %	357418867
444	NC_016148	GA	3	6	19849	19854	50 %	0 %	50 %	0 %	357418867
445	NC_016148	GGAT	2	8	19919	19926	25 %	25 %	50 %	0 %	357418867
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451	NC_016148	A	7	7	20198	20204	100 %	0 %	0 %	0 %	357418867
452	NC_016148	AGGGGA	2	12	20261	20272	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	357418867
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455	NC_016148	ATC	2	6	20335	20340	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	357418867
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457	NC_016148	AAAT	2	8	20459	20466	75 %	25 %	0 %	0 %	Non-Coding
458	NC_016148	TGT	2	6	20507	20512	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
459	NC_016148	ATAAAA	2	12	20515	20526	83.33 %	16.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
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462	NC_016148	TGG	2	6	20719	20724	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	357418868
463	NC_016148	TG	3	6	20827	20832	0 %	50 %	50 %	0 %	357418868
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498	NC_016148	AGG	2	6	22752	22757	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	Non-Coding
499	NC_016148	GCTTG	2	10	22776	22785	0 %	40 %	40 %	20 %	357418871
500	NC_016148	TAC	2	6	22819	22824	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	357418871

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