MICAS: Microsatellite Analysis Server 3.0

All Repeats of Thermus scotoductus SA-01 plasmid pTSC8

Total Repeats: 165

S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Length	Start	End	A%	T%	G%	C%	Protein ID
1	NC_014975	CCT	2	6	132	137	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	320449094
2	NC_014975	TGG	2	6	149	154	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	320449094
3	NC_014975	TTTC	2	8	157	164	0 %	75 %	0 %	25 %	320449094
4	NC_014975	CTC	2	6	310	315	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	320449094
5	NC_014975	TGG	2	6	350	355	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	320449094
6	NC_014975	TGG	2	6	410	415	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	320449094
7	NC_014975	ACC	2	6	439	444	33.33 %	0 %	0 %	66.67 %	320449094
8	NC_014975	GGAGG	2	10	462	471	20 %	0 %	80 %	0 %	320449094
9	NC_014975	GGT	3	9	531	539	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	320449094
10	NC_014975	GGT	2	6	579	584	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	320449094
11	NC_014975	G	6	6	592	597	0 %	0 %	100 %	0 %	320449094
12	NC_014975	GGA	2	6	668	673	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	320449095
13	NC_014975	GGC	2	6	676	681	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	320449095
14	NC_014975	CAGG	2	8	794	801	25 %	0 %	50 %	25 %	320449095
15	NC_014975	GCG	2	6	848	853	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	320449095
16	NC_014975	CAC	2	6	872	877	33.33 %	0 %	0 %	66.67 %	320449095
17	NC_014975	GAGGC	2	10	897	906	20 %	0 %	60 %	20 %	320449095
18	NC_014975	CCT	2	6	925	930	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	320449095
19	NC_014975	ACC	2	6	1000	1005	33.33 %	0 %	0 %	66.67 %	320449095
20	NC_014975	AAG	2	6	1025	1030	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	320449095
21	NC_014975	TGG	2	6	1076	1081	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	320449096
22	NC_014975	G	6	6	1118	1123	0 %	0 %	100 %	0 %	320449096
23	NC_014975	CCA	2	6	1151	1156	33.33 %	0 %	0 %	66.67 %	320449096
24	NC_014975	GGA	2	6	1203	1208	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	320449096
25	NC_014975	CCCTGG	2	12	1289	1300	0 %	16.67 %	33.33 %	50 %	320449096
26	NC_014975	ACC	2	6	1361	1366	33.33 %	0 %	0 %	66.67 %	320449096
27	NC_014975	CTCC	2	8	1410	1417	0 %	25 %	0 %	75 %	320449096
28	NC_014975	GGA	2	6	1437	1442	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	320449096
29	NC_014975	CCT	2	6	1452	1457	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	320449096
30	NC_014975	GGA	3	9	1470	1478	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	320449096
31	NC_014975	GGAAA	2	10	1530	1539	60 %	0 %	40 %	0 %	320449096
32	NC_014975	CCT	2	6	1708	1713	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	320449096
33	NC_014975	TGG	2	6	1725	1730	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	320449096
34	NC_014975	TTTC	2	8	1732	1739	0 %	75 %	0 %	25 %	320449096
35	NC_014975	CTC	2	6	1885	1890	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	320449096
36	NC_014975	TGG	2	6	1925	1930	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	320449096
37	NC_014975	ACC	2	6	2014	2019	33.33 %	0 %	0 %	66.67 %	320449096
38	NC_014975	GGAGG	2	10	2037	2046	20 %	0 %	80 %	0 %	320449096
39	NC_014975	GGT	3	9	2106	2114	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	320449096
40	NC_014975	GGT	2	6	2154	2159	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	320449096
41	NC_014975	G	6	6	2167	2172	0 %	0 %	100 %	0 %	320449096
42	NC_014975	GGA	2	6	2243	2248	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	320449097
43	NC_014975	GGC	2	6	2251	2256	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	320449097
44	NC_014975	CAGG	2	8	2369	2376	25 %	0 %	50 %	25 %	320449097
45	NC_014975	GCG	2	6	2423	2428	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	320449097
46	NC_014975	GAGGC	2	10	2472	2481	20 %	0 %	60 %	20 %	320449097
47	NC_014975	TCC	2	6	2548	2553	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	320449097
48	NC_014975	TGCC	2	8	2561	2568	0 %	25 %	25 %	50 %	320449097
49	NC_014975	G	6	6	2575	2580	0 %	0 %	100 %	0 %	320449097
50	NC_014975	GGC	2	6	2597	2602	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	320449097
51	NC_014975	GAA	2	6	2651	2656	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	320449097
52	NC_014975	GGC	2	6	2657	2662	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	320449097
53	NC_014975	CTT	2	6	2753	2758	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	320449098
54	NC_014975	CCG	2	6	2919	2924	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	320449098
55	NC_014975	CTT	2	6	2936	2941	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	320449098
56	NC_014975	CCT	2	6	2974	2979	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	320449098
57	NC_014975	GAG	2	6	3107	3112	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	320449098
58	NC_014975	CCCG	2	8	3234	3241	0 %	0 %	25 %	75 %	320449099
59	NC_014975	C	7	7	3448	3454	0 %	0 %	0 %	100 %	320449099
60	NC_014975	AGGGC	2	10	3493	3502	20 %	0 %	60 %	20 %	320449099
61	NC_014975	GAG	3	9	3596	3604	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	320449099
62	NC_014975	AGG	2	6	3699	3704	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	320449099
63	NC_014975	GCC	2	6	3711	3716	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	320449099
64	NC_014975	CCG	2	6	3757	3762	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	320449099
65	NC_014975	CAC	2	6	3764	3769	33.33 %	0 %	0 %	66.67 %	320449099
66	NC_014975	CAC	2	6	3833	3838	33.33 %	0 %	0 %	66.67 %	320449099
67	NC_014975	CCA	2	6	3856	3861	33.33 %	0 %	0 %	66.67 %	320449099
68	NC_014975	TCCT	2	8	3869	3876	0 %	50 %	0 %	50 %	320449099
69	NC_014975	GAAGG	2	10	3887	3896	40 %	0 %	60 %	0 %	320449099
70	NC_014975	CCCTGG	2	12	3974	3985	0 %	16.67 %	33.33 %	50 %	320449099
71	NC_014975	AGGC	2	8	4153	4160	25 %	0 %	50 %	25 %	320449100
72	NC_014975	GCC	2	6	4182	4187	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	320449100
73	NC_014975	CAG	2	6	4188	4193	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	320449100
74	NC_014975	CTCCAC	2	12	4218	4229	16.67 %	16.67 %	0 %	66.67 %	320449100
75	NC_014975	AGG	2	6	4237	4242	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	320449100
76	NC_014975	TGG	2	6	4255	4260	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	320449100
77	NC_014975	TGG	2	6	4303	4308	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	320449100
78	NC_014975	ACCC	2	8	4340	4347	25 %	0 %	0 %	75 %	320449100
79	NC_014975	AGG	2	6	4408	4413	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	320449100
80	NC_014975	GGA	2	6	4470	4475	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	320449101
81	NC_014975	CCT	2	6	4524	4529	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	320449101
82	NC_014975	TGG	3	9	4598	4606	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	320449101
83	NC_014975	CTTCC	2	10	4613	4622	0 %	40 %	0 %	60 %	320449101
84	NC_014975	GGA	2	6	4653	4658	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	320449101
85	NC_014975	CCTG	2	8	4710	4717	0 %	25 %	25 %	50 %	320449101
86	NC_014975	AAG	2	6	4719	4724	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	320449101
87	NC_014975	CAC	2	6	4771	4776	33.33 %	0 %	0 %	66.67 %	320449101
88	NC_014975	G	7	7	4899	4905	0 %	0 %	100 %	0 %	320449102
89	NC_014975	GAG	2	6	4963	4968	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	320449102
90	NC_014975	AGG	2	6	5009	5014	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	320449102
91	NC_014975	GTG	2	6	5033	5038	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	320449102
92	NC_014975	CAC	2	6	5137	5142	33.33 %	0 %	0 %	66.67 %	320449102
93	NC_014975	CCCG	2	8	5143	5150	0 %	0 %	25 %	75 %	320449102
94	NC_014975	TCC	2	6	5224	5229	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	320449102
95	NC_014975	C	6	6	5232	5237	0 %	0 %	0 %	100 %	320449102
96	NC_014975	CAC	2	6	5281	5286	33.33 %	0 %	0 %	66.67 %	320449102
97	NC_014975	G	6	6	5373	5378	0 %	0 %	100 %	0 %	320449102
98	NC_014975	AGGA	2	8	5381	5388	50 %	0 %	50 %	0 %	320449102
99	NC_014975	AGG	2	6	5393	5398	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	320449102
100	NC_014975	GGA	2	6	5475	5480	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	320449102
101	NC_014975	CAC	2	6	5554	5559	33.33 %	0 %	0 %	66.67 %	320449102
102	NC_014975	TCC	2	6	5661	5666	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	320449102
103	NC_014975	TCC	2	6	5696	5701	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	320449102
104	NC_014975	CGG	2	6	5748	5753	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	320449102
105	NC_014975	CCA	2	6	5760	5765	33.33 %	0 %	0 %	66.67 %	320449102
106	NC_014975	GGA	2	6	5805	5810	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	320449102
107	NC_014975	CTCC	2	8	5829	5836	0 %	25 %	0 %	75 %	320449102
108	NC_014975	GCC	2	6	5893	5898	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	320449102
109	NC_014975	G	6	6	5907	5912	0 %	0 %	100 %	0 %	320449102
110	NC_014975	T	6	6	6002	6007	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
111	NC_014975	GGC	2	6	6062	6067	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	320449103
112	NC_014975	CCT	2	6	6089	6094	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	320449103
113	NC_014975	TGG	2	6	6145	6150	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	320449103
114	NC_014975	GCA	2	6	6196	6201	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	320449103
115	NC_014975	TAC	2	6	6234	6239	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	320449103
116	NC_014975	G	7	7	6347	6353	0 %	0 %	100 %	0 %	320449103
117	NC_014975	ACCC	2	8	6368	6375	25 %	0 %	0 %	75 %	320449103
118	NC_014975	GGA	2	6	6377	6382	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	320449103
119	NC_014975	TCT	2	6	6412	6417	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	320449103
120	NC_014975	GAG	2	6	6432	6437	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	320449103
121	NC_014975	CTGGAG	2	12	6441	6452	16.67 %	16.67 %	50 %	16.67 %	320449103
122	NC_014975	CCT	2	6	6491	6496	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	320449103
123	NC_014975	TCT	2	6	6520	6525	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	320449103
124	NC_014975	CTC	2	6	6582	6587	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	320449103
125	NC_014975	GGAG	2	8	6608	6615	25 %	0 %	75 %	0 %	320449103
126	NC_014975	GGA	2	6	6641	6646	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	320449103
127	NC_014975	CCCCG	2	10	6781	6790	0 %	0 %	20 %	80 %	Non-Coding
128	NC_014975	GGGTG	2	10	6800	6809	0 %	20 %	80 %	0 %	Non-Coding
129	NC_014975	GGCT	2	8	6829	6836	0 %	25 %	50 %	25 %	320449104
130	NC_014975	C	7	7	6869	6875	0 %	0 %	0 %	100 %	320449104
131	NC_014975	CAG	2	6	6885	6890	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	320449104
132	NC_014975	AGG	2	6	6898	6903	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	320449104
133	NC_014975	CCT	2	6	6932	6937	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	320449104
134	NC_014975	GAA	2	6	6945	6950	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	320449104
135	NC_014975	GCG	2	6	7044	7049	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	320449104
136	NC_014975	TCC	2	6	7051	7056	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	320449104
137	NC_014975	CCTTCA	2	12	7088	7099	16.67 %	33.33 %	0 %	50 %	320449104
138	NC_014975	TCC	2	6	7108	7113	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	320449104
139	NC_014975	AGG	2	6	7219	7224	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	320449104
140	NC_014975	GCC	2	6	7252	7257	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	320449104
141	NC_014975	ACC	2	6	7258	7263	33.33 %	0 %	0 %	66.67 %	320449104
142	NC_014975	GCG	2	6	7272	7277	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	320449104
143	NC_014975	AGG	2	6	7338	7343	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	320449105
144	NC_014975	GTG	2	6	7383	7388	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	320449105
145	NC_014975	GGT	2	6	7399	7404	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	320449105
146	NC_014975	TCT	2	6	7441	7446	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	320449105
147	NC_014975	CCT	2	6	7501	7506	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	320449105
148	NC_014975	CCGC	2	8	7507	7514	0 %	0 %	25 %	75 %	320449105
149	NC_014975	AGG	2	6	7524	7529	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	320449105
150	NC_014975	ATC	2	6	7542	7547	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	320449105
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152	NC_014975	CAC	2	6	7619	7624	33.33 %	0 %	0 %	66.67 %	320449105
153	NC_014975	GTG	2	6	7641	7646	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	320449105
154	NC_014975	CTC	2	6	7724	7729	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	320449105
155	NC_014975	GCA	2	6	7738	7743	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	320449105
156	NC_014975	CCGTGG	2	12	7750	7761	0 %	16.67 %	50 %	33.33 %	320449105
157	NC_014975	ACC	2	6	7869	7874	33.33 %	0 %	0 %	66.67 %	320449105
158	NC_014975	TGGGA	2	10	7897	7906	20 %	20 %	60 %	0 %	320449105
159	NC_014975	AGG	2	6	7962	7967	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	320449105
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162	NC_014975	AGG	2	6	8100	8105	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	320449105
163	NC_014975	AGG	2	6	8151	8156	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	320449105
164	NC_014975	GC	3	6	8324	8329	0 %	0 %	50 %	50 %	320449105
165	NC_014975	TACCT	2	10	8344	8353	20 %	40 %	0 %	40 %	320449105

©2012. Centre for DNA Fingerprinting & Diagnostics (CDFD), Hyderabad.