MICAS: Microsatellite Analysis Server 3.0

All Repeats of thiomonas intermedia K12 plasmid pTINT02

Total Repeats: 426

S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Length	Start	End	A%	T%	G%	C%	Protein ID
1	NC_014155	TCA	2	6	3	8	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
2	NC_014155	GTCG	2	8	43	50	0 %	25 %	50 %	25 %	Non-Coding
3	NC_014155	GGCT	2	8	518	525	0 %	25 %	50 %	25 %	Non-Coding
4	NC_014155	GCC	2	6	528	533	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	Non-Coding
5	NC_014155	TG	3	6	545	550	0 %	50 %	50 %	0 %	Non-Coding
6	NC_014155	TGGC	2	8	557	564	0 %	25 %	50 %	25 %	Non-Coding
7	NC_014155	CAT	2	6	578	583	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
8	NC_014155	ACA	2	6	600	605	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
9	NC_014155	TAT	2	6	657	662	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
10	NC_014155	TGC	3	9	783	791	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	296137656
11	NC_014155	GCA	2	6	803	808	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	296137656
12	NC_014155	TAC	2	6	931	936	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	296137656
13	NC_014155	TCA	2	6	997	1002	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	296137656
14	NC_014155	GAG	2	6	1123	1128	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	296137656
15	NC_014155	ACG	2	6	1133	1138	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	296137656
16	NC_014155	ATC	2	6	1186	1191	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	296137656
17	NC_014155	GCA	2	6	1230	1235	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	296137656
18	NC_014155	CGTG	2	8	1257	1264	0 %	25 %	50 %	25 %	296137656
19	NC_014155	GAG	2	6	1294	1299	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	296137656
20	NC_014155	CCG	2	6	1312	1317	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	296137656
21	NC_014155	CCA	3	9	1379	1387	33.33 %	0 %	0 %	66.67 %	296137656
22	NC_014155	CGA	2	6	1407	1412	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	296137656
23	NC_014155	CAGT	2	8	1462	1469	25 %	25 %	25 %	25 %	296137656
24	NC_014155	A	6	6	1487	1492	100 %	0 %	0 %	0 %	296137656
25	NC_014155	GCC	2	6	1722	1727	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	Non-Coding
26	NC_014155	C	6	6	1726	1731	0 %	0 %	0 %	100 %	Non-Coding
27	NC_014155	CTG	2	6	1741	1746	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
28	NC_014155	GCG	2	6	1794	1799	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	296137658
29	NC_014155	CG	3	6	1827	1832	0 %	0 %	50 %	50 %	296137658
30	NC_014155	CGG	2	6	1891	1896	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	296137658
31	NC_014155	CGCC	2	8	1911	1918	0 %	0 %	25 %	75 %	296137658
32	NC_014155	AGC	2	6	1931	1936	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	296137658
33	NC_014155	GTG	3	9	2034	2042	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	296137658
34	NC_014155	CGGT	2	8	2202	2209	0 %	25 %	50 %	25 %	296137658
35	NC_014155	CCG	2	6	2293	2298	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	296137658
36	NC_014155	C	7	7	2332	2338	0 %	0 %	0 %	100 %	Non-Coding
37	NC_014155	TTC	2	6	2349	2354	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
38	NC_014155	CCG	2	6	2492	2497	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	296137659
39	NC_014155	GCC	2	6	2511	2516	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	296137659
40	NC_014155	GA	3	6	2566	2571	50 %	0 %	50 %	0 %	296137659
41	NC_014155	TTTGC	2	10	2599	2608	0 %	60 %	20 %	20 %	296137659
42	NC_014155	CGC	2	6	2633	2638	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	296137659
43	NC_014155	GATG	2	8	2702	2709	25 %	25 %	50 %	0 %	296137659
44	NC_014155	ATT	2	6	2715	2720	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	296137659
45	NC_014155	GTA	2	6	2745	2750	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	296137659
46	NC_014155	TCAGGC	2	12	2780	2791	16.67 %	16.67 %	33.33 %	33.33 %	296137659
47	NC_014155	AATCGC	2	12	2835	2846	33.33 %	16.67 %	16.67 %	33.33 %	296137659
48	NC_014155	GAT	2	6	2859	2864	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	296137659
49	NC_014155	ATC	2	6	2875	2880	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	296137659
50	NC_014155	A	7	7	2930	2936	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
51	NC_014155	CGG	2	6	2946	2951	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	Non-Coding
52	NC_014155	GAA	2	6	2962	2967	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
53	NC_014155	TTCTT	2	10	2998	3007	0 %	80 %	0 %	20 %	Non-Coding
54	NC_014155	CACC	2	8	3107	3114	25 %	0 %	0 %	75 %	296137660
55	NC_014155	TAC	2	6	3168	3173	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	296137660
56	NC_014155	GCG	2	6	3212	3217	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	296137660
57	NC_014155	TGG	2	6	3225	3230	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	296137660
58	NC_014155	ATT	2	6	3289	3294	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	296137660
59	NC_014155	TGC	2	6	3310	3315	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	296137660
60	NC_014155	GC	3	6	3359	3364	0 %	0 %	50 %	50 %	296137660
61	NC_014155	GCC	2	6	3398	3403	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	296137660
62	NC_014155	AAT	2	6	3412	3417	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	296137660
63	NC_014155	ACG	2	6	3422	3427	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	296137660
64	NC_014155	ATC	2	6	3428	3433	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	296137660
65	NC_014155	TTG	2	6	3454	3459	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	296137660
66	NC_014155	A	7	7	3522	3528	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
67	NC_014155	TGC	2	6	3560	3565	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
68	NC_014155	C	6	6	3595	3600	0 %	0 %	0 %	100 %	Non-Coding
69	NC_014155	GA	3	6	3610	3615	50 %	0 %	50 %	0 %	Non-Coding
70	NC_014155	CG	3	6	3672	3677	0 %	0 %	50 %	50 %	Non-Coding
71	NC_014155	CGA	2	6	3796	3801	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
72	NC_014155	GCT	2	6	3836	3841	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
73	NC_014155	GCTC	2	8	3852	3859	0 %	25 %	25 %	50 %	Non-Coding
74	NC_014155	CAA	2	6	3964	3969	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	296137661
75	NC_014155	CCTA	2	8	3981	3988	25 %	25 %	0 %	50 %	296137661
76	NC_014155	CCT	2	6	4074	4079	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	296137661
77	NC_014155	GCTG	2	8	4103	4110	0 %	25 %	50 %	25 %	296137661
78	NC_014155	CAT	2	6	4111	4116	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	296137661
79	NC_014155	CGGCC	2	10	4122	4131	0 %	0 %	40 %	60 %	296137661
80	NC_014155	GC	3	6	4182	4187	0 %	0 %	50 %	50 %	296137661
81	NC_014155	GCC	2	6	4195	4200	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	296137661
82	NC_014155	CCGAGG	2	12	4243	4254	16.67 %	0 %	50 %	33.33 %	296137662
83	NC_014155	CGC	2	6	4283	4288	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	296137662
84	NC_014155	GC	3	6	4311	4316	0 %	0 %	50 %	50 %	296137662
85	NC_014155	GCC	2	6	4349	4354	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	Non-Coding
86	NC_014155	CGTTCA	2	12	4382	4393	16.67 %	33.33 %	16.67 %	33.33 %	Non-Coding
87	NC_014155	TGC	2	6	4624	4629	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
88	NC_014155	CTCG	2	8	4676	4683	0 %	25 %	25 %	50 %	296137663
89	NC_014155	CGA	2	6	4739	4744	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	296137663
90	NC_014155	TTCCTG	2	12	4788	4799	0 %	50 %	16.67 %	33.33 %	296137663
91	NC_014155	TCA	2	6	4816	4821	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	296137663
92	NC_014155	CGA	2	6	4835	4840	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	296137663
93	NC_014155	TC	3	6	4847	4852	0 %	50 %	0 %	50 %	296137663
94	NC_014155	TCA	2	6	4891	4896	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	296137663
95	NC_014155	TC	3	6	4904	4909	0 %	50 %	0 %	50 %	296137663
96	NC_014155	CGC	2	6	4958	4963	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	296137663
97	NC_014155	TGT	2	6	4966	4971	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	296137663
98	NC_014155	CCA	2	6	5101	5106	33.33 %	0 %	0 %	66.67 %	296137663
99	NC_014155	CTT	2	6	5109	5114	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	296137663
100	NC_014155	GAA	2	6	5166	5171	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	296137663
101	NC_014155	CAC	2	6	5260	5265	33.33 %	0 %	0 %	66.67 %	296137663
102	NC_014155	TC	3	6	5327	5332	0 %	50 %	0 %	50 %	296137664
103	NC_014155	GC	3	6	5421	5426	0 %	0 %	50 %	50 %	296137664
104	NC_014155	ACC	3	9	5519	5527	33.33 %	0 %	0 %	66.67 %	296137664
105	NC_014155	GCA	2	6	5539	5544	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	296137664
106	NC_014155	GTC	2	6	5558	5563	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	296137664
107	NC_014155	GTA	2	6	5582	5587	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	296137664
108	NC_014155	AAGG	2	8	5617	5624	50 %	0 %	50 %	0 %	296137664
109	NC_014155	ACTT	2	8	5636	5643	25 %	50 %	0 %	25 %	296137664
110	NC_014155	AGGC	2	8	5647	5654	25 %	0 %	50 %	25 %	296137664
111	NC_014155	TGC	2	6	5678	5683	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	296137664
112	NC_014155	GT	3	6	5757	5762	0 %	50 %	50 %	0 %	296137664
113	NC_014155	CTG	2	6	5809	5814	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	296137664
114	NC_014155	AGCG	2	8	5821	5828	25 %	0 %	50 %	25 %	296137664
115	NC_014155	CCA	2	6	5896	5901	33.33 %	0 %	0 %	66.67 %	296137664
116	NC_014155	TGTT	2	8	5950	5957	0 %	75 %	25 %	0 %	296137664
117	NC_014155	ATA	2	6	6033	6038	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	296137664
118	NC_014155	AGCC	2	8	6086	6093	25 %	0 %	25 %	50 %	296137664
119	NC_014155	CTT	2	6	6094	6099	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	296137664
120	NC_014155	CCA	2	6	6144	6149	33.33 %	0 %	0 %	66.67 %	296137664
121	NC_014155	GTC	2	6	6199	6204	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	296137664
122	NC_014155	GCC	2	6	6227	6232	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	296137664
123	NC_014155	AGCGT	2	10	6247	6256	20 %	20 %	40 %	20 %	296137664
124	NC_014155	CTCA	2	8	6508	6515	25 %	25 %	0 %	50 %	296137665
125	NC_014155	GT	3	6	6518	6523	0 %	50 %	50 %	0 %	296137665
126	NC_014155	GCGTC	2	10	6532	6541	0 %	20 %	40 %	40 %	296137665
127	NC_014155	G	6	6	6567	6572	0 %	0 %	100 %	0 %	296137665
128	NC_014155	GTG	2	6	6623	6628	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	296137665
129	NC_014155	CTT	2	6	6643	6648	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	296137665
130	NC_014155	CCA	2	6	6653	6658	33.33 %	0 %	0 %	66.67 %	296137665
131	NC_014155	TCC	2	6	6683	6688	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	296137665
132	NC_014155	CAG	2	6	6715	6720	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	296137665
133	NC_014155	GCG	2	6	6760	6765	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	296137665
134	NC_014155	GTCG	2	8	6777	6784	0 %	25 %	50 %	25 %	296137665
135	NC_014155	CAG	2	6	6880	6885	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	296137665
136	NC_014155	GGC	2	6	6900	6905	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	296137665
137	NC_014155	GCGG	2	8	6994	7001	0 %	0 %	75 %	25 %	296137665
138	NC_014155	CCGG	2	8	7054	7061	0 %	0 %	50 %	50 %	296137665
139	NC_014155	GC	4	8	7082	7089	0 %	0 %	50 %	50 %	296137665
140	NC_014155	GCC	2	6	7093	7098	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	296137665
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161	NC_014155	TGA	2	6	8388	8393	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	296137665
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275	NC_014155	TGA	2	6	13454	13459	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	296137669
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397	NC_014155	AGC	2	6	18261	18266	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	296137677
398	NC_014155	GGCG	2	8	18281	18288	0 %	0 %	75 %	25 %	296137677
399	NC_014155	GC	3	6	18290	18295	0 %	0 %	50 %	50 %	296137677
400	NC_014155	GCA	2	6	18321	18326	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	296137677
401	NC_014155	T	6	6	18420	18425	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
402	NC_014155	TGT	2	6	18437	18442	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
403	NC_014155	A	6	6	18516	18521	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
404	NC_014155	GCA	2	6	18531	18536	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
405	NC_014155	GCA	2	6	18611	18616	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
406	NC_014155	CAG	2	6	18714	18719	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	296137678
407	NC_014155	A	6	6	18747	18752	100 %	0 %	0 %	0 %	296137678
408	NC_014155	GCC	2	6	18806	18811	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	296137678
409	NC_014155	GGC	2	6	18812	18817	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	296137678
410	NC_014155	TTGC	2	8	18822	18829	0 %	50 %	25 %	25 %	296137678
411	NC_014155	CGA	2	6	18830	18835	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	296137678
412	NC_014155	GCC	2	6	18844	18849	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	296137678
413	NC_014155	GC	3	6	18882	18887	0 %	0 %	50 %	50 %	296137678
414	NC_014155	GC	3	6	18899	18904	0 %	0 %	50 %	50 %	296137678
415	NC_014155	A	8	8	18928	18935	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
416	NC_014155	GGC	2	6	19016	19021	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	Non-Coding
417	NC_014155	TCG	2	6	19121	19126	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
418	NC_014155	TGG	2	6	19137	19142	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	Non-Coding
419	NC_014155	GAT	2	6	19160	19165	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
420	NC_014155	TGC	3	9	19185	19193	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
421	NC_014155	A	6	6	19253	19258	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
422	NC_014155	TC	3	6	19259	19264	0 %	50 %	0 %	50 %	Non-Coding
423	NC_014155	GTT	2	6	19358	19363	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
424	NC_014155	ACC	2	6	19371	19376	33.33 %	0 %	0 %	66.67 %	Non-Coding
425	NC_014155	TCACA	2	10	19461	19470	40 %	20 %	0 %	40 %	Non-Coding
426	NC_014155	GCC	2	6	19679	19684	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	Non-Coding

©2012. Centre for DNA Fingerprinting & Diagnostics (CDFD), Hyderabad.