MICAS: Microsatellite Analysis Server 3.0

All Repeats of Thermococcus kodakarensis KOD1 chromosome

Total Repeats: 41071

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S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Length	Start	End	A%	T%	G%	C%	Protein ID
13501	NC_006624	CGC	2	6	678037	678042	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	57640712
13502	NC_006624	GTA	2	6	678065	678070	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	57640712
13503	NC_006624	CTC	2	6	678128	678133	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	57640712
13504	NC_006624	CTCA	2	8	678149	678156	25 %	25 %	0 %	50 %	57640712
13505	NC_006624	GAG	2	6	678333	678338	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	57640713
13506	NC_006624	TCC	2	6	678355	678360	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	57640713
13507	NC_006624	TAT	2	6	678387	678392	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	57640713
13508	NC_006624	TCG	2	6	678439	678444	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	57640713
13509	NC_006624	TTC	2	6	678469	678474	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	57640713
13510	NC_006624	CTGGC	2	10	678494	678503	0 %	20 %	40 %	40 %	57640713
13511	NC_006624	GAG	2	6	678513	678518	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	57640713
13512	NC_006624	CTT	2	6	678579	678584	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	57640713
13513	NC_006624	TCG	2	6	678634	678639	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	57640713
13514	NC_006624	GAG	2	6	678657	678662	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	57640713
13515	NC_006624	GAA	2	6	678689	678694	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	57640713
13516	NC_006624	TTCC	2	8	678738	678745	0 %	50 %	0 %	50 %	57640713
13517	NC_006624	TC	3	6	678798	678803	0 %	50 %	0 %	50 %	57640713
13518	NC_006624	CT	3	6	678852	678857	0 %	50 %	0 %	50 %	57640713
13519	NC_006624	GTCG	2	8	678873	678880	0 %	25 %	50 %	25 %	57640713
13520	NC_006624	GCCG	2	8	678900	678907	0 %	0 %	50 %	50 %	57640713
13521	NC_006624	TGT	2	6	678962	678967	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	57640713
13522	NC_006624	ACC	2	6	679066	679071	33.33 %	0 %	0 %	66.67 %	Non-Coding
13523	NC_006624	GAG	2	6	679212	679217	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	57640714
13524	NC_006624	GAA	2	6	679284	679289	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	57640714
13525	NC_006624	CCG	2	6	679438	679443	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	57640714
13526	NC_006624	CTT	3	9	679491	679499	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	57640714
13527	NC_006624	AGTC	2	8	679625	679632	25 %	25 %	25 %	25 %	57640714
13528	NC_006624	C	6	6	679635	679640	0 %	0 %	0 %	100 %	57640714
13529	NC_006624	ACG	2	6	679786	679791	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	57640714
13530	NC_006624	TGG	2	6	679855	679860	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	Non-Coding
13531	NC_006624	GGT	2	6	679872	679877	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	Non-Coding
13532	NC_006624	GAG	2	6	679890	679895	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	Non-Coding
13533	NC_006624	TCA	2	6	679897	679902	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
13534	NC_006624	GAG	2	6	679914	679919	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	Non-Coding
13535	NC_006624	AAT	2	6	680000	680005	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	57640715
13536	NC_006624	TCAA	2	8	680034	680041	50 %	25 %	0 %	25 %	57640715
13537	NC_006624	TTCA	2	8	680052	680059	25 %	50 %	0 %	25 %	57640715
13538	NC_006624	AGG	2	6	680062	680067	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	57640715
13539	NC_006624	AGA	2	6	680075	680080	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	57640715
13540	NC_006624	GAG	2	6	680100	680105	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	57640715
13541	NC_006624	AT	3	6	680157	680162	50 %	50 %	0 %	0 %	57640715
13542	NC_006624	AGC	2	6	680244	680249	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	57640715
13543	NC_006624	CTT	2	6	680264	680269	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	57640715
13544	NC_006624	CCT	2	6	680284	680289	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	57640715
13545	NC_006624	CGAGGT	2	12	680303	680314	16.67 %	16.67 %	50 %	16.67 %	57640715
13546	NC_006624	GAC	2	6	680322	680327	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	57640715
13547	NC_006624	ACG	2	6	680356	680361	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	57640715
13548	NC_006624	TAGGG	2	10	680482	680491	20 %	20 %	60 %	0 %	Non-Coding
13549	NC_006624	TAA	2	6	680498	680503	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
13550	NC_006624	CAG	2	6	680535	680540	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
13551	NC_006624	ATA	2	6	680545	680550	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
13552	NC_006624	ACG	2	6	680573	680578	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
13553	NC_006624	CGA	2	6	680616	680621	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
13554	NC_006624	AAG	2	6	680736	680741	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	57640716
13555	NC_006624	CGT	2	6	680792	680797	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	57640716
13556	NC_006624	AAG	2	6	680865	680870	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	57640716
13557	NC_006624	CA	3	6	680899	680904	50 %	0 %	0 %	50 %	57640716
13558	NC_006624	GAA	2	6	680939	680944	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	57640716
13559	NC_006624	TCC	2	6	680950	680955	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	57640716
13560	NC_006624	CGT	2	6	680957	680962	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	57640716
13561	NC_006624	CGG	2	6	680969	680974	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	57640716
13562	NC_006624	CGG	2	6	681047	681052	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	57640716
13563	NC_006624	TCC	2	6	681059	681064	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	57640716
13564	NC_006624	GAG	2	6	681081	681086	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	57640716
13565	NC_006624	GAG	2	6	681153	681158	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	57640716
13566	NC_006624	CGA	2	6	681242	681247	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	57640716
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13569	NC_006624	TGGA	2	8	681525	681532	25 %	25 %	50 %	0 %	57640716
13570	NC_006624	AAG	2	6	681543	681548	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	57640716
13571	NC_006624	CGG	3	9	681581	681589	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	57640716
13572	NC_006624	CAA	2	6	681614	681619	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	57640716
13573	NC_006624	GC	3	6	681654	681659	0 %	0 %	50 %	50 %	57640716
13574	NC_006624	TGA	2	6	681686	681691	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	57640716
13575	NC_006624	GAGCTT	2	12	681747	681758	16.67 %	33.33 %	33.33 %	16.67 %	57640716
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13577	NC_006624	CTC	2	6	682135	682140	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	57640717
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13580	NC_006624	GTA	2	6	682234	682239	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
13581	NC_006624	GGA	2	6	682294	682299	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	Non-Coding
13582	NC_006624	AGA	2	6	682386	682391	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
13583	NC_006624	A	6	6	682417	682422	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
13584	NC_006624	GGA	2	6	682440	682445	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	Non-Coding
13585	NC_006624	GGA	2	6	682468	682473	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	57640718
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13588	NC_006624	TGAG	2	8	682806	682813	25 %	25 %	50 %	0 %	57640719
13589	NC_006624	CCAT	2	8	683040	683047	25 %	25 %	0 %	50 %	57640719
13590	NC_006624	A	6	6	683050	683055	100 %	0 %	0 %	0 %	57640719
13591	NC_006624	AGGA	2	8	683084	683091	50 %	0 %	50 %	0 %	57640719
13592	NC_006624	ACCT	2	8	683105	683112	25 %	25 %	0 %	50 %	57640719
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13596	NC_006624	GAA	3	9	683200	683208	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	57640719
13597	NC_006624	ACCGA	2	10	683246	683255	40 %	0 %	20 %	40 %	57640719
13598	NC_006624	AC	3	6	683500	683505	50 %	0 %	0 %	50 %	57640719
13599	NC_006624	AGG	2	6	683523	683528	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	57640719
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13602	NC_006624	GAA	2	6	683627	683632	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	57640719
13603	NC_006624	AACG	2	8	683687	683694	50 %	0 %	25 %	25 %	57640719
13604	NC_006624	GGA	2	6	683746	683751	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	57640719
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13606	NC_006624	TCC	2	6	683805	683810	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	57640719
13607	NC_006624	GAC	2	6	683837	683842	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	57640719
13608	NC_006624	TGA	2	6	683853	683858	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	57640719
13609	NC_006624	CGC	2	6	683964	683969	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	57640719
13610	NC_006624	GAA	2	6	684013	684018	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	57640719
13611	NC_006624	CGA	2	6	684075	684080	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	57640719
13612	NC_006624	CTCC	2	8	684094	684101	0 %	25 %	0 %	75 %	57640719
13613	NC_006624	CCT	2	6	684177	684182	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	57640719
13614	NC_006624	TC	3	6	684202	684207	0 %	50 %	0 %	50 %	57640719
13615	NC_006624	CAG	2	6	684260	684265	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	57640719
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13617	NC_006624	ATT	2	6	684378	684383	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	57640719
13618	NC_006624	CGA	2	6	684388	684393	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	57640719
13619	NC_006624	TCG	2	6	684411	684416	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	57640719
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13621	NC_006624	CTA	2	6	684496	684501	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	57640719
13622	NC_006624	CCGCT	2	10	684556	684565	0 %	20 %	20 %	60 %	57640719
13623	NC_006624	GGA	2	6	684609	684614	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	57640719
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13625	NC_006624	CGA	2	6	684672	684677	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	57640719
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13645	NC_006624	CTTT	2	8	685956	685963	0 %	75 %	0 %	25 %	Non-Coding
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13733	NC_006624	AAATT	2	10	690541	690550	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
13734	NC_006624	CGT	2	6	690580	690585	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	57640728
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13742	NC_006624	CGT	2	6	690970	690975	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	57640728
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13744	NC_006624	CT	3	6	691080	691085	0 %	50 %	0 %	50 %	57640728
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13747	NC_006624	CTT	2	6	691199	691204	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	57640728
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13751	NC_006624	CTT	2	6	691308	691313	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	57640728
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13868	NC_006624	GAGCTG	2	12	696772	696783	16.67 %	16.67 %	50 %	16.67 %	57640733
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13872	NC_006624	GTC	2	6	696925	696930	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	57640733
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13967	NC_006624	CCTTA	2	10	701242	701251	20 %	40 %	0 %	40 %	57640737
13968	NC_006624	TCCA	2	8	701270	701277	25 %	25 %	0 %	50 %	57640737
13969	NC_006624	TCA	2	6	701354	701359	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	57640737
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13971	NC_006624	A	6	6	701482	701487	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
13972	NC_006624	AG	3	6	701497	701502	50 %	0 %	50 %	0 %	Non-Coding
13973	NC_006624	GGA	2	6	701566	701571	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	Non-Coding
13974	NC_006624	CAGC	2	8	701620	701627	25 %	0 %	25 %	50 %	57640738
13975	NC_006624	GGA	2	6	701652	701657	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	57640738
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13977	NC_006624	GAC	2	6	701700	701705	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	57640738
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13979	NC_006624	GA	3	6	701764	701769	50 %	0 %	50 %	0 %	57640738
13980	NC_006624	GCGAG	2	10	701777	701786	20 %	0 %	60 %	20 %	57640738
13981	NC_006624	AG	3	6	701785	701790	50 %	0 %	50 %	0 %	57640738
13982	NC_006624	GA	3	6	701827	701832	50 %	0 %	50 %	0 %	57640738
13983	NC_006624	TCG	2	6	701945	701950	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	57640738
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13985	NC_006624	TGA	2	6	702029	702034	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	57640738
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13989	NC_006624	AC	3	6	702157	702162	50 %	0 %	0 %	50 %	57640738
13990	NC_006624	CTC	2	6	702175	702180	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	57640738
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13992	NC_006624	GTCT	2	8	702267	702274	0 %	50 %	25 %	25 %	57640738
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