MICAS: Microsatellite Analysis Server 3.0

All Repeats of Thermococcus kodakarensis KOD1 chromosome

Total Repeats: 41071

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S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Length	Start	End	A%	T%	G%	C%	Protein ID
8001	NC_006624	GAA	2	6	401263	401268	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	57640405
8002	NC_006624	CTA	2	6	401292	401297	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	57640405
8003	NC_006624	TGA	2	6	401353	401358	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	57640405
8004	NC_006624	CGAC	2	8	401370	401377	25 %	0 %	25 %	50 %	57640405
8005	NC_006624	GGCC	2	8	401475	401482	0 %	0 %	50 %	50 %	57640405
8006	NC_006624	AGG	2	6	401499	401504	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	57640405
8007	NC_006624	GA	3	6	401506	401511	50 %	0 %	50 %	0 %	57640405
8008	NC_006624	CAG	2	6	401622	401627	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	57640405
8009	NC_006624	GCC	2	6	401770	401775	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	57640405
8010	NC_006624	GAG	2	6	401807	401812	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	57640405
8011	NC_006624	CCA	2	6	401831	401836	33.33 %	0 %	0 %	66.67 %	57640405
8012	NC_006624	TAC	2	6	401839	401844	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	57640405
8013	NC_006624	AAG	2	6	402048	402053	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	57640405
8014	NC_006624	TCA	2	6	402102	402107	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	57640405
8015	NC_006624	TGA	2	6	402159	402164	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	57640405
8016	NC_006624	GA	3	6	402163	402168	50 %	0 %	50 %	0 %	57640405
8017	NC_006624	ACA	2	6	402231	402236	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	57640405
8018	NC_006624	CTC	2	6	402266	402271	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	57640405
8019	NC_006624	GAG	2	6	402320	402325	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	57640405
8020	NC_006624	CAAGTA	2	12	402379	402390	50 %	16.67 %	16.67 %	16.67 %	57640405
8021	NC_006624	TGA	2	6	402439	402444	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	57640405
8022	NC_006624	TCC	2	6	402639	402644	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	57640405
8023	NC_006624	ACG	2	6	402656	402661	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	57640405
8024	NC_006624	ATC	2	6	402686	402691	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	57640405
8025	NC_006624	GAG	2	6	402758	402763	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	57640405
8026	NC_006624	CAT	2	6	402913	402918	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	57640405
8027	NC_006624	ATA	2	6	402962	402967	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	57640405
8028	NC_006624	TTAGAA	2	12	403014	403025	50 %	33.33 %	16.67 %	0 %	57640405
8029	NC_006624	GGAG	2	8	403195	403202	25 %	0 %	75 %	0 %	57640405
8030	NC_006624	TCG	2	6	403278	403283	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	57640405
8031	NC_006624	GAA	3	9	403319	403327	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	57640405
8032	NC_006624	ACG	2	6	403355	403360	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	57640405
8033	NC_006624	TACC	2	8	403405	403412	25 %	25 %	0 %	50 %	57640405
8034	NC_006624	AC	3	6	403427	403432	50 %	0 %	0 %	50 %	57640405
8035	NC_006624	GAG	2	6	403517	403522	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	57640405
8036	NC_006624	AAT	2	6	403594	403599	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	57640405
8037	NC_006624	CGC	3	9	403788	403796	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	57640405
8038	NC_006624	GGT	2	6	403837	403842	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	57640405
8039	NC_006624	AAG	2	6	403850	403855	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	57640405
8040	NC_006624	ATA	2	6	403895	403900	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	57640405
8041	NC_006624	TGA	2	6	403905	403910	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	57640405
8042	NC_006624	CGT	2	6	403978	403983	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	57640405
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8044	NC_006624	GAG	2	6	404075	404080	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	57640405
8045	NC_006624	AAT	2	6	404101	404106	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	57640405
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8047	NC_006624	AAT	2	6	404278	404283	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
8048	NC_006624	TC	3	6	404301	404306	0 %	50 %	0 %	50 %	Non-Coding
8049	NC_006624	TAAG	2	8	404386	404393	50 %	25 %	25 %	0 %	Non-Coding
8050	NC_006624	ATCCA	2	10	404396	404405	40 %	20 %	0 %	40 %	Non-Coding
8051	NC_006624	GGA	2	6	404439	404444	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	Non-Coding
8052	NC_006624	TTGG	2	8	404456	404463	0 %	50 %	50 %	0 %	Non-Coding
8053	NC_006624	TAGAAA	2	12	404473	404484	66.67 %	16.67 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
8054	NC_006624	GGT	3	9	404489	404497	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	Non-Coding
8055	NC_006624	TGG	2	6	404518	404523	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	57640406
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8058	NC_006624	CAGC	2	8	404690	404697	25 %	0 %	25 %	50 %	57640406
8059	NC_006624	CAA	2	6	404708	404713	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	57640406
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8063	NC_006624	TCC	2	6	404950	404955	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	57640406
8064	NC_006624	CGA	2	6	404960	404965	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	57640406
8065	NC_006624	GCCAAG	2	12	405021	405032	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	57640406
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8070	NC_006624	TCT	2	6	405163	405168	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	57640406
8071	NC_006624	TCAGGG	2	12	405232	405243	16.67 %	16.67 %	50 %	16.67 %	57640406
8072	NC_006624	TC	3	6	405302	405307	0 %	50 %	0 %	50 %	Non-Coding
8073	NC_006624	TTCTT	2	10	405325	405334	0 %	80 %	0 %	20 %	Non-Coding
8074	NC_006624	GTT	2	6	405337	405342	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
8075	NC_006624	GA	3	6	405408	405413	50 %	0 %	50 %	0 %	Non-Coding
8076	NC_006624	CTC	2	6	405440	405445	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	57640407
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8087	NC_006624	CCT	3	9	405786	405794	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	57640408
8088	NC_006624	CCTT	2	8	405804	405811	0 %	50 %	0 %	50 %	57640408
8089	NC_006624	TTTC	2	8	405812	405819	0 %	75 %	0 %	25 %	57640408
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8098	NC_006624	GCCA	2	8	406420	406427	25 %	0 %	25 %	50 %	57640409
8099	NC_006624	TG	3	6	406461	406466	0 %	50 %	50 %	0 %	57640409
8100	NC_006624	CTG	2	6	406585	406590	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	57640409
8101	NC_006624	CGA	2	6	406595	406600	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	57640409
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8104	NC_006624	TTCC	2	8	406700	406707	0 %	50 %	0 %	50 %	57640409
8105	NC_006624	T	7	7	406728	406734	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
8106	NC_006624	AAT	2	6	406750	406755	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
8107	NC_006624	GCC	2	6	406904	406909	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	57640410
8108	NC_006624	CGG	2	6	406912	406917	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	57640410
8109	NC_006624	TCA	2	6	406947	406952	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	57640410
8110	NC_006624	AGAA	2	8	406953	406960	75 %	0 %	25 %	0 %	57640410
8111	NC_006624	TGT	2	6	407080	407085	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	57640410
8112	NC_006624	GAC	2	6	407105	407110	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	57640410
8113	NC_006624	GAG	2	6	407140	407145	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	57640410
8114	NC_006624	CGATA	2	10	407350	407359	40 %	20 %	20 %	20 %	57640410
8115	NC_006624	ATC	2	6	407390	407395	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	57640410
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8118	NC_006624	ATG	2	6	407474	407479	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	57640410
8119	NC_006624	CAA	2	6	407584	407589	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	57640410
8120	NC_006624	TCG	2	6	407622	407627	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	57640410
8121	NC_006624	CGT	2	6	407674	407679	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	57640410
8122	NC_006624	GTC	2	6	407798	407803	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	57640410
8123	NC_006624	CTC	2	6	407996	408001	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	57640410
8124	NC_006624	AGA	2	6	408015	408020	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	57640410
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8157	NC_006624	CAA	2	6	410104	410109	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	57640414
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8163	NC_006624	TAAT	2	8	410440	410447	50 %	50 %	0 %	0 %	57640414
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8181	NC_006624	ATA	2	6	411111	411116	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
8182	NC_006624	G	6	6	411169	411174	0 %	0 %	100 %	0 %	Non-Coding
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8237	NC_006624	GAC	2	6	413853	413858	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	57640418
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8240	NC_006624	ATC	2	6	413926	413931	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	57640419
8241	NC_006624	AG	3	6	413986	413991	50 %	0 %	50 %	0 %	57640419
8242	NC_006624	TGA	2	6	413997	414002	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	57640419
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8245	NC_006624	T	7	7	414355	414361	0 %	100 %	0 %	0 %	57640420
8246	NC_006624	CTC	2	6	414438	414443	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	57640420
8247	NC_006624	GA	3	6	414449	414454	50 %	0 %	50 %	0 %	57640420
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8249	NC_006624	GTT	2	6	414518	414523	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	57640420
8250	NC_006624	TAT	2	6	414573	414578	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	57640420
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8252	NC_006624	TTG	2	6	414597	414602	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	57640420
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8356	NC_006624	CG	3	6	420094	420099	0 %	0 %	50 %	50 %	57640427
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8370	NC_006624	G	6	6	421310	421315	0 %	0 %	100 %	0 %	57640428
8371	NC_006624	GCTCGG	2	12	421327	421338	0 %	16.67 %	50 %	33.33 %	57640428
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8374	NC_006624	GGA	2	6	421616	421621	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	57640428
8375	NC_006624	GGACA	2	10	421698	421707	40 %	0 %	40 %	20 %	57640428
8376	NC_006624	CAAAGG	2	12	421733	421744	50 %	0 %	33.33 %	16.67 %	57640428
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8378	NC_006624	GAT	2	6	421926	421931	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	57640428
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8380	NC_006624	CAT	2	6	421985	421990	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	57640428
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8382	NC_006624	AGGC	2	8	422068	422075	25 %	0 %	50 %	25 %	57640428
8383	NC_006624	TCA	2	6	422220	422225	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	57640428
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8388	NC_006624	GAAGA	2	10	422511	422520	60 %	0 %	40 %	0 %	57640428
8389	NC_006624	CAAT	2	8	422587	422594	50 %	25 %	0 %	25 %	57640428
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8395	NC_006624	GAG	2	6	422685	422690	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	57640428
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8398	NC_006624	TTTCT	2	10	422740	422749	0 %	80 %	0 %	20 %	Non-Coding
8399	NC_006624	TTC	2	6	422768	422773	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
8400	NC_006624	CCG	2	6	422806	422811	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	Non-Coding
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8402	NC_006624	A	6	6	422865	422870	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
8403	NC_006624	CGA	2	6	422877	422882	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
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8405	NC_006624	TTG	2	6	423071	423076	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	57640429
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8441	NC_006624	TTGGA	2	10	424823	424832	20 %	40 %	40 %	0 %	Non-Coding
8442	NC_006624	GA	3	6	424831	424836	50 %	0 %	50 %	0 %	Non-Coding
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8445	NC_006624	CCT	2	6	424926	424931	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	Non-Coding
8446	NC_006624	CCG	2	6	424934	424939	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	Non-Coding
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8455	NC_006624	CTTG	2	8	425806	425813	0 %	50 %	25 %	25 %	57640430
8456	NC_006624	CT	3	6	425932	425937	0 %	50 %	0 %	50 %	57640430
8457	NC_006624	GGTTTG	2	12	425955	425966	0 %	50 %	50 %	0 %	57640430
8458	NC_006624	TCCGT	2	10	425984	425993	0 %	40 %	20 %	40 %	57640430
8459	NC_006624	TGA	2	6	426001	426006	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	57640430
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8462	NC_006624	T	6	6	426279	426284	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
8463	NC_006624	A	6	6	426371	426376	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
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8467	NC_006624	A	6	6	426717	426722	100 %	0 %	0 %	0 %	57640431
8468	NC_006624	CTTC	2	8	426731	426738	0 %	50 %	0 %	50 %	Non-Coding
8469	NC_006624	A	6	6	426788	426793	100 %	0 %	0 %	0 %	57640432
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8471	NC_006624	AGTT	2	8	426899	426906	25 %	50 %	25 %	0 %	57640432
8472	NC_006624	A	6	6	426920	426925	100 %	0 %	0 %	0 %	57640432
8473	NC_006624	CAT	2	6	427005	427010	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	57640432
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8477	NC_006624	GA	3	6	427282	427287	50 %	0 %	50 %	0 %	57640432
8478	NC_006624	CTC	2	6	427345	427350	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	57640432
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8482	NC_006624	ATG	2	6	427549	427554	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	57640432
8483	NC_006624	ACT	2	6	427580	427585	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	57640432
8484	NC_006624	GGA	2	6	427599	427604	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	57640432
8485	NC_006624	CGAGCA	2	12	427617	427628	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	57640432
8486	NC_006624	GAGAG	2	10	427681	427690	40 %	0 %	60 %	0 %	57640432
8487	NC_006624	TG	3	6	427760	427765	0 %	50 %	50 %	0 %	Non-Coding
8488	NC_006624	GAG	2	6	427928	427933	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	57640433
8489	NC_006624	GAA	2	6	427988	427993	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	57640433
8490	NC_006624	TAC	2	6	428070	428075	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	57640433
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8492	NC_006624	CCT	2	6	428111	428116	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	57640433
8493	NC_006624	GGT	2	6	428132	428137	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	57640433
8494	NC_006624	CCT	2	6	428165	428170	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	57640433
8495	NC_006624	GTG	2	6	428190	428195	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	57640433
8496	NC_006624	CTC	3	9	428201	428209	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	57640433
8497	NC_006624	AAG	2	6	428224	428229	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	57640433
8498	NC_006624	TCC	2	6	428401	428406	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	57640433
8499	NC_006624	CCA	2	6	428563	428568	33.33 %	0 %	0 %	66.67 %	57640433
8500	NC_006624	ACG	2	6	428629	428634	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	57640433

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