MICAS: Microsatellite Analysis Server 3.0

All Repeats of Thermococcus kodakarensis KOD1 chromosome

Total Repeats: 41071

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S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Length	Start	End	A%	T%	G%	C%	Protein ID
5501	NC_006624	CTC	2	6	274192	274197	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	Non-Coding
5502	NC_006624	GGT	2	6	274240	274245	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	Non-Coding
5503	NC_006624	AGTA	2	8	274288	274295	50 %	25 %	25 %	0 %	57640255
5504	NC_006624	GCA	2	6	274323	274328	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	57640255
5505	NC_006624	GGA	2	6	274370	274375	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	57640255
5506	NC_006624	AAG	2	6	274376	274381	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	57640255
5507	NC_006624	GGA	3	9	274451	274459	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	57640255
5508	NC_006624	AGG	2	6	274538	274543	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	57640255
5509	NC_006624	TGA	2	6	274602	274607	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	57640255
5510	NC_006624	TTC	2	6	274630	274635	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	57640255
5511	NC_006624	GAT	2	6	274638	274643	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	57640255
5512	NC_006624	CTA	2	6	274782	274787	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	57640255
5513	NC_006624	AAT	2	6	274818	274823	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	57640255
5514	NC_006624	CGA	2	6	274842	274847	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	57640255
5515	NC_006624	TTC	2	6	274906	274911	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	57640255
5516	NC_006624	AAC	2	6	274912	274917	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	57640255
5517	NC_006624	TAT	2	6	274998	275003	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
5518	NC_006624	TA	3	6	275038	275043	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
5519	NC_006624	ATCC	2	8	275081	275088	25 %	25 %	0 %	50 %	Non-Coding
5520	NC_006624	ATTT	2	8	275101	275108	25 %	75 %	0 %	0 %	Non-Coding
5521	NC_006624	T	8	8	275113	275120	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
5522	NC_006624	TC	3	6	275189	275194	0 %	50 %	0 %	50 %	Non-Coding
5523	NC_006624	AGG	2	6	275201	275206	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	Non-Coding
5524	NC_006624	GAA	2	6	275218	275223	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	57640256
5525	NC_006624	TTG	2	6	275226	275231	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	57640256
5526	NC_006624	CAG	2	6	275259	275264	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	57640256
5527	NC_006624	GCA	2	6	275270	275275	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	57640256
5528	NC_006624	GCA	2	6	275365	275370	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	57640256
5529	NC_006624	ACTA	2	8	275378	275385	50 %	25 %	0 %	25 %	57640256
5530	NC_006624	TC	3	6	275448	275453	0 %	50 %	0 %	50 %	57640256
5531	NC_006624	ACA	2	6	275460	275465	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	57640256
5532	NC_006624	ACG	2	6	275513	275518	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	57640256
5533	NC_006624	TGTC	2	8	275579	275586	0 %	50 %	25 %	25 %	Non-Coding
5534	NC_006624	T	6	6	275589	275594	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
5535	NC_006624	AAAAG	2	10	275626	275635	80 %	0 %	20 %	0 %	57640257
5536	NC_006624	CTA	2	6	275644	275649	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	57640257
5537	NC_006624	CTG	2	6	275659	275664	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	57640257
5538	NC_006624	GCA	2	6	275692	275697	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	57640257
5539	NC_006624	GAT	2	6	275857	275862	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	57640257
5540	NC_006624	GAA	2	6	275887	275892	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	57640257
5541	NC_006624	A	6	6	275967	275972	100 %	0 %	0 %	0 %	57640257
5542	NC_006624	ATT	2	6	276047	276052	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	57640257
5543	NC_006624	ATC	2	6	276079	276084	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	57640257
5544	NC_006624	TTA	2	6	276138	276143	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	57640257
5545	NC_006624	CTT	2	6	276204	276209	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	57640257
5546	NC_006624	TCC	2	6	276253	276258	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	57640257
5547	NC_006624	TAC	2	6	276280	276285	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	57640257
5548	NC_006624	CT	3	6	276311	276316	0 %	50 %	0 %	50 %	57640257
5549	NC_006624	TGG	2	6	276320	276325	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	57640257
5550	NC_006624	C	6	6	276327	276332	0 %	0 %	0 %	100 %	57640257
5551	NC_006624	TAA	2	6	276338	276343	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	57640257
5552	NC_006624	TGCT	2	8	276410	276417	0 %	50 %	25 %	25 %	57640257
5553	NC_006624	CT	3	6	276425	276430	0 %	50 %	0 %	50 %	57640257
5554	NC_006624	GGCA	2	8	276534	276541	25 %	0 %	50 %	25 %	57640257
5555	NC_006624	GAA	2	6	276583	276588	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	57640257
5556	NC_006624	CTT	2	6	276704	276709	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	57640258
5557	NC_006624	GCA	2	6	276753	276758	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	57640258
5558	NC_006624	ATT	2	6	276883	276888	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	57640258
5559	NC_006624	AT	3	6	277024	277029	50 %	50 %	0 %	0 %	57640258
5560	NC_006624	GAA	2	6	277130	277135	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	57640258
5561	NC_006624	TCA	2	6	277141	277146	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	57640258
5562	NC_006624	TGA	2	6	277223	277228	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	57640258
5563	NC_006624	CAGCTT	2	12	277256	277267	16.67 %	33.33 %	16.67 %	33.33 %	57640258
5564	NC_006624	GA	3	6	277311	277316	50 %	0 %	50 %	0 %	57640258
5565	NC_006624	C	6	6	277347	277352	0 %	0 %	0 %	100 %	57640258
5566	NC_006624	ACA	2	6	277414	277419	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	57640258
5567	NC_006624	CAA	2	6	277655	277660	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	57640258
5568	NC_006624	GCC	2	6	277674	277679	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	57640258
5569	NC_006624	TAC	2	6	277702	277707	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	57640258
5570	NC_006624	AG	3	6	277747	277752	50 %	0 %	50 %	0 %	57640258
5571	NC_006624	CTG	2	6	277821	277826	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	57640259
5572	NC_006624	T	6	6	277827	277832	0 %	100 %	0 %	0 %	57640259
5573	NC_006624	TTG	2	6	277843	277848	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	57640259
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5575	NC_006624	GCG	2	6	278053	278058	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	57640259
5576	NC_006624	GTCT	2	8	278066	278073	0 %	50 %	25 %	25 %	57640259
5577	NC_006624	CTCC	2	8	278075	278082	0 %	25 %	0 %	75 %	57640259
5578	NC_006624	ACG	2	6	278092	278097	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	57640259
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5581	NC_006624	CTC	2	6	278244	278249	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	57640259
5582	NC_006624	CCA	2	6	278382	278387	33.33 %	0 %	0 %	66.67 %	57640259
5583	NC_006624	GCC	2	6	278445	278450	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	57640259
5584	NC_006624	GTC	2	6	278469	278474	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	57640259
5585	NC_006624	TCC	2	6	278488	278493	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	57640259
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5587	NC_006624	AGG	2	6	278514	278519	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	57640259
5588	NC_006624	GGC	2	6	278539	278544	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	57640260
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5590	NC_006624	GGCC	2	8	278625	278632	0 %	0 %	50 %	50 %	57640260
5591	NC_006624	ACCGA	2	10	278658	278667	40 %	0 %	20 %	40 %	57640260
5592	NC_006624	GCAACG	2	12	278721	278732	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	57640260
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5596	NC_006624	AAGGG	2	10	278821	278830	40 %	0 %	60 %	0 %	57640260
5597	NC_006624	TCA	2	6	278841	278846	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	57640260
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5599	NC_006624	ATC	2	6	278963	278968	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	57640260
5600	NC_006624	ATA	2	6	278992	278997	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	57640261
5601	NC_006624	GA	4	8	279173	279180	50 %	0 %	50 %	0 %	57640261
5602	NC_006624	AAC	2	6	279187	279192	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	57640261
5603	NC_006624	CCT	2	6	279229	279234	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	57640261
5604	NC_006624	TTC	2	6	279274	279279	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	57640261
5605	NC_006624	AG	3	6	279282	279287	50 %	0 %	50 %	0 %	57640261
5606	NC_006624	GAG	2	6	279301	279306	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	57640261
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5609	NC_006624	GTC	2	6	279484	279489	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	57640261
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5611	NC_006624	GAA	2	6	279619	279624	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	57640261
5612	NC_006624	GAG	2	6	279680	279685	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	57640261
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5615	NC_006624	T	6	6	279766	279771	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
5616	NC_006624	TCA	2	6	279822	279827	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
5617	NC_006624	TCA	2	6	279852	279857	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
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5620	NC_006624	TCT	2	6	279889	279894	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	57640262
5621	NC_006624	CTT	2	6	279909	279914	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	57640262
5622	NC_006624	TCGC	2	8	279967	279974	0 %	25 %	25 %	50 %	57640262
5623	NC_006624	CCTTT	2	10	280058	280067	0 %	60 %	0 %	40 %	57640262
5624	NC_006624	AGCT	2	8	280074	280081	25 %	25 %	25 %	25 %	57640262
5625	NC_006624	TCC	2	6	280099	280104	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	57640262
5626	NC_006624	CATC	2	8	280166	280173	25 %	25 %	0 %	50 %	57640262
5627	NC_006624	GCTA	2	8	280230	280237	25 %	25 %	25 %	25 %	57640262
5628	NC_006624	AAG	2	6	280413	280418	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	57640262
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5630	NC_006624	GGT	2	6	280633	280638	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	Non-Coding
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5639	NC_006624	GAT	2	6	281117	281122	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	57640264
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5652	NC_006624	GCC	2	6	281783	281788	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	57640264
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5670	NC_006624	TAT	2	6	282564	282569	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	57640266
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5754	NC_006624	CGA	2	6	287221	287226	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	57640273
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5762	NC_006624	TCA	2	6	287717	287722	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
5763	NC_006624	TCA	2	6	287746	287751	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
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5856	NC_006624	GA	3	6	293257	293262	50 %	0 %	50 %	0 %	57640283
5857	NC_006624	GGCGGA	2	12	293280	293291	16.67 %	0 %	66.67 %	16.67 %	57640283
5858	NC_006624	AGGC	2	8	293293	293300	25 %	0 %	50 %	25 %	57640283
5859	NC_006624	TCC	2	6	293414	293419	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	57640283
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5862	NC_006624	T	7	7	293541	293547	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
5863	NC_006624	CAC	2	6	293554	293559	33.33 %	0 %	0 %	66.67 %	Non-Coding
5864	NC_006624	ACC	2	6	293692	293697	33.33 %	0 %	0 %	66.67 %	57640284
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5869	NC_006624	CGG	2	6	293999	294004	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	57640284
5870	NC_006624	CTC	2	6	294031	294036	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	57640284
5871	NC_006624	GTC	2	6	294055	294060	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	57640284
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5874	NC_006624	CGC	2	6	294303	294308	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	57640284
5875	NC_006624	AGC	2	6	294320	294325	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	57640284
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5877	NC_006624	GCC	2	6	294357	294362	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	57640284
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5882	NC_006624	CGT	2	6	294555	294560	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	57640285
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5885	NC_006624	TTA	2	6	294687	294692	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
5886	NC_006624	TGGG	2	8	294742	294749	0 %	25 %	75 %	0 %	Non-Coding
5887	NC_006624	TGG	2	6	294756	294761	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	57640286
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5894	NC_006624	GGT	2	6	295111	295116	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	Non-Coding
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5984	NC_006624	GTAC	2	8	300664	300671	25 %	25 %	25 %	25 %	57640291
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