MICAS: Microsatellite Analysis Server 3.0

All Repeats of Thermus thermophilus HB8 plasmid pTT8

Total Repeats: 236

S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Length	Start	End	A%	T%	G%	C%	Protein ID
1	NC_006463	G	6	6	10	15	0 %	0 %	100 %	0 %	Non-Coding
2	NC_006463	AGG	2	6	17	22	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	Non-Coding
3	NC_006463	CAC	2	6	35	40	33.33 %	0 %	0 %	66.67 %	Non-Coding
4	NC_006463	CCGG	2	8	43	50	0 %	0 %	50 %	50 %	Non-Coding
5	NC_006463	GGT	2	6	118	123	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	55978436
6	NC_006463	CGC	2	6	136	141	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	55978436
7	NC_006463	CCT	2	6	178	183	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	55978436
8	NC_006463	CCCCT	2	10	186	195	0 %	20 %	0 %	80 %	55978436
9	NC_006463	GAC	2	6	281	286	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	55978436
10	NC_006463	AGG	2	6	291	296	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	55978436
11	NC_006463	TGG	3	9	378	386	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	55978436
12	NC_006463	GGA	2	6	412	417	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	55978436
13	NC_006463	C	7	7	433	439	0 %	0 %	0 %	100 %	55978436
14	NC_006463	CTGGTC	2	12	443	454	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	55978436
15	NC_006463	CGGG	2	8	520	527	0 %	0 %	75 %	25 %	55978436
16	NC_006463	GGCCCT	2	12	544	555	0 %	16.67 %	33.33 %	50 %	55978436
17	NC_006463	CTG	2	6	575	580	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	55978436
18	NC_006463	CTA	2	6	586	591	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	55978436
19	NC_006463	TCTCC	2	10	616	625	0 %	40 %	0 %	60 %	55978436
20	NC_006463	TCC	2	6	636	641	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	55978436
21	NC_006463	C	6	6	643	648	0 %	0 %	0 %	100 %	55978436
22	NC_006463	G	6	6	665	670	0 %	0 %	100 %	0 %	55978436
23	NC_006463	CCT	2	6	756	761	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	55978436
24	NC_006463	AAC	2	6	770	775	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	55978436
25	NC_006463	GCGG	2	8	793	800	0 %	0 %	75 %	25 %	55978436
26	NC_006463	G	7	7	839	845	0 %	0 %	100 %	0 %	55978436
27	NC_006463	AGG	2	6	846	851	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	55978436
28	NC_006463	ACC	2	6	909	914	33.33 %	0 %	0 %	66.67 %	55978436
29	NC_006463	CCA	2	6	943	948	33.33 %	0 %	0 %	66.67 %	55978436
30	NC_006463	G	6	6	990	995	0 %	0 %	100 %	0 %	55978436
31	NC_006463	TCC	2	6	1013	1018	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	55978436
32	NC_006463	CCGGA	2	10	1028	1037	20 %	0 %	40 %	40 %	55978436
33	NC_006463	GCC	2	6	1038	1043	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	55978436
34	NC_006463	TC	3	6	1044	1049	0 %	50 %	0 %	50 %	55978436
35	NC_006463	AGG	2	6	1095	1100	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	55978436
36	NC_006463	GGC	2	6	1119	1124	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	55978436
37	NC_006463	GCAG	2	8	1137	1144	25 %	0 %	50 %	25 %	55978436
38	NC_006463	GAG	2	6	1151	1156	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	55978436
39	NC_006463	G	6	6	1191	1196	0 %	0 %	100 %	0 %	55978436
40	NC_006463	TGG	2	6	1322	1327	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	Non-Coding
41	NC_006463	AG	3	6	1401	1406	50 %	0 %	50 %	0 %	Non-Coding
42	NC_006463	CTT	2	6	1439	1444	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
43	NC_006463	GA	3	6	1499	1504	50 %	0 %	50 %	0 %	Non-Coding
44	NC_006463	CGCA	2	8	1535	1542	25 %	0 %	25 %	50 %	Non-Coding
45	NC_006463	G	6	6	1616	1621	0 %	0 %	100 %	0 %	Non-Coding
46	NC_006463	G	6	6	1627	1632	0 %	0 %	100 %	0 %	Non-Coding
47	NC_006463	C	6	6	1649	1654	0 %	0 %	0 %	100 %	Non-Coding
48	NC_006463	C	6	6	1656	1661	0 %	0 %	0 %	100 %	Non-Coding
49	NC_006463	GC	3	6	1823	1828	0 %	0 %	50 %	50 %	Non-Coding
50	NC_006463	TTC	2	6	1829	1834	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
51	NC_006463	A	6	6	1839	1844	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
52	NC_006463	TTC	2	6	1846	1851	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
53	NC_006463	GGC	2	6	1879	1884	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	55978437
54	NC_006463	CCT	2	6	1902	1907	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	55978437
55	NC_006463	CAG	2	6	1912	1917	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	55978437
56	NC_006463	GGA	2	6	1941	1946	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	55978437
57	NC_006463	CCAGG	2	10	1996	2005	20 %	0 %	40 %	40 %	55978437
58	NC_006463	GCC	2	6	2012	2017	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	55978437
59	NC_006463	AGG	2	6	2039	2044	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	55978437
60	NC_006463	G	6	6	2059	2064	0 %	0 %	100 %	0 %	55978437
61	NC_006463	GGA	2	6	2073	2078	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	55978437
62	NC_006463	AGG	2	6	2090	2095	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	55978437
63	NC_006463	TCCC	2	8	2152	2159	0 %	25 %	0 %	75 %	Non-Coding
64	NC_006463	CTC	2	6	2193	2198	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	55978438
65	NC_006463	GAA	2	6	2298	2303	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	55978438
66	NC_006463	CTT	2	6	2307	2312	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	55978438
67	NC_006463	TTC	2	6	2434	2439	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	55978438
68	NC_006463	CAA	2	6	2666	2671	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	55978438
69	NC_006463	GAC	2	6	2832	2837	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	55978439
70	NC_006463	CAC	2	6	2936	2941	33.33 %	0 %	0 %	66.67 %	55978439
71	NC_006463	GAA	2	6	2951	2956	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	55978439
72	NC_006463	CTGGA	2	10	3001	3010	20 %	20 %	40 %	20 %	55978439
73	NC_006463	GCTG	2	8	3052	3059	0 %	25 %	50 %	25 %	55978439
74	NC_006463	CCT	2	6	3115	3120	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	55978439
75	NC_006463	TCC	2	6	3121	3126	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	55978439
76	NC_006463	ACC	2	6	3189	3194	33.33 %	0 %	0 %	66.67 %	55978439
77	NC_006463	GCT	2	6	3200	3205	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	55978439
78	NC_006463	CGG	2	6	3235	3240	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	55978439
79	NC_006463	GTC	2	6	3275	3280	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	55978439
80	NC_006463	CTA	2	6	3281	3286	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	55978439
81	NC_006463	CTACCG	2	12	3305	3316	16.67 %	16.67 %	16.67 %	50 %	55978439
82	NC_006463	GGT	2	6	3317	3322	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	55978439
83	NC_006463	AGG	2	6	3370	3375	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	55978439
84	NC_006463	C	6	6	3382	3387	0 %	0 %	0 %	100 %	55978439
85	NC_006463	ACT	2	6	3421	3426	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	55978439
86	NC_006463	TC	3	6	3431	3436	0 %	50 %	0 %	50 %	55978439
87	NC_006463	GTG	2	6	3468	3473	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	Non-Coding
88	NC_006463	TCG	2	6	3488	3493	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	55978440
89	NC_006463	CTG	2	6	3502	3507	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	55978440
90	NC_006463	TGT	2	6	3578	3583	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	55978440
91	NC_006463	GGA	2	6	3613	3618	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	55978440
92	NC_006463	CAA	2	6	3636	3641	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	55978440
93	NC_006463	CAC	2	6	3672	3677	33.33 %	0 %	0 %	66.67 %	55978440
94	NC_006463	CTCCC	2	10	3678	3687	0 %	20 %	0 %	80 %	55978440
95	NC_006463	GCT	2	6	3747	3752	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	55978440
96	NC_006463	GACCT	2	10	3787	3796	20 %	20 %	20 %	40 %	55978440
97	NC_006463	GCC	2	6	3818	3823	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	55978440
98	NC_006463	ACC	2	6	3829	3834	33.33 %	0 %	0 %	66.67 %	55978440
99	NC_006463	GCC	2	6	3849	3854	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	55978440
100	NC_006463	ACT	2	6	3860	3865	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	55978440
101	NC_006463	TCG	2	6	3866	3871	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	55978440
102	NC_006463	AGA	2	6	3878	3883	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	55978440
103	NC_006463	GTG	3	9	3895	3903	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	55978440
104	NC_006463	CGG	2	6	3909	3914	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	55978440
105	NC_006463	GGT	2	6	3978	3983	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	55978441
106	NC_006463	CGG	2	6	4015	4020	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	55978441
107	NC_006463	GGT	2	6	4022	4027	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	55978441
108	NC_006463	AGGCC	2	10	4030	4039	20 %	0 %	40 %	40 %	55978441
109	NC_006463	GCTTC	2	10	4061	4070	0 %	40 %	20 %	40 %	55978441
110	NC_006463	AGG	2	6	4081	4086	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	55978441
111	NC_006463	GTG	2	6	4089	4094	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	55978441
112	NC_006463	TCC	2	6	4274	4279	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	Non-Coding
113	NC_006463	GCCCT	2	10	4327	4336	0 %	20 %	20 %	60 %	Non-Coding
114	NC_006463	GGGC	2	8	4377	4384	0 %	0 %	75 %	25 %	Non-Coding
115	NC_006463	GGGC	2	8	4402	4409	0 %	0 %	75 %	25 %	Non-Coding
116	NC_006463	GCCCG	2	10	4430	4439	0 %	0 %	40 %	60 %	Non-Coding
117	NC_006463	G	6	6	4447	4452	0 %	0 %	100 %	0 %	Non-Coding
118	NC_006463	C	6	6	4498	4503	0 %	0 %	0 %	100 %	Non-Coding
119	NC_006463	GGCA	2	8	4585	4592	25 %	0 %	50 %	25 %	Non-Coding
120	NC_006463	CGC	2	6	4684	4689	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	Non-Coding
121	NC_006463	TCC	2	6	4757	4762	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	Non-Coding
122	NC_006463	CG	3	6	4768	4773	0 %	0 %	50 %	50 %	Non-Coding
123	NC_006463	GGA	2	6	4803	4808	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	Non-Coding
124	NC_006463	TGGC	2	8	4868	4875	0 %	25 %	50 %	25 %	Non-Coding
125	NC_006463	GGCC	2	8	4881	4888	0 %	0 %	50 %	50 %	Non-Coding
126	NC_006463	CCG	2	6	4890	4895	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	Non-Coding
127	NC_006463	GCC	2	6	4913	4918	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	Non-Coding
128	NC_006463	CGCC	2	8	4920	4927	0 %	0 %	25 %	75 %	Non-Coding
129	NC_006463	GGA	2	6	4968	4973	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	Non-Coding
130	NC_006463	AGT	2	6	4982	4987	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
131	NC_006463	TAC	2	6	5010	5015	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
132	NC_006463	CGC	2	6	5129	5134	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	Non-Coding
133	NC_006463	CCG	2	6	5143	5148	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	Non-Coding
134	NC_006463	GAC	2	6	5155	5160	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
135	NC_006463	CG	3	6	5176	5181	0 %	0 %	50 %	50 %	Non-Coding
136	NC_006463	GCC	2	6	5317	5322	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	Non-Coding
137	NC_006463	C	6	6	5401	5406	0 %	0 %	0 %	100 %	Non-Coding
138	NC_006463	G	6	6	5434	5439	0 %	0 %	100 %	0 %	Non-Coding
139	NC_006463	GGCGT	2	10	5449	5458	0 %	20 %	60 %	20 %	Non-Coding
140	NC_006463	TCCGCT	2	12	5534	5545	0 %	33.33 %	16.67 %	50 %	Non-Coding
141	NC_006463	C	7	7	5547	5553	0 %	0 %	0 %	100 %	Non-Coding
142	NC_006463	CCTC	2	8	5564	5571	0 %	25 %	0 %	75 %	Non-Coding
143	NC_006463	GGC	2	6	5572	5577	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	Non-Coding
144	NC_006463	CGAC	2	8	5614	5621	25 %	0 %	25 %	50 %	Non-Coding
145	NC_006463	CGC	2	6	5633	5638	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	Non-Coding
146	NC_006463	CACC	2	8	5690	5697	25 %	0 %	0 %	75 %	Non-Coding
147	NC_006463	GGC	2	6	5698	5703	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	Non-Coding
148	NC_006463	TCC	2	6	5796	5801	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	Non-Coding
149	NC_006463	ACGC	2	8	5900	5907	25 %	0 %	25 %	50 %	Non-Coding
150	NC_006463	CCG	3	9	5941	5949	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	Non-Coding
151	NC_006463	AGGGG	2	10	5997	6006	20 %	0 %	80 %	0 %	Non-Coding
152	NC_006463	G	7	7	6003	6009	0 %	0 %	100 %	0 %	Non-Coding
153	NC_006463	A	8	8	6017	6024	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
154	NC_006463	GCC	3	9	6027	6035	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	Non-Coding
155	NC_006463	C	6	6	6034	6039	0 %	0 %	0 %	100 %	Non-Coding
156	NC_006463	GCC	2	6	6043	6048	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	Non-Coding
157	NC_006463	C	6	6	6047	6052	0 %	0 %	0 %	100 %	Non-Coding
158	NC_006463	C	7	7	6132	6138	0 %	0 %	0 %	100 %	Non-Coding
159	NC_006463	CTC	2	6	6191	6196	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	55978442
160	NC_006463	CCT	2	6	6211	6216	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	55978442
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162	NC_006463	TCC	2	6	6330	6335	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	55978442
163	NC_006463	GCC	2	6	6344	6349	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	55978442
164	NC_006463	GCGCC	2	10	6361	6370	0 %	0 %	40 %	60 %	55978442
165	NC_006463	CTC	2	6	6389	6394	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	55978442
166	NC_006463	C	6	6	6431	6436	0 %	0 %	0 %	100 %	55978442
167	NC_006463	C	6	6	6465	6470	0 %	0 %	0 %	100 %	55978442
168	NC_006463	GCG	2	6	6487	6492	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	55978442
169	NC_006463	CG	4	8	6513	6520	0 %	0 %	50 %	50 %	55978442
170	NC_006463	GGA	2	6	6607	6612	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	55978442
171	NC_006463	CCT	2	6	6628	6633	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	55978442
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174	NC_006463	GCG	2	6	6720	6725	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	55978442
175	NC_006463	GCA	2	6	6760	6765	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	55978442
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177	NC_006463	C	6	6	6852	6857	0 %	0 %	0 %	100 %	55978442
178	NC_006463	GAG	2	6	6887	6892	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	55978442
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182	NC_006463	GAG	2	6	7069	7074	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	55978443
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184	NC_006463	GAG	2	6	7105	7110	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	55978443
185	NC_006463	CCT	2	6	7122	7127	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	55978443
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187	NC_006463	GCG	2	6	7305	7310	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	55978443
188	NC_006463	GTGGA	2	10	7381	7390	20 %	20 %	60 %	0 %	55978444
189	NC_006463	AGG	2	6	7488	7493	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	55978444
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191	NC_006463	GAGGG	2	10	7642	7651	20 %	0 %	80 %	0 %	55978444
192	NC_006463	CCT	2	6	7715	7720	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	55978445
193	NC_006463	TGG	2	6	7765	7770	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	55978445
194	NC_006463	GGC	2	6	7814	7819	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	55978445
195	NC_006463	GAG	2	6	7869	7874	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	55978445
196	NC_006463	ATC	2	6	7884	7889	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	55978445
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198	NC_006463	GGC	2	6	7919	7924	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	55978445
199	NC_006463	CAG	2	6	7961	7966	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	55978446
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205	NC_006463	GTAGG	2	10	8174	8183	20 %	20 %	60 %	0 %	Non-Coding
206	NC_006463	GGCCC	2	10	8189	8198	0 %	0 %	40 %	60 %	Non-Coding
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219	NC_006463	GACCC	2	10	8792	8801	20 %	0 %	20 %	60 %	55978449
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229	NC_006463	CGCC	2	8	9133	9140	0 %	0 %	25 %	75 %	55978449
230	NC_006463	GGC	2	6	9177	9182	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	55978449
231	NC_006463	TGG	2	6	9185	9190	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	55978449
232	NC_006463	G	6	6	9250	9255	0 %	0 %	100 %	0 %	Non-Coding
233	NC_006463	ATGA	2	8	9257	9264	50 %	25 %	25 %	0 %	Non-Coding
234	NC_006463	CCG	2	6	9286	9291	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	Non-Coding
235	NC_006463	CTC	2	6	9298	9303	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	Non-Coding
236	NC_006463	AGG	2	6	9307	9312	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	Non-Coding

©2012. Centre for DNA Fingerprinting & Diagnostics (CDFD), Hyderabad.