MICAS: Microsatellite Analysis Server 3.0

All Repeats of Thermoplasma acidophilum DSM 1728 chromosome

Total Repeats: 29169

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S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Length	Start	End	A%	T%	G%	C%	Protein ID
29001	NC_002578	GAA	2	6	1557529	1557534	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
29002	NC_002578	ATG	2	6	1557545	1557550	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
29003	NC_002578	GAA	2	6	1557586	1557591	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
29004	NC_002578	AAAT	2	8	1557624	1557631	75 %	25 %	0 %	0 %	Non-Coding
29005	NC_002578	TA	3	6	1557663	1557668	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
29006	NC_002578	TAA	2	6	1557673	1557678	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
29007	NC_002578	GAA	2	6	1557684	1557689	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
29008	NC_002578	AATA	2	8	1557713	1557720	75 %	25 %	0 %	0 %	Non-Coding
29009	NC_002578	T	6	6	1557756	1557761	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
29010	NC_002578	A	6	6	1557837	1557842	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
29011	NC_002578	GCTG	2	8	1557881	1557888	0 %	25 %	50 %	25 %	Non-Coding
29012	NC_002578	AAG	2	6	1557892	1557897	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
29013	NC_002578	AGA	2	6	1557927	1557932	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
29014	NC_002578	TTC	2	6	1557972	1557977	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
29015	NC_002578	GAT	2	6	1557996	1558001	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
29016	NC_002578	CT	3	6	1558058	1558063	0 %	50 %	0 %	50 %	16082462
29017	NC_002578	TGG	2	6	1558072	1558077	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	16082462
29018	NC_002578	GGAA	2	8	1558115	1558122	50 %	0 %	50 %	0 %	16082462
29019	NC_002578	GCTGA	2	10	1558146	1558155	20 %	20 %	40 %	20 %	16082462
29020	NC_002578	CAAGT	2	10	1558166	1558175	40 %	20 %	20 %	20 %	16082462
29021	NC_002578	GCA	2	6	1558182	1558187	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	16082462
29022	NC_002578	A	6	6	1558207	1558212	100 %	0 %	0 %	0 %	16082462
29023	NC_002578	GGA	2	6	1558248	1558253	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	16082462
29024	NC_002578	ATA	2	6	1558257	1558262	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	16082462
29025	NC_002578	GGAAA	2	10	1558331	1558340	60 %	0 %	40 %	0 %	Non-Coding
29026	NC_002578	GAG	2	6	1558341	1558346	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	Non-Coding
29027	NC_002578	A	6	6	1558394	1558399	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
29028	NC_002578	GATA	2	8	1558451	1558458	50 %	25 %	25 %	0 %	Non-Coding
29029	NC_002578	ATA	2	6	1558498	1558503	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
29030	NC_002578	ACA	2	6	1558524	1558529	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
29031	NC_002578	ATT	2	6	1558610	1558615	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
29032	NC_002578	CAT	2	6	1558646	1558651	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
29033	NC_002578	GAA	2	6	1558663	1558668	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	16082463
29034	NC_002578	CTT	2	6	1558742	1558747	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	16082463
29035	NC_002578	ATA	2	6	1558760	1558765	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	16082463
29036	NC_002578	GTT	2	6	1558766	1558771	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	16082463
29037	NC_002578	ACC	2	6	1558986	1558991	33.33 %	0 %	0 %	66.67 %	16082463
29038	NC_002578	ATT	2	6	1559013	1559018	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	16082463
29039	NC_002578	ATA	2	6	1559039	1559044	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	16082463
29040	NC_002578	CACT	2	8	1559130	1559137	25 %	25 %	0 %	50 %	16082463
29041	NC_002578	ATC	2	6	1559156	1559161	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	16082463
29042	NC_002578	ATA	2	6	1559192	1559197	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	16082463
29043	NC_002578	T	6	6	1559256	1559261	0 %	100 %	0 %	0 %	16082464
29044	NC_002578	TCG	2	6	1559321	1559326	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	16082464
29045	NC_002578	GGT	2	6	1559328	1559333	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	16082464
29046	NC_002578	GCA	2	6	1559335	1559340	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	16082464
29047	NC_002578	TAA	2	6	1559348	1559353	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	16082464
29048	NC_002578	TAC	2	6	1559377	1559382	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	16082464
29049	NC_002578	ATG	2	6	1559407	1559412	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	16082464
29050	NC_002578	G	6	6	1559412	1559417	0 %	0 %	100 %	0 %	16082464
29051	NC_002578	CAT	2	6	1559433	1559438	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	16082464
29052	NC_002578	CAT	2	6	1559445	1559450	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	16082464
29053	NC_002578	GGA	2	6	1559553	1559558	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	16082464
29054	NC_002578	G	6	6	1559582	1559587	0 %	0 %	100 %	0 %	16082464
29055	NC_002578	ATA	2	6	1559614	1559619	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	16082464
29056	NC_002578	ATC	2	6	1559679	1559684	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	16082465
29057	NC_002578	TTA	2	6	1559698	1559703	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	16082465
29058	NC_002578	TAT	2	6	1559718	1559723	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	16082465
29059	NC_002578	TGG	2	6	1559744	1559749	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	16082465
29060	NC_002578	TA	3	6	1559808	1559813	50 %	50 %	0 %	0 %	16082465
29061	NC_002578	CAA	2	6	1559827	1559832	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	16082465
29062	NC_002578	CAA	2	6	1559840	1559845	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	16082465
29063	NC_002578	CTG	2	6	1559856	1559861	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	16082465
29064	NC_002578	ATGG	2	8	1559877	1559884	25 %	25 %	50 %	0 %	16082465
29065	NC_002578	CAACC	2	10	1559921	1559930	40 %	0 %	0 %	60 %	16082465
29066	NC_002578	TGT	2	6	1559963	1559968	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	16082465
29067	NC_002578	CCATAT	2	12	1560024	1560035	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	16082465
29068	NC_002578	AGG	2	6	1560062	1560067	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	16082465
29069	NC_002578	TAT	2	6	1560126	1560131	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	16082465
29070	NC_002578	CTAAA	2	10	1560275	1560284	60 %	20 %	0 %	20 %	Non-Coding
29071	NC_002578	AAATA	2	10	1560351	1560360	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
29072	NC_002578	GATCC	2	10	1560411	1560420	20 %	20 %	20 %	40 %	16082631
29073	NC_002578	T	6	6	1560445	1560450	0 %	100 %	0 %	0 %	16082631
29074	NC_002578	ATC	2	6	1560466	1560471	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	16082631
29075	NC_002578	ACG	2	6	1560476	1560481	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	16082631
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29077	NC_002578	ACC	2	6	1560534	1560539	33.33 %	0 %	0 %	66.67 %	16082631
29078	NC_002578	GCCC	2	8	1560549	1560556	0 %	0 %	25 %	75 %	16082631
29079	NC_002578	TGTA	2	8	1560573	1560580	25 %	50 %	25 %	0 %	16082631
29080	NC_002578	CGC	2	6	1560702	1560707	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	16082631
29081	NC_002578	CTT	3	9	1560721	1560729	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	16082631
29082	NC_002578	TCCT	2	8	1560865	1560872	0 %	50 %	0 %	50 %	16082631
29083	NC_002578	ATCG	2	8	1560895	1560902	25 %	25 %	25 %	25 %	16082631
29084	NC_002578	CTT	2	6	1560940	1560945	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	16082631
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29089	NC_002578	T	6	6	1561169	1561174	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
29090	NC_002578	AGC	2	6	1561232	1561237	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
29091	NC_002578	AGT	2	6	1561238	1561243	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
29092	NC_002578	TGA	2	6	1561244	1561249	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
29093	NC_002578	AAT	2	6	1561254	1561259	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
29094	NC_002578	GGC	2	6	1561356	1561361	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	16082466
29095	NC_002578	ATA	2	6	1561380	1561385	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	16082466
29096	NC_002578	AAGGC	2	10	1561528	1561537	40 %	0 %	40 %	20 %	16082466
29097	NC_002578	TTC	2	6	1561560	1561565	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	16082466
29098	NC_002578	ATA	2	6	1561583	1561588	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
29099	NC_002578	TGC	2	6	1561625	1561630	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	16082632
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29101	NC_002578	TAT	2	6	1561689	1561694	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	16082632
29102	NC_002578	TCTT	2	8	1561736	1561743	0 %	75 %	0 %	25 %	16082632
29103	NC_002578	TGCG	2	8	1561749	1561756	0 %	25 %	50 %	25 %	16082632
29104	NC_002578	ACG	2	6	1561831	1561836	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	16082632
29105	NC_002578	TCG	2	6	1561864	1561869	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	16082632
29106	NC_002578	GAG	2	6	1561911	1561916	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	16082632
29107	NC_002578	GAC	2	6	1561954	1561959	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	16082632
29108	NC_002578	CGT	2	6	1561967	1561972	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	16082632
29109	NC_002578	AAAC	2	8	1561982	1561989	75 %	0 %	0 %	25 %	16082632
29110	NC_002578	TGT	2	6	1562136	1562141	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	16082632
29111	NC_002578	CAT	2	6	1562165	1562170	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	16082632
29112	NC_002578	AAC	2	6	1562178	1562183	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	16082632
29113	NC_002578	CTGT	2	8	1562225	1562232	0 %	50 %	25 %	25 %	16082632
29114	NC_002578	CCA	2	6	1562246	1562251	33.33 %	0 %	0 %	66.67 %	16082632
29115	NC_002578	ATCC	2	8	1562276	1562283	25 %	25 %	0 %	50 %	16082632
29116	NC_002578	TAT	2	6	1562319	1562324	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	16082632
29117	NC_002578	GCT	2	6	1562353	1562358	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	16082632
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29119	NC_002578	CA	3	6	1562410	1562415	50 %	0 %	0 %	50 %	16082632
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29121	NC_002578	GGA	2	6	1562654	1562659	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	16082632
29122	NC_002578	GAA	2	6	1562691	1562696	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	16082632
29123	NC_002578	TCG	2	6	1562719	1562724	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	16082632
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29136	NC_002578	T	6	6	1563316	1563321	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
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29169	NC_002578	TA	3	6	1564866	1564871	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding

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©2012. Centre for DNA Fingerprinting & Diagnostics (CDFD), Hyderabad.