MICAS: Microsatellite Analysis Server 3.0

All Repeats of Treponema pallidum subsp. pallidum str. Nichols chromosome

Total Repeats: 23959

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S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Length	Start	End	A%	T%	G%	C%	Protein ID
1	NC_000919	TTTG	2	8	237	244	0 %	75 %	25 %	0 %	15638996
2	NC_000919	A	6	6	250	255	100 %	0 %	0 %	0 %	15638996
3	NC_000919	C	6	6	280	285	0 %	0 %	0 %	100 %	15638996
4	NC_000919	TACC	2	8	297	304	25 %	25 %	0 %	50 %	15638996
5	NC_000919	TTCC	2	8	329	336	0 %	50 %	0 %	50 %	15638996
6	NC_000919	GAA	2	6	397	402	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	15638996
7	NC_000919	GCT	2	6	421	426	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	15638996
8	NC_000919	A	6	6	438	443	100 %	0 %	0 %	0 %	15638996
9	NC_000919	ACA	2	6	538	543	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	15638996
10	NC_000919	A	9	9	628	636	100 %	0 %	0 %	0 %	15638996
11	NC_000919	CTT	2	6	658	663	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	15638996
12	NC_000919	CATT	2	8	672	679	25 %	50 %	0 %	25 %	15638996
13	NC_000919	T	7	7	678	684	0 %	100 %	0 %	0 %	15638996
14	NC_000919	AAG	2	6	704	709	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	15638996
15	NC_000919	A	9	9	742	750	100 %	0 %	0 %	0 %	15638996
16	NC_000919	TC	3	6	795	800	0 %	50 %	0 %	50 %	15638996
17	NC_000919	A	7	7	886	892	100 %	0 %	0 %	0 %	15638996
18	NC_000919	TGT	2	6	945	950	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	15638996
19	NC_000919	TTC	2	6	972	977	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	15638996
20	NC_000919	GATA	2	8	1047	1054	50 %	25 %	25 %	0 %	15638996
21	NC_000919	CT	3	6	1062	1067	0 %	50 %	0 %	50 %	15638996
22	NC_000919	TTC	2	6	1078	1083	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	15638996
23	NC_000919	CT	3	6	1084	1089	0 %	50 %	0 %	50 %	15638996
24	NC_000919	TTC	2	6	1121	1126	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	15638996
25	NC_000919	GTT	2	6	1192	1197	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	15638996
26	NC_000919	TC	3	6	1221	1226	0 %	50 %	0 %	50 %	15638996
27	NC_000919	ACT	2	6	1249	1254	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	15638996
28	NC_000919	TGG	2	6	1272	1277	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	15638996
29	NC_000919	A	6	6	1310	1315	100 %	0 %	0 %	0 %	15638996
30	NC_000919	AAAGT	2	10	1370	1379	60 %	20 %	20 %	0 %	15638996
31	NC_000919	GTG	2	6	1428	1433	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	Non-Coding
32	NC_000919	T	7	7	1483	1489	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
33	NC_000919	A	6	6	1494	1499	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
34	NC_000919	TTC	2	6	1506	1511	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
35	NC_000919	TG	3	6	1519	1524	0 %	50 %	50 %	0 %	Non-Coding
36	NC_000919	TTTG	2	8	1530	1537	0 %	75 %	25 %	0 %	Non-Coding
37	NC_000919	TAT	2	6	1582	1587	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
38	NC_000919	TAA	2	6	1621	1626	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
39	NC_000919	GGA	2	6	1627	1632	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	Non-Coding
40	NC_000919	AACT	2	8	1633	1640	50 %	25 %	0 %	25 %	Non-Coding
41	NC_000919	AAG	2	6	1660	1665	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	15638997
42	NC_000919	AGCAC	2	10	1683	1692	40 %	0 %	20 %	40 %	15638997
43	NC_000919	A	8	8	1710	1717	100 %	0 %	0 %	0 %	15638997
44	NC_000919	T	6	6	1726	1731	0 %	100 %	0 %	0 %	15638997
45	NC_000919	GCT	2	6	1746	1751	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	15638997
46	NC_000919	T	6	6	1846	1851	0 %	100 %	0 %	0 %	15638997
47	NC_000919	TGT	2	6	1868	1873	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	15638997
48	NC_000919	CAA	2	6	1885	1890	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	15638997
49	NC_000919	GAA	2	6	1914	1919	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	15638997
50	NC_000919	CAAA	2	8	1939	1946	75 %	0 %	0 %	25 %	15638997
51	NC_000919	AGG	2	6	2009	2014	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	15638997
52	NC_000919	TC	3	6	2017	2022	0 %	50 %	0 %	50 %	15638997
53	NC_000919	AGA	2	6	2081	2086	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	15638997
54	NC_000919	ATT	2	6	2139	2144	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	15638997
55	NC_000919	TA	3	6	2175	2180	50 %	50 %	0 %	0 %	15638997
56	NC_000919	A	7	7	2182	2188	100 %	0 %	0 %	0 %	15638997
57	NC_000919	GCA	2	6	2300	2305	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	15638997
58	NC_000919	T	8	8	2313	2320	0 %	100 %	0 %	0 %	15638997
59	NC_000919	TCT	2	6	2337	2342	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	15638997
60	NC_000919	ATC	2	6	2389	2394	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	15638997
61	NC_000919	GTT	2	6	2453	2458	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	15638997
62	NC_000919	TTA	2	6	2485	2490	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	15638997
63	NC_000919	CAG	2	6	2496	2501	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	15638997
64	NC_000919	TTG	2	6	2505	2510	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	15638997
65	NC_000919	GAA	2	6	2562	2567	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	15638997
66	NC_000919	CTAT	2	8	2612	2619	25 %	50 %	0 %	25 %	15638997
67	NC_000919	GAA	2	6	2625	2630	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	15638997
68	NC_000919	AGG	2	6	2653	2658	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	15638997
69	NC_000919	CAT	2	6	2729	2734	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	15638997
70	NC_000919	AT	3	6	2819	2824	50 %	50 %	0 %	0 %	15638998
71	NC_000919	T	8	8	2837	2844	0 %	100 %	0 %	0 %	15638998
72	NC_000919	TGC	2	6	2895	2900	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	15638998
73	NC_000919	CG	3	6	2952	2957	0 %	0 %	50 %	50 %	15638998
74	NC_000919	CA	3	6	3004	3009	50 %	0 %	0 %	50 %	15638998
75	NC_000919	A	6	6	3033	3038	100 %	0 %	0 %	0 %	15638998
76	NC_000919	A	7	7	3058	3064	100 %	0 %	0 %	0 %	15638998
77	NC_000919	A	7	7	3072	3078	100 %	0 %	0 %	0 %	15638998
78	NC_000919	CAG	2	6	3087	3092	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	15638998
79	NC_000919	T	6	6	3109	3114	0 %	100 %	0 %	0 %	15638998
80	NC_000919	CTT	2	6	3159	3164	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	15638998
81	NC_000919	AACAAA	2	12	3231	3242	83.33 %	0 %	0 %	16.67 %	15638998
82	NC_000919	AG	3	6	3247	3252	50 %	0 %	50 %	0 %	15638998
83	NC_000919	TAT	2	6	3373	3378	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	15638998
84	NC_000919	CTC	2	6	3435	3440	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	15638998
85	NC_000919	GAG	2	6	3445	3450	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	15638998
86	NC_000919	GGTT	2	8	3587	3594	0 %	50 %	50 %	0 %	15638998
87	NC_000919	GAT	2	6	3667	3672	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	15638998
88	NC_000919	ATG	2	6	3712	3717	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	15638998
89	NC_000919	A	6	6	3788	3793	100 %	0 %	0 %	0 %	15638998
90	NC_000919	AAT	2	6	3830	3835	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	15638998
91	NC_000919	AT	3	6	3877	3882	50 %	50 %	0 %	0 %	15638999
92	NC_000919	GT	3	6	3929	3934	0 %	50 %	50 %	0 %	15638999
93	NC_000919	AAAG	2	8	4039	4046	75 %	0 %	25 %	0 %	15638999
94	NC_000919	CGT	2	6	4080	4085	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	15638999
95	NC_000919	GTAC	2	8	4104	4111	25 %	25 %	25 %	25 %	15638999
96	NC_000919	GAA	2	6	4141	4146	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	15638999
97	NC_000919	GAA	2	6	4247	4252	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	15638999
98	NC_000919	TC	3	6	4346	4351	0 %	50 %	0 %	50 %	Non-Coding
99	NC_000919	GCCC	2	8	4382	4389	0 %	0 %	25 %	75 %	Non-Coding
100	NC_000919	GAA	2	6	4394	4399	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	15639000
101	NC_000919	GGA	2	6	4558	4563	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	15639000
102	NC_000919	CGTC	2	8	4650	4657	0 %	25 %	25 %	50 %	15639000
103	NC_000919	TCAT	2	8	4707	4714	25 %	50 %	0 %	25 %	15639000
104	NC_000919	CGAAG	2	10	4771	4780	40 %	0 %	40 %	20 %	15639000
105	NC_000919	A	6	6	4816	4821	100 %	0 %	0 %	0 %	15639000
106	NC_000919	TTC	2	6	4875	4880	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	15639000
107	NC_000919	TCT	2	6	4897	4902	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	15639000
108	NC_000919	TTG	2	6	5121	5126	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	15639000
109	NC_000919	ATT	2	6	5174	5179	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	15639000
110	NC_000919	TAC	2	6	5206	5211	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	15639000
111	NC_000919	ACG	2	6	5277	5282	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	15639000
112	NC_000919	GTA	2	6	5345	5350	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	15639000
113	NC_000919	GTGC	2	8	5540	5547	0 %	25 %	50 %	25 %	15639000
114	NC_000919	ATC	2	6	5579	5584	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	15639000
115	NC_000919	TTTGAC	2	12	5642	5653	16.67 %	50 %	16.67 %	16.67 %	15639000
116	NC_000919	GCAGGC	2	12	5659	5670	16.67 %	0 %	50 %	33.33 %	15639000
117	NC_000919	TCT	2	6	5756	5761	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	15639000
118	NC_000919	GGA	2	6	5764	5769	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	15639000
119	NC_000919	TTAC	2	8	5771	5778	25 %	50 %	0 %	25 %	15639000
120	NC_000919	GTT	2	6	5801	5806	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	15639000
121	NC_000919	AAGA	2	8	5807	5814	75 %	0 %	25 %	0 %	15639000
122	NC_000919	GAT	2	6	5843	5848	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	15639000
123	NC_000919	AGA	2	6	5893	5898	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	15639000
124	NC_000919	GGA	2	6	5990	5995	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	15639000
125	NC_000919	GGC	2	6	6019	6024	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	15639000
126	NC_000919	TTA	2	6	6033	6038	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	15639000
127	NC_000919	GGGC	2	8	6092	6099	0 %	0 %	75 %	25 %	15639000
128	NC_000919	GACG	2	8	6181	6188	25 %	0 %	50 %	25 %	15639000
129	NC_000919	GA	3	6	6214	6219	50 %	0 %	50 %	0 %	15639000
130	NC_000919	TAA	2	6	6226	6231	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	15639000
131	NC_000919	ACT	2	6	6278	6283	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	15639000
132	NC_000919	CG	3	6	6306	6311	0 %	0 %	50 %	50 %	15639000
133	NC_000919	TAT	2	6	6313	6318	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	15639000
134	NC_000919	TTA	2	6	6390	6395	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	15639000
135	NC_000919	GAGG	2	8	6427	6434	25 %	0 %	75 %	0 %	15639000
136	NC_000919	AAC	2	6	6522	6527	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	15639000
137	NC_000919	AGA	2	6	6615	6620	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	15639000
138	NC_000919	AC	3	6	6624	6629	50 %	0 %	0 %	50 %	15639000
139	NC_000919	GTGTAT	2	12	6685	6696	16.67 %	50 %	33.33 %	0 %	15639000
140	NC_000919	GT	3	6	6728	6733	0 %	50 %	50 %	0 %	15639000
141	NC_000919	GTG	2	6	6753	6758	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	15639000
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143	NC_000919	GT	3	6	6771	6776	0 %	50 %	50 %	0 %	15639000
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274	NC_000919	GCGT	2	8	13217	13224	0 %	25 %	50 %	25 %	15639008
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411	NC_000919	TGC	2	6	20479	20484	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	15639012
412	NC_000919	ATC	2	6	20522	20527	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	15639012
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432	NC_000919	TAA	2	6	21453	21458	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
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482	NC_000919	GGC	2	6	24324	24329	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	Non-Coding
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489	NC_000919	CAA	3	9	24571	24579	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
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492	NC_000919	A	6	6	24819	24824	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
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494	NC_000919	CCA	2	6	24934	24939	33.33 %	0 %	0 %	66.67 %	Non-Coding
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496	NC_000919	A	6	6	25004	25009	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
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