MICAS: Microsatellite Analysis Server 3.0

All Non-Coding Repeats of Salmonella enterica subsp. enterica serovar Typhimurium DT104 main chromosome

Total Repeats: 14715

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S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Length	Start	End	A%	T%	G%	C%	Protein ID
1	NC_022569	AT	3	6	55	60	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
2	NC_022569	CAG	2	6	64	69	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
3	NC_022569	AGAC	2	8	153	160	50 %	0 %	25 %	25 %	Non-Coding
4	NC_022569	A	6	6	274	279	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
5	NC_022569	T	8	8	303	310	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
6	NC_022569	AAC	2	6	330	335	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
7	NC_022569	GTG	2	6	5062	5067	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	Non-Coding
8	NC_022569	A	7	7	5924	5930	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
9	NC_022569	CGC	2	6	5931	5936	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	Non-Coding
10	NC_022569	TTG	2	6	7408	7413	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
11	NC_022569	ATG	2	6	7453	7458	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
12	NC_022569	GGT	2	6	7506	7511	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	Non-Coding
13	NC_022569	CGT	2	6	7599	7604	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
14	NC_022569	ATC	2	6	7608	7613	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
15	NC_022569	CTGT	2	8	8666	8673	0 %	50 %	25 %	25 %	Non-Coding
16	NC_022569	CCTTC	2	10	8674	8683	0 %	40 %	0 %	60 %	Non-Coding
17	NC_022569	AAT	2	6	8722	8727	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
18	NC_022569	TAG	2	6	9334	9339	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
19	NC_022569	TCC	2	6	9346	9351	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	Non-Coding
20	NC_022569	GGA	2	6	9359	9364	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	Non-Coding
21	NC_022569	ATC	2	6	9954	9959	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
22	NC_022569	ATA	2	6	10017	10022	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
23	NC_022569	TAA	2	6	10051	10056	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
24	NC_022569	GAAAA	2	10	10061	10070	80 %	0 %	20 %	0 %	Non-Coding
25	NC_022569	TCTTT	2	10	11322	11331	0 %	80 %	0 %	20 %	Non-Coding
26	NC_022569	TTA	2	6	11332	11337	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
27	NC_022569	ATTTA	2	10	11364	11373	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
28	NC_022569	TCTG	2	8	11389	11396	0 %	50 %	25 %	25 %	Non-Coding
29	NC_022569	A	6	6	11423	11428	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
30	NC_022569	T	6	6	11429	11434	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
31	NC_022569	TGA	2	6	11446	11451	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
32	NC_022569	GTG	2	6	11486	11491	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	Non-Coding
33	NC_022569	A	8	8	11498	11505	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
34	NC_022569	TTA	2	6	11540	11545	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
35	NC_022569	ATG	2	6	11561	11566	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
36	NC_022569	TTC	2	6	14753	14758	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
37	NC_022569	T	6	6	14780	14785	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
38	NC_022569	TTG	2	6	14834	14839	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
39	NC_022569	CAG	2	6	14877	14882	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
40	NC_022569	A	7	7	14904	14910	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
41	NC_022569	GTGAT	2	10	14912	14921	20 %	40 %	40 %	0 %	Non-Coding
42	NC_022569	T	6	6	14937	14942	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
43	NC_022569	TAT	2	6	14970	14975	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
44	NC_022569	T	7	7	14985	14991	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
45	NC_022569	ATG	2	6	16001	16006	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
46	NC_022569	CCT	2	6	16022	16027	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	Non-Coding
47	NC_022569	ATT	2	6	16055	16060	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
48	NC_022569	T	6	6	16478	16483	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
49	NC_022569	TATTG	2	10	17576	17585	20 %	60 %	20 %	0 %	Non-Coding
50	NC_022569	ATT	2	6	17612	17617	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
51	NC_022569	GTT	2	6	17704	17709	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
52	NC_022569	GTT	2	6	17728	17733	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
53	NC_022569	ATC	2	6	17757	17762	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
54	NC_022569	GAT	2	6	17769	17774	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
55	NC_022569	T	6	6	17791	17796	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
56	NC_022569	CCA	2	6	20031	20036	33.33 %	0 %	0 %	66.67 %	Non-Coding
57	NC_022569	TTA	2	6	23166	23171	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
58	NC_022569	TCTTAA	2	12	23203	23214	33.33 %	50 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
59	NC_022569	TTAT	2	8	23265	23272	25 %	75 %	0 %	0 %	Non-Coding
60	NC_022569	AT	3	6	24056	24061	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
61	NC_022569	GTT	2	6	24116	24121	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
62	NC_022569	ACA	2	6	24195	24200	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
63	NC_022569	GAT	2	6	24232	24237	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
64	NC_022569	TAA	2	6	24259	24264	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
65	NC_022569	TAA	2	6	24266	24271	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
66	NC_022569	ACG	2	6	24306	24311	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
67	NC_022569	AAG	2	6	24353	24358	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
68	NC_022569	T	7	7	24363	24369	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
69	NC_022569	GAA	2	6	24399	24404	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
70	NC_022569	CAG	2	6	24409	24414	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
71	NC_022569	A	6	6	24425	24430	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
72	NC_022569	T	7	7	25025	25031	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
73	NC_022569	CG	3	6	25064	25069	0 %	0 %	50 %	50 %	Non-Coding
74	NC_022569	GT	3	6	33041	33046	0 %	50 %	50 %	0 %	Non-Coding
75	NC_022569	ATA	2	6	33134	33139	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
76	NC_022569	T	6	6	33146	33151	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
77	NC_022569	T	6	6	33154	33159	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
78	NC_022569	T	6	6	33186	33191	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
79	NC_022569	CAT	2	6	33201	33206	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
80	NC_022569	TTTTA	2	10	33211	33220	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
81	NC_022569	TAA	2	6	33255	33260	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
82	NC_022569	GTG	2	6	33300	33305	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	Non-Coding
83	NC_022569	ATG	2	6	33327	33332	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
84	NC_022569	CCAG	2	8	33346	33353	25 %	0 %	25 %	50 %	Non-Coding
85	NC_022569	TAAA	2	8	34385	34392	75 %	25 %	0 %	0 %	Non-Coding
86	NC_022569	AAT	2	6	34425	34430	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
87	NC_022569	AT	3	6	34434	34439	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
88	NC_022569	CTT	2	6	34447	34452	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
89	NC_022569	T	7	7	34451	34457	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
90	NC_022569	AGA	2	6	34460	34465	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
91	NC_022569	ATA	2	6	34494	34499	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
92	NC_022569	A	6	6	34540	34545	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
93	NC_022569	CGC	2	6	34574	34579	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	Non-Coding
94	NC_022569	ATA	2	6	34587	34592	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
95	NC_022569	CTT	2	6	34625	34630	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
96	NC_022569	C	6	6	34632	34637	0 %	0 %	0 %	100 %	Non-Coding
97	NC_022569	GTT	2	6	34653	34658	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
98	NC_022569	T	6	6	34657	34662	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
99	NC_022569	ATAA	2	8	34663	34670	75 %	25 %	0 %	0 %	Non-Coding
100	NC_022569	TTG	2	6	34675	34680	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
101	NC_022569	AT	3	6	34694	34699	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
102	NC_022569	ATC	2	6	34733	34738	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
103	NC_022569	T	6	6	34754	34759	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
104	NC_022569	GTGC	2	8	34786	34793	0 %	25 %	50 %	25 %	Non-Coding
105	NC_022569	TTAA	2	8	34796	34803	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
106	NC_022569	ATG	2	6	34814	34819	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
107	NC_022569	ATA	3	9	34848	34856	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
108	NC_022569	T	6	6	34902	34907	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
109	NC_022569	ATCGT	2	10	34917	34926	20 %	40 %	20 %	20 %	Non-Coding
110	NC_022569	ATG	2	6	34936	34941	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
111	NC_022569	T	6	6	34943	34948	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
112	NC_022569	ATTTT	2	10	34961	34970	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
113	NC_022569	TAG	2	6	34994	34999	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
114	NC_022569	TGAT	2	8	35031	35038	25 %	50 %	25 %	0 %	Non-Coding
115	NC_022569	TTG	2	6	35042	35047	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
116	NC_022569	AAT	2	6	35054	35059	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
117	NC_022569	A	6	6	35092	35097	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
118	NC_022569	TAG	2	6	35151	35156	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
119	NC_022569	TTTTA	2	10	35222	35231	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
120	NC_022569	ATT	2	6	35233	35238	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
121	NC_022569	TTG	2	6	35252	35257	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
122	NC_022569	TGT	2	6	35291	35296	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
123	NC_022569	TCA	2	6	38753	38758	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
124	NC_022569	ATTA	2	8	38764	38771	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
125	NC_022569	TGT	2	6	39566	39571	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
126	NC_022569	AAG	2	6	39575	39580	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
127	NC_022569	TGT	2	6	39671	39676	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
128	NC_022569	TTA	2	6	39677	39682	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
129	NC_022569	TGT	2	6	39716	39721	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
130	NC_022569	AAT	2	6	39767	39772	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
131	NC_022569	AT	3	6	39830	39835	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
132	NC_022569	T	7	7	39903	39909	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
133	NC_022569	AT	3	6	39945	39950	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
134	NC_022569	ATATTA	2	12	39956	39967	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
135	NC_022569	AAT	2	6	39979	39984	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
136	NC_022569	GAA	2	6	40010	40015	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
137	NC_022569	AT	5	10	40032	40041	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
138	NC_022569	AATT	2	8	40047	40054	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
139	NC_022569	AT	3	6	40088	40093	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
140	NC_022569	AAT	2	6	41627	41632	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
141	NC_022569	A	6	6	41636	41641	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
142	NC_022569	GTA	2	6	42915	42920	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
143	NC_022569	TAAAA	2	10	44190	44199	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
144	NC_022569	TGA	2	6	44204	44209	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
145	NC_022569	GTT	2	6	44213	44218	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
146	NC_022569	ATC	2	6	46033	46038	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
147	NC_022569	TGAC	2	8	46041	46048	25 %	25 %	25 %	25 %	Non-Coding
148	NC_022569	A	6	6	46055	46060	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
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293	NC_022569	T	6	6	81633	81638	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
294	NC_022569	GGC	2	6	81646	81651	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	Non-Coding
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431	NC_022569	TTGC	2	8	134354	134361	0 %	50 %	25 %	25 %	Non-Coding
432	NC_022569	ATT	2	6	134517	134522	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
433	NC_022569	TCG	2	6	135612	135617	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
434	NC_022569	ATT	2	6	135662	135667	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
435	NC_022569	TCT	2	6	135706	135711	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
436	NC_022569	CTT	2	6	135712	135717	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
437	NC_022569	CCT	2	6	135719	135724	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	Non-Coding
438	NC_022569	ATT	2	6	135726	135731	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
439	NC_022569	AGCG	2	8	135780	135787	25 %	0 %	50 %	25 %	Non-Coding
440	NC_022569	TGA	2	6	135809	135814	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
441	NC_022569	TGT	2	6	135845	135850	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
442	NC_022569	GTC	2	6	135865	135870	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
443	NC_022569	GAC	2	6	138072	138077	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
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445	NC_022569	CAGG	2	8	138142	138149	25 %	0 %	50 %	25 %	Non-Coding
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447	NC_022569	ATC	2	6	138192	138197	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
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449	NC_022569	CGG	2	6	139350	139355	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	Non-Coding
450	NC_022569	CT	4	8	139363	139370	0 %	50 %	0 %	50 %	Non-Coding
451	NC_022569	GCC	2	6	139374	139379	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	Non-Coding
452	NC_022569	CAAA	2	8	139382	139389	75 %	0 %	0 %	25 %	Non-Coding
453	NC_022569	AAT	2	6	139415	139420	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
454	NC_022569	ATT	2	6	139425	139430	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
455	NC_022569	T	6	6	139453	139458	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
456	NC_022569	CTTT	2	8	139464	139471	0 %	75 %	0 %	25 %	Non-Coding
457	NC_022569	TTGTT	2	10	139528	139537	0 %	80 %	20 %	0 %	Non-Coding
458	NC_022569	TCG	2	6	139554	139559	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
459	NC_022569	CGG	2	6	139734	139739	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	Non-Coding
460	NC_022569	T	7	7	139751	139757	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
461	NC_022569	T	6	6	139839	139844	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
462	NC_022569	CTTG	2	8	139864	139871	0 %	50 %	25 %	25 %	Non-Coding
463	NC_022569	TCC	2	6	139881	139886	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	Non-Coding
464	NC_022569	AAG	2	6	139931	139936	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
465	NC_022569	TC	3	6	148728	148733	0 %	50 %	0 %	50 %	Non-Coding
466	NC_022569	CG	3	6	148750	148755	0 %	0 %	50 %	50 %	Non-Coding
467	NC_022569	CCT	2	6	148769	148774	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	Non-Coding
468	NC_022569	GCG	2	6	148788	148793	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	Non-Coding
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470	NC_022569	GCC	2	6	155636	155641	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	Non-Coding
471	NC_022569	GA	4	8	155676	155683	50 %	0 %	50 %	0 %	Non-Coding
472	NC_022569	CCG	2	6	156884	156889	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	Non-Coding
473	NC_022569	CT	3	6	157898	157903	0 %	50 %	0 %	50 %	Non-Coding
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475	NC_022569	CTG	2	6	158043	158048	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
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477	NC_022569	A	6	6	158634	158639	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
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479	NC_022569	ATT	2	6	161457	161462	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
480	NC_022569	T	6	6	161530	161535	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
481	NC_022569	CAA	2	6	161543	161548	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
482	NC_022569	TTA	2	6	161976	161981	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
483	NC_022569	GCCG	2	8	162021	162028	0 %	0 %	50 %	50 %	Non-Coding
484	NC_022569	CGT	2	6	162032	162037	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
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488	NC_022569	TATT	2	8	162209	162216	25 %	75 %	0 %	0 %	Non-Coding
489	NC_022569	ATT	2	6	162218	162223	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
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492	NC_022569	CTGG	2	8	165105	165112	0 %	25 %	50 %	25 %	Non-Coding
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