MICAS: Microsatellite Analysis Server 3.0

All Non-Coding Repeats of Salmonella enterica subsp. enterica Serovar Heidelberg str. CFSAN002069 plasmid pCFSAN002069_02

Total Repeats: 200

S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Length	Start	End	A%	T%	G%	C%	Protein ID
1	NC_021842	CCTG	2	8	9	16	0 %	25 %	25 %	50 %	Non-Coding
2	NC_021842	TTA	2	6	101	106	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
3	NC_021842	CAG	2	6	182	187	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
4	NC_021842	GAGT	2	8	288	295	25 %	25 %	50 %	0 %	Non-Coding
5	NC_021842	GTG	2	6	383	388	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	Non-Coding
6	NC_021842	TTAT	2	8	1768	1775	25 %	75 %	0 %	0 %	Non-Coding
7	NC_021842	TTC	2	6	2048	2053	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
8	NC_021842	T	6	6	2069	2074	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
9	NC_021842	TGG	2	6	2545	2550	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	Non-Coding
10	NC_021842	GAA	3	9	2560	2568	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
11	NC_021842	TAA	2	6	2659	2664	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
12	NC_021842	TAA	2	6	2763	2768	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
13	NC_021842	T	6	6	5332	5337	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
14	NC_021842	AGTA	2	8	5348	5355	50 %	25 %	25 %	0 %	Non-Coding
15	NC_021842	A	6	6	5452	5457	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
16	NC_021842	GAAA	2	8	5460	5467	75 %	0 %	25 %	0 %	Non-Coding
17	NC_021842	A	7	7	5519	5525	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
18	NC_021842	T	6	6	5544	5549	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
19	NC_021842	TGG	2	6	5569	5574	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	Non-Coding
20	NC_021842	GTG	2	6	5669	5674	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	Non-Coding
21	NC_021842	TCAG	2	8	5701	5708	25 %	25 %	25 %	25 %	Non-Coding
22	NC_021842	CTGG	2	8	5775	5782	0 %	25 %	50 %	25 %	Non-Coding
23	NC_021842	GGT	2	6	5790	5795	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	Non-Coding
24	NC_021842	AGG	3	9	5816	5824	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	Non-Coding
25	NC_021842	GA	3	6	5846	5851	50 %	0 %	50 %	0 %	Non-Coding
26	NC_021842	TCC	2	6	5892	5897	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	Non-Coding
27	NC_021842	AGG	2	6	6069	6074	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	Non-Coding
28	NC_021842	T	6	6	6205	6210	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
29	NC_021842	CAA	2	6	6417	6422	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
30	NC_021842	GTT	2	6	6427	6432	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
31	NC_021842	A	6	6	6434	6439	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
32	NC_021842	CA	3	6	6581	6586	50 %	0 %	0 %	50 %	Non-Coding
33	NC_021842	TTC	2	6	8496	8501	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
34	NC_021842	T	6	6	8533	8538	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
35	NC_021842	TCC	2	6	8582	8587	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	Non-Coding
36	NC_021842	TTC	2	6	9119	9124	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
37	NC_021842	TGA	2	6	9128	9133	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
38	NC_021842	TAA	2	6	9193	9198	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
39	NC_021842	GAT	2	6	9225	9230	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
40	NC_021842	TGGC	2	8	9254	9261	0 %	25 %	50 %	25 %	Non-Coding
41	NC_021842	T	6	6	9309	9314	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
42	NC_021842	TGC	2	6	9349	9354	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
43	NC_021842	GCT	3	9	9391	9399	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
44	NC_021842	T	6	6	9463	9468	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
45	NC_021842	CAT	2	6	9482	9487	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
46	NC_021842	TGT	2	6	9542	9547	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
47	NC_021842	TCA	2	6	9572	9577	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
48	NC_021842	TGGC	2	8	9663	9670	0 %	25 %	50 %	25 %	Non-Coding
49	NC_021842	CAGC	2	8	9675	9682	25 %	0 %	25 %	50 %	Non-Coding
50	NC_021842	TCCG	2	8	10012	10019	0 %	25 %	25 %	50 %	Non-Coding
51	NC_021842	T	6	6	10029	10034	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
52	NC_021842	TAA	2	6	10044	10049	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
53	NC_021842	ATT	2	6	10056	10061	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
54	NC_021842	CCG	2	6	10066	10071	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	Non-Coding
55	NC_021842	AAC	2	6	10097	10102	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
56	NC_021842	AGCT	2	8	10172	10179	25 %	25 %	25 %	25 %	Non-Coding
57	NC_021842	CCT	2	6	10219	10224	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	Non-Coding
58	NC_021842	ACC	2	6	10226	10231	33.33 %	0 %	0 %	66.67 %	Non-Coding
59	NC_021842	C	6	6	10265	10270	0 %	0 %	0 %	100 %	Non-Coding
60	NC_021842	TCT	2	6	10319	10324	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
61	NC_021842	TAA	2	6	10330	10335	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
62	NC_021842	CTGC	2	8	10352	10359	0 %	25 %	25 %	50 %	Non-Coding
63	NC_021842	TTC	2	6	10379	10384	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
64	NC_021842	ATC	2	6	10576	10581	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
65	NC_021842	TAT	2	6	10622	10627	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
66	NC_021842	ACA	2	6	10680	10685	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
67	NC_021842	GCCCT	2	10	10774	10783	0 %	20 %	20 %	60 %	Non-Coding
68	NC_021842	A	6	6	10821	10826	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
69	NC_021842	T	6	6	10836	10841	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
70	NC_021842	TGT	2	6	10859	10864	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
71	NC_021842	A	7	7	10906	10912	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
72	NC_021842	A	6	6	10927	10932	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
73	NC_021842	CAC	2	6	10976	10981	33.33 %	0 %	0 %	66.67 %	Non-Coding
74	NC_021842	CATC	2	8	10990	10997	25 %	25 %	0 %	50 %	Non-Coding
75	NC_021842	A	6	6	11001	11006	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
76	NC_021842	T	7	7	11012	11018	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
77	NC_021842	TGC	2	6	11031	11036	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
78	NC_021842	A	6	6	11046	11051	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
79	NC_021842	CAA	2	6	11118	11123	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
80	NC_021842	A	6	6	11122	11127	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
81	NC_021842	GAAA	2	8	11129	11136	75 %	0 %	25 %	0 %	Non-Coding
82	NC_021842	A	6	6	11156	11161	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
83	NC_021842	A	7	7	11188	11194	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
84	NC_021842	T	6	6	11213	11218	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
85	NC_021842	TGG	2	6	11238	11243	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	Non-Coding
86	NC_021842	CTGG	2	8	11246	11253	0 %	25 %	50 %	25 %	Non-Coding
87	NC_021842	CAAC	2	8	11268	11275	50 %	0 %	0 %	50 %	Non-Coding
88	NC_021842	GAA	2	6	11279	11284	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
89	NC_021842	AGTA	2	8	11310	11317	50 %	25 %	25 %	0 %	Non-Coding
90	NC_021842	ACC	2	6	11465	11470	33.33 %	0 %	0 %	66.67 %	Non-Coding
91	NC_021842	TAA	2	6	11480	11485	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
92	NC_021842	ACACC	2	10	11525	11534	40 %	0 %	0 %	60 %	Non-Coding
93	NC_021842	CA	3	6	12358	12363	50 %	0 %	0 %	50 %	Non-Coding
94	NC_021842	ACA	2	6	12371	12376	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
95	NC_021842	GAT	2	6	12381	12386	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
96	NC_021842	AC	3	6	12429	12434	50 %	0 %	0 %	50 %	Non-Coding
97	NC_021842	AAT	2	6	12532	12537	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
98	NC_021842	AAC	2	6	12545	12550	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
99	NC_021842	AC	3	6	12549	12554	50 %	0 %	0 %	50 %	Non-Coding
100	NC_021842	AG	3	6	12598	12603	50 %	0 %	50 %	0 %	Non-Coding
101	NC_021842	ATA	2	6	13315	13320	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
102	NC_021842	GCG	2	6	15083	15088	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	Non-Coding
103	NC_021842	CTG	2	6	15134	15139	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
104	NC_021842	TTC	2	6	16376	16381	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
105	NC_021842	ATTTC	2	10	16417	16426	20 %	60 %	0 %	20 %	Non-Coding
106	NC_021842	CCA	2	6	16558	16563	33.33 %	0 %	0 %	66.67 %	Non-Coding
107	NC_021842	AAGT	2	8	16922	16929	50 %	25 %	25 %	0 %	Non-Coding
108	NC_021842	AAG	2	6	16979	16984	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
109	NC_021842	TAA	2	6	16987	16992	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
110	NC_021842	A	7	7	16995	17001	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
111	NC_021842	A	6	6	17005	17010	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
112	NC_021842	CAAAA	2	10	17029	17038	80 %	0 %	0 %	20 %	Non-Coding
113	NC_021842	A	6	6	17035	17040	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
114	NC_021842	GGA	2	6	17075	17080	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	Non-Coding
115	NC_021842	CA	3	6	17105	17110	50 %	0 %	0 %	50 %	Non-Coding
116	NC_021842	T	6	6	17128	17133	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
117	NC_021842	GCG	2	6	17218	17223	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	Non-Coding
118	NC_021842	AGA	2	6	17248	17253	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
119	NC_021842	TTGA	2	8	17273	17280	25 %	50 %	25 %	0 %	Non-Coding
120	NC_021842	TTCG	2	8	17328	17335	0 %	50 %	25 %	25 %	Non-Coding
121	NC_021842	A	6	6	17366	17371	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
122	NC_021842	CAA	2	6	17485	17490	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
123	NC_021842	GCG	2	6	17510	17515	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	Non-Coding
124	NC_021842	TAT	2	6	17673	17678	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
125	NC_021842	ATC	2	6	18231	18236	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
126	NC_021842	TAA	2	6	18303	18308	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
127	NC_021842	T	6	6	18717	18722	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
128	NC_021842	AAT	2	6	18733	18738	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
129	NC_021842	TAA	2	6	19215	19220	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
130	NC_021842	G	6	6	19619	19624	0 %	0 %	100 %	0 %	Non-Coding
131	NC_021842	AG	3	6	19660	19665	50 %	0 %	50 %	0 %	Non-Coding
132	NC_021842	CAT	2	6	19679	19684	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
133	NC_021842	AAAG	2	8	19729	19736	75 %	0 %	25 %	0 %	Non-Coding
134	NC_021842	CCA	2	6	19777	19782	33.33 %	0 %	0 %	66.67 %	Non-Coding
135	NC_021842	A	7	7	19800	19806	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
136	NC_021842	TAA	2	6	19823	19828	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
137	NC_021842	TAAAGA	2	12	19831	19842	66.67 %	16.67 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
138	NC_021842	TAA	2	6	20172	20177	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
139	NC_021842	ACA	2	6	20498	20503	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
140	NC_021842	TTG	2	6	20521	20526	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
141	NC_021842	GCG	2	6	20548	20553	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	Non-Coding
142	NC_021842	CGC	2	6	20585	20590	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	Non-Coding
143	NC_021842	A	6	6	22493	22498	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
144	NC_021842	GAAA	2	8	22551	22558	75 %	0 %	25 %	0 %	Non-Coding
145	NC_021842	GTA	2	6	22618	22623	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
146	NC_021842	TC	3	6	22648	22653	0 %	50 %	0 %	50 %	Non-Coding
147	NC_021842	TCA	2	6	22777	22782	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
148	NC_021842	TAC	2	6	22820	22825	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
149	NC_021842	TTC	2	6	22914	22919	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
150	NC_021842	CATC	2	8	22937	22944	25 %	25 %	0 %	50 %	Non-Coding
151	NC_021842	CTG	2	6	22998	23003	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
152	NC_021842	T	6	6	23049	23054	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
153	NC_021842	TGA	2	6	23070	23075	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
154	NC_021842	TG	3	6	23146	23151	0 %	50 %	50 %	0 %	Non-Coding
155	NC_021842	TAA	2	6	24400	24405	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
156	NC_021842	ATT	2	6	24447	24452	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
157	NC_021842	AG	3	6	27877	27882	50 %	0 %	50 %	0 %	Non-Coding
158	NC_021842	TCT	2	6	29335	29340	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
159	NC_021842	ACT	2	6	29380	29385	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
160	NC_021842	CTG	2	6	29475	29480	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
161	NC_021842	AATAG	2	10	35972	35981	60 %	20 %	20 %	0 %	Non-Coding
162	NC_021842	TAAT	2	8	36003	36010	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
163	NC_021842	TGG	2	6	36065	36070	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	Non-Coding
164	NC_021842	ATG	2	6	36085	36090	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
165	NC_021842	GCC	2	6	36152	36157	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	Non-Coding
166	NC_021842	GCA	2	6	36246	36251	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
167	NC_021842	TGA	3	9	36323	36331	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
168	NC_021842	TTG	2	6	36343	36348	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
169	NC_021842	TCTG	2	8	36575	36582	0 %	50 %	25 %	25 %	Non-Coding
170	NC_021842	TAC	2	6	36660	36665	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
171	NC_021842	GTG	2	6	36688	36693	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	Non-Coding
172	NC_021842	GCA	2	6	36783	36788	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
173	NC_021842	GCA	2	6	36822	36827	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
174	NC_021842	TGA	2	6	36830	36835	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
175	NC_021842	A	7	7	36837	36843	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
176	NC_021842	GCCGTT	2	12	36851	36862	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
177	NC_021842	A	6	6	36916	36921	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
178	NC_021842	CAA	2	6	36936	36941	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
179	NC_021842	TGA	2	6	36998	37003	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
180	NC_021842	AAAGC	2	10	37084	37093	60 %	0 %	20 %	20 %	Non-Coding
181	NC_021842	CGA	2	6	37172	37177	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
182	NC_021842	GTG	2	6	37267	37272	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	Non-Coding
183	NC_021842	AAC	2	6	37301	37306	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
184	NC_021842	AGA	2	6	37361	37366	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
185	NC_021842	ATG	2	6	37369	37374	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
186	NC_021842	GAC	2	6	37421	37426	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
187	NC_021842	GTT	3	9	37434	37442	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
188	NC_021842	GAA	2	6	37448	37453	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
189	NC_021842	AAC	2	6	37454	37459	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
190	NC_021842	CCG	2	6	37461	37466	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	Non-Coding
191	NC_021842	ATT	2	6	37469	37474	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
192	NC_021842	CCT	2	6	37483	37488	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	Non-Coding
193	NC_021842	TGCT	2	8	37489	37496	0 %	50 %	25 %	25 %	Non-Coding
194	NC_021842	A	6	6	37539	37544	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
195	NC_021842	TTG	2	6	37545	37550	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
196	NC_021842	AAGGAT	2	12	37551	37562	50 %	16.67 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
197	NC_021842	A	6	6	37569	37574	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
198	NC_021842	TGG	2	6	37583	37588	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	Non-Coding
199	NC_021842	GAA	2	6	37631	37636	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
200	NC_021842	CCTG	2	8	37706	37713	0 %	25 %	25 %	50 %	Non-Coding

©2012. Centre for DNA Fingerprinting & Diagnostics (CDFD), Hyderabad.