MICAS: Microsatellite Analysis Server 3.0

All Non-Coding Repeats of Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. 41578 plasmid pSEEH1578_02

Total Repeats: 195

S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Length	Start	End	A%	T%	G%	C%	Protein ID
1	NC_021841	CCA	2	6	57	62	33.33 %	0 %	0 %	66.67 %	Non-Coding
2	NC_021841	AAGA	2	8	101	108	75 %	0 %	25 %	0 %	Non-Coding
3	NC_021841	CTT	2	6	119	124	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
4	NC_021841	T	6	6	126	131	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
5	NC_021841	CCG	2	6	214	219	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	Non-Coding
6	NC_021841	ATA	2	6	296	301	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
7	NC_021841	CAG	2	6	345	350	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
8	NC_021841	ATG	2	6	385	390	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
9	NC_021841	CAA	2	6	397	402	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
10	NC_021841	CCG	2	6	448	453	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	Non-Coding
11	NC_021841	AAT	2	6	503	508	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
12	NC_021841	TTAC	2	8	537	544	25 %	50 %	0 %	25 %	Non-Coding
13	NC_021841	CCATTA	2	12	574	585	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
14	NC_021841	GTA	2	6	596	601	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
15	NC_021841	AT	3	6	610	615	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
16	NC_021841	T	6	6	633	638	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
17	NC_021841	CAT	2	6	670	675	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
18	NC_021841	TAA	2	6	757	762	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
19	NC_021841	ATTT	2	8	850	857	25 %	75 %	0 %	0 %	Non-Coding
20	NC_021841	A	6	6	893	898	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
21	NC_021841	TCCAC	2	10	903	912	20 %	20 %	0 %	60 %	Non-Coding
22	NC_021841	T	6	6	949	954	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
23	NC_021841	AGA	2	6	969	974	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
24	NC_021841	GAA	2	6	996	1001	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
25	NC_021841	CATA	2	8	1021	1028	50 %	25 %	0 %	25 %	Non-Coding
26	NC_021841	AAG	2	6	1031	1036	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
27	NC_021841	TCATT	2	10	1078	1087	20 %	60 %	0 %	20 %	Non-Coding
28	NC_021841	ATC	2	6	1112	1117	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
29	NC_021841	TTTCT	2	10	1118	1127	0 %	80 %	0 %	20 %	Non-Coding
30	NC_021841	T	7	7	1135	1141	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
31	NC_021841	GTAAA	2	10	1188	1197	60 %	20 %	20 %	0 %	Non-Coding
32	NC_021841	ATTT	2	8	1213	1220	25 %	75 %	0 %	0 %	Non-Coding
33	NC_021841	TTC	2	6	1221	1226	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
34	NC_021841	TTA	2	6	1266	1271	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
35	NC_021841	CAT	2	6	1291	1296	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
36	NC_021841	GAAC	2	8	1350	1357	50 %	0 %	25 %	25 %	Non-Coding
37	NC_021841	TA	3	6	1499	1504	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
38	NC_021841	AGT	2	6	1511	1516	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
39	NC_021841	TCA	2	6	1551	1556	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
40	NC_021841	A	7	7	1601	1607	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
41	NC_021841	AC	3	6	1613	1618	50 %	0 %	0 %	50 %	Non-Coding
42	NC_021841	GTC	2	6	1667	1672	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
43	NC_021841	AGCC	2	8	1715	1722	25 %	0 %	25 %	50 %	Non-Coding
44	NC_021841	GAC	2	6	1784	1789	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
45	NC_021841	CATA	2	8	1801	1808	50 %	25 %	0 %	25 %	Non-Coding
46	NC_021841	AATC	2	8	3004	3011	50 %	25 %	0 %	25 %	Non-Coding
47	NC_021841	GT	3	6	3020	3025	0 %	50 %	50 %	0 %	Non-Coding
48	NC_021841	AGG	2	6	3065	3070	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	Non-Coding
49	NC_021841	TAG	2	6	3091	3096	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
50	NC_021841	AT	3	6	3099	3104	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
51	NC_021841	ATG	2	6	3113	3118	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
52	NC_021841	A	6	6	3121	3126	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
53	NC_021841	GTT	2	6	3704	3709	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
54	NC_021841	TACA	2	8	4978	4985	50 %	25 %	0 %	25 %	Non-Coding
55	NC_021841	GGCA	2	8	5522	5529	25 %	0 %	50 %	25 %	Non-Coding
56	NC_021841	ATTG	2	8	5601	5608	25 %	50 %	25 %	0 %	Non-Coding
57	NC_021841	TCG	2	6	5641	5646	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
58	NC_021841	GAAA	2	8	5725	5732	75 %	0 %	25 %	0 %	Non-Coding
59	NC_021841	A	6	6	5730	5735	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
60	NC_021841	CGCTG	2	10	5793	5802	0 %	20 %	40 %	40 %	Non-Coding
61	NC_021841	ATCC	2	8	6456	6463	25 %	25 %	0 %	50 %	Non-Coding
62	NC_021841	A	6	6	6509	6514	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
63	NC_021841	T	7	7	6536	6542	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
64	NC_021841	TGG	2	6	6727	6732	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	Non-Coding
65	NC_021841	AAC	2	6	6733	6738	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
66	NC_021841	CCTGC	2	10	7508	7517	0 %	20 %	20 %	60 %	Non-Coding
67	NC_021841	AAT	2	6	7558	7563	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
68	NC_021841	T	7	7	7599	7605	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
69	NC_021841	T	6	6	7630	7635	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
70	NC_021841	CGAA	2	8	7661	7668	50 %	0 %	25 %	25 %	Non-Coding
71	NC_021841	GCA	2	6	7678	7683	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
72	NC_021841	GCG	2	6	7707	7712	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	Non-Coding
73	NC_021841	CAG	2	6	7776	7781	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
74	NC_021841	GCA	2	6	7861	7866	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
75	NC_021841	GCT	2	6	8979	8984	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
76	NC_021841	GGCT	2	8	9021	9028	0 %	25 %	50 %	25 %	Non-Coding
77	NC_021841	ATA	2	6	9029	9034	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
78	NC_021841	CCTGC	2	10	9588	9597	0 %	20 %	20 %	60 %	Non-Coding
79	NC_021841	AAT	2	6	9638	9643	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
80	NC_021841	T	7	7	9679	9685	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
81	NC_021841	T	6	6	9710	9715	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
82	NC_021841	CGAA	2	8	9741	9748	50 %	0 %	25 %	25 %	Non-Coding
83	NC_021841	GCA	2	6	9758	9763	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
84	NC_021841	GCG	2	6	9787	9792	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	Non-Coding
85	NC_021841	TGA	2	6	9800	9805	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
86	NC_021841	CAG	2	6	9856	9861	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
87	NC_021841	GCA	2	6	9941	9946	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
88	NC_021841	AC	3	6	10049	10054	50 %	0 %	0 %	50 %	Non-Coding
89	NC_021841	ATCGC	2	10	10061	10070	20 %	20 %	20 %	40 %	Non-Coding
90	NC_021841	AC	3	6	10089	10094	50 %	0 %	0 %	50 %	Non-Coding
91	NC_021841	CGGG	2	8	10153	10160	0 %	0 %	75 %	25 %	Non-Coding
92	NC_021841	GA	3	6	10210	10215	50 %	0 %	50 %	0 %	Non-Coding
93	NC_021841	CT	3	6	10577	10582	0 %	50 %	0 %	50 %	Non-Coding
94	NC_021841	A	6	6	10583	10588	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
95	NC_021841	ATA	2	6	11137	11142	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
96	NC_021841	TTA	2	6	11171	11176	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
97	NC_021841	A	7	7	11176	11182	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
98	NC_021841	T	8	8	11252	11259	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
99	NC_021841	CGAA	2	8	11289	11296	50 %	0 %	25 %	25 %	Non-Coding
100	NC_021841	ATG	2	6	11379	11384	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
101	NC_021841	AGTT	2	8	11520	11527	25 %	50 %	25 %	0 %	Non-Coding
102	NC_021841	TGA	2	6	11608	11613	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
103	NC_021841	TCA	2	6	11714	11719	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
104	NC_021841	AAC	3	9	11727	11735	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
105	NC_021841	CGC	2	6	11771	11776	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	Non-Coding
106	NC_021841	GCA	2	6	11832	11837	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
107	NC_021841	A	6	6	11894	11899	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
108	NC_021841	T	7	7	11919	11925	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
109	NC_021841	T	6	6	11934	11939	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
110	NC_021841	AGAT	2	8	11945	11952	50 %	25 %	25 %	0 %	Non-Coding
111	NC_021841	ATA	2	6	11969	11974	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
112	NC_021841	T	6	6	11993	11998	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
113	NC_021841	AATT	2	8	12011	12018	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
114	NC_021841	T	6	6	12155	12160	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
115	NC_021841	T	6	6	12181	12186	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
116	NC_021841	TGA	2	6	12279	12284	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
117	NC_021841	CTGA	2	8	12319	12326	25 %	25 %	25 %	25 %	Non-Coding
118	NC_021841	TTA	2	6	12386	12391	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
119	NC_021841	A	9	9	12405	12413	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
120	NC_021841	CTT	2	6	12441	12446	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
121	NC_021841	TGC	2	6	13490	13495	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
122	NC_021841	T	6	6	13511	13516	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
123	NC_021841	AG	3	6	13539	13544	50 %	0 %	50 %	0 %	Non-Coding
124	NC_021841	GAT	2	6	13545	13550	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
125	NC_021841	ACAG	2	8	13967	13974	50 %	0 %	25 %	25 %	Non-Coding
126	NC_021841	TGCCTG	2	12	14051	14062	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
127	NC_021841	TAAT	2	8	14704	14711	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
128	NC_021841	TGC	2	6	14741	14746	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
129	NC_021841	ATA	3	9	14782	14790	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
130	NC_021841	TA	3	6	14810	14815	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
131	NC_021841	T	7	7	14833	14839	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
132	NC_021841	TGA	2	6	14846	14851	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
133	NC_021841	TA	4	8	14852	14859	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
134	NC_021841	GTT	2	6	14971	14976	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
135	NC_021841	GATTA	2	10	15006	15015	40 %	40 %	20 %	0 %	Non-Coding
136	NC_021841	CCAG	2	8	15043	15050	25 %	0 %	25 %	50 %	Non-Coding
137	NC_021841	GAT	2	6	15098	15103	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
138	NC_021841	TAT	2	6	15175	15180	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
139	NC_021841	GT	3	6	15461	15466	0 %	50 %	50 %	0 %	Non-Coding
140	NC_021841	GT	3	6	15800	15805	0 %	50 %	50 %	0 %	Non-Coding
141	NC_021841	CAT	2	6	15815	15820	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
142	NC_021841	CCG	2	6	15887	15892	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	Non-Coding
143	NC_021841	TAT	2	6	15915	15920	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
144	NC_021841	GT	3	6	15929	15934	0 %	50 %	50 %	0 %	Non-Coding
145	NC_021841	AAT	2	6	15935	15940	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
146	NC_021841	TCC	2	6	16613	16618	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	Non-Coding
147	NC_021841	GT	3	6	16629	16634	0 %	50 %	50 %	0 %	Non-Coding
148	NC_021841	GT	3	6	16700	16705	0 %	50 %	50 %	0 %	Non-Coding
149	NC_021841	GA	3	6	17468	17473	50 %	0 %	50 %	0 %	Non-Coding
150	NC_021841	T	7	7	17555	17561	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
151	NC_021841	A	8	8	17625	17632	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
152	NC_021841	T	6	6	17642	17647	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
153	NC_021841	GGCAG	2	10	17682	17691	20 %	0 %	60 %	20 %	Non-Coding
154	NC_021841	GAGCA	2	10	17744	17753	40 %	0 %	40 %	20 %	Non-Coding
155	NC_021841	TGT	2	6	17781	17786	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
156	NC_021841	TAA	2	6	17790	17795	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
157	NC_021841	ATC	2	6	17854	17859	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
158	NC_021841	GAA	2	6	17864	17869	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
159	NC_021841	A	6	6	18415	18420	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
160	NC_021841	CAG	2	6	18488	18493	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
161	NC_021841	TAAGG	2	10	18536	18545	40 %	20 %	40 %	0 %	Non-Coding
162	NC_021841	ACC	2	6	18634	18639	33.33 %	0 %	0 %	66.67 %	Non-Coding
163	NC_021841	CAGC	2	8	18684	18691	25 %	0 %	25 %	50 %	Non-Coding
164	NC_021841	GAA	2	6	18730	18735	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
165	NC_021841	TAT	2	6	18769	18774	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
166	NC_021841	CGAT	2	8	19711	19718	25 %	25 %	25 %	25 %	Non-Coding
167	NC_021841	TGT	2	6	19742	19747	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
168	NC_021841	GTT	2	6	19763	19768	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
169	NC_021841	CGG	2	6	19814	19819	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	Non-Coding
170	NC_021841	GCTG	2	8	20590	20597	0 %	25 %	50 %	25 %	Non-Coding
171	NC_021841	ATT	2	6	20647	20652	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
172	NC_021841	TAAT	2	8	21119	21126	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
173	NC_021841	ACC	2	6	24076	24081	33.33 %	0 %	0 %	66.67 %	Non-Coding
174	NC_021841	TA	3	6	24097	24102	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
175	NC_021841	TAT	2	6	24152	24157	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
176	NC_021841	GTT	2	6	25435	25440	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
177	NC_021841	GCG	2	6	25476	25481	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	Non-Coding
178	NC_021841	GCT	2	6	31316	31321	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
179	NC_021841	AATA	2	8	31357	31364	75 %	25 %	0 %	0 %	Non-Coding
180	NC_021841	GAAG	2	8	32111	32118	50 %	0 %	50 %	0 %	Non-Coding
181	NC_021841	CA	3	6	32170	32175	50 %	0 %	0 %	50 %	Non-Coding
182	NC_021841	TCA	2	6	34427	34432	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
183	NC_021841	CCA	2	6	34508	34513	33.33 %	0 %	0 %	66.67 %	Non-Coding
184	NC_021841	T	7	7	34578	34584	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
185	NC_021841	TTC	2	6	34633	34638	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
186	NC_021841	TGC	2	6	34707	34712	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
187	NC_021841	TTC	2	6	34742	34747	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
188	NC_021841	CAG	2	6	34918	34923	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
189	NC_021841	ATC	2	6	34954	34959	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
190	NC_021841	ATT	2	6	34987	34992	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
191	NC_021841	ATC	2	6	35104	35109	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
192	NC_021841	TC	3	6	35108	35113	0 %	50 %	0 %	50 %	Non-Coding
193	NC_021841	AGG	2	6	35164	35169	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	Non-Coding
194	NC_021841	TAA	2	6	35199	35204	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
195	NC_021841	TTG	2	6	35289	35294	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	Non-Coding

©2012. Centre for DNA Fingerprinting & Diagnostics (CDFD), Hyderabad.