MICAS: Microsatellite Analysis Server 3.0

All Non-Coding Repeats of Staphylococcus aureus subsp. aureus ST228 plasmid pI7S6 complete sequence

Total Repeats: 307

S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Length	Start	End	A%	T%	G%	C%	Protein ID
1	NC_020538	CTA	2	6	39	44	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
2	NC_020538	AT	3	6	71	76	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
3	NC_020538	GTG	2	6	95	100	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	Non-Coding
4	NC_020538	TCA	2	6	108	113	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
5	NC_020538	GAA	2	6	168	173	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
6	NC_020538	A	6	6	181	186	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
7	NC_020538	TTA	2	6	189	194	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
8	NC_020538	TGA	2	6	207	212	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
9	NC_020538	ACAT	2	8	273	280	50 %	25 %	0 %	25 %	Non-Coding
10	NC_020538	TTAAAC	2	12	428	439	50 %	33.33 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
11	NC_020538	AAGA	2	8	507	514	75 %	0 %	25 %	0 %	Non-Coding
12	NC_020538	TA	3	6	578	583	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
13	NC_020538	CAT	2	6	639	644	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
14	NC_020538	GCT	2	6	762	767	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
15	NC_020538	TTC	2	6	828	833	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
16	NC_020538	C	6	6	845	850	0 %	0 %	0 %	100 %	Non-Coding
17	NC_020538	CTT	2	6	3085	3090	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
18	NC_020538	ATC	2	6	3108	3113	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
19	NC_020538	TCA	2	6	3132	3137	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
20	NC_020538	CTT	2	6	3163	3168	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
21	NC_020538	ACC	2	6	3180	3185	33.33 %	0 %	0 %	66.67 %	Non-Coding
22	NC_020538	CGTA	2	8	3200	3207	25 %	25 %	25 %	25 %	Non-Coding
23	NC_020538	ATG	2	6	3209	3214	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
24	NC_020538	AC	3	6	3261	3266	50 %	0 %	0 %	50 %	Non-Coding
25	NC_020538	GTAA	2	8	3290	3297	50 %	25 %	25 %	0 %	Non-Coding
26	NC_020538	TTC	2	6	3392	3397	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
27	NC_020538	A	6	6	3406	3411	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
28	NC_020538	TCTT	2	8	3423	3430	0 %	75 %	0 %	25 %	Non-Coding
29	NC_020538	ATC	2	6	3440	3445	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
30	NC_020538	TTCA	2	8	3451	3458	25 %	50 %	0 %	25 %	Non-Coding
31	NC_020538	ATTT	2	8	3462	3469	25 %	75 %	0 %	0 %	Non-Coding
32	NC_020538	TAT	2	6	3475	3480	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
33	NC_020538	TCA	2	6	3494	3499	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
34	NC_020538	GCAA	2	8	3501	3508	50 %	0 %	25 %	25 %	Non-Coding
35	NC_020538	TGAA	2	8	3514	3521	50 %	25 %	25 %	0 %	Non-Coding
36	NC_020538	AAGT	2	8	3530	3537	50 %	25 %	25 %	0 %	Non-Coding
37	NC_020538	AACG	2	8	3562	3569	50 %	0 %	25 %	25 %	Non-Coding
38	NC_020538	ATA	2	6	3597	3602	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
39	NC_020538	AAT	2	6	3618	3623	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
40	NC_020538	A	6	6	3629	3634	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
41	NC_020538	TAAA	2	8	3681	3688	75 %	25 %	0 %	0 %	Non-Coding
42	NC_020538	AT	3	6	3712	3717	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
43	NC_020538	ATT	2	6	3722	3727	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
44	NC_020538	A	6	6	3744	3749	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
45	NC_020538	TGA	2	6	3787	3792	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
46	NC_020538	TAT	2	6	3817	3822	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
47	NC_020538	T	6	6	3829	3834	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
48	NC_020538	TA	3	6	3836	3841	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
49	NC_020538	AAAT	2	8	3874	3881	75 %	25 %	0 %	0 %	Non-Coding
50	NC_020538	ATA	2	6	3889	3894	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
51	NC_020538	ATA	2	6	3938	3943	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
52	NC_020538	ATA	2	6	3950	3955	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
53	NC_020538	TATT	2	8	3977	3984	25 %	75 %	0 %	0 %	Non-Coding
54	NC_020538	AATAT	2	10	6746	6755	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
55	NC_020538	A	6	6	6761	6766	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
56	NC_020538	AAG	2	6	6810	6815	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
57	NC_020538	TA	3	6	6852	6857	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
58	NC_020538	A	6	6	6857	6862	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
59	NC_020538	ATTT	2	8	6893	6900	25 %	75 %	0 %	0 %	Non-Coding
60	NC_020538	TCA	2	6	6905	6910	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
61	NC_020538	AGA	2	6	6919	6924	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
62	NC_020538	TAA	2	6	6958	6963	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
63	NC_020538	GAA	2	6	7013	7018	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
64	NC_020538	GAA	2	6	7037	7042	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
65	NC_020538	ATA	2	6	7098	7103	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
66	NC_020538	TTA	2	6	7127	7132	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
67	NC_020538	TAA	2	6	7145	7150	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
68	NC_020538	AT	3	6	7159	7164	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
69	NC_020538	CT	3	6	7208	7213	0 %	50 %	0 %	50 %	Non-Coding
70	NC_020538	TA	5	10	7223	7232	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
71	NC_020538	TA	3	6	7323	7328	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
72	NC_020538	AAGA	2	8	7935	7942	75 %	0 %	25 %	0 %	Non-Coding
73	NC_020538	AC	3	6	7957	7962	50 %	0 %	0 %	50 %	Non-Coding
74	NC_020538	TTG	2	6	7982	7987	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
75	NC_020538	TATT	2	8	8023	8030	25 %	75 %	0 %	0 %	Non-Coding
76	NC_020538	ATTG	2	8	8658	8665	25 %	50 %	25 %	0 %	Non-Coding
77	NC_020538	TC	3	6	8682	8687	0 %	50 %	0 %	50 %	Non-Coding
78	NC_020538	ATT	2	6	8712	8717	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
79	NC_020538	TAA	2	6	8730	8735	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
80	NC_020538	A	6	6	8745	8750	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
81	NC_020538	TA	3	6	8772	8777	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
82	NC_020538	TAA	2	6	8791	8796	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
83	NC_020538	AT	3	6	8808	8813	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
84	NC_020538	TAT	3	9	8917	8925	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
85	NC_020538	T	6	6	8931	8936	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
86	NC_020538	TAAC	2	8	8955	8962	50 %	25 %	0 %	25 %	Non-Coding
87	NC_020538	A	6	6	8990	8995	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
88	NC_020538	ACA	2	6	8998	9003	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
89	NC_020538	TACTA	2	10	9200	9209	40 %	40 %	0 %	20 %	Non-Coding
90	NC_020538	A	6	6	9215	9220	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
91	NC_020538	AATA	2	8	9348	9355	75 %	25 %	0 %	0 %	Non-Coding
92	NC_020538	ATT	2	6	9416	9421	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
93	NC_020538	CATT	2	8	9430	9437	25 %	50 %	0 %	25 %	Non-Coding
94	NC_020538	AG	3	6	9448	9453	50 %	0 %	50 %	0 %	Non-Coding
95	NC_020538	CT	3	6	9466	9471	0 %	50 %	0 %	50 %	Non-Coding
96	NC_020538	GTA	3	9	9478	9486	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
97	NC_020538	AACG	2	8	9507	9514	50 %	0 %	25 %	25 %	Non-Coding
98	NC_020538	ATA	2	6	9525	9530	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
99	NC_020538	AT	5	10	9549	9558	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
100	NC_020538	A	6	6	10168	10173	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
101	NC_020538	AAT	2	6	10181	10186	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
102	NC_020538	T	6	6	10223	10228	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
103	NC_020538	A	7	7	10241	10247	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
104	NC_020538	ATT	2	6	10305	10310	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
105	NC_020538	T	6	6	10314	10319	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
106	NC_020538	ACT	2	6	10326	10331	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
107	NC_020538	AT	3	6	11858	11863	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
108	NC_020538	T	6	6	11943	11948	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
109	NC_020538	ATT	2	6	11949	11954	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
110	NC_020538	TAA	2	6	11986	11991	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
111	NC_020538	TAA	2	6	12009	12014	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
112	NC_020538	TTA	2	6	12016	12021	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
113	NC_020538	TAA	2	6	12026	12031	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
114	NC_020538	GAT	2	6	12042	12047	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
115	NC_020538	TA	3	6	12625	12630	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
116	NC_020538	AAAC	2	8	12665	12672	75 %	0 %	0 %	25 %	Non-Coding
117	NC_020538	GAT	2	6	12756	12761	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
118	NC_020538	TTC	2	6	12817	12822	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
119	NC_020538	TGA	2	6	12857	12862	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
120	NC_020538	TA	3	6	12880	12885	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
121	NC_020538	TAAT	2	8	12918	12925	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
122	NC_020538	T	6	6	13756	13761	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
123	NC_020538	TAC	2	6	13782	13787	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
124	NC_020538	ACT	2	6	13795	13800	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
125	NC_020538	GTG	2	6	13855	13860	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	Non-Coding
126	NC_020538	TA	3	6	13914	13919	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
127	NC_020538	TAA	2	6	13994	13999	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
128	NC_020538	TA	3	6	14021	14026	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
129	NC_020538	T	6	6	14028	14033	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
130	NC_020538	TAT	2	6	14042	14047	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
131	NC_020538	AT	4	8	14046	14053	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
132	NC_020538	TTA	2	6	14104	14109	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
133	NC_020538	ATC	2	6	15137	15142	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
134	NC_020538	TGA	2	6	15155	15160	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
135	NC_020538	CGA	2	6	15161	15166	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
136	NC_020538	A	7	7	15166	15172	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
137	NC_020538	TGG	2	6	15229	15234	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	Non-Coding
138	NC_020538	TGA	2	6	15304	15309	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
139	NC_020538	GAA	3	9	15326	15334	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
140	NC_020538	ATT	3	9	15378	15386	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
141	NC_020538	A	6	6	15388	15393	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
142	NC_020538	AAT	2	6	15465	15470	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
143	NC_020538	TTA	2	6	15472	15477	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
144	NC_020538	TATTT	2	10	15522	15531	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
145	NC_020538	ATT	2	6	15542	15547	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
146	NC_020538	AAT	2	6	15552	15557	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
147	NC_020538	TGA	2	6	15578	15583	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
148	NC_020538	T	7	7	15592	15598	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
149	NC_020538	T	7	7	15603	15609	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
150	NC_020538	A	6	6	15612	15617	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
151	NC_020538	AT	3	6	15646	15651	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
152	NC_020538	TTG	2	6	15703	15708	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
153	NC_020538	A	6	6	15801	15806	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
154	NC_020538	A	6	6	15827	15832	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
155	NC_020538	A	7	7	15919	15925	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
156	NC_020538	TTTA	2	8	15937	15944	25 %	75 %	0 %	0 %	Non-Coding
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160	NC_020538	TA	4	8	16236	16243	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
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301	NC_020538	AG	3	6	23392	23397	50 %	0 %	50 %	0 %	Non-Coding
302	NC_020538	TCA	2	6	23444	23449	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
303	NC_020538	TTG	2	6	23459	23464	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
304	NC_020538	A	6	6	23524	23529	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
305	NC_020538	TAG	2	6	23606	23611	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
306	NC_020538	ATT	2	6	23658	23663	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
307	NC_020538	TCT	2	6	23734	23739	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	Non-Coding

©2012. Centre for DNA Fingerprinting & Diagnostics (CDFD), Hyderabad.