MICAS: Microsatellite Analysis Server 3.0

All Non-Coding Repeats of Staphylococcus aureus subsp. aureus ST228 plasmid pI4T8 complete sequence

Total Repeats: 344

S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Length	Start	End	A%	T%	G%	C%	Protein ID
1	NC_020534	CTA	2	6	39	44	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
2	NC_020534	AT	3	6	71	76	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
3	NC_020534	GTG	2	6	95	100	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	Non-Coding
4	NC_020534	TCA	2	6	108	113	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
5	NC_020534	GAA	2	6	168	173	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
6	NC_020534	A	6	6	181	186	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
7	NC_020534	TTA	2	6	189	194	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
8	NC_020534	GCT	2	6	761	766	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
9	NC_020534	TTC	2	6	827	832	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
10	NC_020534	C	6	6	844	849	0 %	0 %	0 %	100 %	Non-Coding
11	NC_020534	CTT	2	6	3084	3089	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
12	NC_020534	ATC	2	6	3107	3112	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
13	NC_020534	TCA	2	6	3131	3136	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
14	NC_020534	CTT	2	6	3162	3167	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
15	NC_020534	ACC	2	6	3179	3184	33.33 %	0 %	0 %	66.67 %	Non-Coding
16	NC_020534	CGTA	2	8	3199	3206	25 %	25 %	25 %	25 %	Non-Coding
17	NC_020534	ATG	2	6	3208	3213	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
18	NC_020534	AC	3	6	3260	3265	50 %	0 %	0 %	50 %	Non-Coding
19	NC_020534	GTAA	2	8	3289	3296	50 %	25 %	25 %	0 %	Non-Coding
20	NC_020534	TTC	2	6	3391	3396	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
21	NC_020534	A	6	6	3405	3410	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
22	NC_020534	TCTT	2	8	3422	3429	0 %	75 %	0 %	25 %	Non-Coding
23	NC_020534	ATC	2	6	3439	3444	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
24	NC_020534	TTCA	2	8	3450	3457	25 %	50 %	0 %	25 %	Non-Coding
25	NC_020534	ATTT	2	8	3461	3468	25 %	75 %	0 %	0 %	Non-Coding
26	NC_020534	TAT	2	6	3474	3479	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
27	NC_020534	TCA	2	6	3493	3498	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
28	NC_020534	GCAA	2	8	3500	3507	50 %	0 %	25 %	25 %	Non-Coding
29	NC_020534	TGAA	2	8	3513	3520	50 %	25 %	25 %	0 %	Non-Coding
30	NC_020534	AAGT	2	8	3529	3536	50 %	25 %	25 %	0 %	Non-Coding
31	NC_020534	AACG	2	8	3561	3568	50 %	0 %	25 %	25 %	Non-Coding
32	NC_020534	ATA	2	6	3596	3601	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
33	NC_020534	AAT	2	6	3617	3622	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
34	NC_020534	A	6	6	3628	3633	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
35	NC_020534	TAAA	2	8	3680	3687	75 %	25 %	0 %	0 %	Non-Coding
36	NC_020534	AT	3	6	3711	3716	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
37	NC_020534	ATT	2	6	3721	3726	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
38	NC_020534	A	6	6	3743	3748	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
39	NC_020534	TGA	2	6	3786	3791	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
40	NC_020534	TAT	2	6	3816	3821	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
41	NC_020534	T	6	6	3828	3833	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
42	NC_020534	TA	3	6	3835	3840	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
43	NC_020534	AAAT	2	8	3873	3880	75 %	25 %	0 %	0 %	Non-Coding
44	NC_020534	ATA	2	6	3888	3893	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
45	NC_020534	ATA	2	6	3937	3942	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
46	NC_020534	ATA	2	6	3949	3954	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
47	NC_020534	TATT	2	8	3976	3983	25 %	75 %	0 %	0 %	Non-Coding
48	NC_020534	AATAT	2	10	6745	6754	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
49	NC_020534	A	6	6	6760	6765	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
50	NC_020534	AAG	2	6	6809	6814	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
51	NC_020534	TA	3	6	6851	6856	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
52	NC_020534	A	6	6	6856	6861	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
53	NC_020534	ATTT	2	8	6892	6899	25 %	75 %	0 %	0 %	Non-Coding
54	NC_020534	TCA	2	6	6904	6909	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
55	NC_020534	AGA	2	6	6918	6923	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
56	NC_020534	TAA	2	6	6957	6962	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
57	NC_020534	GAA	2	6	7012	7017	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
58	NC_020534	GAA	2	6	7036	7041	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
59	NC_020534	ATA	2	6	7097	7102	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
60	NC_020534	TTA	2	6	7126	7131	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
61	NC_020534	TAA	2	6	7144	7149	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
62	NC_020534	AT	3	6	7158	7163	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
63	NC_020534	CT	3	6	7207	7212	0 %	50 %	0 %	50 %	Non-Coding
64	NC_020534	TA	5	10	7222	7231	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
65	NC_020534	TA	3	6	7322	7327	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
66	NC_020534	AAGA	2	8	7934	7941	75 %	0 %	25 %	0 %	Non-Coding
67	NC_020534	AC	3	6	7956	7961	50 %	0 %	0 %	50 %	Non-Coding
68	NC_020534	TTG	2	6	7981	7986	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
69	NC_020534	TATT	2	8	8022	8029	25 %	75 %	0 %	0 %	Non-Coding
70	NC_020534	ATTG	2	8	8657	8664	25 %	50 %	25 %	0 %	Non-Coding
71	NC_020534	TC	3	6	8681	8686	0 %	50 %	0 %	50 %	Non-Coding
72	NC_020534	ATT	2	6	8711	8716	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
73	NC_020534	TAA	2	6	8729	8734	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
74	NC_020534	A	6	6	8744	8749	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
75	NC_020534	TA	3	6	8771	8776	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
76	NC_020534	TAA	2	6	8790	8795	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
77	NC_020534	AT	3	6	8807	8812	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
78	NC_020534	TAT	3	9	8916	8924	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
79	NC_020534	T	6	6	8930	8935	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
80	NC_020534	TAAC	2	8	8954	8961	50 %	25 %	0 %	25 %	Non-Coding
81	NC_020534	A	6	6	8989	8994	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
82	NC_020534	ACA	2	6	8997	9002	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
83	NC_020534	TACTA	2	10	9199	9208	40 %	40 %	0 %	20 %	Non-Coding
84	NC_020534	A	6	6	9214	9219	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
85	NC_020534	AATA	2	8	9347	9354	75 %	25 %	0 %	0 %	Non-Coding
86	NC_020534	ATT	2	6	9415	9420	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
87	NC_020534	CATT	2	8	9429	9436	25 %	50 %	0 %	25 %	Non-Coding
88	NC_020534	AG	3	6	9447	9452	50 %	0 %	50 %	0 %	Non-Coding
89	NC_020534	CT	3	6	9465	9470	0 %	50 %	0 %	50 %	Non-Coding
90	NC_020534	GTA	3	9	9477	9485	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
91	NC_020534	AACG	2	8	9506	9513	50 %	0 %	25 %	25 %	Non-Coding
92	NC_020534	ATA	2	6	9524	9529	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
93	NC_020534	AT	5	10	9548	9557	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
94	NC_020534	A	6	6	10167	10172	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
95	NC_020534	AAT	2	6	10180	10185	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
96	NC_020534	T	6	6	10222	10227	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
97	NC_020534	A	7	7	10240	10246	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
98	NC_020534	ATT	2	6	10304	10309	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
99	NC_020534	T	6	6	10313	10318	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
100	NC_020534	ACT	2	6	10325	10330	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
101	NC_020534	AT	3	6	11857	11862	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
102	NC_020534	T	6	6	11942	11947	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
103	NC_020534	ATT	2	6	11948	11953	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
104	NC_020534	TAA	2	6	11985	11990	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
105	NC_020534	TAA	2	6	12008	12013	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
106	NC_020534	TTA	2	6	12015	12020	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
107	NC_020534	TAA	2	6	12025	12030	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
108	NC_020534	GAT	2	6	12041	12046	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
109	NC_020534	TA	3	6	12624	12629	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
110	NC_020534	AAAC	2	8	12664	12671	75 %	0 %	0 %	25 %	Non-Coding
111	NC_020534	GAT	2	6	12755	12760	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
112	NC_020534	TTC	2	6	12816	12821	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
113	NC_020534	TGA	2	6	12856	12861	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
114	NC_020534	TA	3	6	12879	12884	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
115	NC_020534	TAAT	2	8	12917	12924	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
116	NC_020534	T	6	6	13755	13760	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
117	NC_020534	TAC	2	6	13781	13786	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
118	NC_020534	ACT	2	6	13794	13799	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
119	NC_020534	GTG	2	6	13854	13859	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	Non-Coding
120	NC_020534	TA	3	6	13913	13918	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
121	NC_020534	TAA	2	6	13993	13998	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
122	NC_020534	TA	3	6	14020	14025	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
123	NC_020534	T	6	6	14027	14032	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
124	NC_020534	TAT	2	6	14041	14046	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
125	NC_020534	AT	4	8	14045	14052	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
126	NC_020534	TTA	2	6	14103	14108	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
127	NC_020534	ATC	2	6	15136	15141	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
128	NC_020534	TGA	2	6	15154	15159	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
129	NC_020534	CGA	2	6	15160	15165	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
130	NC_020534	A	7	7	15165	15171	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
131	NC_020534	TGG	2	6	15228	15233	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	Non-Coding
132	NC_020534	TGA	2	6	15303	15308	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
133	NC_020534	GAA	3	9	15325	15333	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
134	NC_020534	ATT	3	9	15377	15385	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
135	NC_020534	A	6	6	15387	15392	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
136	NC_020534	AAT	2	6	15464	15469	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
137	NC_020534	TTA	2	6	15471	15476	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
138	NC_020534	TATTT	2	10	15521	15530	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
139	NC_020534	ATT	2	6	15541	15546	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
140	NC_020534	AAT	2	6	15551	15556	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
141	NC_020534	TGA	2	6	15577	15582	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
142	NC_020534	T	7	7	15591	15597	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
143	NC_020534	T	7	7	15602	15608	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
144	NC_020534	A	6	6	15611	15616	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
145	NC_020534	AT	3	6	15645	15650	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
146	NC_020534	TTG	2	6	15702	15707	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
147	NC_020534	A	6	6	15800	15805	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
148	NC_020534	A	6	6	15826	15831	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
149	NC_020534	A	7	7	15918	15924	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
150	NC_020534	TTTA	2	8	15936	15943	25 %	75 %	0 %	0 %	Non-Coding
151	NC_020534	AT	3	6	15966	15971	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
152	NC_020534	TAGA	2	8	16014	16021	50 %	25 %	25 %	0 %	Non-Coding
153	NC_020534	T	6	6	16112	16117	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
154	NC_020534	TA	4	8	16235	16242	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
155	NC_020534	TATT	2	8	16278	16285	25 %	75 %	0 %	0 %	Non-Coding
156	NC_020534	GTT	2	6	16288	16293	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
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159	NC_020534	T	6	6	16371	16376	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
160	NC_020534	GTT	2	6	16389	16394	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
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162	NC_020534	GAA	2	6	16440	16445	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
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168	NC_020534	CTG	2	6	16726	16731	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
169	NC_020534	TTA	2	6	16761	16766	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
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185	NC_020534	TTTA	2	8	17266	17273	25 %	75 %	0 %	0 %	Non-Coding
186	NC_020534	TTA	3	9	17271	17279	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
187	NC_020534	TGTGA	2	10	17360	17369	20 %	40 %	40 %	0 %	Non-Coding
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198	NC_020534	TTA	2	6	17634	17639	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
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300	NC_020534	ATT	2	6	23657	23662	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
301	NC_020534	TCT	2	6	23733	23738	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
302	NC_020534	T	7	7	24452	24458	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
303	NC_020534	TTA	2	6	25104	25109	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
304	NC_020534	TATT	2	8	25144	25151	25 %	75 %	0 %	0 %	Non-Coding
305	NC_020534	TAGA	2	8	25177	25184	50 %	25 %	25 %	0 %	Non-Coding
306	NC_020534	CAT	2	6	25200	25205	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
307	NC_020534	TCC	2	6	25903	25908	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	Non-Coding
308	NC_020534	CCT	2	6	25940	25945	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	Non-Coding
309	NC_020534	CT	3	6	27705	27710	0 %	50 %	0 %	50 %	Non-Coding
310	NC_020534	T	6	6	27735	27740	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
311	NC_020534	TTC	2	6	27774	27779	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
312	NC_020534	AAC	2	6	27780	27785	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
313	NC_020534	TGC	2	6	27821	27826	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
314	NC_020534	ACC	2	6	27841	27846	33.33 %	0 %	0 %	66.67 %	Non-Coding
315	NC_020534	CAA	2	6	27898	27903	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
316	NC_020534	CAA	2	6	27921	27926	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
317	NC_020534	AAT	2	6	27951	27956	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
318	NC_020534	CATC	2	8	28006	28013	25 %	25 %	0 %	50 %	Non-Coding
319	NC_020534	CAC	2	6	28019	28024	33.33 %	0 %	0 %	66.67 %	Non-Coding
320	NC_020534	A	8	8	28032	28039	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
321	NC_020534	TACA	2	8	28059	28066	50 %	25 %	0 %	25 %	Non-Coding
322	NC_020534	T	6	6	28103	28108	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
323	NC_020534	T	6	6	28123	28128	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
324	NC_020534	ATTT	2	8	29328	29335	25 %	75 %	0 %	0 %	Non-Coding
325	NC_020534	AAT	2	6	29360	29365	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
326	NC_020534	CTTTT	2	10	29399	29408	0 %	80 %	0 %	20 %	Non-Coding
327	NC_020534	TAA	2	6	29417	29422	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
328	NC_020534	T	6	6	29470	29475	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
329	NC_020534	TC	3	6	29504	29509	0 %	50 %	0 %	50 %	Non-Coding
330	NC_020534	ACA	2	6	29533	29538	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
331	NC_020534	TAA	2	6	29581	29586	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
332	NC_020534	CTG	2	6	29599	29604	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
333	NC_020534	AT	3	6	29615	29620	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
334	NC_020534	TCACA	2	10	29695	29704	40 %	20 %	0 %	40 %	Non-Coding
335	NC_020534	ATT	2	6	29795	29800	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
336	NC_020534	T	6	6	29799	29804	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
337	NC_020534	AAT	2	6	29814	29819	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
338	NC_020534	A	6	6	29839	29844	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
339	NC_020534	TTAT	2	8	29847	29854	25 %	75 %	0 %	0 %	Non-Coding
340	NC_020534	T	6	6	29872	29877	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
341	NC_020534	AAG	2	6	29914	29919	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
342	NC_020534	TTC	2	6	29925	29930	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
343	NC_020534	A	6	6	29951	29956	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
344	NC_020534	TCT	2	6	30828	30833	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	Non-Coding

©2012. Centre for DNA Fingerprinting & Diagnostics (CDFD), Hyderabad.