MICAS: Microsatellite Analysis Server 3.0

All Non-Coding Repeats of Salmonella enterica subsp. enterica serovar Javiana str. CFSAN001992 plasmid pCFSAN001992_2

Total Repeats: 138

S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Length	Start	End	A%	T%	G%	C%	Protein ID
1	NC_020308	TCA	2	6	4	9	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
2	NC_020308	GA	3	6	13	18	50 %	0 %	50 %	0 %	Non-Coding
3	NC_020308	CTT	2	6	32	37	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
4	NC_020308	GCA	3	9	40	48	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
5	NC_020308	AT	3	6	59	64	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
6	NC_020308	TTC	2	6	78	83	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
7	NC_020308	GAG	2	6	114	119	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	Non-Coding
8	NC_020308	ATTCAG	2	12	120	131	33.33 %	33.33 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
9	NC_020308	CTT	2	6	155	160	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
10	NC_020308	T	6	6	168	173	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
11	NC_020308	TAAG	2	8	256	263	50 %	25 %	25 %	0 %	Non-Coding
12	NC_020308	CAG	2	6	297	302	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
13	NC_020308	AGA	2	6	313	318	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
14	NC_020308	AAT	2	6	378	383	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
15	NC_020308	TTC	2	6	405	410	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
16	NC_020308	A	6	6	486	491	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
17	NC_020308	AGAAA	2	10	531	540	80 %	0 %	20 %	0 %	Non-Coding
18	NC_020308	GTCCA	2	10	646	655	20 %	20 %	20 %	40 %	Non-Coding
19	NC_020308	TACA	2	8	746	753	50 %	25 %	0 %	25 %	Non-Coding
20	NC_020308	GGC	2	6	834	839	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	Non-Coding
21	NC_020308	AC	3	6	892	897	50 %	0 %	0 %	50 %	Non-Coding
22	NC_020308	AGC	2	6	930	935	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
23	NC_020308	TGT	2	6	952	957	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
24	NC_020308	GAC	2	6	969	974	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
25	NC_020308	ATG	2	6	1008	1013	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
26	NC_020308	GGGTG	2	10	1180	1189	0 %	20 %	80 %	0 %	Non-Coding
27	NC_020308	CAC	2	6	1195	1200	33.33 %	0 %	0 %	66.67 %	Non-Coding
28	NC_020308	ATT	2	6	1310	1315	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
29	NC_020308	AGG	2	6	1329	1334	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	Non-Coding
30	NC_020308	T	6	6	1571	1576	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
31	NC_020308	ATCGC	2	10	2447	2456	20 %	20 %	20 %	40 %	Non-Coding
32	NC_020308	A	9	9	3504	3512	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
33	NC_020308	CT	3	6	3622	3627	0 %	50 %	0 %	50 %	Non-Coding
34	NC_020308	A	6	6	3708	3713	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
35	NC_020308	A	6	6	3746	3751	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
36	NC_020308	TGG	2	6	3770	3775	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	Non-Coding
37	NC_020308	TTG	2	6	3788	3793	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
38	NC_020308	CGG	2	6	3860	3865	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	Non-Coding
39	NC_020308	AACA	2	8	4655	4662	75 %	0 %	0 %	25 %	Non-Coding
40	NC_020308	GAT	2	6	4886	4891	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
41	NC_020308	GAT	2	6	4899	4904	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
42	NC_020308	TAGG	2	8	4906	4913	25 %	25 %	50 %	0 %	Non-Coding
43	NC_020308	CCA	2	6	4964	4969	33.33 %	0 %	0 %	66.67 %	Non-Coding
44	NC_020308	GAA	3	9	5032	5040	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
45	NC_020308	C	8	8	5048	5055	0 %	0 %	0 %	100 %	Non-Coding
46	NC_020308	TCT	2	6	5379	5384	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
47	NC_020308	TGA	2	6	5400	5405	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
48	NC_020308	A	7	7	5794	5800	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
49	NC_020308	ATT	2	6	5850	5855	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
50	NC_020308	TGA	2	6	6869	6874	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
51	NC_020308	TGA	2	6	6878	6883	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
52	NC_020308	CTGT	2	8	6920	6927	0 %	50 %	25 %	25 %	Non-Coding
53	NC_020308	A	6	6	6950	6955	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
54	NC_020308	CTG	2	6	6971	6976	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
55	NC_020308	TAT	2	6	6982	6987	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
56	NC_020308	AAGA	2	8	10708	10715	75 %	0 %	25 %	0 %	Non-Coding
57	NC_020308	A	7	7	10723	10729	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
58	NC_020308	GC	3	6	10759	10764	0 %	0 %	50 %	50 %	Non-Coding
59	NC_020308	GGGC	2	8	10775	10782	0 %	0 %	75 %	25 %	Non-Coding
60	NC_020308	AAATA	2	10	11373	11382	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
61	NC_020308	T	6	6	11389	11394	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
62	NC_020308	AAT	2	6	11463	11468	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
63	NC_020308	T	6	6	11511	11516	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
64	NC_020308	A	6	6	11522	11527	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
65	NC_020308	ATC	2	6	11561	11566	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
66	NC_020308	TTA	2	6	11593	11598	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
67	NC_020308	ATT	2	6	11634	11639	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
68	NC_020308	AAGCC	2	10	11677	11686	40 %	0 %	20 %	40 %	Non-Coding
69	NC_020308	GAA	2	6	11727	11732	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
70	NC_020308	ATT	2	6	11741	11746	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
71	NC_020308	AATA	2	8	11760	11767	75 %	25 %	0 %	0 %	Non-Coding
72	NC_020308	GGTGC	2	10	11774	11783	0 %	20 %	60 %	20 %	Non-Coding
73	NC_020308	AAT	2	6	11784	11789	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
74	NC_020308	A	7	7	11790	11796	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
75	NC_020308	TAT	2	6	11808	11813	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
76	NC_020308	CAAT	2	8	11859	11866	50 %	25 %	0 %	25 %	Non-Coding
77	NC_020308	AT	3	6	12001	12006	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
78	NC_020308	AATA	2	8	12014	12021	75 %	25 %	0 %	0 %	Non-Coding
79	NC_020308	A	6	6	12061	12066	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
80	NC_020308	ATG	2	6	12096	12101	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
81	NC_020308	C	7	7	12144	12150	0 %	0 %	0 %	100 %	Non-Coding
82	NC_020308	ATA	2	6	12267	12272	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
83	NC_020308	A	6	6	12624	12629	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
84	NC_020308	TGA	2	6	12655	12660	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
85	NC_020308	CAAA	2	8	12664	12671	75 %	0 %	0 %	25 %	Non-Coding
86	NC_020308	TGA	2	6	12822	12827	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
87	NC_020308	ATT	2	6	12863	12868	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
88	NC_020308	ATA	2	6	13021	13026	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
89	NC_020308	AAT	2	6	13027	13032	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
90	NC_020308	ATCG	2	8	13053	13060	25 %	25 %	25 %	25 %	Non-Coding
91	NC_020308	TCAG	2	8	13131	13138	25 %	25 %	25 %	25 %	Non-Coding
92	NC_020308	CATTT	2	10	13159	13168	20 %	60 %	0 %	20 %	Non-Coding
93	NC_020308	GACA	2	8	14918	14925	50 %	0 %	25 %	25 %	Non-Coding
94	NC_020308	ATG	2	6	14996	15001	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
95	NC_020308	T	6	6	15077	15082	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
96	NC_020308	GGT	2	6	15144	15149	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	Non-Coding
97	NC_020308	GCGG	2	8	15152	15159	0 %	0 %	75 %	25 %	Non-Coding
98	NC_020308	ACA	2	6	15180	15185	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
99	NC_020308	CTGA	2	8	15203	15210	25 %	25 %	25 %	25 %	Non-Coding
100	NC_020308	TGT	2	6	15219	15224	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
101	NC_020308	GCG	2	6	15241	15246	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	Non-Coding
102	NC_020308	TCAG	2	8	15254	15261	25 %	25 %	25 %	25 %	Non-Coding
103	NC_020308	T	6	6	15275	15280	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
104	NC_020308	TTG	2	6	15307	15312	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
105	NC_020308	TTG	2	6	15338	15343	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
106	NC_020308	ATT	2	6	15354	15359	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
107	NC_020308	ACG	2	6	15378	15383	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
108	NC_020308	TAA	2	6	15384	15389	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
109	NC_020308	CAA	2	6	15402	15407	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
110	NC_020308	C	6	6	15424	15429	0 %	0 %	0 %	100 %	Non-Coding
111	NC_020308	TC	3	6	15647	15652	0 %	50 %	0 %	50 %	Non-Coding
112	NC_020308	T	6	6	15746	15751	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
113	NC_020308	AT	3	6	15794	15799	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
114	NC_020308	CTT	2	6	15800	15805	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
115	NC_020308	CTAT	2	8	15817	15824	25 %	50 %	0 %	25 %	Non-Coding
116	NC_020308	TCA	2	6	15865	15870	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
117	NC_020308	ACG	2	6	15938	15943	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
118	NC_020308	TTC	2	6	16032	16037	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
119	NC_020308	GTCA	2	8	16065	16072	25 %	25 %	25 %	25 %	Non-Coding
120	NC_020308	AATAT	2	10	16157	16166	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
121	NC_020308	T	6	6	16168	16173	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
122	NC_020308	T	6	6	16180	16185	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
123	NC_020308	ATA	2	6	16201	16206	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
124	NC_020308	CTG	2	6	16231	16236	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
125	NC_020308	TAT	2	6	16248	16253	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
126	NC_020308	T	6	6	16310	16315	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
127	NC_020308	CAA	2	6	16343	16348	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
128	NC_020308	AGC	2	6	16350	16355	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
129	NC_020308	TTG	2	6	16366	16371	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
130	NC_020308	ATA	2	6	16427	16432	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
131	NC_020308	CAA	2	6	16442	16447	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
132	NC_020308	CGC	2	6	16481	16486	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	Non-Coding
133	NC_020308	TGA	2	6	16590	16595	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
134	NC_020308	GAT	2	6	16680	16685	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
135	NC_020308	TG	3	6	16783	16788	0 %	50 %	50 %	0 %	Non-Coding
136	NC_020308	AGC	2	6	16821	16826	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
137	NC_020308	TAT	2	6	16988	16993	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
138	NC_020308	TCA	2	6	16996	17001	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	Non-Coding

©2012. Centre for DNA Fingerprinting & Diagnostics (CDFD), Hyderabad.