MICAS: Microsatellite Analysis Server 3.0

All Non-Coding Repeats of Salmonella enterica subsp. enterica serovar Javiana str. CFSAN001992

Total Repeats: 13205

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S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Length	Start	End	A%	T%	G%	C%	Protein ID
1	NC_020307	CGG	2	6	73	78	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	Non-Coding
2	NC_020307	ACC	2	6	94	99	33.33 %	0 %	0 %	66.67 %	Non-Coding
3	NC_020307	CTG	2	6	100	105	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
4	NC_020307	CTG	2	6	109	114	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
5	NC_020307	GC	3	6	124	129	0 %	0 %	50 %	50 %	Non-Coding
6	NC_020307	CGG	2	6	135	140	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	Non-Coding
7	NC_020307	CTG	2	6	198	203	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
8	NC_020307	CTT	2	6	260	265	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
9	NC_020307	GC	4	8	280	287	0 %	0 %	50 %	50 %	Non-Coding
10	NC_020307	CGGC	2	8	352	359	0 %	0 %	50 %	50 %	Non-Coding
11	NC_020307	AGC	2	6	360	365	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
12	NC_020307	TCT	2	6	599	604	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
13	NC_020307	TTC	2	6	660	665	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
14	NC_020307	TCA	2	6	673	678	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
15	NC_020307	GCCGCA	2	12	701	712	16.67 %	0 %	33.33 %	50 %	Non-Coding
16	NC_020307	GCT	2	6	713	718	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
17	NC_020307	CAT	2	6	737	742	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
18	NC_020307	GC	3	6	750	755	0 %	0 %	50 %	50 %	Non-Coding
19	NC_020307	GCT	2	6	766	771	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
20	NC_020307	CGA	2	6	793	798	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
21	NC_020307	AGC	2	6	819	824	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
22	NC_020307	TGC	3	9	828	836	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
23	NC_020307	CGG	2	6	849	854	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	Non-Coding
24	NC_020307	TGG	2	6	921	926	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	Non-Coding
25	NC_020307	GCT	3	9	928	936	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
26	NC_020307	GCT	2	6	976	981	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
27	NC_020307	CGC	2	6	1006	1011	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	Non-Coding
28	NC_020307	CGGC	2	8	1029	1036	0 %	0 %	50 %	50 %	Non-Coding
29	NC_020307	GCG	2	6	1039	1044	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	Non-Coding
30	NC_020307	CGG	2	6	1045	1050	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	Non-Coding
31	NC_020307	CTG	2	6	1055	1060	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
32	NC_020307	TGC	2	6	1071	1076	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
33	NC_020307	CGC	3	9	1102	1110	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	Non-Coding
34	NC_020307	GCT	2	6	1171	1176	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
35	NC_020307	CGG	2	6	1212	1217	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	Non-Coding
36	NC_020307	AGG	2	6	1273	1278	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	Non-Coding
37	NC_020307	GAC	2	6	1285	1290	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
38	NC_020307	GAC	2	6	6243	6248	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
39	NC_020307	GTGGC	2	10	6252	6261	0 %	20 %	60 %	20 %	Non-Coding
40	NC_020307	TTA	2	6	6945	6950	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
41	NC_020307	ATT	2	6	6956	6961	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
42	NC_020307	AGT	2	6	7037	7042	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
43	NC_020307	AAC	2	6	7089	7094	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
44	NC_020307	GA	3	6	7101	7106	50 %	0 %	50 %	0 %	Non-Coding
45	NC_020307	T	6	6	7147	7152	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
46	NC_020307	TGC	2	6	7188	7193	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
47	NC_020307	TTA	2	6	7241	7246	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
48	NC_020307	ATT	2	6	7272	7277	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
49	NC_020307	ATT	2	6	7283	7288	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
50	NC_020307	ATTT	2	8	7297	7304	25 %	75 %	0 %	0 %	Non-Coding
51	NC_020307	TTA	2	6	7311	7316	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
52	NC_020307	TTAAA	2	10	7364	7373	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
53	NC_020307	TAG	2	6	7385	7390	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
54	NC_020307	AAC	2	6	7496	7501	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
55	NC_020307	CA	3	6	7572	7577	50 %	0 %	0 %	50 %	Non-Coding
56	NC_020307	A	6	6	7601	7606	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
57	NC_020307	ATA	2	6	7630	7635	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
58	NC_020307	AT	3	6	7697	7702	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
59	NC_020307	GCTG	2	8	8332	8339	0 %	25 %	50 %	25 %	Non-Coding
60	NC_020307	TAAT	2	8	8346	8353	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
61	NC_020307	AAG	2	6	8439	8444	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
62	NC_020307	TTACC	2	10	8456	8465	20 %	40 %	0 %	40 %	Non-Coding
63	NC_020307	TAT	2	6	8475	8480	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
64	NC_020307	TGC	2	6	8481	8486	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
65	NC_020307	A	7	7	8705	8711	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
66	NC_020307	TAC	2	6	8838	8843	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
67	NC_020307	TGTT	2	8	10927	10934	0 %	75 %	25 %	0 %	Non-Coding
68	NC_020307	T	8	8	10967	10974	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
69	NC_020307	TTGC	2	8	11034	11041	0 %	50 %	25 %	25 %	Non-Coding
70	NC_020307	GGT	2	6	11056	11061	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	Non-Coding
71	NC_020307	GGA	2	6	12121	12126	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	Non-Coding
72	NC_020307	A	7	7	12178	12184	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
73	NC_020307	CGGGG	2	10	12191	12200	0 %	0 %	80 %	20 %	Non-Coding
74	NC_020307	TTC	2	6	12204	12209	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
75	NC_020307	TC	3	6	12513	12518	0 %	50 %	0 %	50 %	Non-Coding
76	NC_020307	TAA	2	6	12521	12526	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
77	NC_020307	GGCG	2	8	12581	12588	0 %	0 %	75 %	25 %	Non-Coding
78	NC_020307	T	6	6	14491	14496	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
79	NC_020307	TAT	2	6	14519	14524	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
80	NC_020307	GC	3	6	16461	16466	0 %	0 %	50 %	50 %	Non-Coding
81	NC_020307	TCA	2	6	16575	16580	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
82	NC_020307	TTTAT	2	10	16596	16605	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
83	NC_020307	CAT	2	6	16632	16637	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
84	NC_020307	CGC	2	6	16686	16691	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	Non-Coding
85	NC_020307	GA	3	6	16747	16752	50 %	0 %	50 %	0 %	Non-Coding
86	NC_020307	ATG	2	6	16788	16793	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
87	NC_020307	GAAA	2	8	16840	16847	75 %	0 %	25 %	0 %	Non-Coding
88	NC_020307	AAT	2	6	22777	22782	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
89	NC_020307	GT	3	6	24567	24572	0 %	50 %	50 %	0 %	Non-Coding
90	NC_020307	ATA	2	6	24628	24633	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
91	NC_020307	GTC	2	6	24666	24671	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
92	NC_020307	TCA	2	6	24672	24677	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
93	NC_020307	TGC	2	6	24694	24699	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
94	NC_020307	TGA	2	6	24701	24706	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
95	NC_020307	TGA	2	6	25341	25346	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
96	NC_020307	AAT	2	6	25425	25430	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
97	NC_020307	TTG	2	6	25467	25472	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
98	NC_020307	GCGA	2	8	25481	25488	25 %	0 %	50 %	25 %	Non-Coding
99	NC_020307	T	6	6	25499	25504	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
100	NC_020307	AAT	2	6	25599	25604	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
101	NC_020307	ATG	2	6	25616	25621	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
102	NC_020307	ATC	2	6	25634	25639	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
103	NC_020307	ACA	2	6	27452	27457	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
104	NC_020307	AAC	2	6	27459	27464	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
105	NC_020307	TAA	2	6	27467	27472	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
106	NC_020307	GAG	2	6	28217	28222	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	Non-Coding
107	NC_020307	TGT	2	6	28227	28232	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
108	NC_020307	ACT	2	6	28259	28264	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
109	NC_020307	A	6	6	28311	28316	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
110	NC_020307	TCCGC	2	10	28338	28347	0 %	20 %	20 %	60 %	Non-Coding
111	NC_020307	G	6	6	28383	28388	0 %	0 %	100 %	0 %	Non-Coding
112	NC_020307	TGT	2	6	28399	28404	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
113	NC_020307	ATG	2	6	28455	28460	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
114	NC_020307	CCT	2	6	28872	28877	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	Non-Coding
115	NC_020307	CGC	2	6	28940	28945	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	Non-Coding
116	NC_020307	TTTA	2	8	29009	29016	25 %	75 %	0 %	0 %	Non-Coding
117	NC_020307	TCTA	2	8	29027	29034	25 %	50 %	0 %	25 %	Non-Coding
118	NC_020307	AAG	2	6	29040	29045	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
119	NC_020307	ATT	2	6	29063	29068	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
120	NC_020307	CGAT	2	8	29074	29081	25 %	25 %	25 %	25 %	Non-Coding
121	NC_020307	TATC	2	8	29102	29109	25 %	50 %	0 %	25 %	Non-Coding
122	NC_020307	CGAT	2	8	29124	29131	25 %	25 %	25 %	25 %	Non-Coding
123	NC_020307	TGT	2	6	29148	29153	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
124	NC_020307	TG	3	6	29183	29188	0 %	50 %	50 %	0 %	Non-Coding
125	NC_020307	GAA	2	6	29202	29207	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
126	NC_020307	GTG	2	6	31230	31235	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	Non-Coding
127	NC_020307	AG	3	6	31239	31244	50 %	0 %	50 %	0 %	Non-Coding
128	NC_020307	GAAA	2	8	31353	31360	75 %	0 %	25 %	0 %	Non-Coding
129	NC_020307	A	6	6	31358	31363	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
130	NC_020307	CAG	2	6	31570	31575	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
131	NC_020307	GAG	2	6	31578	31583	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	Non-Coding
132	NC_020307	CAG	2	6	33657	33662	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
133	NC_020307	A	6	6	35374	35379	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
134	NC_020307	GC	3	6	35386	35391	0 %	0 %	50 %	50 %	Non-Coding
135	NC_020307	T	6	6	35398	35403	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
136	NC_020307	GAA	2	6	35411	35416	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
137	NC_020307	TAA	2	6	36355	36360	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
138	NC_020307	TA	3	6	37472	37477	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
139	NC_020307	TAAT	2	8	37482	37489	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
140	NC_020307	AGG	2	6	38404	38409	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	Non-Coding
141	NC_020307	GGC	2	6	38418	38423	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	Non-Coding
142	NC_020307	T	6	6	38560	38565	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
143	NC_020307	GGAT	2	8	38566	38573	25 %	25 %	50 %	0 %	Non-Coding
144	NC_020307	ACTG	2	8	40103	40110	25 %	25 %	25 %	25 %	Non-Coding
145	NC_020307	T	6	6	40149	40154	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
146	NC_020307	T	6	6	40156	40161	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
147	NC_020307	ATT	2	6	40187	40192	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
148	NC_020307	ATT	2	6	40209	40214	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
149	NC_020307	T	7	7	40365	40371	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
150	NC_020307	TAT	2	6	44701	44706	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
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291	NC_020307	ATA	2	6	105074	105079	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
292	NC_020307	TTA	2	6	105099	105104	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
293	NC_020307	CTA	2	6	105186	105191	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
294	NC_020307	TA	3	6	105190	105195	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
295	NC_020307	GAT	2	6	105214	105219	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
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298	NC_020307	AGT	2	6	105507	105512	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
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325	NC_020307	TAG	2	6	110537	110542	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
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429	NC_020307	TCC	2	6	132211	132216	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	Non-Coding
430	NC_020307	AAT	2	6	132251	132256	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
431	NC_020307	GAA	2	6	133662	133667	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
432	NC_020307	GTC	2	6	133689	133694	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
433	NC_020307	GCG	2	6	133695	133700	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	Non-Coding
434	NC_020307	GCTG	2	8	137698	137705	0 %	25 %	50 %	25 %	Non-Coding
435	NC_020307	TCC	3	9	137732	137740	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	Non-Coding
436	NC_020307	GCC	2	6	137806	137811	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	Non-Coding
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440	NC_020307	ATA	2	6	142859	142864	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
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443	NC_020307	AAT	2	6	142958	142963	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
444	NC_020307	AT	3	6	142971	142976	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
445	NC_020307	GTGGA	2	10	142993	143002	20 %	20 %	60 %	0 %	Non-Coding
446	NC_020307	TAAA	2	8	143004	143011	75 %	25 %	0 %	0 %	Non-Coding
447	NC_020307	ATC	2	6	143039	143044	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
448	NC_020307	CAA	2	6	143120	143125	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
449	NC_020307	AAT	2	6	143259	143264	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
450	NC_020307	AAG	2	6	143281	143286	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
451	NC_020307	TAT	2	6	143328	143333	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
452	NC_020307	T	8	8	143361	143368	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
453	NC_020307	ATG	2	6	143373	143378	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
454	NC_020307	ATAA	2	8	143471	143478	75 %	25 %	0 %	0 %	Non-Coding
455	NC_020307	GTG	2	6	151060	151065	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	Non-Coding
456	NC_020307	AAC	2	6	157678	157683	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
457	NC_020307	GAA	2	6	157727	157732	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
458	NC_020307	AAC	2	6	159160	159165	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
459	NC_020307	A	6	6	159178	159183	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
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461	NC_020307	TGG	2	6	159315	159320	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	Non-Coding
462	NC_020307	GTT	2	6	159335	159340	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
463	NC_020307	GCG	2	6	159384	159389	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	Non-Coding
464	NC_020307	TGG	2	6	159459	159464	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	Non-Coding
465	NC_020307	GAC	2	6	159473	159478	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
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467	NC_020307	GGCT	2	8	159569	159576	0 %	25 %	50 %	25 %	Non-Coding
468	NC_020307	GTCGCC	2	12	159605	159616	0 %	16.67 %	33.33 %	50 %	Non-Coding
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473	NC_020307	ACC	2	6	159854	159859	33.33 %	0 %	0 %	66.67 %	Non-Coding
474	NC_020307	CG	3	6	159909	159914	0 %	0 %	50 %	50 %	Non-Coding
475	NC_020307	GGA	2	6	159916	159921	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	Non-Coding
476	NC_020307	GCG	2	6	159927	159932	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	Non-Coding
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489	NC_020307	GGT	2	6	164694	164699	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	Non-Coding
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491	NC_020307	CAT	2	6	166190	166195	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
492	NC_020307	GCA	2	6	166204	166209	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
493	NC_020307	GAA	2	6	166272	166277	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
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500	NC_020307	GT	3	6	167475	167480	0 %	50 %	50 %	0 %	Non-Coding

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