MICAS: Microsatellite Analysis Server 3.0

All Non-Coding Repeats of Sinorhizobium fredii USDA 257 plasmid pUSDA257

Total Repeats: 161

S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Length	Start	End	A%	T%	G%	C%	Protein ID
1	NC_018180	TGC	2	6	74	79	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
2	NC_018180	GC	3	6	101	106	0 %	0 %	50 %	50 %	Non-Coding
3	NC_018180	GC	4	8	150	157	0 %	0 %	50 %	50 %	Non-Coding
4	NC_018180	GTCG	2	8	212	219	0 %	25 %	50 %	25 %	Non-Coding
5	NC_018180	TTC	2	6	223	228	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
6	NC_018180	CTC	2	6	307	312	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	Non-Coding
7	NC_018180	CCCT	2	8	326	333	0 %	25 %	0 %	75 %	Non-Coding
8	NC_018180	GCC	2	6	336	341	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	Non-Coding
9	NC_018180	CGC	2	6	372	377	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	Non-Coding
10	NC_018180	CGC	2	6	392	397	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	Non-Coding
11	NC_018180	CAT	2	6	451	456	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
12	NC_018180	CGA	2	6	475	480	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
13	NC_018180	CAC	2	6	494	499	33.33 %	0 %	0 %	66.67 %	Non-Coding
14	NC_018180	CGAC	2	8	510	517	25 %	0 %	25 %	50 %	Non-Coding
15	NC_018180	GAG	2	6	590	595	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	Non-Coding
16	NC_018180	TCGAGC	2	12	807	818	16.67 %	16.67 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
17	NC_018180	CTC	2	6	842	847	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	Non-Coding
18	NC_018180	GCC	2	6	884	889	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	Non-Coding
19	NC_018180	GAT	2	6	970	975	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
20	NC_018180	CCGC	2	8	996	1003	0 %	0 %	25 %	75 %	Non-Coding
21	NC_018180	CGC	3	9	1001	1009	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	Non-Coding
22	NC_018180	CGGC	2	8	1032	1039	0 %	0 %	50 %	50 %	Non-Coding
23	NC_018180	CGG	3	9	1054	1062	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	Non-Coding
24	NC_018180	GGC	2	6	1145	1150	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	Non-Coding
25	NC_018180	CGC	2	6	1174	1179	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	Non-Coding
26	NC_018180	CTG	2	6	1180	1185	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
27	NC_018180	GGC	2	6	1246	1251	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	Non-Coding
28	NC_018180	CCG	2	6	1258	1263	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	Non-Coding
29	NC_018180	ACG	2	6	1266	1271	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
30	NC_018180	TCA	2	6	1299	1304	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
31	NC_018180	GCA	2	6	1495	1500	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
32	NC_018180	CGC	2	6	1514	1519	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	Non-Coding
33	NC_018180	GGC	2	6	2330	2335	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	Non-Coding
34	NC_018180	CAA	2	6	2364	2369	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
35	NC_018180	GAT	2	6	2373	2378	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
36	NC_018180	CTG	2	6	2398	2403	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
37	NC_018180	ATG	2	6	2501	2506	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
38	NC_018180	GAC	2	6	2562	2567	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
39	NC_018180	AGCG	2	8	3089	3096	25 %	0 %	50 %	25 %	Non-Coding
40	NC_018180	GCA	2	6	3132	3137	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
41	NC_018180	CTC	2	6	3172	3177	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	Non-Coding
42	NC_018180	CGC	2	6	3240	3245	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	Non-Coding
43	NC_018180	TCC	2	6	3312	3317	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	Non-Coding
44	NC_018180	CGC	2	6	3321	3326	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	Non-Coding
45	NC_018180	CGG	2	6	3330	3335	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	Non-Coding
46	NC_018180	G	6	6	3584	3589	0 %	0 %	100 %	0 %	Non-Coding
47	NC_018180	TCGG	2	8	4023	4030	0 %	25 %	50 %	25 %	Non-Coding
48	NC_018180	CCT	2	6	4031	4036	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	Non-Coding
49	NC_018180	AAT	2	6	4176	4181	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
50	NC_018180	CCGG	2	8	4182	4189	0 %	0 %	50 %	50 %	Non-Coding
51	NC_018180	GCC	2	6	4198	4203	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	Non-Coding
52	NC_018180	TC	3	6	4312	4317	0 %	50 %	0 %	50 %	Non-Coding
53	NC_018180	GAG	2	6	4321	4326	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	Non-Coding
54	NC_018180	GGC	2	6	4750	4755	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	Non-Coding
55	NC_018180	CCG	2	6	6918	6923	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	Non-Coding
56	NC_018180	CAG	2	6	6972	6977	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
57	NC_018180	CTT	2	6	6982	6987	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
58	NC_018180	CG	3	6	7004	7009	0 %	0 %	50 %	50 %	Non-Coding
59	NC_018180	CTC	2	6	7036	7041	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	Non-Coding
60	NC_018180	ATCTCC	2	12	7049	7060	16.67 %	33.33 %	0 %	50 %	Non-Coding
61	NC_018180	CGG	2	6	7098	7103	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	Non-Coding
62	NC_018180	CCGT	2	8	8602	8609	0 %	25 %	25 %	50 %	Non-Coding
63	NC_018180	GGTC	2	8	8642	8649	0 %	25 %	50 %	25 %	Non-Coding
64	NC_018180	TGCT	2	8	8674	8681	0 %	50 %	25 %	25 %	Non-Coding
65	NC_018180	CG	4	8	8684	8691	0 %	0 %	50 %	50 %	Non-Coding
66	NC_018180	CGG	2	6	8712	8717	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	Non-Coding
67	NC_018180	GCG	2	6	8727	8732	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	Non-Coding
68	NC_018180	GGC	2	6	8744	8749	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	Non-Coding
69	NC_018180	GGA	2	6	8759	8764	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	Non-Coding
70	NC_018180	GGCT	2	8	14815	14822	0 %	25 %	50 %	25 %	Non-Coding
71	NC_018180	CCG	2	6	15443	15448	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	Non-Coding
72	NC_018180	TCT	2	6	15454	15459	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
73	NC_018180	TGTCC	2	10	15463	15472	0 %	40 %	20 %	40 %	Non-Coding
74	NC_018180	GAA	2	6	15547	15552	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
75	NC_018180	AGCGA	2	10	15777	15786	40 %	0 %	40 %	20 %	Non-Coding
76	NC_018180	T	6	6	15829	15834	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
77	NC_018180	TCC	2	6	15837	15842	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	Non-Coding
78	NC_018180	AAC	2	6	15878	15883	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
79	NC_018180	GCG	2	6	15889	15894	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	Non-Coding
80	NC_018180	CTT	2	6	15952	15957	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
81	NC_018180	ATCG	2	8	18633	18640	25 %	25 %	25 %	25 %	Non-Coding
82	NC_018180	GT	3	6	18683	18688	0 %	50 %	50 %	0 %	Non-Coding
83	NC_018180	AGT	2	6	18727	18732	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
84	NC_018180	GCC	2	6	18812	18817	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	Non-Coding
85	NC_018180	CGG	3	9	18854	18862	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	Non-Coding
86	NC_018180	GAC	2	6	20333	20338	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
87	NC_018180	CTTC	2	8	20380	20387	0 %	50 %	0 %	50 %	Non-Coding
88	NC_018180	CGA	2	6	20421	20426	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
89	NC_018180	CG	3	6	20568	20573	0 %	0 %	50 %	50 %	Non-Coding
90	NC_018180	GCA	2	6	20598	20603	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
91	NC_018180	GGC	3	9	21559	21567	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	Non-Coding
92	NC_018180	GGC	2	6	21570	21575	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	Non-Coding
93	NC_018180	CCG	2	6	21644	21649	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	Non-Coding
94	NC_018180	GTCG	2	8	21944	21951	0 %	25 %	50 %	25 %	Non-Coding
95	NC_018180	TAA	2	6	22297	22302	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
96	NC_018180	CCT	2	6	22307	22312	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	Non-Coding
97	NC_018180	AAG	2	6	22336	22341	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
98	NC_018180	CTT	2	6	22363	22368	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
99	NC_018180	GCA	2	6	22467	22472	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
100	NC_018180	CTT	3	9	22567	22575	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
101	NC_018180	TCG	2	6	22578	22583	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
102	NC_018180	TCAG	2	8	22598	22605	25 %	25 %	25 %	25 %	Non-Coding
103	NC_018180	AG	3	6	22626	22631	50 %	0 %	50 %	0 %	Non-Coding
104	NC_018180	CGG	2	6	23636	23641	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	Non-Coding
105	NC_018180	GA	3	6	23684	23689	50 %	0 %	50 %	0 %	Non-Coding
106	NC_018180	ATC	2	6	23727	23732	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
107	NC_018180	AGC	3	9	23751	23759	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
108	NC_018180	CGC	2	6	23813	23818	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	Non-Coding
109	NC_018180	GC	3	6	23817	23822	0 %	0 %	50 %	50 %	Non-Coding
110	NC_018180	GATC	2	8	23837	23844	25 %	25 %	25 %	25 %	Non-Coding
111	NC_018180	TCC	2	6	23880	23885	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	Non-Coding
112	NC_018180	TCACC	2	10	23925	23934	20 %	20 %	0 %	60 %	Non-Coding
113	NC_018180	ATC	2	6	23936	23941	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
114	NC_018180	CGAG	2	8	24006	24013	25 %	0 %	50 %	25 %	Non-Coding
115	NC_018180	GCC	2	6	24445	24450	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	Non-Coding
116	NC_018180	CAG	2	6	24454	24459	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
117	NC_018180	GAG	2	6	24464	24469	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	Non-Coding
118	NC_018180	CCT	2	6	24602	24607	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	Non-Coding
119	NC_018180	CCT	2	6	24630	24635	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	Non-Coding
120	NC_018180	GC	3	6	24701	24706	0 %	0 %	50 %	50 %	Non-Coding
121	NC_018180	GCG	2	6	24944	24949	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	Non-Coding
122	NC_018180	TGGG	2	8	24973	24980	0 %	25 %	75 %	0 %	Non-Coding
123	NC_018180	TGTCG	2	10	25062	25071	0 %	40 %	40 %	20 %	Non-Coding
124	NC_018180	GCGG	2	8	25121	25128	0 %	0 %	75 %	25 %	Non-Coding
125	NC_018180	GTCG	2	8	25210	25217	0 %	25 %	50 %	25 %	Non-Coding
126	NC_018180	TCC	2	6	25701	25706	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	Non-Coding
127	NC_018180	AGGC	2	8	25718	25725	25 %	0 %	50 %	25 %	Non-Coding
128	NC_018180	AAT	2	6	25762	25767	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
129	NC_018180	GC	3	6	25768	25773	0 %	0 %	50 %	50 %	Non-Coding
130	NC_018180	GTA	2	6	25802	25807	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
131	NC_018180	TTG	2	6	25965	25970	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
132	NC_018180	TGCT	2	8	27009	27016	0 %	50 %	25 %	25 %	Non-Coding
133	NC_018180	GCT	2	6	27042	27047	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
134	NC_018180	CTG	2	6	27057	27062	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
135	NC_018180	TGC	2	6	27102	27107	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
136	NC_018180	CATC	2	8	27129	27136	25 %	25 %	0 %	50 %	Non-Coding
137	NC_018180	TGC	2	6	27155	27160	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
138	NC_018180	GTC	2	6	27199	27204	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
139	NC_018180	GAA	2	6	28609	28614	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
140	NC_018180	TCG	2	6	28619	28624	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
141	NC_018180	GTC	2	6	31238	31243	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
142	NC_018180	TGG	2	6	32142	32147	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	Non-Coding
143	NC_018180	GGCT	2	8	33804	33811	0 %	25 %	50 %	25 %	Non-Coding
144	NC_018180	GTC	2	6	33832	33837	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
145	NC_018180	ATC	2	6	33842	33847	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
146	NC_018180	TCCC	2	8	33870	33877	0 %	25 %	0 %	75 %	Non-Coding
147	NC_018180	TTC	2	6	34107	34112	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
148	NC_018180	GCCC	2	8	34184	34191	0 %	0 %	25 %	75 %	Non-Coding
149	NC_018180	CGA	3	9	34243	34251	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
150	NC_018180	GC	3	6	36496	36501	0 %	0 %	50 %	50 %	Non-Coding
151	NC_018180	TCTT	2	8	38395	38402	0 %	75 %	0 %	25 %	Non-Coding
152	NC_018180	CGT	2	6	38403	38408	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
153	NC_018180	CGCC	2	8	38423	38430	0 %	0 %	25 %	75 %	Non-Coding
154	NC_018180	GGT	2	6	38452	38457	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	Non-Coding
155	NC_018180	GCGCA	2	10	38459	38468	20 %	0 %	40 %	40 %	Non-Coding
156	NC_018180	GCAAGT	2	12	38484	38495	33.33 %	16.67 %	33.33 %	16.67 %	Non-Coding
157	NC_018180	CGC	2	6	38541	38546	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	Non-Coding
158	NC_018180	CTG	2	6	38563	38568	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
159	NC_018180	GAG	2	6	38570	38575	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	Non-Coding
160	NC_018180	GGA	2	6	38605	38610	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	Non-Coding
161	NC_018180	TGC	2	6	38629	38634	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding

©2012. Centre for DNA Fingerprinting & Diagnostics (CDFD), Hyderabad.