MICAS: Microsatellite Analysis Server 3.0

All Non-Coding Repeats of Streptococcus suis D9 chromosome

Total Repeats: 7193

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S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Length	Start	End	A%	T%	G%	C%	Protein ID
1	NC_017620	T	6	6	1387	1392	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
2	NC_017620	A	6	6	1393	1398	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
3	NC_017620	T	6	6	1404	1409	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
4	NC_017620	TCA	2	6	1454	1459	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
5	NC_017620	ACT	2	6	1482	1487	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
6	NC_017620	ATA	2	6	1507	1512	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
7	NC_017620	AGG	2	6	2674	2679	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	Non-Coding
8	NC_017620	T	7	7	2814	2820	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
9	NC_017620	TTTAT	2	10	2847	2856	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
10	NC_017620	A	6	6	2860	2865	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
11	NC_017620	TA	3	6	2884	2889	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
12	NC_017620	CTG	2	6	4017	4022	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
13	NC_017620	A	6	6	4085	4090	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
14	NC_017620	GAG	2	6	4091	4096	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	Non-Coding
15	NC_017620	ATT	2	6	4475	4480	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
16	NC_017620	ATT	2	6	4489	4494	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
17	NC_017620	A	6	6	4576	4581	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
18	NC_017620	TTC	2	6	5716	5721	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
19	NC_017620	GTT	2	6	5722	5727	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
20	NC_017620	GAT	2	6	5801	5806	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
21	NC_017620	TTGG	2	8	5810	5817	0 %	50 %	50 %	0 %	Non-Coding
22	NC_017620	AAT	2	6	9948	9953	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
23	NC_017620	AGG	2	6	10709	10714	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	Non-Coding
24	NC_017620	AAC	2	6	13269	13274	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
25	NC_017620	CTA	2	6	13830	13835	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
26	NC_017620	T	7	7	15901	15907	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
27	NC_017620	A	6	6	15910	15915	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
28	NC_017620	TTAT	2	8	15945	15952	25 %	75 %	0 %	0 %	Non-Coding
29	NC_017620	A	7	7	16036	16042	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
30	NC_017620	CAA	2	6	16116	16121	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
31	NC_017620	CAT	2	6	16620	16625	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
32	NC_017620	T	7	7	16681	16687	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
33	NC_017620	AGA	2	6	16704	16709	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
34	NC_017620	A	7	7	16722	16728	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
35	NC_017620	TAT	2	6	16837	16842	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
36	NC_017620	A	7	7	16889	16895	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
37	NC_017620	TA	3	6	16918	16923	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
38	NC_017620	A	7	7	16978	16984	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
39	NC_017620	A	6	6	16990	16995	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
40	NC_017620	AGA	2	6	17077	17082	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
41	NC_017620	ACAAA	2	10	17129	17138	80 %	0 %	0 %	20 %	Non-Coding
42	NC_017620	GGC	2	6	17222	17227	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	Non-Coding
43	NC_017620	GCA	2	6	17541	17546	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
44	NC_017620	CGC	2	6	17588	17593	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	Non-Coding
45	NC_017620	GTGA	2	8	17594	17601	25 %	25 %	50 %	0 %	Non-Coding
46	NC_017620	TGT	2	6	17627	17632	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
47	NC_017620	AGA	2	6	17636	17641	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
48	NC_017620	AGA	2	6	17648	17653	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
49	NC_017620	CAG	2	6	17710	17715	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
50	NC_017620	AGCG	2	8	17765	17772	25 %	0 %	50 %	25 %	Non-Coding
51	NC_017620	AT	3	6	17894	17899	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
52	NC_017620	GGA	2	6	17900	17905	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	Non-Coding
53	NC_017620	CT	3	6	17925	17930	0 %	50 %	0 %	50 %	Non-Coding
54	NC_017620	GAA	2	6	18164	18169	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
55	NC_017620	GGT	2	6	18238	18243	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	Non-Coding
56	NC_017620	GTC	2	6	18252	18257	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
57	NC_017620	TCGTG	2	10	18261	18270	0 %	40 %	40 %	20 %	Non-Coding
58	NC_017620	CAT	2	6	18320	18325	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
59	NC_017620	TAA	2	6	18355	18360	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
60	NC_017620	GGA	2	6	18364	18369	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	Non-Coding
61	NC_017620	ATC	2	6	18388	18393	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
62	NC_017620	AC	3	6	18415	18420	50 %	0 %	0 %	50 %	Non-Coding
63	NC_017620	CGC	2	6	18554	18559	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	Non-Coding
64	NC_017620	AC	3	6	18584	18589	50 %	0 %	0 %	50 %	Non-Coding
65	NC_017620	CAC	2	6	18599	18604	33.33 %	0 %	0 %	66.67 %	Non-Coding
66	NC_017620	AGCC	2	8	18647	18654	25 %	0 %	25 %	50 %	Non-Coding
67	NC_017620	GAT	2	6	18670	18675	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
68	NC_017620	CCT	2	6	18726	18731	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	Non-Coding
69	NC_017620	TCT	2	6	18760	18765	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
70	NC_017620	AGG	2	6	18826	18831	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	Non-Coding
71	NC_017620	CTA	2	6	18873	18878	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
72	NC_017620	CTT	2	6	18913	18918	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
73	NC_017620	TG	3	6	18940	18945	0 %	50 %	50 %	0 %	Non-Coding
74	NC_017620	AC	3	6	18950	18955	50 %	0 %	0 %	50 %	Non-Coding
75	NC_017620	CGT	2	6	19000	19005	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
76	NC_017620	A	7	7	19142	19148	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
77	NC_017620	TAA	2	6	19155	19160	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
78	NC_017620	GTTAA	2	10	19162	19171	40 %	40 %	20 %	0 %	Non-Coding
79	NC_017620	ACG	2	6	19225	19230	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
80	NC_017620	GTAA	2	8	19248	19255	50 %	25 %	25 %	0 %	Non-Coding
81	NC_017620	TCAC	2	8	19305	19312	25 %	25 %	0 %	50 %	Non-Coding
82	NC_017620	TAG	2	6	19396	19401	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
83	NC_017620	GCGA	2	8	19404	19411	25 %	0 %	50 %	25 %	Non-Coding
84	NC_017620	AGG	2	6	19418	19423	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	Non-Coding
85	NC_017620	GAG	2	6	19431	19436	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	Non-Coding
86	NC_017620	CTC	2	6	19441	19446	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	Non-Coding
87	NC_017620	AGA	2	6	19483	19488	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
88	NC_017620	AG	3	6	19511	19516	50 %	0 %	50 %	0 %	Non-Coding
89	NC_017620	TCG	2	6	19586	19591	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
90	NC_017620	GGA	2	6	19599	19604	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	Non-Coding
91	NC_017620	CT	3	6	19625	19630	0 %	50 %	0 %	50 %	Non-Coding
92	NC_017620	ACA	2	6	19717	19722	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
93	NC_017620	ATG	2	6	19784	19789	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
94	NC_017620	TAT	2	6	19849	19854	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
95	NC_017620	GGA	2	6	19917	19922	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	Non-Coding
96	NC_017620	TC	3	6	20003	20008	0 %	50 %	0 %	50 %	Non-Coding
97	NC_017620	ACC	2	6	20183	20188	33.33 %	0 %	0 %	66.67 %	Non-Coding
98	NC_017620	AAT	2	6	20203	20208	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
99	NC_017620	AGC	2	6	20263	20268	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
100	NC_017620	ATTC	2	8	20270	20277	25 %	50 %	0 %	25 %	Non-Coding
101	NC_017620	TG	3	6	20394	20399	0 %	50 %	50 %	0 %	Non-Coding
102	NC_017620	AAG	2	6	20400	20405	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
103	NC_017620	GAG	2	6	20415	20420	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	Non-Coding
104	NC_017620	GA	3	6	20545	20550	50 %	0 %	50 %	0 %	Non-Coding
105	NC_017620	ACA	2	6	20571	20576	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
106	NC_017620	CTAA	2	8	20626	20633	50 %	25 %	0 %	25 %	Non-Coding
107	NC_017620	GA	3	6	20841	20846	50 %	0 %	50 %	0 %	Non-Coding
108	NC_017620	CT	3	6	20957	20962	0 %	50 %	0 %	50 %	Non-Coding
109	NC_017620	GAT	2	6	20975	20980	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
110	NC_017620	AGG	2	6	21020	21025	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	Non-Coding
111	NC_017620	CGG	2	6	21066	21071	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	Non-Coding
112	NC_017620	GA	3	6	21164	21169	50 %	0 %	50 %	0 %	Non-Coding
113	NC_017620	TAGG	2	8	21282	21289	25 %	25 %	50 %	0 %	Non-Coding
114	NC_017620	TAC	2	6	21336	21341	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
115	NC_017620	CCT	2	6	21424	21429	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	Non-Coding
116	NC_017620	GGT	2	6	21560	21565	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	Non-Coding
117	NC_017620	TCG	2	6	21675	21680	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
118	NC_017620	CGT	2	6	21755	21760	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
119	NC_017620	GA	3	6	21979	21984	50 %	0 %	50 %	0 %	Non-Coding
120	NC_017620	TGGAAG	2	12	22002	22013	33.33 %	16.67 %	50 %	0 %	Non-Coding
121	NC_017620	T	6	6	22142	22147	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
122	NC_017620	CAG	2	6	22299	22304	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
123	NC_017620	AGT	2	6	22325	22330	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
124	NC_017620	AATC	2	8	22530	22537	50 %	25 %	0 %	25 %	Non-Coding
125	NC_017620	ATAGA	2	10	22724	22733	60 %	20 %	20 %	0 %	Non-Coding
126	NC_017620	ACC	2	6	22848	22853	33.33 %	0 %	0 %	66.67 %	Non-Coding
127	NC_017620	CGT	2	6	22885	22890	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
128	NC_017620	ATTAT	2	10	23199	23208	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
129	NC_017620	CGC	2	6	23278	23283	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	Non-Coding
130	NC_017620	TA	3	6	23284	23289	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
131	NC_017620	AT	3	6	23375	23380	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
132	NC_017620	GGA	2	6	23382	23387	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	Non-Coding
133	NC_017620	GCGT	2	8	23441	23448	0 %	25 %	50 %	25 %	Non-Coding
134	NC_017620	TCC	2	6	23465	23470	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	Non-Coding
135	NC_017620	CTA	2	6	23475	23480	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
136	NC_017620	AGC	2	6	23492	23497	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
137	NC_017620	TCG	2	6	23506	23511	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
138	NC_017620	CGG	2	6	23618	23623	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	Non-Coding
139	NC_017620	TAT	2	6	23666	23671	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
140	NC_017620	GGT	2	6	23724	23729	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	Non-Coding
141	NC_017620	ATATT	2	10	23748	23757	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
142	NC_017620	TAA	2	6	25255	25260	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
143	NC_017620	T	7	7	25282	25288	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
144	NC_017620	GA	3	6	25297	25302	50 %	0 %	50 %	0 %	Non-Coding
145	NC_017620	GAG	2	6	25316	25321	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	Non-Coding
146	NC_017620	TTTG	2	8	26629	26636	0 %	75 %	25 %	0 %	Non-Coding
147	NC_017620	AT	3	6	26676	26681	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
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150	NC_017620	T	6	6	27688	27693	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
151	NC_017620	ATTT	2	8	27696	27703	25 %	75 %	0 %	0 %	Non-Coding
152	NC_017620	TAT	2	6	27712	27717	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
153	NC_017620	T	6	6	30961	30966	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
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155	NC_017620	TGT	2	6	30985	30990	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
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159	NC_017620	T	7	7	48884	48890	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
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181	NC_017620	GAAT	2	8	56687	56694	50 %	25 %	25 %	0 %	Non-Coding
182	NC_017620	TA	3	6	56865	56870	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
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184	NC_017620	TAA	2	6	59465	59470	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
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