MICAS: Microsatellite Analysis Server 3.0

All Non-Coding Repeats of Staphylococcus aureus subsp. aureus TCH60 plasmid unnamed

Total Repeats: 214

S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Length	Start	End	A%	T%	G%	C%	Protein ID
1	NC_017345	T	6	6	19	24	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
2	NC_017345	ATT	2	6	25	30	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
3	NC_017345	TA	3	6	37	42	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
4	NC_017345	A	6	6	68	73	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
5	NC_017345	AAT	3	9	124	132	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
6	NC_017345	T	6	6	167	172	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
7	NC_017345	ATA	2	6	176	181	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
8	NC_017345	TAA	2	6	222	227	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
9	NC_017345	ATA	2	6	246	251	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
10	NC_017345	ATT	2	6	277	282	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
11	NC_017345	ATTT	2	8	304	311	25 %	75 %	0 %	0 %	Non-Coding
12	NC_017345	TAA	2	6	361	366	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
13	NC_017345	TAT	2	6	367	372	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
14	NC_017345	TAA	2	6	417	422	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
15	NC_017345	ACA	2	6	438	443	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
16	NC_017345	TTTA	2	8	496	503	25 %	75 %	0 %	0 %	Non-Coding
17	NC_017345	GAA	2	6	530	535	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
18	NC_017345	A	6	6	545	550	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
19	NC_017345	A	7	7	552	558	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
20	NC_017345	TC	3	6	564	569	0 %	50 %	0 %	50 %	Non-Coding
21	NC_017345	CCA	2	6	638	643	33.33 %	0 %	0 %	66.67 %	Non-Coding
22	NC_017345	GTG	2	6	670	675	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	Non-Coding
23	NC_017345	A	7	7	706	712	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
24	NC_017345	T	6	6	723	728	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
25	NC_017345	TACA	2	8	762	769	50 %	25 %	0 %	25 %	Non-Coding
26	NC_017345	TA	3	6	794	799	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
27	NC_017345	CAT	2	6	820	825	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
28	NC_017345	T	7	7	835	841	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
29	NC_017345	AT	4	8	861	868	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
30	NC_017345	T	10	10	868	877	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
31	NC_017345	A	7	7	936	942	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
32	NC_017345	A	6	6	1027	1032	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
33	NC_017345	CGT	2	6	1035	1040	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
34	NC_017345	ACCT	2	8	1090	1097	25 %	25 %	0 %	50 %	Non-Coding
35	NC_017345	A	6	6	1100	1105	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
36	NC_017345	ATTTTA	2	12	1121	1132	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
37	NC_017345	T	6	6	1133	1138	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
38	NC_017345	T	6	6	1146	1151	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
39	NC_017345	TACT	2	8	1174	1181	25 %	50 %	0 %	25 %	Non-Coding
40	NC_017345	TAA	2	6	1303	1308	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
41	NC_017345	A	7	7	1315	1321	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
42	NC_017345	T	6	6	1349	1354	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
43	NC_017345	TCA	2	6	1368	1373	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
44	NC_017345	AAC	2	6	1375	1380	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
45	NC_017345	AAAT	2	8	1381	1388	75 %	25 %	0 %	0 %	Non-Coding
46	NC_017345	AAAT	2	8	1396	1403	75 %	25 %	0 %	0 %	Non-Coding
47	NC_017345	ACC	2	6	1415	1420	33.33 %	0 %	0 %	66.67 %	Non-Coding
48	NC_017345	GGT	2	6	1447	1452	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	Non-Coding
49	NC_017345	T	7	7	1475	1481	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
50	NC_017345	TTC	3	9	1486	1494	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
51	NC_017345	ATA	2	6	1543	1548	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
52	NC_017345	A	6	6	1601	1606	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
53	NC_017345	ATA	2	6	1631	1636	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
54	NC_017345	T	6	6	2332	2337	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
55	NC_017345	TAT	2	6	2344	2349	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
56	NC_017345	TAAAAA	2	12	2410	2421	83.33 %	16.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
57	NC_017345	CCGA	2	8	2466	2473	25 %	0 %	25 %	50 %	Non-Coding
58	NC_017345	TGA	2	6	3267	3272	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
59	NC_017345	T	6	6	3281	3286	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
60	NC_017345	T	6	6	3292	3297	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
61	NC_017345	A	6	6	3300	3305	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
62	NC_017345	TGTA	2	8	3333	3340	25 %	50 %	25 %	0 %	Non-Coding
63	NC_017345	TAT	2	6	3427	3432	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
64	NC_017345	A	6	6	3597	3602	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
65	NC_017345	TTTG	2	8	3627	3634	0 %	75 %	25 %	0 %	Non-Coding
66	NC_017345	AT	3	6	3645	3650	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
67	NC_017345	T	6	6	3792	3797	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
68	NC_017345	GAA	2	6	4015	4020	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
69	NC_017345	TA	3	6	4170	4175	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
70	NC_017345	CAT	2	6	4231	4236	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
71	NC_017345	GCTA	2	8	4237	4244	25 %	25 %	25 %	25 %	Non-Coding
72	NC_017345	T	7	7	4480	4486	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
73	NC_017345	ATTTT	2	10	4494	4503	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
74	NC_017345	TA	3	6	4575	4580	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
75	NC_017345	CAAGA	2	10	4585	4594	60 %	0 %	20 %	20 %	Non-Coding
76	NC_017345	TAT	2	6	5622	5627	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
77	NC_017345	AAT	2	6	5642	5647	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
78	NC_017345	TTC	2	6	5777	5782	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
79	NC_017345	TACA	2	8	6445	6452	50 %	25 %	0 %	25 %	Non-Coding
80	NC_017345	T	6	6	6480	6485	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
81	NC_017345	A	7	7	6499	6505	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
82	NC_017345	T	7	7	6746	6752	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
83	NC_017345	CGT	2	6	6753	6758	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
84	NC_017345	GAT	2	6	6776	6781	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
85	NC_017345	A	6	6	7808	7813	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
86	NC_017345	TAA	2	6	7844	7849	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
87	NC_017345	TTTA	2	8	7856	7863	25 %	75 %	0 %	0 %	Non-Coding
88	NC_017345	ATTT	2	8	7871	7878	25 %	75 %	0 %	0 %	Non-Coding
89	NC_017345	ATT	2	6	7905	7910	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
90	NC_017345	TA	3	6	7914	7919	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
91	NC_017345	TA	3	6	7937	7942	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
92	NC_017345	TTA	2	6	7964	7969	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
93	NC_017345	AGT	2	6	7989	7994	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
94	NC_017345	TAT	2	6	8018	8023	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
95	NC_017345	TAAA	2	8	8031	8038	75 %	25 %	0 %	0 %	Non-Coding
96	NC_017345	ATC	2	6	8092	8097	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
97	NC_017345	GATG	2	8	8128	8135	25 %	25 %	50 %	0 %	Non-Coding
98	NC_017345	TTTATT	2	12	8136	8147	16.67 %	83.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
99	NC_017345	TAT	2	6	8160	8165	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
100	NC_017345	TGA	2	6	8223	8228	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
101	NC_017345	A	6	6	8496	8501	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
102	NC_017345	AAT	2	6	8517	8522	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
103	NC_017345	GTC	2	6	8542	8547	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
104	NC_017345	ACA	2	6	8553	8558	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
105	NC_017345	AAT	2	6	8973	8978	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
106	NC_017345	TA	3	6	9017	9022	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
107	NC_017345	ATC	2	6	9039	9044	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
108	NC_017345	TAA	2	6	9057	9062	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
109	NC_017345	AGG	2	6	9064	9069	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	Non-Coding
110	NC_017345	TAT	2	6	9072	9077	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
111	NC_017345	TA	4	8	9119	9126	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
112	NC_017345	A	7	7	9126	9132	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
113	NC_017345	ATT	2	6	9274	9279	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
114	NC_017345	T	6	6	9278	9283	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
115	NC_017345	CAA	2	6	9287	9292	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
116	NC_017345	CTT	2	6	9366	9371	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
117	NC_017345	CTT	2	6	9390	9395	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
118	NC_017345	CAT	2	6	9412	9417	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
119	NC_017345	T	6	6	9436	9441	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
120	NC_017345	GA	3	6	9492	9497	50 %	0 %	50 %	0 %	Non-Coding
121	NC_017345	GTC	2	6	9515	9520	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
122	NC_017345	TC	3	6	9523	9528	0 %	50 %	0 %	50 %	Non-Coding
123	NC_017345	AG	3	6	9546	9551	50 %	0 %	50 %	0 %	Non-Coding
124	NC_017345	ATGA	2	8	9564	9571	50 %	25 %	25 %	0 %	Non-Coding
125	NC_017345	CAT	2	6	9584	9589	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
126	NC_017345	ACA	2	6	9591	9596	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
127	NC_017345	A	6	6	9651	9656	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
128	NC_017345	GAC	2	6	9664	9669	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
129	NC_017345	A	6	6	9684	9689	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
130	NC_017345	TA	3	6	9755	9760	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
131	NC_017345	T	6	6	9831	9836	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
132	NC_017345	TGAC	2	8	9842	9849	25 %	25 %	25 %	25 %	Non-Coding
133	NC_017345	ATTTCA	2	12	9859	9870	33.33 %	50 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
134	NC_017345	CTA	2	6	10252	10257	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
135	NC_017345	ACT	2	6	10260	10265	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
136	NC_017345	TAA	2	6	10266	10271	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
137	NC_017345	TAT	2	6	10277	10282	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
138	NC_017345	A	6	6	10307	10312	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
139	NC_017345	TTCT	2	8	10321	10328	0 %	75 %	0 %	25 %	Non-Coding
140	NC_017345	TATC	2	8	10381	10388	25 %	50 %	0 %	25 %	Non-Coding
141	NC_017345	TTAA	2	8	13342	13349	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
142	NC_017345	TTTA	2	8	13676	13683	25 %	75 %	0 %	0 %	Non-Coding
143	NC_017345	AAT	2	6	13720	13725	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
144	NC_017345	T	6	6	13735	13740	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
145	NC_017345	TTGC	2	8	13749	13756	0 %	50 %	25 %	25 %	Non-Coding
146	NC_017345	TA	4	8	13767	13774	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
147	NC_017345	ACC	2	6	13799	13804	33.33 %	0 %	0 %	66.67 %	Non-Coding
148	NC_017345	AC	3	6	13833	13838	50 %	0 %	0 %	50 %	Non-Coding
149	NC_017345	A	7	7	13934	13940	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
150	NC_017345	A	6	6	13979	13984	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
151	NC_017345	CT	3	6	14000	14005	0 %	50 %	0 %	50 %	Non-Coding
152	NC_017345	T	7	7	14005	14011	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
153	NC_017345	CT	3	6	14013	14018	0 %	50 %	0 %	50 %	Non-Coding
154	NC_017345	TAT	2	6	14019	14024	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
155	NC_017345	ATA	2	6	14034	14039	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
156	NC_017345	AT	3	6	14050	14055	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
157	NC_017345	TAAT	2	8	14725	14732	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
158	NC_017345	TG	3	6	14782	14787	0 %	50 %	50 %	0 %	Non-Coding
159	NC_017345	AT	3	6	14809	14814	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
160	NC_017345	ATT	2	6	14819	14824	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
161	NC_017345	A	6	6	14841	14846	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
162	NC_017345	TGA	2	6	14884	14889	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
163	NC_017345	TAT	2	6	14914	14919	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
164	NC_017345	T	6	6	14926	14931	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
165	NC_017345	TA	3	6	14933	14938	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
166	NC_017345	AAAT	2	8	14971	14978	75 %	25 %	0 %	0 %	Non-Coding
167	NC_017345	ATA	2	6	14986	14991	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
168	NC_017345	ATA	2	6	15035	15040	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
169	NC_017345	ATA	2	6	15047	15052	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
170	NC_017345	TATT	2	8	15074	15081	25 %	75 %	0 %	0 %	Non-Coding
171	NC_017345	AAT	2	6	15982	15987	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
172	NC_017345	TAT	2	6	16018	16023	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
173	NC_017345	AAG	2	6	16034	16039	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
174	NC_017345	ATA	2	6	18195	18200	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
175	NC_017345	TTA	2	6	18224	18229	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
176	NC_017345	TAA	2	6	18242	18247	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
177	NC_017345	AT	3	6	18256	18261	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
178	NC_017345	CTT	2	6	18307	18312	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
179	NC_017345	TAAG	2	8	18324	18331	50 %	25 %	25 %	0 %	Non-Coding
180	NC_017345	CAA	2	6	18361	18366	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
181	NC_017345	A	6	6	18365	18370	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
182	NC_017345	TA	3	6	18420	18425	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
183	NC_017345	TTA	2	6	21299	21304	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
184	NC_017345	AT	3	6	21320	21325	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
185	NC_017345	TAA	2	6	22490	22495	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
186	NC_017345	TAAT	2	8	22553	22560	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
187	NC_017345	CTA	2	6	23182	23187	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
188	NC_017345	TA	3	6	23203	23208	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
189	NC_017345	AGT	2	6	23253	23258	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
190	NC_017345	T	6	6	23266	23271	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
191	NC_017345	ATTA	2	8	23296	23303	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
192	NC_017345	TTG	2	6	23305	23310	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
193	NC_017345	ACAGC	2	10	23341	23350	40 %	0 %	20 %	40 %	Non-Coding
194	NC_017345	TGA	2	6	23354	23359	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
195	NC_017345	ATG	2	6	23368	23373	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
196	NC_017345	CCT	2	6	23403	23408	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	Non-Coding
197	NC_017345	CT	3	6	23407	23412	0 %	50 %	0 %	50 %	Non-Coding
198	NC_017345	TCG	2	6	23413	23418	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
199	NC_017345	GA	3	6	23429	23434	50 %	0 %	50 %	0 %	Non-Coding
200	NC_017345	TAT	3	9	23445	23453	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
201	NC_017345	GTC	2	6	23492	23497	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
202	NC_017345	TA	3	6	23504	23509	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
203	NC_017345	T	6	6	23516	23521	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
204	NC_017345	AGA	2	6	23538	23543	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
205	NC_017345	ATC	2	6	23557	23562	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
206	NC_017345	A	6	6	23585	23590	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
207	NC_017345	TAA	2	6	23596	23601	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
208	NC_017345	AT	3	6	23679	23684	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
209	NC_017345	TC	3	6	23719	23724	0 %	50 %	0 %	50 %	Non-Coding
210	NC_017345	ATT	2	6	23735	23740	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
211	NC_017345	ATC	2	6	23762	23767	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
212	NC_017345	TAC	2	6	23789	23794	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
213	NC_017345	A	6	6	23809	23814	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
214	NC_017345	A	6	6	23816	23821	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding

©2012. Centre for DNA Fingerprinting & Diagnostics (CDFD), Hyderabad.