MICAS: Microsatellite Analysis Server 3.0

All Non-Coding Repeats of Selenomonas ruminantium subsp. lactilytica TAM6421 plasmid pSRC4

Total Repeats: 235

S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Length	Start	End	A%	T%	G%	C%	Protein ID
1	NC_017069	CCAGC	2	10	900	909	20 %	0 %	20 %	60 %	Non-Coding
2	NC_017069	AGCC	3	12	922	933	25 %	0 %	25 %	50 %	Non-Coding
3	NC_017069	AAC	2	6	1050	1055	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
4	NC_017069	A	7	7	1124	1130	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
5	NC_017069	T	6	6	2038	2043	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
6	NC_017069	ATG	2	6	2086	2091	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
7	NC_017069	CCT	2	6	3197	3202	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	Non-Coding
8	NC_017069	TC	3	6	3554	3559	0 %	50 %	0 %	50 %	Non-Coding
9	NC_017069	CCT	2	6	4314	4319	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	Non-Coding
10	NC_017069	CAGA	2	8	4342	4349	50 %	0 %	25 %	25 %	Non-Coding
11	NC_017069	CAT	2	6	4448	4453	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
12	NC_017069	ATTTTT	2	12	4461	4472	16.67 %	83.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
13	NC_017069	ATA	2	6	4512	4517	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
14	NC_017069	ACA	2	6	5057	5062	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
15	NC_017069	T	6	6	5077	5082	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
16	NC_017069	ATG	2	6	5111	5116	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
17	NC_017069	ATG	2	6	5123	5128	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
18	NC_017069	GACG	2	8	5704	5711	25 %	0 %	50 %	25 %	Non-Coding
19	NC_017069	CCT	2	6	7428	7433	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	Non-Coding
20	NC_017069	AAC	2	6	7468	7473	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
21	NC_017069	GCG	2	6	7518	7523	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	Non-Coding
22	NC_017069	CCT	2	6	7562	7567	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	Non-Coding
23	NC_017069	GTG	2	6	7588	7593	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	Non-Coding
24	NC_017069	CTCG	2	8	7631	7638	0 %	25 %	25 %	50 %	Non-Coding
25	NC_017069	T	7	7	7676	7682	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
26	NC_017069	ATT	2	6	7758	7763	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
27	NC_017069	CTA	2	6	7776	7781	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
28	NC_017069	TA	3	6	7780	7785	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
29	NC_017069	GTT	2	6	7808	7813	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
30	NC_017069	CTT	2	6	7820	7825	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
31	NC_017069	CA	3	6	8018	8023	50 %	0 %	0 %	50 %	Non-Coding
32	NC_017069	ACTA	2	8	8028	8035	50 %	25 %	0 %	25 %	Non-Coding
33	NC_017069	ACA	2	6	8182	8187	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
34	NC_017069	AC	3	6	8192	8197	50 %	0 %	0 %	50 %	Non-Coding
35	NC_017069	CTTTTG	2	12	8229	8240	0 %	66.67 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
36	NC_017069	CAT	2	6	8499	8504	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
37	NC_017069	AACG	2	8	8507	8514	50 %	0 %	25 %	25 %	Non-Coding
38	NC_017069	T	6	6	8532	8537	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
39	NC_017069	CA	3	6	8550	8555	50 %	0 %	0 %	50 %	Non-Coding
40	NC_017069	TA	3	6	8570	8575	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
41	NC_017069	TAAA	2	8	8608	8615	75 %	25 %	0 %	0 %	Non-Coding
42	NC_017069	GGC	2	6	8651	8656	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	Non-Coding
43	NC_017069	A	6	6	8671	8676	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
44	NC_017069	A	6	6	8687	8692	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
45	NC_017069	AACT	2	8	8735	8742	50 %	25 %	0 %	25 %	Non-Coding
46	NC_017069	AAT	2	6	8743	8748	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
47	NC_017069	AAAT	2	8	8784	8791	75 %	25 %	0 %	0 %	Non-Coding
48	NC_017069	AAAT	2	8	8810	8817	75 %	25 %	0 %	0 %	Non-Coding
49	NC_017069	ATA	2	6	8882	8887	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
50	NC_017069	ATA	2	6	8913	8918	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
51	NC_017069	TAG	2	6	8955	8960	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
52	NC_017069	ATA	2	6	8971	8976	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
53	NC_017069	ATAAA	2	10	9006	9015	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
54	NC_017069	AAT	2	6	9016	9021	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
55	NC_017069	TAGG	2	8	9041	9048	25 %	25 %	50 %	0 %	Non-Coding
56	NC_017069	TAGAA	2	10	9052	9061	60 %	20 %	20 %	0 %	Non-Coding
57	NC_017069	ATA	2	6	9104	9109	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
58	NC_017069	ATA	2	6	9123	9128	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
59	NC_017069	ATAA	2	8	9178	9185	75 %	25 %	0 %	0 %	Non-Coding
60	NC_017069	CA	3	6	9222	9227	50 %	0 %	0 %	50 %	Non-Coding
61	NC_017069	AAAAT	2	10	9231	9240	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
62	NC_017069	T	7	7	9246	9252	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
63	NC_017069	TAT	2	6	9258	9263	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
64	NC_017069	TGT	2	6	9273	9278	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
65	NC_017069	AACAG	2	10	9279	9288	60 %	0 %	20 %	20 %	Non-Coding
66	NC_017069	TA	3	6	9323	9328	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
67	NC_017069	AT	3	6	9467	9472	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
68	NC_017069	A	6	6	9503	9508	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
69	NC_017069	TA	3	6	9559	9564	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
70	NC_017069	TA	3	6	9880	9885	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
71	NC_017069	TTA	2	6	9907	9912	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
72	NC_017069	GCG	2	6	9922	9927	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	Non-Coding
73	NC_017069	TCG	2	6	9959	9964	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
74	NC_017069	CCGGC	2	10	9997	10006	0 %	0 %	40 %	60 %	Non-Coding
75	NC_017069	AG	4	8	10071	10078	50 %	0 %	50 %	0 %	Non-Coding
76	NC_017069	TCA	2	6	10091	10096	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
77	NC_017069	GGAG	2	8	10097	10104	25 %	0 %	75 %	0 %	Non-Coding
78	NC_017069	CAA	2	6	10435	10440	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
79	NC_017069	AGA	2	6	10442	10447	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
80	NC_017069	TAT	2	6	10449	10454	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
81	NC_017069	TAT	2	6	10473	10478	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
82	NC_017069	GGC	2	6	10848	10853	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	Non-Coding
83	NC_017069	CGC	2	6	10856	10861	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	Non-Coding
84	NC_017069	TGG	2	6	10915	10920	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	Non-Coding
85	NC_017069	G	6	6	10937	10942	0 %	0 %	100 %	0 %	Non-Coding
86	NC_017069	AGG	2	6	10977	10982	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	Non-Coding
87	NC_017069	TTA	2	6	11346	11351	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
88	NC_017069	TTTG	2	8	11431	11438	0 %	75 %	25 %	0 %	Non-Coding
89	NC_017069	T	7	7	11450	11456	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
90	NC_017069	T	8	8	11461	11468	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
91	NC_017069	AT	3	6	11518	11523	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
92	NC_017069	G	6	6	11524	11529	0 %	0 %	100 %	0 %	Non-Coding
93	NC_017069	TCC	2	6	11542	11547	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	Non-Coding
94	NC_017069	CAAA	2	8	16022	16029	75 %	0 %	0 %	25 %	Non-Coding
95	NC_017069	TTAT	2	8	16039	16046	25 %	75 %	0 %	0 %	Non-Coding
96	NC_017069	A	6	6	16097	16102	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
97	NC_017069	TAC	2	6	16291	16296	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
98	NC_017069	T	7	7	16334	16340	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
99	NC_017069	T	6	6	16347	16352	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
100	NC_017069	A	6	6	16365	16370	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
101	NC_017069	GGCT	2	8	17388	17395	0 %	25 %	50 %	25 %	Non-Coding
102	NC_017069	AGGG	2	8	17405	17412	25 %	0 %	75 %	0 %	Non-Coding
103	NC_017069	CT	3	6	19743	19748	0 %	50 %	0 %	50 %	Non-Coding
104	NC_017069	T	7	7	19759	19765	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
105	NC_017069	T	6	6	19774	19779	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
106	NC_017069	AAAAG	2	10	20587	20596	80 %	0 %	20 %	0 %	Non-Coding
107	NC_017069	T	6	6	20631	20636	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
108	NC_017069	A	6	6	21059	21064	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
109	NC_017069	ATCA	2	8	21882	21889	50 %	25 %	0 %	25 %	Non-Coding
110	NC_017069	TAT	2	6	21911	21916	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
111	NC_017069	TAA	2	6	21931	21936	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
112	NC_017069	AGG	2	6	21948	21953	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	Non-Coding
113	NC_017069	T	7	7	30168	30174	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
114	NC_017069	T	6	6	30186	30191	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
115	NC_017069	GA	3	6	31441	31446	50 %	0 %	50 %	0 %	Non-Coding
116	NC_017069	CGT	2	6	37461	37466	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
117	NC_017069	A	7	7	37471	37477	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
118	NC_017069	GAA	2	6	42630	42635	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
119	NC_017069	GGT	3	9	42638	42646	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	Non-Coding
120	NC_017069	ACG	2	6	42917	42922	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
121	NC_017069	TAAA	2	8	42966	42973	75 %	25 %	0 %	0 %	Non-Coding
122	NC_017069	AAGA	2	8	45325	45332	75 %	0 %	25 %	0 %	Non-Coding
123	NC_017069	CT	3	6	45500	45505	0 %	50 %	0 %	50 %	Non-Coding
124	NC_017069	A	7	7	45506	45512	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
125	NC_017069	TTGA	2	8	45706	45713	25 %	50 %	25 %	0 %	Non-Coding
126	NC_017069	AT	4	8	46574	46581	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
127	NC_017069	TGGT	2	8	46584	46591	0 %	50 %	50 %	0 %	Non-Coding
128	NC_017069	CTG	2	6	46693	46698	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
129	NC_017069	A	6	6	46699	46704	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
130	NC_017069	A	6	6	46715	46720	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
131	NC_017069	GCC	2	6	46721	46726	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	Non-Coding
132	NC_017069	GCCA	2	8	46795	46802	25 %	0 %	25 %	50 %	Non-Coding
133	NC_017069	CTT	2	6	46803	46808	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
134	NC_017069	T	7	7	46880	46886	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
135	NC_017069	CTG	2	6	50074	50079	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
136	NC_017069	AC	4	8	50086	50093	50 %	0 %	0 %	50 %	Non-Coding
137	NC_017069	TA	3	6	50115	50120	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
138	NC_017069	AGAA	2	8	50129	50136	75 %	0 %	25 %	0 %	Non-Coding
139	NC_017069	GCC	2	6	50648	50653	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	Non-Coding
140	NC_017069	T	7	7	50667	50673	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
141	NC_017069	TATT	2	8	50690	50697	25 %	75 %	0 %	0 %	Non-Coding
142	NC_017069	TG	3	6	50698	50703	0 %	50 %	50 %	0 %	Non-Coding
143	NC_017069	TA	3	6	50706	50711	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
144	NC_017069	TATG	2	8	50734	50741	25 %	50 %	25 %	0 %	Non-Coding
145	NC_017069	TTAT	2	8	50823	50830	25 %	75 %	0 %	0 %	Non-Coding
146	NC_017069	TA	4	8	50864	50871	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
147	NC_017069	A	7	7	50877	50883	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
148	NC_017069	ACA	2	6	52407	52412	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
149	NC_017069	CAA	2	6	52461	52466	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
150	NC_017069	ATTT	2	8	52489	52496	25 %	75 %	0 %	0 %	Non-Coding
151	NC_017069	ATTT	2	8	52505	52512	25 %	75 %	0 %	0 %	Non-Coding
152	NC_017069	TATG	2	8	52515	52522	25 %	50 %	25 %	0 %	Non-Coding
153	NC_017069	TAT	2	6	52571	52576	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
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159	NC_017069	ACA	2	6	52664	52669	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
160	NC_017069	A	6	6	52669	52674	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
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170	NC_017069	TAT	2	6	53950	53955	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
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177	NC_017069	TGTT	2	8	55151	55158	0 %	75 %	25 %	0 %	Non-Coding
178	NC_017069	TGTA	2	8	55161	55168	25 %	50 %	25 %	0 %	Non-Coding
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182	NC_017069	ACA	2	6	62853	62858	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
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188	NC_017069	GTT	2	6	63070	63075	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
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192	NC_017069	GGT	2	6	63179	63184	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	Non-Coding
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©2012. Centre for DNA Fingerprinting & Diagnostics (CDFD), Hyderabad.