MICAS: Microsatellite Analysis Server 3.0

All Non-Coding Repeats of Salmonella enterica subsp. enterica serovar Typhimurium str. UK-1 chromosome

Total Repeats: 13251

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S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Length	Start	End	A%	T%	G%	C%	Protein ID
1001	NC_016863	CA	3	6	378113	378118	50 %	0 %	0 %	50 %	Non-Coding
1002	NC_016863	CTCATT	2	12	378166	378177	16.67 %	50 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
1003	NC_016863	AATGT	2	10	378187	378196	40 %	40 %	20 %	0 %	Non-Coding
1004	NC_016863	GCA	2	6	378229	378234	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
1005	NC_016863	ATT	2	6	378289	378294	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
1006	NC_016863	TCT	2	6	378358	378363	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
1007	NC_016863	TTTC	2	8	378367	378374	0 %	75 %	0 %	25 %	Non-Coding
1008	NC_016863	TGAAA	2	10	378471	378480	60 %	20 %	20 %	0 %	Non-Coding
1009	NC_016863	TA	3	6	378499	378504	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
1010	NC_016863	CAA	2	6	384324	384329	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
1011	NC_016863	GGA	2	6	384991	384996	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	Non-Coding
1012	NC_016863	CCT	2	6	385045	385050	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	Non-Coding
1013	NC_016863	AAAC	2	8	385072	385079	75 %	0 %	0 %	25 %	Non-Coding
1014	NC_016863	TTGA	2	8	385162	385169	25 %	50 %	25 %	0 %	Non-Coding
1015	NC_016863	TC	3	6	385188	385193	0 %	50 %	0 %	50 %	Non-Coding
1016	NC_016863	ATAG	2	8	385203	385210	50 %	25 %	25 %	0 %	Non-Coding
1017	NC_016863	ATA	2	6	385279	385284	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
1018	NC_016863	T	6	6	385347	385352	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
1019	NC_016863	ATT	2	6	385462	385467	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
1020	NC_016863	T	6	6	385524	385529	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
1021	NC_016863	ATA	2	6	385537	385542	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
1022	NC_016863	GTC	2	6	385544	385549	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
1023	NC_016863	AAT	2	6	386793	386798	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
1024	NC_016863	TCA	2	6	386836	386841	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
1025	NC_016863	TC	3	6	386998	387003	0 %	50 %	0 %	50 %	Non-Coding
1026	NC_016863	AAGG	2	8	387063	387070	50 %	0 %	50 %	0 %	Non-Coding
1027	NC_016863	A	7	7	388683	388689	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
1028	NC_016863	AT	3	6	388702	388707	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
1029	NC_016863	GAA	2	6	388730	388735	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
1030	NC_016863	TGT	2	6	389976	389981	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
1031	NC_016863	T	6	6	390080	390085	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
1032	NC_016863	GATGC	2	10	390141	390150	20 %	20 %	40 %	20 %	Non-Coding
1033	NC_016863	TAA	2	6	390186	390191	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
1034	NC_016863	A	6	6	390190	390195	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
1035	NC_016863	AT	3	6	390235	390240	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
1036	NC_016863	TAA	2	6	390275	390280	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
1037	NC_016863	TG	3	6	390313	390318	0 %	50 %	50 %	0 %	Non-Coding
1038	NC_016863	TA	3	6	390344	390349	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
1039	NC_016863	ATA	2	6	390937	390942	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
1040	NC_016863	GCT	2	6	390947	390952	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
1041	NC_016863	TGA	2	6	391028	391033	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
1042	NC_016863	TTA	2	6	391938	391943	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
1043	NC_016863	AT	3	6	392348	392353	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
1044	NC_016863	GC	5	10	392363	392372	0 %	0 %	50 %	50 %	Non-Coding
1045	NC_016863	CAT	2	6	398417	398422	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
1046	NC_016863	GTC	2	6	398536	398541	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
1047	NC_016863	CA	3	6	401365	401370	50 %	0 %	0 %	50 %	Non-Coding
1048	NC_016863	CGCTT	2	10	401629	401638	0 %	40 %	20 %	40 %	Non-Coding
1049	NC_016863	TAA	2	6	401699	401704	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
1050	NC_016863	TA	3	6	401745	401750	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
1051	NC_016863	GAC	2	6	401800	401805	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
1052	NC_016863	T	6	6	401848	401853	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
1053	NC_016863	TCC	2	6	403166	403171	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	Non-Coding
1054	NC_016863	CGT	2	6	403172	403177	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
1055	NC_016863	AAC	2	6	403196	403201	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
1056	NC_016863	ATG	2	6	403210	403215	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
1057	NC_016863	ATC	2	6	403241	403246	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
1058	NC_016863	T	6	6	403253	403258	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
1059	NC_016863	ATTG	2	8	403270	403277	25 %	50 %	25 %	0 %	Non-Coding
1060	NC_016863	TGAA	2	8	408260	408267	50 %	25 %	25 %	0 %	Non-Coding
1061	NC_016863	GCC	2	6	408305	408310	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	Non-Coding
1062	NC_016863	AGCG	2	8	408315	408322	25 %	0 %	50 %	25 %	Non-Coding
1063	NC_016863	CCCGT	2	10	408350	408359	0 %	20 %	20 %	60 %	Non-Coding
1064	NC_016863	T	7	7	408455	408461	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
1065	NC_016863	CGTTT	2	10	408677	408686	0 %	60 %	20 %	20 %	Non-Coding
1066	NC_016863	TA	4	8	408727	408734	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
1067	NC_016863	GGGA	2	8	408738	408745	25 %	0 %	75 %	0 %	Non-Coding
1068	NC_016863	ATT	2	6	411402	411407	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
1069	NC_016863	CCG	2	6	412524	412529	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	Non-Coding
1070	NC_016863	T	6	6	412559	412564	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
1071	NC_016863	TAA	2	6	412621	412626	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
1072	NC_016863	TTA	2	6	415466	415471	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
1073	NC_016863	GAT	2	6	415484	415489	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
1074	NC_016863	GTT	2	6	415528	415533	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
1075	NC_016863	ACT	2	6	415578	415583	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
1076	NC_016863	GAT	2	6	415624	415629	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
1077	NC_016863	TAA	3	9	415634	415642	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
1078	NC_016863	CAT	2	6	415942	415947	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
1079	NC_016863	CGG	2	6	415969	415974	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	Non-Coding
1080	NC_016863	TATT	2	8	415978	415985	25 %	75 %	0 %	0 %	Non-Coding
1081	NC_016863	T	6	6	417722	417727	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
1082	NC_016863	T	8	8	417798	417805	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
1083	NC_016863	CTTTG	2	10	417904	417913	0 %	60 %	20 %	20 %	Non-Coding
1084	NC_016863	GCC	2	6	418868	418873	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	Non-Coding
1085	NC_016863	TACGG	2	10	418911	418920	20 %	20 %	40 %	20 %	Non-Coding
1086	NC_016863	AAT	2	6	418950	418955	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
1087	NC_016863	TTA	2	6	420145	420150	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
1088	NC_016863	GC	3	6	423638	423643	0 %	0 %	50 %	50 %	Non-Coding
1089	NC_016863	GCAG	2	8	424681	424688	25 %	0 %	50 %	25 %	Non-Coding
1090	NC_016863	CGG	4	12	424730	424741	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	Non-Coding
1091	NC_016863	CTT	2	6	424751	424756	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
1092	NC_016863	TA	3	6	424758	424763	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
1093	NC_016863	GTT	2	6	424817	424822	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
1094	NC_016863	ATT	2	6	424867	424872	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
1095	NC_016863	T	7	7	424923	424929	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
1096	NC_016863	TTA	2	6	424982	424987	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
1097	NC_016863	AAT	2	6	425029	425034	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
1098	NC_016863	CGC	2	6	425053	425058	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	Non-Coding
1099	NC_016863	CTT	2	6	425065	425070	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
1100	NC_016863	GAG	2	6	425131	425136	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	Non-Coding
1101	NC_016863	TC	3	6	428089	428094	0 %	50 %	0 %	50 %	Non-Coding
1102	NC_016863	ATT	2	6	428149	428154	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
1103	NC_016863	CGA	2	6	428829	428834	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
1104	NC_016863	GGT	2	6	430019	430024	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	Non-Coding
1105	NC_016863	TAC	2	6	430037	430042	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
1106	NC_016863	CGG	2	6	430044	430049	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	Non-Coding
1107	NC_016863	A	6	6	430072	430077	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
1108	NC_016863	A	6	6	430085	430090	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
1109	NC_016863	CGG	2	6	430096	430101	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	Non-Coding
1110	NC_016863	CTG	2	6	430170	430175	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
1111	NC_016863	TCG	2	6	430186	430191	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
1112	NC_016863	GCC	2	6	430289	430294	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	Non-Coding
1113	NC_016863	CAG	2	6	430299	430304	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
1114	NC_016863	TAA	2	6	430308	430313	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
1115	NC_016863	AAG	2	6	430318	430323	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
1116	NC_016863	GC	3	6	432695	432700	0 %	0 %	50 %	50 %	Non-Coding
1117	NC_016863	GAT	2	6	433028	433033	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
1118	NC_016863	CTCG	2	8	433223	433230	0 %	25 %	25 %	50 %	Non-Coding
1119	NC_016863	TA	3	6	435435	435440	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
1120	NC_016863	ATG	2	6	435461	435466	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
1121	NC_016863	ACC	2	6	435512	435517	33.33 %	0 %	0 %	66.67 %	Non-Coding
1122	NC_016863	GCTAA	2	10	435534	435543	40 %	20 %	20 %	20 %	Non-Coding
1123	NC_016863	AT	3	6	436841	436846	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
1124	NC_016863	ATT	2	6	436904	436909	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
1125	NC_016863	T	6	6	436911	436916	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
1126	NC_016863	TAT	2	6	436924	436929	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
1127	NC_016863	GCG	2	6	436962	436967	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	Non-Coding
1128	NC_016863	ATT	2	6	436977	436982	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
1129	NC_016863	TTC	2	6	436992	436997	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
1130	NC_016863	TTC	2	6	437038	437043	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
1131	NC_016863	TAA	2	6	437068	437073	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
1132	NC_016863	ACA	2	6	437358	437363	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
1133	NC_016863	GTT	2	6	437366	437371	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
1134	NC_016863	TCT	2	6	437417	437422	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
1135	NC_016863	TAA	2	6	437461	437466	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
1136	NC_016863	TTC	2	6	437487	437492	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
1137	NC_016863	TCAA	2	8	437548	437555	50 %	25 %	0 %	25 %	Non-Coding
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1269	NC_016863	GTTTT	2	10	501373	501382	0 %	80 %	20 %	0 %	Non-Coding
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1407	NC_016863	TGT	2	6	558525	558530	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
1408	NC_016863	T	6	6	558530	558535	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
1409	NC_016863	TA	3	6	558566	558571	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
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1411	NC_016863	TGC	2	6	558619	558624	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
1412	NC_016863	TCA	2	6	561164	561169	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
1413	NC_016863	CCT	2	6	563041	563046	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	Non-Coding
1414	NC_016863	C	6	6	563116	563121	0 %	0 %	0 %	100 %	Non-Coding
1415	NC_016863	TTA	2	6	563122	563127	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
1416	NC_016863	AAC	2	6	563161	563166	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
1417	NC_016863	GAT	2	6	564633	564638	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
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1422	NC_016863	GC	3	6	565611	565616	0 %	0 %	50 %	50 %	Non-Coding
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1425	NC_016863	ATG	2	6	570234	570239	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
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1428	NC_016863	TAG	2	6	570313	570318	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
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1430	NC_016863	ACA	2	6	570339	570344	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
1431	NC_016863	TTA	2	6	570363	570368	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
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1433	NC_016863	AC	3	6	571622	571627	50 %	0 %	0 %	50 %	Non-Coding
1434	NC_016863	GCCT	2	8	571636	571643	0 %	25 %	25 %	50 %	Non-Coding
1435	NC_016863	AC	3	6	571657	571662	50 %	0 %	0 %	50 %	Non-Coding
1436	NC_016863	CAT	2	6	571670	571675	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
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1438	NC_016863	CAG	2	6	571692	571697	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
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1443	NC_016863	CTT	2	6	577190	577195	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
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1446	NC_016863	AAT	2	6	580739	580744	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
1447	NC_016863	T	8	8	580756	580763	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
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1449	NC_016863	AAT	2	6	583025	583030	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
1450	NC_016863	CTA	2	6	583036	583041	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
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1452	NC_016863	ATTT	2	8	583056	583063	25 %	75 %	0 %	0 %	Non-Coding
1453	NC_016863	AAC	2	6	583085	583090	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
1454	NC_016863	CGT	2	6	586033	586038	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
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1461	NC_016863	A	7	7	591808	591814	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
1462	NC_016863	ATTT	2	8	591825	591832	25 %	75 %	0 %	0 %	Non-Coding
1463	NC_016863	TAAA	2	8	591862	591869	75 %	25 %	0 %	0 %	Non-Coding
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1469	NC_016863	TGCAAT	2	12	592018	592029	33.33 %	33.33 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
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1481	NC_016863	CA	3	6	599804	599809	50 %	0 %	0 %	50 %	Non-Coding
1482	NC_016863	GAT	2	6	603112	603117	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
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1500	NC_016863	AC	3	6	611665	611670	50 %	0 %	0 %	50 %	Non-Coding

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