MICAS: Microsatellite Analysis Server 3.0

All Non-Coding Repeats of Shigella sonnei 53G plasmid E

Total Repeats: 62

S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Length	Start	End	A%	T%	G%	C%	Protein ID
1	NC_016834	TGC	2	6	1283	1288	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
2	NC_016834	ATG	2	6	1308	1313	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
3	NC_016834	ATTA	2	8	2087	2094	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
4	NC_016834	A	6	6	2101	2106	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
5	NC_016834	TAT	2	6	2109	2114	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
6	NC_016834	GAAT	2	8	2212	2219	50 %	25 %	25 %	0 %	Non-Coding
7	NC_016834	ATT	2	6	3983	3988	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
8	NC_016834	TAT	2	6	4042	4047	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
9	NC_016834	CAT	2	6	4057	4062	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
10	NC_016834	AAT	2	6	4070	4075	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
11	NC_016834	GTTT	2	8	4092	4099	0 %	75 %	25 %	0 %	Non-Coding
12	NC_016834	TTA	2	6	4137	4142	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
13	NC_016834	GAT	2	6	4151	4156	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
14	NC_016834	CTT	2	6	4189	4194	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
15	NC_016834	ATA	3	9	4215	4223	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
16	NC_016834	TAA	2	6	4224	4229	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
17	NC_016834	TA	3	6	4280	4285	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
18	NC_016834	TTC	2	6	5392	5397	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
19	NC_016834	GAT	2	6	5440	5445	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
20	NC_016834	T	6	6	5463	5468	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
21	NC_016834	GGC	2	6	5501	5506	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	Non-Coding
22	NC_016834	TTGC	2	8	5534	5541	0 %	50 %	25 %	25 %	Non-Coding
23	NC_016834	AGA	2	6	5543	5548	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
24	NC_016834	TGA	2	6	5557	5562	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
25	NC_016834	A	8	8	5645	5652	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
26	NC_016834	AGGA	2	8	5657	5664	50 %	0 %	50 %	0 %	Non-Coding
27	NC_016834	AT	3	6	5675	5680	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
28	NC_016834	TAT	2	6	5726	5731	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
29	NC_016834	TAT	2	6	5735	5740	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
30	NC_016834	ACA	2	6	5763	5768	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
31	NC_016834	TAA	2	6	5789	5794	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
32	NC_016834	ATT	2	6	5808	5813	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
33	NC_016834	TTAT	2	8	5814	5821	25 %	75 %	0 %	0 %	Non-Coding
34	NC_016834	C	6	6	5877	5882	0 %	0 %	0 %	100 %	Non-Coding
35	NC_016834	TCAA	2	8	5975	5982	50 %	25 %	0 %	25 %	Non-Coding
36	NC_016834	CTG	2	6	6013	6018	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
37	NC_016834	T	6	6	6022	6027	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
38	NC_016834	AAT	2	6	6119	6124	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
39	NC_016834	TCA	3	9	6135	6143	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
40	NC_016834	TTA	2	6	6144	6149	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
41	NC_016834	T	7	7	6151	6157	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
42	NC_016834	G	6	6	6158	6163	0 %	0 %	100 %	0 %	Non-Coding
43	NC_016834	TGT	2	6	6171	6176	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
44	NC_016834	T	8	8	6176	6183	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
45	NC_016834	AAC	2	6	6213	6218	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
46	NC_016834	CATT	2	8	6357	6364	25 %	50 %	0 %	25 %	Non-Coding
47	NC_016834	GGC	2	6	6420	6425	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	Non-Coding
48	NC_016834	A	6	6	7983	7988	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
49	NC_016834	TTG	2	6	8412	8417	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
50	NC_016834	AGA	2	6	8461	8466	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
51	NC_016834	ACC	2	6	8474	8479	33.33 %	0 %	0 %	66.67 %	Non-Coding
52	NC_016834	AGCGA	2	10	8497	8506	40 %	0 %	40 %	20 %	Non-Coding
53	NC_016834	A	7	7	8520	8526	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
54	NC_016834	GCG	2	6	8529	8534	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	Non-Coding
55	NC_016834	AAAG	2	8	8558	8565	75 %	0 %	25 %	0 %	Non-Coding
56	NC_016834	GTT	2	6	8638	8643	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
57	NC_016834	T	7	7	8714	8720	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
58	NC_016834	TTCT	2	8	8729	8736	0 %	75 %	0 %	25 %	Non-Coding
59	NC_016834	T	6	6	8762	8767	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
60	NC_016834	A	11	11	8771	8781	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
61	NC_016834	A	6	6	8876	8881	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
62	NC_016834	TAC	2	6	8933	8938	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	Non-Coding

©2012. Centre for DNA Fingerprinting & Diagnostics (CDFD), Hyderabad.