MICAS: Microsatellite Analysis Server 3.0

All Non-Coding Repeats of Sulfolobus islandicus Y.N.15.51 plasmid pYN01

Total Repeats: 196

S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Length	Start	End	A%	T%	G%	C%	Protein ID
1	NC_012624	GGT	2	6	1025	1030	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	Non-Coding
2	NC_012624	GAT	2	6	1234	1239	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
3	NC_012624	TAA	2	6	1247	1252	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
4	NC_012624	ATA	3	9	2382	2390	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
5	NC_012624	A	6	6	2407	2412	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
6	NC_012624	GAT	2	6	2457	2462	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
7	NC_012624	CTGAC	2	10	2503	2512	20 %	20 %	20 %	40 %	Non-Coding
8	NC_012624	TCT	2	6	2559	2564	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
9	NC_012624	ACG	2	6	2620	2625	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
10	NC_012624	TTCT	2	8	2666	2673	0 %	75 %	0 %	25 %	Non-Coding
11	NC_012624	TAT	2	6	2702	2707	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
12	NC_012624	TAA	2	6	2712	2717	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
13	NC_012624	GAG	2	6	2736	2741	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	Non-Coding
14	NC_012624	ATG	2	6	2746	2751	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
15	NC_012624	TAA	2	6	2779	2784	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
16	NC_012624	GAATT	2	10	2807	2816	40 %	40 %	20 %	0 %	Non-Coding
17	NC_012624	ATT	2	6	2869	2874	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
18	NC_012624	TAAAA	2	10	2901	2910	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
19	NC_012624	ATG	2	6	2914	2919	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
20	NC_012624	AGA	2	6	2920	2925	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
21	NC_012624	ATA	2	6	2938	2943	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
22	NC_012624	TTTA	2	8	2952	2959	25 %	75 %	0 %	0 %	Non-Coding
23	NC_012624	AGT	2	6	3005	3010	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
24	NC_012624	T	6	6	3032	3037	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
25	NC_012624	TAC	2	6	3075	3080	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
26	NC_012624	CTA	2	6	3093	3098	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
27	NC_012624	AGG	2	6	3135	3140	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	Non-Coding
28	NC_012624	TTA	2	6	3168	3173	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
29	NC_012624	CTA	3	9	4648	4656	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
30	NC_012624	CATAA	2	10	4676	4685	60 %	20 %	0 %	20 %	Non-Coding
31	NC_012624	TTCTAC	2	12	4686	4697	16.67 %	50 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
32	NC_012624	AG	3	6	4816	4821	50 %	0 %	50 %	0 %	Non-Coding
33	NC_012624	AAGA	2	8	6816	6823	75 %	0 %	25 %	0 %	Non-Coding
34	NC_012624	AG	3	6	8973	8978	50 %	0 %	50 %	0 %	Non-Coding
35	NC_012624	A	7	7	9025	9031	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
36	NC_012624	TAA	2	6	9070	9075	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
37	NC_012624	CTT	2	6	9118	9123	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
38	NC_012624	T	6	6	9141	9146	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
39	NC_012624	TC	3	6	9149	9154	0 %	50 %	0 %	50 %	Non-Coding
40	NC_012624	TCT	2	6	9173	9178	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
41	NC_012624	CGT	2	6	9209	9214	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
42	NC_012624	TA	3	6	9242	9247	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
43	NC_012624	TGTA	2	8	9251	9258	25 %	50 %	25 %	0 %	Non-Coding
44	NC_012624	CAT	2	6	11193	11198	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
45	NC_012624	AT	3	6	11203	11208	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
46	NC_012624	TTTA	2	8	11250	11257	25 %	75 %	0 %	0 %	Non-Coding
47	NC_012624	ATA	2	6	11288	11293	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
48	NC_012624	AG	3	6	11295	11300	50 %	0 %	50 %	0 %	Non-Coding
49	NC_012624	CTT	2	6	11680	11685	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
50	NC_012624	TAT	2	6	11695	11700	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
51	NC_012624	TTC	3	9	11718	11726	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
52	NC_012624	AGA	2	6	11747	11752	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
53	NC_012624	GAG	2	6	11765	11770	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	Non-Coding
54	NC_012624	TCC	2	6	12450	12455	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	Non-Coding
55	NC_012624	CTG	2	6	12480	12485	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
56	NC_012624	TAA	2	6	13009	13014	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
57	NC_012624	AAAC	2	8	13067	13074	75 %	0 %	0 %	25 %	Non-Coding
58	NC_012624	CT	3	6	13120	13125	0 %	50 %	0 %	50 %	Non-Coding
59	NC_012624	TATT	2	8	13140	13147	25 %	75 %	0 %	0 %	Non-Coding
60	NC_012624	ACT	3	9	13148	13156	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
61	NC_012624	A	6	6	13168	13173	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
62	NC_012624	AAAAAC	2	12	13175	13186	83.33 %	0 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
63	NC_012624	ACT	2	6	13199	13204	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
64	NC_012624	T	6	6	13262	13267	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
65	NC_012624	AGAA	2	8	13296	13303	75 %	0 %	25 %	0 %	Non-Coding
66	NC_012624	CTT	2	6	13315	13320	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
67	NC_012624	TAG	3	9	13372	13380	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
68	NC_012624	TTA	2	6	13381	13386	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
69	NC_012624	AGT	2	6	13389	13394	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
70	NC_012624	TCTT	2	8	13777	13784	0 %	75 %	0 %	25 %	Non-Coding
71	NC_012624	AG	3	6	13792	13797	50 %	0 %	50 %	0 %	Non-Coding
72	NC_012624	AGA	2	6	13815	13820	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
73	NC_012624	AG	3	6	13826	13831	50 %	0 %	50 %	0 %	Non-Coding
74	NC_012624	TAA	2	6	13853	13858	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
75	NC_012624	GAAA	2	8	13869	13876	75 %	0 %	25 %	0 %	Non-Coding
76	NC_012624	T	11	11	14016	14026	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
77	NC_012624	A	7	7	14027	14033	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
78	NC_012624	TC	3	6	14075	14080	0 %	50 %	0 %	50 %	Non-Coding
79	NC_012624	AGT	2	6	14088	14093	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
80	NC_012624	GA	3	6	14102	14107	50 %	0 %	50 %	0 %	Non-Coding
81	NC_012624	TA	3	6	14114	14119	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
82	NC_012624	AAAG	2	8	14127	14134	75 %	0 %	25 %	0 %	Non-Coding
83	NC_012624	TCT	2	6	14353	14358	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
84	NC_012624	GTC	2	6	14367	14372	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
85	NC_012624	AGAGA	2	10	14439	14448	60 %	0 %	40 %	0 %	Non-Coding
86	NC_012624	AGA	2	6	14455	14460	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
87	NC_012624	A	6	6	14491	14496	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
88	NC_012624	A	6	6	14520	14525	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
89	NC_012624	AT	3	6	14584	14589	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
90	NC_012624	TAA	2	6	14598	14603	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
91	NC_012624	ATA	2	6	20204	20209	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
92	NC_012624	T	6	6	20224	20229	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
93	NC_012624	AGA	2	6	20274	20279	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
94	NC_012624	T	6	6	20293	20298	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
95	NC_012624	AGC	2	6	20377	20382	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
96	NC_012624	TAGT	2	8	20423	20430	25 %	50 %	25 %	0 %	Non-Coding
97	NC_012624	TAG	2	6	20446	20451	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
98	NC_012624	ATT	2	6	20595	20600	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
99	NC_012624	TA	3	6	20601	20606	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
100	NC_012624	TAA	2	6	20630	20635	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
101	NC_012624	AGT	2	6	20687	20692	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
102	NC_012624	TAGT	2	8	20748	20755	25 %	50 %	25 %	0 %	Non-Coding
103	NC_012624	AAG	2	6	20773	20778	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
104	NC_012624	AGTA	2	8	20847	20854	50 %	25 %	25 %	0 %	Non-Coding
105	NC_012624	AGC	2	6	20869	20874	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
106	NC_012624	AGA	2	6	20877	20882	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
107	NC_012624	AG	3	6	20898	20903	50 %	0 %	50 %	0 %	Non-Coding
108	NC_012624	TAGT	2	8	20924	20931	25 %	50 %	25 %	0 %	Non-Coding
109	NC_012624	AGAGA	2	10	20973	20982	60 %	0 %	40 %	0 %	Non-Coding
110	NC_012624	GTT	3	9	20984	20992	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
111	NC_012624	GCT	2	6	21009	21014	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
112	NC_012624	AGTA	2	8	21046	21053	50 %	25 %	25 %	0 %	Non-Coding
113	NC_012624	AGA	2	6	21099	21104	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
114	NC_012624	AGA	2	6	21119	21124	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
115	NC_012624	ATA	2	6	21358	21363	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
116	NC_012624	AAT	2	6	21385	21390	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
117	NC_012624	TAT	2	6	21451	21456	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
118	NC_012624	GAA	2	6	21477	21482	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
119	NC_012624	AAT	2	6	21486	21491	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
120	NC_012624	AACC	2	8	21504	21511	50 %	0 %	0 %	50 %	Non-Coding
121	NC_012624	AAT	2	6	21525	21530	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
122	NC_012624	ATA	2	6	21544	21549	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
123	NC_012624	TCT	2	6	21552	21557	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
124	NC_012624	AGA	2	6	21580	21585	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
125	NC_012624	AAG	2	6	21586	21591	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
126	NC_012624	AAAAG	2	10	21592	21601	80 %	0 %	20 %	0 %	Non-Coding
127	NC_012624	AAG	2	6	21603	21608	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
128	NC_012624	AGA	3	9	21619	21627	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
129	NC_012624	TGA	2	6	21632	21637	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
130	NC_012624	TTA	3	9	21642	21650	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
131	NC_012624	TAT	2	6	21698	21703	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
132	NC_012624	GCT	2	6	21774	21779	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
133	NC_012624	GAG	2	6	21818	21823	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	Non-Coding
134	NC_012624	TATT	2	8	21897	21904	25 %	75 %	0 %	0 %	Non-Coding
135	NC_012624	AGA	2	6	24937	24942	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
136	NC_012624	ATT	2	6	24945	24950	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
137	NC_012624	TCA	2	6	25004	25009	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
138	NC_012624	A	6	6	25076	25081	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
139	NC_012624	TAA	2	6	27079	27084	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
140	NC_012624	CTG	2	6	27175	27180	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
141	NC_012624	TCAAC	2	10	27190	27199	40 %	20 %	0 %	40 %	Non-Coding
142	NC_012624	TTC	2	6	27208	27213	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
143	NC_012624	TCT	3	9	27219	27227	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
144	NC_012624	TC	4	8	27308	27315	0 %	50 %	0 %	50 %	Non-Coding
145	NC_012624	TTC	2	6	27481	27486	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
146	NC_012624	TTC	2	6	27492	27497	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
147	NC_012624	TGT	2	6	27554	27559	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
148	NC_012624	ATTG	2	8	27596	27603	25 %	50 %	25 %	0 %	Non-Coding
149	NC_012624	TTG	2	6	27622	27627	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
150	NC_012624	TTG	2	6	27670	27675	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
151	NC_012624	TCT	2	6	27699	27704	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
152	NC_012624	CCTT	2	8	27720	27727	0 %	50 %	0 %	50 %	Non-Coding
153	NC_012624	AAT	2	6	27729	27734	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
154	NC_012624	TAT	2	6	27745	27750	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
155	NC_012624	AG	3	6	27817	27822	50 %	0 %	50 %	0 %	Non-Coding
156	NC_012624	GGT	2	6	27900	27905	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	Non-Coding
157	NC_012624	A	6	6	27971	27976	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
158	NC_012624	GAA	2	6	30160	30165	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
159	NC_012624	T	6	6	30184	30189	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
160	NC_012624	CTA	2	6	30207	30212	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
161	NC_012624	A	6	6	30243	30248	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
162	NC_012624	AAT	2	6	30376	30381	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
163	NC_012624	AAAT	2	8	31316	31323	75 %	25 %	0 %	0 %	Non-Coding
164	NC_012624	ATTA	2	8	31324	31331	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
165	NC_012624	CAT	2	6	31349	31354	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
166	NC_012624	AAAT	2	8	31367	31374	75 %	25 %	0 %	0 %	Non-Coding
167	NC_012624	TAC	2	6	31718	31723	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
168	NC_012624	CTAA	2	8	31788	31795	50 %	25 %	0 %	25 %	Non-Coding
169	NC_012624	TCC	2	6	31840	31845	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	Non-Coding
170	NC_012624	TGA	2	6	31874	31879	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
171	NC_012624	GTC	2	6	31901	31906	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
172	NC_012624	TCA	2	6	31942	31947	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
173	NC_012624	TAGTT	2	10	32000	32009	20 %	60 %	20 %	0 %	Non-Coding
174	NC_012624	TCC	2	6	32014	32019	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	Non-Coding
175	NC_012624	CCT	2	6	32089	32094	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	Non-Coding
176	NC_012624	TCT	2	6	32136	32141	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
177	NC_012624	ATT	2	6	32145	32150	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
178	NC_012624	TATC	2	8	32206	32213	25 %	50 %	0 %	25 %	Non-Coding
179	NC_012624	TTC	2	6	33540	33545	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
180	NC_012624	TATC	2	8	33578	33585	25 %	50 %	0 %	25 %	Non-Coding
181	NC_012624	ATT	2	6	33596	33601	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
182	NC_012624	ATT	2	6	33610	33615	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
183	NC_012624	ATA	2	6	33620	33625	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
184	NC_012624	TGT	2	6	33686	33691	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
185	NC_012624	TCCT	2	8	33698	33705	0 %	50 %	0 %	50 %	Non-Coding
186	NC_012624	TC	3	6	33706	33711	0 %	50 %	0 %	50 %	Non-Coding
187	NC_012624	ATA	3	9	35478	35486	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
188	NC_012624	TCT	2	6	35493	35498	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
189	NC_012624	TGTA	2	8	35537	35544	25 %	50 %	25 %	0 %	Non-Coding
190	NC_012624	GAA	2	6	35872	35877	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
191	NC_012624	ATTAG	2	10	35879	35888	40 %	40 %	20 %	0 %	Non-Coding
192	NC_012624	TAT	2	6	36702	36707	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
193	NC_012624	TA	3	6	36737	36742	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
194	NC_012624	CTAT	2	8	36743	36750	25 %	50 %	0 %	25 %	Non-Coding
195	NC_012624	TTA	2	6	37294	37299	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
196	NC_012624	A	6	6	40213	40218	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding

©2012. Centre for DNA Fingerprinting & Diagnostics (CDFD), Hyderabad.