MICAS: Microsatellite Analysis Server 3.0

All Non-Coding Repeats of Synechococcus sp. PCC 7002 plasmid pAQ5

Total Repeats: 155

S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Length	Start	End	A%	T%	G%	C%	Protein ID
1	NC_010479	AGTA	2	8	969	976	50 %	25 %	25 %	0 %	Non-Coding
2	NC_010479	GAG	2	6	990	995	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	Non-Coding
3	NC_010479	AGG	2	6	1054	1059	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	Non-Coding
4	NC_010479	TAT	2	6	1116	1121	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
5	NC_010479	TTG	2	6	1128	1133	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
6	NC_010479	AGA	2	6	1157	1162	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
7	NC_010479	TAA	2	6	1168	1173	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
8	NC_010479	GCT	2	6	1176	1181	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
9	NC_010479	TAAG	2	8	1210	1217	50 %	25 %	25 %	0 %	Non-Coding
10	NC_010479	CT	3	6	1307	1312	0 %	50 %	0 %	50 %	Non-Coding
11	NC_010479	CGC	2	6	1334	1339	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	Non-Coding
12	NC_010479	G	6	6	1394	1399	0 %	0 %	100 %	0 %	Non-Coding
13	NC_010479	GTC	2	6	1414	1419	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
14	NC_010479	CG	3	6	1420	1425	0 %	0 %	50 %	50 %	Non-Coding
15	NC_010479	CAC	2	6	1522	1527	33.33 %	0 %	0 %	66.67 %	Non-Coding
16	NC_010479	GCC	2	6	1573	1578	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	Non-Coding
17	NC_010479	CCA	2	6	1602	1607	33.33 %	0 %	0 %	66.67 %	Non-Coding
18	NC_010479	CCG	2	6	1716	1721	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	Non-Coding
19	NC_010479	CCT	2	6	1753	1758	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	Non-Coding
20	NC_010479	AAGC	2	8	1806	1813	50 %	0 %	25 %	25 %	Non-Coding
21	NC_010479	T	7	7	1844	1850	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
22	NC_010479	GGC	2	6	1859	1864	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	Non-Coding
23	NC_010479	TAG	2	6	1872	1877	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
24	NC_010479	AG	5	10	1876	1885	50 %	0 %	50 %	0 %	Non-Coding
25	NC_010479	GGGT	2	8	1886	1893	0 %	25 %	75 %	0 %	Non-Coding
26	NC_010479	T	7	7	1918	1924	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
27	NC_010479	T	6	6	2070	2075	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
28	NC_010479	GCGG	2	8	2208	2215	0 %	0 %	75 %	25 %	Non-Coding
29	NC_010479	CTA	2	6	2285	2290	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
30	NC_010479	TC	4	8	2416	2423	0 %	50 %	0 %	50 %	Non-Coding
31	NC_010479	AGG	2	6	2557	2562	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	Non-Coding
32	NC_010479	C	6	6	2576	2581	0 %	0 %	0 %	100 %	Non-Coding
33	NC_010479	AAC	2	6	2589	2594	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
34	NC_010479	GGGA	2	8	2962	2969	25 %	0 %	75 %	0 %	Non-Coding
35	NC_010479	CCT	2	6	3811	3816	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	Non-Coding
36	NC_010479	AGTC	2	8	4255	4262	25 %	25 %	25 %	25 %	Non-Coding
37	NC_010479	TCA	2	6	4909	4914	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
38	NC_010479	AGC	2	6	5184	5189	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
39	NC_010479	TCG	2	6	5533	5538	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
40	NC_010479	TAG	2	6	5540	5545	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
41	NC_010479	TA	3	6	5634	5639	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
42	NC_010479	A	6	6	6736	6741	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
43	NC_010479	C	6	6	6772	6777	0 %	0 %	0 %	100 %	Non-Coding
44	NC_010479	GGA	2	6	6807	6812	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	Non-Coding
45	NC_010479	AGT	2	6	7645	7650	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
46	NC_010479	CCG	2	6	7689	7694	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	Non-Coding
47	NC_010479	CAT	2	6	7710	7715	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
48	NC_010479	GA	3	6	7785	7790	50 %	0 %	50 %	0 %	Non-Coding
49	NC_010479	CAGG	2	8	7916	7923	25 %	0 %	50 %	25 %	Non-Coding
50	NC_010479	AAT	2	6	7928	7933	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
51	NC_010479	GTCC	2	8	7971	7978	0 %	25 %	25 %	50 %	Non-Coding
52	NC_010479	A	6	6	8001	8006	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
53	NC_010479	GC	3	6	8315	8320	0 %	0 %	50 %	50 %	Non-Coding
54	NC_010479	T	6	6	8399	8404	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
55	NC_010479	AACT	2	8	8446	8453	50 %	25 %	0 %	25 %	Non-Coding
56	NC_010479	ATC	2	6	9445	9450	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
57	NC_010479	CAT	2	6	9453	9458	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
58	NC_010479	CCA	2	6	9468	9473	33.33 %	0 %	0 %	66.67 %	Non-Coding
59	NC_010479	GCA	2	6	9572	9577	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
60	NC_010479	T	6	6	10281	10286	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
61	NC_010479	GGA	2	6	10302	10307	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	Non-Coding
62	NC_010479	TAT	2	6	11410	11415	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
63	NC_010479	AAG	2	6	11627	11632	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
64	NC_010479	A	7	7	11646	11652	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
65	NC_010479	TGA	2	6	11673	11678	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
66	NC_010479	TA	3	6	11759	11764	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
67	NC_010479	GCA	2	6	11812	11817	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
68	NC_010479	GAA	2	6	11934	11939	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
69	NC_010479	AAG	2	6	11960	11965	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
70	NC_010479	T	7	7	11985	11991	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
71	NC_010479	GAC	2	6	13092	13097	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
72	NC_010479	AATT	2	8	13185	13192	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
73	NC_010479	AT	3	6	13318	13323	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
74	NC_010479	A	7	7	13344	13350	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
75	NC_010479	GACA	2	8	13399	13406	50 %	0 %	25 %	25 %	Non-Coding
76	NC_010479	CCG	2	6	13571	13576	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	Non-Coding
77	NC_010479	TA	4	8	13591	13598	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
78	NC_010479	CAA	2	6	13621	13626	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
79	NC_010479	TTAGT	2	10	14411	14420	20 %	60 %	20 %	0 %	Non-Coding
80	NC_010479	T	6	6	15150	15155	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
81	NC_010479	TCT	2	6	15176	15181	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
82	NC_010479	ACCAA	2	10	15265	15274	60 %	0 %	0 %	40 %	Non-Coding
83	NC_010479	AG	3	6	15328	15333	50 %	0 %	50 %	0 %	Non-Coding
84	NC_010479	T	6	6	15355	15360	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
85	NC_010479	CGC	2	6	16912	16917	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	Non-Coding
86	NC_010479	AGTCG	2	10	17551	17560	20 %	20 %	40 %	20 %	Non-Coding
87	NC_010479	T	6	6	17587	17592	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
88	NC_010479	TCG	2	6	17624	17629	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
89	NC_010479	GTTCC	2	10	17667	17676	0 %	40 %	20 %	40 %	Non-Coding
90	NC_010479	GTTG	2	8	17712	17719	0 %	50 %	50 %	0 %	Non-Coding
91	NC_010479	GGT	2	6	17756	17761	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	Non-Coding
92	NC_010479	TGC	2	6	17786	17791	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
93	NC_010479	TGG	2	6	17821	17826	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	Non-Coding
94	NC_010479	GTT	2	6	17880	17885	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
95	NC_010479	GTT	2	6	17906	17911	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
96	NC_010479	CTG	2	6	17912	17917	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
97	NC_010479	T	8	8	17932	17939	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
98	NC_010479	TA	3	6	18854	18859	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
99	NC_010479	TGC	2	6	18860	18865	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
100	NC_010479	TC	3	6	18905	18910	0 %	50 %	0 %	50 %	Non-Coding
101	NC_010479	T	6	6	18951	18956	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
102	NC_010479	AAC	2	6	18976	18981	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
103	NC_010479	TAA	2	6	19032	19037	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
104	NC_010479	AAT	2	6	19108	19113	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
105	NC_010479	T	6	6	19140	19145	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
106	NC_010479	GTT	2	6	19182	19187	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
107	NC_010479	AAT	2	6	19254	19259	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
108	NC_010479	AGTA	2	8	19296	19303	50 %	25 %	25 %	0 %	Non-Coding
109	NC_010479	GTT	2	6	19315	19320	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
110	NC_010479	T	8	8	19323	19330	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
111	NC_010479	TAAAAA	2	12	19359	19370	83.33 %	16.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
112	NC_010479	A	6	6	19401	19406	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
113	NC_010479	T	6	6	23455	23460	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
114	NC_010479	AGTC	2	8	23479	23486	25 %	25 %	25 %	25 %	Non-Coding
115	NC_010479	AAAT	2	8	25056	25063	75 %	25 %	0 %	0 %	Non-Coding
116	NC_010479	TTA	2	6	26231	26236	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
117	NC_010479	ATAA	2	8	26312	26319	75 %	25 %	0 %	0 %	Non-Coding
118	NC_010479	CTA	2	6	27439	27444	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
119	NC_010479	AATTT	2	10	27458	27467	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
120	NC_010479	T	7	7	27465	27471	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
121	NC_010479	A	7	7	27530	27536	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
122	NC_010479	A	6	6	27552	27557	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
123	NC_010479	A	6	6	27567	27572	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
124	NC_010479	T	6	6	27619	27624	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
125	NC_010479	ATT	2	6	27633	27638	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
126	NC_010479	ACT	2	6	27654	27659	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
127	NC_010479	ATA	2	6	27665	27670	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
128	NC_010479	CTC	2	6	28567	28572	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	Non-Coding
129	NC_010479	TGA	2	6	28588	28593	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
130	NC_010479	TGCA	2	8	28646	28653	25 %	25 %	25 %	25 %	Non-Coding
131	NC_010479	CAT	2	6	28691	28696	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
132	NC_010479	TAC	2	6	28724	28729	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
133	NC_010479	GCAG	2	8	28802	28809	25 %	0 %	50 %	25 %	Non-Coding
134	NC_010479	ATT	2	6	28824	28829	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
135	NC_010479	ATT	2	6	28858	28863	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
136	NC_010479	CTTA	2	8	28889	28896	25 %	50 %	0 %	25 %	Non-Coding
137	NC_010479	CTAG	2	8	28909	28916	25 %	25 %	25 %	25 %	Non-Coding
138	NC_010479	TA	4	8	28926	28933	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
139	NC_010479	A	7	7	28956	28962	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
140	NC_010479	AAT	2	6	28977	28982	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
141	NC_010479	T	7	7	29111	29117	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
142	NC_010479	TTG	2	6	29140	29145	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
143	NC_010479	A	6	6	29200	29205	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
144	NC_010479	CTT	2	6	29245	29250	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
145	NC_010479	TGC	2	6	29265	29270	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
146	NC_010479	TCA	2	6	29274	29279	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
147	NC_010479	TGGT	2	8	29317	29324	0 %	50 %	50 %	0 %	Non-Coding
148	NC_010479	TGCT	2	8	29357	29364	0 %	50 %	25 %	25 %	Non-Coding
149	NC_010479	TTC	2	6	29381	29386	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
150	NC_010479	ATT	2	6	29401	29406	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
151	NC_010479	ACC	2	6	29416	29421	33.33 %	0 %	0 %	66.67 %	Non-Coding
152	NC_010479	A	6	6	38165	38170	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
153	NC_010479	ATC	2	6	38255	38260	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
154	NC_010479	GAG	2	6	38390	38395	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	Non-Coding
155	NC_010479	AGT	2	6	38427	38432	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding

©2012. Centre for DNA Fingerprinting & Diagnostics (CDFD), Hyderabad.