MICAS: Microsatellite Analysis Server 3.0

All Non-Coding Repeats of Synechococcus sp. PCC 7002 plasmid pAQ4

Total Repeats: 144

S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Length	Start	End	A%	T%	G%	C%	Protein ID
1	NC_010478	TTC	2	6	843	848	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
2	NC_010478	GAG	2	6	905	910	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	Non-Coding
3	NC_010478	TGA	2	6	920	925	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
4	NC_010478	TC	3	6	940	945	0 %	50 %	0 %	50 %	Non-Coding
5	NC_010478	TAC	2	6	946	951	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
6	NC_010478	TCG	2	6	1014	1019	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
7	NC_010478	ATT	2	6	1074	1079	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
8	NC_010478	CCAT	2	8	1084	1091	25 %	25 %	0 %	50 %	Non-Coding
9	NC_010478	TGCC	2	8	1115	1122	0 %	25 %	25 %	50 %	Non-Coding
10	NC_010478	GAC	2	6	1147	1152	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
11	NC_010478	TTGA	2	8	1195	1202	25 %	50 %	25 %	0 %	Non-Coding
12	NC_010478	CTA	2	6	1259	1264	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
13	NC_010478	GCAAAT	2	12	1287	1298	50 %	16.67 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
14	NC_010478	GAT	2	6	1305	1310	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
15	NC_010478	TTG	2	6	1352	1357	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
16	NC_010478	TGGT	2	8	1436	1443	0 %	50 %	50 %	0 %	Non-Coding
17	NC_010478	CCAA	2	8	1923	1930	50 %	0 %	0 %	50 %	Non-Coding
18	NC_010478	A	6	6	1954	1959	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
19	NC_010478	TGT	2	6	1996	2001	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
20	NC_010478	A	6	6	2041	2046	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
21	NC_010478	TTAG	2	8	2079	2086	25 %	50 %	25 %	0 %	Non-Coding
22	NC_010478	TGT	2	6	2122	2127	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
23	NC_010478	ACGAA	2	10	2147	2156	60 %	0 %	20 %	20 %	Non-Coding
24	NC_010478	TTGA	2	8	3267	3274	25 %	50 %	25 %	0 %	Non-Coding
25	NC_010478	CCCTCT	2	12	3296	3307	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	Non-Coding
26	NC_010478	GAAC	2	8	3338	3345	50 %	0 %	25 %	25 %	Non-Coding
27	NC_010478	A	7	7	3432	3438	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
28	NC_010478	TAG	2	6	3473	3478	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
29	NC_010478	A	8	8	3567	3574	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
30	NC_010478	TC	4	8	3581	3588	0 %	50 %	0 %	50 %	Non-Coding
31	NC_010478	AAT	2	6	3616	3621	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
32	NC_010478	TC	3	6	4705	4710	0 %	50 %	0 %	50 %	Non-Coding
33	NC_010478	CGG	2	6	4716	4721	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	Non-Coding
34	NC_010478	CTC	2	6	4754	4759	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	Non-Coding
35	NC_010478	ATT	2	6	6749	6754	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
36	NC_010478	G	6	6	6755	6760	0 %	0 %	100 %	0 %	Non-Coding
37	NC_010478	TCC	2	6	7726	7731	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	Non-Coding
38	NC_010478	A	6	6	7777	7782	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
39	NC_010478	TCA	2	6	7800	7805	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
40	NC_010478	T	6	6	7848	7853	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
41	NC_010478	AAGAT	2	10	7872	7881	60 %	20 %	20 %	0 %	Non-Coding
42	NC_010478	GAC	2	6	7908	7913	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
43	NC_010478	A	7	7	7916	7922	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
44	NC_010478	T	8	8	7944	7951	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
45	NC_010478	AT	3	6	7958	7963	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
46	NC_010478	GTT	2	6	8032	8037	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
47	NC_010478	ATGGC	2	10	8058	8067	20 %	20 %	40 %	20 %	Non-Coding
48	NC_010478	TC	3	6	8110	8115	0 %	50 %	0 %	50 %	Non-Coding
49	NC_010478	TTTC	2	8	8178	8185	0 %	75 %	0 %	25 %	Non-Coding
50	NC_010478	TCA	2	6	8207	8212	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
51	NC_010478	TAA	2	6	8246	8251	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
52	NC_010478	TGA	2	6	8256	8261	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
53	NC_010478	AGA	2	6	8305	8310	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
54	NC_010478	A	7	7	8347	8353	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
55	NC_010478	CCA	2	6	8592	8597	33.33 %	0 %	0 %	66.67 %	Non-Coding
56	NC_010478	CCA	2	6	8611	8616	33.33 %	0 %	0 %	66.67 %	Non-Coding
57	NC_010478	ACAA	2	8	8629	8636	75 %	0 %	0 %	25 %	Non-Coding
58	NC_010478	CCG	2	6	8662	8667	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	Non-Coding
59	NC_010478	A	7	7	8671	8677	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
60	NC_010478	CAA	2	6	8699	8704	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
61	NC_010478	CCT	2	6	10650	10655	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	Non-Coding
62	NC_010478	ATTT	2	8	10698	10705	25 %	75 %	0 %	0 %	Non-Coding
63	NC_010478	G	6	6	10769	10774	0 %	0 %	100 %	0 %	Non-Coding
64	NC_010478	TC	3	6	10796	10801	0 %	50 %	0 %	50 %	Non-Coding
65	NC_010478	CTG	2	6	10867	10872	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
66	NC_010478	GGT	2	6	10880	10885	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	Non-Coding
67	NC_010478	GTT	2	6	10932	10937	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
68	NC_010478	AAT	2	6	10939	10944	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
69	NC_010478	ACA	2	6	10971	10976	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
70	NC_010478	TCT	2	6	11061	11066	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
71	NC_010478	AG	3	6	11073	11078	50 %	0 %	50 %	0 %	Non-Coding
72	NC_010478	CCG	2	6	11102	11107	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	Non-Coding
73	NC_010478	T	7	7	11112	11118	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
74	NC_010478	GCT	2	6	11136	11141	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
75	NC_010478	A	6	6	11713	11718	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
76	NC_010478	GTA	2	6	11724	11729	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
77	NC_010478	TGCTGA	2	12	11939	11950	16.67 %	33.33 %	33.33 %	16.67 %	Non-Coding
78	NC_010478	TAA	2	6	12010	12015	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
79	NC_010478	TGT	2	6	12029	12034	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
80	NC_010478	TAA	2	6	12041	12046	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
81	NC_010478	T	6	6	12291	12296	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
82	NC_010478	GCC	2	6	12364	12369	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	Non-Coding
83	NC_010478	AAC	2	6	12421	12426	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
84	NC_010478	AGG	2	6	12939	12944	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	Non-Coding
85	NC_010478	GAT	2	6	13072	13077	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
86	NC_010478	TCG	2	6	13450	13455	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
87	NC_010478	TC	3	6	13530	13535	0 %	50 %	0 %	50 %	Non-Coding
88	NC_010478	ATC	2	6	13552	13557	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
89	NC_010478	AAG	2	6	13593	13598	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
90	NC_010478	CGC	2	6	13612	13617	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	Non-Coding
91	NC_010478	CGC	2	6	13764	13769	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	Non-Coding
92	NC_010478	CTG	2	6	13827	13832	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
93	NC_010478	TCA	3	9	13967	13975	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
94	NC_010478	CCA	2	6	14180	14185	33.33 %	0 %	0 %	66.67 %	Non-Coding
95	NC_010478	GGC	3	9	14237	14245	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	Non-Coding
96	NC_010478	TA	4	8	14395	14402	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
97	NC_010478	TAC	2	6	14410	14415	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
98	NC_010478	GCA	2	6	14606	14611	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
99	NC_010478	ATG	2	6	14614	14619	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
100	NC_010478	TTGGT	2	10	14678	14687	0 %	60 %	40 %	0 %	Non-Coding
101	NC_010478	GTT	2	6	15132	15137	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
102	NC_010478	AGAA	2	8	18646	18653	75 %	0 %	25 %	0 %	Non-Coding
103	NC_010478	AAT	2	6	19708	19713	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
104	NC_010478	TTG	2	6	22659	22664	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
105	NC_010478	TAA	2	6	24830	24835	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
106	NC_010478	CTT	2	6	24884	24889	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
107	NC_010478	T	6	6	24888	24893	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
108	NC_010478	CAG	2	6	24989	24994	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
109	NC_010478	TCTT	2	8	24995	25002	0 %	75 %	0 %	25 %	Non-Coding
110	NC_010478	GCA	2	6	25008	25013	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
111	NC_010478	ACTC	2	8	25030	25037	25 %	25 %	0 %	50 %	Non-Coding
112	NC_010478	GTC	2	6	25097	25102	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
113	NC_010478	TGG	2	6	25254	25259	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	Non-Coding
114	NC_010478	AT	3	6	25261	25266	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
115	NC_010478	CTT	2	6	25363	25368	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
116	NC_010478	TCC	2	6	25369	25374	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	Non-Coding
117	NC_010478	T	7	7	25406	25412	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
118	NC_010478	T	7	7	25528	25534	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
119	NC_010478	CAA	2	6	25554	25559	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
120	NC_010478	CGT	2	6	26831	26836	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
121	NC_010478	CCG	2	6	26890	26895	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	Non-Coding
122	NC_010478	ATC	2	6	28956	28961	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
123	NC_010478	ATT	2	6	29023	29028	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
124	NC_010478	CT	3	6	29049	29054	0 %	50 %	0 %	50 %	Non-Coding
125	NC_010478	CTT	2	6	29149	29154	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
126	NC_010478	TGG	2	6	29199	29204	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	Non-Coding
127	NC_010478	ATC	2	6	29210	29215	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
128	NC_010478	AAT	2	6	29248	29253	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
129	NC_010478	TTC	2	6	29714	29719	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
130	NC_010478	TCG	2	6	29736	29741	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
131	NC_010478	TGG	2	6	29801	29806	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	Non-Coding
132	NC_010478	TTC	2	6	30168	30173	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
133	NC_010478	TGG	2	6	30212	30217	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	Non-Coding
134	NC_010478	TGT	2	6	30281	30286	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
135	NC_010478	TCC	2	6	30316	30321	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	Non-Coding
136	NC_010478	T	7	7	30373	30379	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
137	NC_010478	TTG	2	6	31404	31409	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
138	NC_010478	A	6	6	31419	31424	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
139	NC_010478	CTT	2	6	31493	31498	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
140	NC_010478	GTGA	2	8	31535	31542	25 %	25 %	50 %	0 %	Non-Coding
141	NC_010478	AT	3	6	31543	31548	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
142	NC_010478	TC	3	6	31556	31561	0 %	50 %	0 %	50 %	Non-Coding
143	NC_010478	GCA	2	6	31666	31671	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
144	NC_010478	ACATT	2	10	31828	31837	40 %	40 %	0 %	20 %	Non-Coding

©2012. Centre for DNA Fingerprinting & Diagnostics (CDFD), Hyderabad.