MICAS: Microsatellite Analysis Server 3.0

All Non-Coding Repeats of Staphylococcus aureus subsp. aureus USA300_TCH1516 chromosome

Total Repeats: 14696

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S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Length	Start	End	A%	T%	G%	C%	Protein ID
1	NC_010079	ACT	2	6	1	6	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
2	NC_010079	T	7	7	13	19	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
3	NC_010079	ATT	2	6	152	157	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
4	NC_010079	AC	3	6	261	266	50 %	0 %	0 %	50 %	Non-Coding
5	NC_010079	TG	3	6	334	339	0 %	50 %	50 %	0 %	Non-Coding
6	NC_010079	GTC	2	6	345	350	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
7	NC_010079	ATTT	2	8	371	378	25 %	75 %	0 %	0 %	Non-Coding
8	NC_010079	TAA	2	6	411	416	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
9	NC_010079	TTA	2	6	442	447	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
10	NC_010079	ATT	2	6	459	464	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
11	NC_010079	GT	3	6	471	476	0 %	50 %	50 %	0 %	Non-Coding
12	NC_010079	AAGA	2	8	524	531	75 %	0 %	25 %	0 %	Non-Coding
13	NC_010079	TA	3	6	1934	1939	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
14	NC_010079	T	6	6	1962	1967	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
15	NC_010079	AC	3	6	2034	2039	50 %	0 %	0 %	50 %	Non-Coding
16	NC_010079	CCA	2	6	2098	2103	33.33 %	0 %	0 %	66.67 %	Non-Coding
17	NC_010079	CTA	3	9	2115	2123	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
18	NC_010079	TA	3	6	2143	2148	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
19	NC_010079	TA	4	8	2151	2158	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
20	NC_010079	ATAAAT	2	12	3319	3330	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
21	NC_010079	ATTA	2	8	3344	3351	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
22	NC_010079	T	6	6	3367	3372	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
23	NC_010079	AAT	2	6	3379	3384	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
24	NC_010079	GCA	2	6	3412	3417	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
25	NC_010079	TAA	2	6	3474	3479	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
26	NC_010079	TTTAAA	2	12	3496	3507	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
27	NC_010079	A	6	6	3564	3569	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
28	NC_010079	A	6	6	3590	3595	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
29	NC_010079	AATT	2	8	3600	3607	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
30	NC_010079	A	7	7	3656	3662	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
31	NC_010079	AT	3	6	3669	3674	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
32	NC_010079	TGAAC	2	10	7002	7011	40 %	20 %	20 %	20 %	Non-Coding
33	NC_010079	AGG	2	6	7018	7023	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	Non-Coding
34	NC_010079	A	6	6	9697	9702	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
35	NC_010079	AT	3	6	10648	10653	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
36	NC_010079	TAT	2	6	10673	10678	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
37	NC_010079	ATT	3	9	10693	10701	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
38	NC_010079	ATT	2	6	10759	10764	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
39	NC_010079	ACA	2	6	10775	10780	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
40	NC_010079	ATA	2	6	10818	10823	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
41	NC_010079	AAG	2	6	10878	10883	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
42	NC_010079	TAA	2	6	12504	12509	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
43	NC_010079	AT	3	6	12532	12537	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
44	NC_010079	AG	3	6	12551	12556	50 %	0 %	50 %	0 %	Non-Coding
45	NC_010079	AT	4	8	12585	12592	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
46	NC_010079	CTAC	2	8	12597	12604	25 %	25 %	0 %	50 %	Non-Coding
47	NC_010079	T	7	7	12736	12742	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
48	NC_010079	A	6	6	12750	12755	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
49	NC_010079	ACGT	2	8	12761	12768	25 %	25 %	25 %	25 %	Non-Coding
50	NC_010079	ATA	2	6	12775	12780	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
51	NC_010079	ATT	2	6	12788	12793	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
52	NC_010079	TA	3	6	14126	14131	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
53	NC_010079	ATA	2	6	14168	14173	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
54	NC_010079	GTG	2	6	14183	14188	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	Non-Coding
55	NC_010079	T	7	7	14205	14211	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
56	NC_010079	AAC	2	6	14247	14252	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
57	NC_010079	CAA	2	6	14300	14305	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
58	NC_010079	ATG	2	6	14318	14323	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
59	NC_010079	AGGAA	2	10	14369	14378	60 %	0 %	40 %	0 %	Non-Coding
60	NC_010079	GTA	2	6	14406	14411	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
61	NC_010079	GTAGG	2	10	14429	14438	20 %	20 %	60 %	0 %	Non-Coding
62	NC_010079	GAT	2	6	14446	14451	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
63	NC_010079	TCA	3	9	14487	14495	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
64	NC_010079	AAC	2	6	14527	14532	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
65	NC_010079	TAAA	2	8	14564	14571	75 %	25 %	0 %	0 %	Non-Coding
66	NC_010079	A	6	6	14569	14574	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
67	NC_010079	TAT	2	6	14697	14702	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
68	NC_010079	T	6	6	14702	14707	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
69	NC_010079	TA	3	6	14714	14719	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
70	NC_010079	AGG	2	6	14735	14740	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	Non-Coding
71	NC_010079	AAC	2	6	15909	15914	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
72	NC_010079	TCA	2	6	15936	15941	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
73	NC_010079	CTT	2	6	16080	16085	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
74	NC_010079	T	7	7	16107	16113	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
75	NC_010079	AGG	2	6	16119	16124	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	Non-Coding
76	NC_010079	AT	4	8	17104	17111	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
77	NC_010079	TAAATC	2	12	17189	17200	50 %	33.33 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
78	NC_010079	AAT	2	6	17228	17233	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
79	NC_010079	CA	3	6	17251	17256	50 %	0 %	0 %	50 %	Non-Coding
80	NC_010079	TTA	2	6	17302	17307	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
81	NC_010079	ATA	2	6	17371	17376	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
82	NC_010079	AAT	2	6	22204	22209	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
83	NC_010079	GAT	2	6	22216	22221	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
84	NC_010079	AT	3	6	22259	22264	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
85	NC_010079	TA	3	6	23754	23759	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
86	NC_010079	AGG	2	6	23808	23813	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	Non-Coding
87	NC_010079	TGCT	2	8	23823	23830	0 %	50 %	25 %	25 %	Non-Coding
88	NC_010079	TCGAT	2	10	23837	23846	20 %	40 %	20 %	20 %	Non-Coding
89	NC_010079	A	6	6	23856	23861	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
90	NC_010079	AGA	2	6	23898	23903	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
91	NC_010079	GAT	2	6	23907	23912	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
92	NC_010079	AAG	2	6	23947	23952	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
93	NC_010079	ATT	2	6	24039	24044	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
94	NC_010079	TTC	2	6	24090	24095	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
95	NC_010079	A	6	6	24096	24101	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
96	NC_010079	A	6	6	24119	24124	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
97	NC_010079	ATCT	2	8	24157	24164	25 %	50 %	0 %	25 %	Non-Coding
98	NC_010079	CGG	2	6	24215	24220	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	Non-Coding
99	NC_010079	T	6	6	24253	24258	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
100	NC_010079	GCCT	2	8	24285	24292	0 %	25 %	25 %	50 %	Non-Coding
101	NC_010079	T	7	7	24361	24367	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
102	NC_010079	ATATT	2	10	24375	24384	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
103	NC_010079	AT	3	6	24393	24398	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
104	NC_010079	TTA	2	6	24510	24515	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
105	NC_010079	TTC	2	6	24547	24552	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
106	NC_010079	CCA	2	6	24564	24569	33.33 %	0 %	0 %	66.67 %	Non-Coding
107	NC_010079	TCC	2	6	24571	24576	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	Non-Coding
108	NC_010079	AAT	2	6	24608	24613	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
109	NC_010079	ATTT	2	8	24617	24624	25 %	75 %	0 %	0 %	Non-Coding
110	NC_010079	TAT	2	6	24669	24674	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
111	NC_010079	TCA	2	6	24688	24693	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
112	NC_010079	CCG	2	6	24719	24724	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	Non-Coding
113	NC_010079	TAA	2	6	24733	24738	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
114	NC_010079	A	6	6	24737	24742	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
115	NC_010079	AT	3	6	24748	24753	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
116	NC_010079	TA	3	6	24799	24804	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
117	NC_010079	T	6	6	24873	24878	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
118	NC_010079	A	6	6	24903	24908	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
119	NC_010079	ATA	2	6	24916	24921	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
120	NC_010079	TAA	2	6	29618	29623	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
121	NC_010079	TCA	2	6	29639	29644	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
122	NC_010079	T	6	6	29666	29671	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
123	NC_010079	TAT	2	6	29684	29689	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
124	NC_010079	TAA	2	6	29806	29811	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
125	NC_010079	ATA	2	6	29880	29885	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
126	NC_010079	AG	3	6	29970	29975	50 %	0 %	50 %	0 %	Non-Coding
127	NC_010079	GAC	2	6	30835	30840	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
128	NC_010079	T	6	6	30853	30858	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
129	NC_010079	TGT	2	6	30860	30865	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
130	NC_010079	TGG	2	6	30866	30871	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	Non-Coding
131	NC_010079	TGT	2	6	30880	30885	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
132	NC_010079	TTGA	2	8	30900	30907	25 %	50 %	25 %	0 %	Non-Coding
133	NC_010079	AAT	2	6	30917	30922	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
134	NC_010079	AAT	2	6	30945	30950	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
135	NC_010079	ATCA	2	8	30960	30967	50 %	25 %	0 %	25 %	Non-Coding
136	NC_010079	AT	3	6	33346	33351	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
137	NC_010079	ATA	2	6	33357	33362	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
138	NC_010079	T	7	7	33397	33403	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
139	NC_010079	A	7	7	33407	33413	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
140	NC_010079	TAA	2	6	33457	33462	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
141	NC_010079	A	6	6	33618	33623	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
142	NC_010079	TAA	2	6	33632	33637	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
143	NC_010079	TAA	2	6	33659	33664	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
144	NC_010079	GGA	2	6	33697	33702	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	Non-Coding
145	NC_010079	T	6	6	34197	34202	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
146	NC_010079	AAG	2	6	34274	34279	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
147	NC_010079	TTTCA	2	10	34333	34342	20 %	60 %	0 %	20 %	Non-Coding
148	NC_010079	ATA	2	6	34348	34353	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
149	NC_010079	TTCT	2	8	34412	34419	0 %	75 %	0 %	25 %	Non-Coding
150	NC_010079	ATAA	2	8	34450	34457	75 %	25 %	0 %	0 %	Non-Coding
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