MICAS: Microsatellite Analysis Server 3.0

All Non-Coding Repeats of Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1 plasmid pSJH101

Total Repeats: 170

S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Length	Start	End	A%	T%	G%	C%	Protein ID
1	NC_009619	AGT	2	6	4	9	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
2	NC_009619	T	6	6	17	22	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
3	NC_009619	CCT	2	6	154	159	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	Non-Coding
4	NC_009619	CT	3	6	158	163	0 %	50 %	0 %	50 %	Non-Coding
5	NC_009619	GA	3	6	180	185	50 %	0 %	50 %	0 %	Non-Coding
6	NC_009619	TAT	3	9	196	204	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
7	NC_009619	GTC	2	6	243	248	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
8	NC_009619	TA	3	6	255	260	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
9	NC_009619	T	6	6	267	272	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
10	NC_009619	CAAGA	2	10	280	289	60 %	0 %	20 %	20 %	Non-Coding
11	NC_009619	TAT	2	6	1316	1321	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
12	NC_009619	AAT	2	6	1336	1341	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
13	NC_009619	TTC	2	6	1471	1476	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
14	NC_009619	T	6	6	1491	1496	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
15	NC_009619	TTA	2	6	1596	1601	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
16	NC_009619	ATAA	2	8	1631	1638	75 %	25 %	0 %	0 %	Non-Coding
17	NC_009619	TCG	2	6	1711	1716	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
18	NC_009619	TCG	2	6	1793	1798	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
19	NC_009619	T	7	7	1800	1806	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
20	NC_009619	AATT	2	8	1854	1861	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
21	NC_009619	CTA	2	6	1876	1881	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
22	NC_009619	T	6	6	1920	1925	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
23	NC_009619	CGA	2	6	1935	1940	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
24	NC_009619	GAAA	2	8	1950	1957	75 %	0 %	25 %	0 %	Non-Coding
25	NC_009619	AATA	2	8	1958	1965	75 %	25 %	0 %	0 %	Non-Coding
26	NC_009619	GAAA	2	8	1974	1981	75 %	0 %	25 %	0 %	Non-Coding
27	NC_009619	T	6	6	2014	2019	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
28	NC_009619	TA	3	6	2094	2099	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
29	NC_009619	AAAT	2	8	2125	2132	75 %	25 %	0 %	0 %	Non-Coding
30	NC_009619	AT	3	6	2131	2136	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
31	NC_009619	CAAAAA	2	12	2145	2156	83.33 %	0 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
32	NC_009619	CAAGA	2	10	2282	2291	60 %	0 %	20 %	20 %	Non-Coding
33	NC_009619	A	7	7	2315	2321	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
34	NC_009619	ATCTA	2	10	2328	2337	40 %	40 %	0 %	20 %	Non-Coding
35	NC_009619	ATT	2	6	2387	2392	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
36	NC_009619	AT	3	6	2627	2632	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
37	NC_009619	AAAT	2	8	2635	2642	75 %	25 %	0 %	0 %	Non-Coding
38	NC_009619	CTTA	2	8	2660	2667	25 %	50 %	0 %	25 %	Non-Coding
39	NC_009619	TTA	2	6	2683	2688	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
40	NC_009619	TTC	2	6	3518	3523	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
41	NC_009619	T	6	6	3538	3543	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
42	NC_009619	TTAT	2	8	3564	3571	25 %	75 %	0 %	0 %	Non-Coding
43	NC_009619	A	6	6	3578	3583	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
44	NC_009619	AT	3	6	3595	3600	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
45	NC_009619	TG	3	6	3611	3616	0 %	50 %	50 %	0 %	Non-Coding
46	NC_009619	TC	3	6	3718	3723	0 %	50 %	0 %	50 %	Non-Coding
47	NC_009619	TTA	2	6	3745	3750	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
48	NC_009619	AAAT	2	8	3866	3873	75 %	25 %	0 %	0 %	Non-Coding
49	NC_009619	AT	3	6	3872	3877	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
50	NC_009619	CAAA	2	8	3888	3895	75 %	0 %	0 %	25 %	Non-Coding
51	NC_009619	T	6	6	3920	3925	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
52	NC_009619	TTTAA	2	10	4035	4044	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
53	NC_009619	TACA	2	8	4185	4192	50 %	25 %	0 %	25 %	Non-Coding
54	NC_009619	T	6	6	4220	4225	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
55	NC_009619	A	7	7	4239	4245	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
56	NC_009619	ATA	2	6	4272	4277	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
57	NC_009619	T	7	7	4320	4326	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
58	NC_009619	TCA	2	6	4347	4352	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
59	NC_009619	CCA	2	6	4422	4427	33.33 %	0 %	0 %	66.67 %	Non-Coding
60	NC_009619	T	7	7	4485	4491	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
61	NC_009619	CGT	2	6	4492	4497	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
62	NC_009619	GAT	2	6	4515	4520	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
63	NC_009619	A	6	6	5556	5561	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
64	NC_009619	TAA	2	6	5592	5597	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
65	NC_009619	AGT	2	6	5737	5742	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
66	NC_009619	TAT	2	6	5766	5771	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
67	NC_009619	TAAA	2	8	5779	5786	75 %	25 %	0 %	0 %	Non-Coding
68	NC_009619	GATG	2	8	5876	5883	25 %	25 %	50 %	0 %	Non-Coding
69	NC_009619	TTTATT	2	12	5884	5895	16.67 %	83.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
70	NC_009619	TAT	2	6	5908	5913	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
71	NC_009619	TGA	2	6	5971	5976	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
72	NC_009619	AAT	2	6	6722	6727	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
73	NC_009619	TA	3	6	6766	6771	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
74	NC_009619	ATC	2	6	6788	6793	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
75	NC_009619	CAAA	2	8	6806	6813	75 %	0 %	0 %	25 %	Non-Coding
76	NC_009619	TTTCT	2	10	6951	6960	0 %	80 %	0 %	20 %	Non-Coding
77	NC_009619	TAA	2	6	6987	6992	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
78	NC_009619	CTT	2	6	7013	7018	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
79	NC_009619	TCT	2	6	7078	7083	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
80	NC_009619	AAC	2	6	7764	7769	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
81	NC_009619	AAG	2	6	7874	7879	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
82	NC_009619	AGA	2	6	7885	7890	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
83	NC_009619	ATT	2	6	7897	7902	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
84	NC_009619	ATG	2	6	7964	7969	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
85	NC_009619	TTC	2	6	7980	7985	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
86	NC_009619	ATATA	2	10	9905	9914	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
87	NC_009619	TAT	2	6	9923	9928	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
88	NC_009619	A	7	7	9954	9960	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
89	NC_009619	ATA	2	6	9967	9972	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
90	NC_009619	GAA	2	6	10060	10065	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
91	NC_009619	TCA	2	6	10075	10080	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
92	NC_009619	AAT	2	6	10143	10148	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
93	NC_009619	TCT	2	6	10155	10160	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
94	NC_009619	CTT	2	6	10166	10171	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
95	NC_009619	CAT	2	6	10256	10261	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
96	NC_009619	ATG	2	6	10265	10270	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
97	NC_009619	AATC	2	8	10311	10318	50 %	25 %	0 %	25 %	Non-Coding
98	NC_009619	ACC	2	6	10371	10376	33.33 %	0 %	0 %	66.67 %	Non-Coding
99	NC_009619	TCT	2	6	10436	10441	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
100	NC_009619	AAC	2	6	11122	11127	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
101	NC_009619	CTC	2	6	11194	11199	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	Non-Coding
102	NC_009619	TA	3	6	11201	11206	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
103	NC_009619	AGT	2	6	12689	12694	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
104	NC_009619	C	6	6	12696	12701	0 %	0 %	0 %	100 %	Non-Coding
105	NC_009619	ATT	2	6	15544	15549	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
106	NC_009619	ATT	2	6	15591	15596	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
107	NC_009619	A	6	6	15604	15609	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
108	NC_009619	ATAA	2	8	16908	16915	75 %	25 %	0 %	0 %	Non-Coding
109	NC_009619	TA	3	6	16934	16939	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
110	NC_009619	AT	3	6	16968	16973	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
111	NC_009619	AGA	2	6	16974	16979	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
112	NC_009619	AAG	2	6	16980	16985	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
113	NC_009619	ACT	2	6	17358	17363	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
114	NC_009619	CT	3	6	17362	17367	0 %	50 %	0 %	50 %	Non-Coding
115	NC_009619	TAC	2	6	18192	18197	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
116	NC_009619	ATC	2	6	18244	18249	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
117	NC_009619	GAT	2	6	18261	18266	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
118	NC_009619	ATA	2	6	18267	18272	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
119	NC_009619	GTC	2	6	18278	18283	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
120	NC_009619	TC	3	6	18286	18291	0 %	50 %	0 %	50 %	Non-Coding
121	NC_009619	AG	3	6	18310	18315	50 %	0 %	50 %	0 %	Non-Coding
122	NC_009619	A	6	6	18443	18448	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
123	NC_009619	TCAT	2	8	18546	18553	25 %	50 %	0 %	25 %	Non-Coding
124	NC_009619	ATT	2	6	18567	18572	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
125	NC_009619	TCTA	2	8	18573	18580	25 %	50 %	0 %	25 %	Non-Coding
126	NC_009619	TCT	2	6	18687	18692	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
127	NC_009619	T	6	6	19406	19411	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
128	NC_009619	AAC	2	6	19466	19471	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
129	NC_009619	AAT	2	6	19479	19484	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
130	NC_009619	AGG	2	6	19487	19492	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	Non-Coding
131	NC_009619	TTATT	2	10	20156	20165	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
132	NC_009619	AAT	2	6	21454	21459	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
133	NC_009619	TAT	2	6	21976	21981	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
134	NC_009619	TATT	2	8	21991	21998	25 %	75 %	0 %	0 %	Non-Coding
135	NC_009619	AT	3	6	22041	22046	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
136	NC_009619	TAA	2	6	22062	22067	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
137	NC_009619	CCT	2	6	24936	24941	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	Non-Coding
138	NC_009619	T	6	6	24996	25001	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
139	NC_009619	ATAC	2	8	25032	25039	50 %	25 %	0 %	25 %	Non-Coding
140	NC_009619	AG	3	6	25056	25061	50 %	0 %	50 %	0 %	Non-Coding
141	NC_009619	TAA	2	6	25100	25105	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
142	NC_009619	TAA	2	6	25137	25142	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
143	NC_009619	TAT	2	6	25166	25171	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
144	NC_009619	ATA	2	6	26780	26785	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
145	NC_009619	TA	3	6	27380	27385	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
146	NC_009619	ATA	2	6	28282	28287	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
147	NC_009619	TAT	2	6	28313	28318	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
148	NC_009619	TAT	2	6	28325	28330	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
149	NC_009619	TAT	2	6	28374	28379	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
150	NC_009619	ATTT	2	8	28387	28394	25 %	75 %	0 %	0 %	Non-Coding
151	NC_009619	TA	3	6	28427	28432	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
152	NC_009619	A	6	6	28434	28439	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
153	NC_009619	ATAA	2	8	28442	28449	75 %	25 %	0 %	0 %	Non-Coding
154	NC_009619	TCA	2	6	28476	28481	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
155	NC_009619	T	6	6	28519	28524	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
156	NC_009619	AAT	2	6	28541	28546	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
157	NC_009619	AT	3	6	28551	28556	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
158	NC_009619	T	6	6	28588	28593	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
159	NC_009619	ATA	2	6	28618	28623	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
160	NC_009619	TAT	2	6	28647	28652	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
161	NC_009619	TAG	2	6	28681	28686	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
162	NC_009619	AT	3	6	28719	28724	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
163	NC_009619	TAAGC	2	10	28728	28737	40 %	20 %	20 %	20 %	Non-Coding
164	NC_009619	T	6	6	28777	28782	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
165	NC_009619	CT	3	6	29224	29229	0 %	50 %	0 %	50 %	Non-Coding
166	NC_009619	TATCA	2	10	29253	29262	40 %	40 %	0 %	20 %	Non-Coding
167	NC_009619	CAA	2	6	29291	29296	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
168	NC_009619	TAA	2	6	29332	29337	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
169	NC_009619	CTA	2	6	30362	30367	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
170	NC_009619	TA	3	6	30383	30388	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding

©2012. Centre for DNA Fingerprinting & Diagnostics (CDFD), Hyderabad.