MICAS: Microsatellite Analysis Server 3.0

All Non-Coding Repeats of Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9 plasmid pSJH901

Total Repeats: 182

S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Length	Start	End	A%	T%	G%	C%	Protein ID
1	NC_009477	ATAA	2	8	1288	1295	75 %	25 %	0 %	0 %	Non-Coding
2	NC_009477	TA	3	6	1314	1319	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
3	NC_009477	AT	3	6	1348	1353	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
4	NC_009477	AGA	2	6	1354	1359	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
5	NC_009477	AAG	2	6	1360	1365	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
6	NC_009477	ACT	2	6	1738	1743	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
7	NC_009477	CT	3	6	1742	1747	0 %	50 %	0 %	50 %	Non-Coding
8	NC_009477	TAC	2	6	2572	2577	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
9	NC_009477	ATC	2	6	2624	2629	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
10	NC_009477	GAT	2	6	2641	2646	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
11	NC_009477	ATA	2	6	2647	2652	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
12	NC_009477	GTC	2	6	2658	2663	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
13	NC_009477	TC	3	6	2666	2671	0 %	50 %	0 %	50 %	Non-Coding
14	NC_009477	AG	3	6	2690	2695	50 %	0 %	50 %	0 %	Non-Coding
15	NC_009477	TCA	2	6	2743	2748	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
16	NC_009477	TAT	2	6	2756	2761	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
17	NC_009477	AAT	2	6	2793	2798	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
18	NC_009477	A	6	6	2823	2828	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
19	NC_009477	TCAT	2	8	2926	2933	25 %	50 %	0 %	25 %	Non-Coding
20	NC_009477	ATT	2	6	2947	2952	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
21	NC_009477	TCTA	2	8	2953	2960	25 %	50 %	0 %	25 %	Non-Coding
22	NC_009477	TCT	2	6	3067	3072	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
23	NC_009477	T	6	6	3786	3791	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
24	NC_009477	AAC	2	6	3846	3851	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
25	NC_009477	AAT	2	6	3859	3864	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
26	NC_009477	AGG	2	6	3867	3872	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	Non-Coding
27	NC_009477	TTATT	2	10	4536	4545	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
28	NC_009477	AAT	2	6	5834	5839	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
29	NC_009477	TAT	2	6	6356	6361	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
30	NC_009477	TATT	2	8	6371	6378	25 %	75 %	0 %	0 %	Non-Coding
31	NC_009477	AT	3	6	6421	6426	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
32	NC_009477	TAA	2	6	6442	6447	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
33	NC_009477	CCT	2	6	9316	9321	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	Non-Coding
34	NC_009477	T	6	6	9376	9381	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
35	NC_009477	ATAC	2	8	9412	9419	50 %	25 %	0 %	25 %	Non-Coding
36	NC_009477	AG	3	6	9436	9441	50 %	0 %	50 %	0 %	Non-Coding
37	NC_009477	TAA	2	6	9480	9485	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
38	NC_009477	TAA	2	6	9517	9522	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
39	NC_009477	TAT	2	6	9546	9551	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
40	NC_009477	CTT	2	6	11707	11712	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
41	NC_009477	TAA	2	6	11724	11729	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
42	NC_009477	TA	3	6	11761	11766	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
43	NC_009477	ATA	2	6	12663	12668	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
44	NC_009477	TAT	2	6	12694	12699	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
45	NC_009477	TAT	2	6	12706	12711	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
46	NC_009477	TAT	2	6	12755	12760	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
47	NC_009477	ATTT	2	8	12768	12775	25 %	75 %	0 %	0 %	Non-Coding
48	NC_009477	TA	3	6	12808	12813	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
49	NC_009477	A	6	6	12815	12820	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
50	NC_009477	ATAA	2	8	12823	12830	75 %	25 %	0 %	0 %	Non-Coding
51	NC_009477	TCA	2	6	12857	12862	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
52	NC_009477	T	6	6	12900	12905	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
53	NC_009477	AAT	2	6	12922	12927	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
54	NC_009477	AT	3	6	12932	12937	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
55	NC_009477	T	6	6	12969	12974	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
56	NC_009477	ATA	2	6	12999	13004	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
57	NC_009477	TAT	2	6	13028	13033	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
58	NC_009477	TAG	2	6	13062	13067	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
59	NC_009477	AT	3	6	13100	13105	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
60	NC_009477	TAAGC	2	10	13109	13118	40 %	20 %	20 %	20 %	Non-Coding
61	NC_009477	T	6	6	13158	13163	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
62	NC_009477	CT	3	6	13605	13610	0 %	50 %	0 %	50 %	Non-Coding
63	NC_009477	TATCA	2	10	13634	13643	40 %	40 %	0 %	20 %	Non-Coding
64	NC_009477	CAA	2	6	13672	13677	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
65	NC_009477	TAA	2	6	13713	13718	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
66	NC_009477	CTA	2	6	14743	14748	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
67	NC_009477	TA	3	6	14764	14769	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
68	NC_009477	AGT	2	6	14814	14819	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
69	NC_009477	ATTA	2	8	14856	14863	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
70	NC_009477	TTG	2	6	14865	14870	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
71	NC_009477	ACAGC	2	10	14901	14910	40 %	0 %	20 %	40 %	Non-Coding
72	NC_009477	TGA	2	6	14914	14919	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
73	NC_009477	ATG	2	6	14928	14933	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
74	NC_009477	CCT	2	6	14963	14968	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	Non-Coding
75	NC_009477	CT	3	6	14967	14972	0 %	50 %	0 %	50 %	Non-Coding
76	NC_009477	GA	3	6	14989	14994	50 %	0 %	50 %	0 %	Non-Coding
77	NC_009477	TAT	3	9	15005	15013	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
78	NC_009477	GTC	2	6	15052	15057	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
79	NC_009477	TA	3	6	15064	15069	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
80	NC_009477	T	6	6	15076	15081	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
81	NC_009477	CAAGA	2	10	15089	15098	60 %	0 %	20 %	20 %	Non-Coding
82	NC_009477	TAT	2	6	16125	16130	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
83	NC_009477	AAT	2	6	16145	16150	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
84	NC_009477	TTC	2	6	16280	16285	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
85	NC_009477	T	6	6	16300	16305	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
86	NC_009477	TTA	2	6	16405	16410	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
87	NC_009477	ATAA	2	8	16440	16447	75 %	25 %	0 %	0 %	Non-Coding
88	NC_009477	TCG	2	6	16520	16525	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
89	NC_009477	TCG	2	6	16602	16607	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
90	NC_009477	T	7	7	16609	16615	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
91	NC_009477	AATT	2	8	16663	16670	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
92	NC_009477	CTA	2	6	16685	16690	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
93	NC_009477	T	6	6	16729	16734	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
94	NC_009477	CGA	2	6	16744	16749	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
95	NC_009477	GAAA	2	8	16759	16766	75 %	0 %	25 %	0 %	Non-Coding
96	NC_009477	AATA	2	8	16767	16774	75 %	25 %	0 %	0 %	Non-Coding
97	NC_009477	GAAA	2	8	16783	16790	75 %	0 %	25 %	0 %	Non-Coding
98	NC_009477	T	6	6	16823	16828	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
99	NC_009477	TA	3	6	16903	16908	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
100	NC_009477	AAAT	2	8	16934	16941	75 %	25 %	0 %	0 %	Non-Coding
101	NC_009477	AT	3	6	16940	16945	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
102	NC_009477	CAAAAA	2	12	16954	16965	83.33 %	0 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
103	NC_009477	CAAGA	2	10	17091	17100	60 %	0 %	20 %	20 %	Non-Coding
104	NC_009477	A	7	7	17124	17130	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
105	NC_009477	ATCTA	2	10	17137	17146	40 %	40 %	0 %	20 %	Non-Coding
106	NC_009477	ATT	2	6	17196	17201	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
107	NC_009477	CTTT	2	8	17212	17219	0 %	75 %	0 %	25 %	Non-Coding
108	NC_009477	A	7	7	17279	17285	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
109	NC_009477	TCA	2	6	17300	17305	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
110	NC_009477	TAAAA	2	10	17311	17320	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
111	NC_009477	A	6	6	17317	17322	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
112	NC_009477	TA	3	6	17377	17382	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
113	NC_009477	TCAT	2	8	17396	17403	25 %	50 %	0 %	25 %	Non-Coding
114	NC_009477	AT	3	6	17436	17441	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
115	NC_009477	AAAT	2	8	17444	17451	75 %	25 %	0 %	0 %	Non-Coding
116	NC_009477	CTTA	2	8	17469	17476	25 %	50 %	0 %	25 %	Non-Coding
117	NC_009477	TTA	2	6	17492	17497	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
118	NC_009477	TTC	2	6	18327	18332	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
119	NC_009477	T	6	6	18347	18352	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
120	NC_009477	TTAT	2	8	18373	18380	25 %	75 %	0 %	0 %	Non-Coding
121	NC_009477	A	6	6	18387	18392	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
122	NC_009477	AT	3	6	18404	18409	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
123	NC_009477	TG	3	6	18420	18425	0 %	50 %	50 %	0 %	Non-Coding
124	NC_009477	TC	3	6	18527	18532	0 %	50 %	0 %	50 %	Non-Coding
125	NC_009477	TTA	2	6	18554	18559	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
126	NC_009477	AAAT	2	8	18675	18682	75 %	25 %	0 %	0 %	Non-Coding
127	NC_009477	AT	3	6	18681	18686	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
128	NC_009477	CAAA	2	8	18697	18704	75 %	0 %	0 %	25 %	Non-Coding
129	NC_009477	T	6	6	18729	18734	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
130	NC_009477	TTTAA	2	10	18844	18853	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
131	NC_009477	TACA	2	8	18994	19001	50 %	25 %	0 %	25 %	Non-Coding
132	NC_009477	T	6	6	19029	19034	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
133	NC_009477	A	7	7	19048	19054	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
134	NC_009477	ATA	2	6	19081	19086	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
135	NC_009477	T	7	7	19129	19135	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
136	NC_009477	TCA	2	6	19156	19161	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
137	NC_009477	CCA	2	6	19231	19236	33.33 %	0 %	0 %	66.67 %	Non-Coding
138	NC_009477	T	7	7	19294	19300	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
139	NC_009477	CGT	2	6	19301	19306	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
140	NC_009477	GAT	2	6	19324	19329	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
141	NC_009477	A	6	6	20365	20370	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
142	NC_009477	TAA	2	6	20401	20406	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
143	NC_009477	TTTA	2	8	20413	20420	25 %	75 %	0 %	0 %	Non-Coding
144	NC_009477	ATTT	2	8	20428	20435	25 %	75 %	0 %	0 %	Non-Coding
145	NC_009477	ATT	2	6	20462	20467	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
146	NC_009477	TA	3	6	20471	20476	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
147	NC_009477	TA	3	6	20494	20499	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
148	NC_009477	TTA	2	6	20521	20526	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
149	NC_009477	AGT	2	6	20546	20551	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
150	NC_009477	TAT	2	6	20575	20580	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
151	NC_009477	TAAA	2	8	20588	20595	75 %	25 %	0 %	0 %	Non-Coding
152	NC_009477	GATG	2	8	20685	20692	25 %	25 %	50 %	0 %	Non-Coding
153	NC_009477	TTTATT	2	12	20693	20704	16.67 %	83.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
154	NC_009477	TAT	2	6	20717	20722	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
155	NC_009477	TGA	2	6	20780	20785	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
156	NC_009477	AAT	2	6	21531	21536	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
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181	NC_009477	ATT	2	6	30400	30405	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
182	NC_009477	A	6	6	30413	30418	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding

©2012. Centre for DNA Fingerprinting & Diagnostics (CDFD), Hyderabad.