MICAS: Microsatellite Analysis Server 3.0

All Non-Coding Repeats of Streptococcus suis 98HAH33

Total Repeats: 5890

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S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Length	Start	End	A%	T%	G%	C%	Protein ID
1	NC_009443	T	6	6	1387	1392	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
2	NC_009443	A	6	6	1393	1398	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
3	NC_009443	T	6	6	1404	1409	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
4	NC_009443	TCA	2	6	1454	1459	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
5	NC_009443	ACT	2	6	1482	1487	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
6	NC_009443	ATA	2	6	1507	1512	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
7	NC_009443	ATA	2	6	2664	2669	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
8	NC_009443	A	6	6	2707	2712	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
9	NC_009443	TA	3	6	2731	2736	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
10	NC_009443	ACT	2	6	3863	3868	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
11	NC_009443	A	6	6	3932	3937	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
12	NC_009443	GAG	2	6	3938	3943	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	Non-Coding
13	NC_009443	TTC	2	6	5530	5535	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
14	NC_009443	GTT	2	6	5536	5541	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
15	NC_009443	GAT	2	6	5615	5620	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
16	NC_009443	TTGG	2	8	5624	5631	0 %	50 %	50 %	0 %	Non-Coding
17	NC_009443	AAT	2	6	9761	9766	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
18	NC_009443	GAAG	2	8	9838	9845	50 %	0 %	50 %	0 %	Non-Coding
19	NC_009443	AGG	2	6	10523	10528	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	Non-Coding
20	NC_009443	AAC	2	6	13083	13088	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
21	NC_009443	CTA	2	6	13644	13649	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
22	NC_009443	T	6	6	15718	15723	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
23	NC_009443	TTAT	2	8	15774	15781	25 %	75 %	0 %	0 %	Non-Coding
24	NC_009443	A	6	6	15866	15871	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
25	NC_009443	CAA	2	6	15945	15950	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
26	NC_009443	GAA	2	6	16533	16538	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
27	NC_009443	A	6	6	16549	16554	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
28	NC_009443	A	6	6	16583	16588	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
29	NC_009443	A	6	6	16593	16598	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
30	NC_009443	GAT	2	6	16621	16626	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
31	NC_009443	A	6	6	16672	16677	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
32	NC_009443	AGA	2	6	16706	16711	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
33	NC_009443	A	7	7	16761	16767	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
34	NC_009443	A	6	6	16773	16778	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
35	NC_009443	AGA	2	6	16860	16865	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
36	NC_009443	ACAAA	2	10	16912	16921	80 %	0 %	0 %	20 %	Non-Coding
37	NC_009443	GGC	2	6	17005	17010	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	Non-Coding
38	NC_009443	GCA	2	6	17324	17329	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
39	NC_009443	CGC	2	6	17371	17376	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	Non-Coding
40	NC_009443	GTGA	2	8	17377	17384	25 %	25 %	50 %	0 %	Non-Coding
41	NC_009443	TGT	2	6	17410	17415	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
42	NC_009443	AGA	2	6	17419	17424	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
43	NC_009443	AGA	2	6	17431	17436	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
44	NC_009443	CAG	2	6	17493	17498	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
45	NC_009443	AGCG	2	8	17548	17555	25 %	0 %	50 %	25 %	Non-Coding
46	NC_009443	AT	3	6	17677	17682	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
47	NC_009443	GGA	2	6	17683	17688	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	Non-Coding
48	NC_009443	CT	3	6	17708	17713	0 %	50 %	0 %	50 %	Non-Coding
49	NC_009443	GAA	2	6	17947	17952	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
50	NC_009443	GGT	2	6	18021	18026	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	Non-Coding
51	NC_009443	GTC	2	6	18035	18040	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
52	NC_009443	TCGTG	2	10	18044	18053	0 %	40 %	40 %	20 %	Non-Coding
53	NC_009443	CAT	2	6	18103	18108	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
54	NC_009443	TAA	2	6	18138	18143	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
55	NC_009443	GGA	2	6	18147	18152	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	Non-Coding
56	NC_009443	ATC	2	6	18171	18176	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
57	NC_009443	AC	3	6	18198	18203	50 %	0 %	0 %	50 %	Non-Coding
58	NC_009443	CGC	2	6	18337	18342	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	Non-Coding
59	NC_009443	AC	3	6	18367	18372	50 %	0 %	0 %	50 %	Non-Coding
60	NC_009443	CAC	2	6	18382	18387	33.33 %	0 %	0 %	66.67 %	Non-Coding
61	NC_009443	AGCC	2	8	18430	18437	25 %	0 %	25 %	50 %	Non-Coding
62	NC_009443	GAT	2	6	18453	18458	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
63	NC_009443	CCT	2	6	18509	18514	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	Non-Coding
64	NC_009443	TCT	2	6	18544	18549	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
65	NC_009443	AGG	2	6	18610	18615	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	Non-Coding
66	NC_009443	AAC	2	6	18645	18650	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
67	NC_009443	GTT	2	6	18655	18660	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
68	NC_009443	A	6	6	18790	18795	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
69	NC_009443	ATC	2	6	18848	18853	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
70	NC_009443	AGT	2	6	18856	18861	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
71	NC_009443	GTTAA	2	10	18923	18932	40 %	40 %	20 %	0 %	Non-Coding
72	NC_009443	ACG	2	6	18986	18991	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
73	NC_009443	GTAA	2	8	19009	19016	50 %	25 %	25 %	0 %	Non-Coding
74	NC_009443	TCAC	2	8	19066	19073	25 %	25 %	0 %	50 %	Non-Coding
75	NC_009443	TAG	2	6	19157	19162	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
76	NC_009443	GCGA	2	8	19165	19172	25 %	0 %	50 %	25 %	Non-Coding
77	NC_009443	AGG	2	6	19179	19184	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	Non-Coding
78	NC_009443	GAG	2	6	19192	19197	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	Non-Coding
79	NC_009443	CTC	2	6	19202	19207	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	Non-Coding
80	NC_009443	AGA	2	6	19243	19248	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
81	NC_009443	AG	3	6	19271	19276	50 %	0 %	50 %	0 %	Non-Coding
82	NC_009443	T	6	6	19299	19304	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
83	NC_009443	TCG	2	6	19346	19351	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
84	NC_009443	GGA	2	6	19359	19364	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	Non-Coding
85	NC_009443	CT	3	6	19385	19390	0 %	50 %	0 %	50 %	Non-Coding
86	NC_009443	ACA	2	6	19477	19482	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
87	NC_009443	ATG	2	6	19544	19549	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
88	NC_009443	TAT	2	6	19609	19614	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
89	NC_009443	GGA	2	6	19677	19682	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	Non-Coding
90	NC_009443	TC	3	6	19763	19768	0 %	50 %	0 %	50 %	Non-Coding
91	NC_009443	ACC	2	6	19943	19948	33.33 %	0 %	0 %	66.67 %	Non-Coding
92	NC_009443	AAT	2	6	19963	19968	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
93	NC_009443	AGC	2	6	20023	20028	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
94	NC_009443	ATTC	2	8	20030	20037	25 %	50 %	0 %	25 %	Non-Coding
95	NC_009443	TG	3	6	20155	20160	0 %	50 %	50 %	0 %	Non-Coding
96	NC_009443	AAG	2	6	20161	20166	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
97	NC_009443	GAG	2	6	20176	20181	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	Non-Coding
98	NC_009443	GA	3	6	20306	20311	50 %	0 %	50 %	0 %	Non-Coding
99	NC_009443	ACA	2	6	20332	20337	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
100	NC_009443	CTAA	2	8	20387	20394	50 %	25 %	0 %	25 %	Non-Coding
101	NC_009443	GA	3	6	20602	20607	50 %	0 %	50 %	0 %	Non-Coding
102	NC_009443	CT	3	6	20718	20723	0 %	50 %	0 %	50 %	Non-Coding
103	NC_009443	GAT	2	6	20736	20741	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
104	NC_009443	G	6	6	20747	20752	0 %	0 %	100 %	0 %	Non-Coding
105	NC_009443	AGG	2	6	20779	20784	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	Non-Coding
106	NC_009443	CGG	2	6	20825	20830	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	Non-Coding
107	NC_009443	GA	3	6	20923	20928	50 %	0 %	50 %	0 %	Non-Coding
108	NC_009443	TAGG	2	8	21041	21048	25 %	25 %	50 %	0 %	Non-Coding
109	NC_009443	TAC	2	6	21095	21100	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
110	NC_009443	CCT	2	6	21183	21188	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	Non-Coding
111	NC_009443	GGT	2	6	21319	21324	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	Non-Coding
112	NC_009443	TCG	2	6	21434	21439	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
113	NC_009443	CGT	2	6	21514	21519	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
114	NC_009443	GA	3	6	21738	21743	50 %	0 %	50 %	0 %	Non-Coding
115	NC_009443	TGGAAG	2	12	21761	21772	33.33 %	16.67 %	50 %	0 %	Non-Coding
116	NC_009443	AGT	2	6	21905	21910	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
117	NC_009443	CAG	2	6	21956	21961	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
118	NC_009443	AGT	2	6	21982	21987	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
119	NC_009443	AATC	2	8	22187	22194	50 %	25 %	0 %	25 %	Non-Coding
120	NC_009443	ACC	2	6	22505	22510	33.33 %	0 %	0 %	66.67 %	Non-Coding
121	NC_009443	CGT	2	6	22542	22547	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
122	NC_009443	ATTAT	2	10	22856	22865	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
123	NC_009443	CGC	2	6	22935	22940	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	Non-Coding
124	NC_009443	TA	3	6	22941	22946	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
125	NC_009443	AT	3	6	23032	23037	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
126	NC_009443	GGA	2	6	23039	23044	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	Non-Coding
127	NC_009443	GCGT	2	8	23098	23105	0 %	25 %	50 %	25 %	Non-Coding
128	NC_009443	TCC	2	6	23122	23127	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	Non-Coding
129	NC_009443	CTA	2	6	23132	23137	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
130	NC_009443	AGC	2	6	23149	23154	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
131	NC_009443	TCG	2	6	23163	23168	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
132	NC_009443	CGG	2	6	23275	23280	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	Non-Coding
133	NC_009443	TAT	2	6	23323	23328	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
134	NC_009443	GGT	2	6	23381	23386	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	Non-Coding
135	NC_009443	ATATT	2	10	23405	23414	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
136	NC_009443	AT	3	6	23558	23563	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
137	NC_009443	TTTAT	2	10	24436	24445	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
138	NC_009443	GGTC	2	8	24482	24489	0 %	25 %	50 %	25 %	Non-Coding
139	NC_009443	ATT	2	6	24492	24497	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
140	NC_009443	T	6	6	24533	24538	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
141	NC_009443	ATT	2	6	24567	24572	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
142	NC_009443	CTA	2	6	24632	24637	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
143	NC_009443	TCT	2	6	24671	24676	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
144	NC_009443	TAG	2	6	24722	24727	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
145	NC_009443	TTA	2	6	24746	24751	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
146	NC_009443	TAA	2	6	24810	24815	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
147	NC_009443	ATT	2	6	24867	24872	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
148	NC_009443	AACA	2	8	24891	24898	75 %	0 %	0 %	25 %	Non-Coding
149	NC_009443	TAA	2	6	24912	24917	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
150	NC_009443	T	7	7	24939	24945	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
151	NC_009443	TTTG	2	8	26286	26293	0 %	75 %	25 %	0 %	Non-Coding
152	NC_009443	AT	3	6	26333	26338	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
153	NC_009443	AGG	2	6	26339	26344	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	Non-Coding
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155	NC_009443	T	6	6	27345	27350	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
156	NC_009443	ATTT	2	8	27353	27360	25 %	75 %	0 %	0 %	Non-Coding
157	NC_009443	TAT	2	6	27369	27374	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
158	NC_009443	T	6	6	30618	30623	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
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160	NC_009443	TGT	2	6	30642	30647	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
161	NC_009443	TG	3	6	30660	30665	0 %	50 %	50 %	0 %	Non-Coding
162	NC_009443	T	6	6	39826	39831	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
163	NC_009443	AATA	2	8	43613	43620	75 %	25 %	0 %	0 %	Non-Coding
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165	NC_009443	AATA	2	8	46213	46220	75 %	25 %	0 %	0 %	Non-Coding
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170	NC_009443	T	6	6	46495	46500	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
171	NC_009443	A	8	8	46502	46509	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
172	NC_009443	AC	3	6	46563	46568	50 %	0 %	0 %	50 %	Non-Coding
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176	NC_009443	TAT	2	6	46826	46831	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
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180	NC_009443	ATT	2	6	46929	46934	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
181	NC_009443	AAG	2	6	46936	46941	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
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185	NC_009443	GCTT	2	8	47872	47879	0 %	50 %	25 %	25 %	Non-Coding
186	NC_009443	CCTA	2	8	47958	47965	25 %	25 %	0 %	50 %	Non-Coding
187	NC_009443	TAT	2	6	47971	47976	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
188	NC_009443	GACC	2	8	52226	52233	25 %	0 %	25 %	50 %	Non-Coding
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193	NC_009443	GAAT	2	8	52534	52541	50 %	25 %	25 %	0 %	Non-Coding
194	NC_009443	TA	3	6	52712	52717	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
195	NC_009443	TC	3	6	55198	55203	0 %	50 %	0 %	50 %	Non-Coding
196	NC_009443	TTTTG	2	10	55283	55292	0 %	80 %	20 %	0 %	Non-Coding
197	NC_009443	TAA	2	6	55309	55314	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
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280	NC_009443	TAGA	2	8	79115	79122	50 %	25 %	25 %	0 %	Non-Coding
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282	NC_009443	CAT	2	6	79176	79181	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
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289	NC_009443	TTC	2	6	80044	80049	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
290	NC_009443	A	6	6	80129	80134	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
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293	NC_009443	TACA	2	8	81890	81897	50 %	25 %	0 %	25 %	Non-Coding
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473	NC_009443	TTA	2	6	110636	110641	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
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