MICAS: Microsatellite Analysis Server 3.0

All Non-Coding Repeats of Shigella dysenteriae Sd197 plasmid pSD197_spA

Total Repeats: 79

S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Length	Start	End	A%	T%	G%	C%	Protein ID
1	NC_009344	ACT	2	6	39	44	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
2	NC_009344	GAA	2	6	94	99	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
3	NC_009344	TTG	2	6	199	204	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
4	NC_009344	AGA	2	6	248	253	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
5	NC_009344	ACC	2	6	261	266	33.33 %	0 %	0 %	66.67 %	Non-Coding
6	NC_009344	AGCGA	2	10	284	293	40 %	0 %	40 %	20 %	Non-Coding
7	NC_009344	A	7	7	307	313	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
8	NC_009344	GCG	2	6	316	321	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	Non-Coding
9	NC_009344	AAAG	2	8	345	352	75 %	0 %	25 %	0 %	Non-Coding
10	NC_009344	GTT	2	6	425	430	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
11	NC_009344	T	7	7	501	507	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
12	NC_009344	TTCT	2	8	516	523	0 %	75 %	0 %	25 %	Non-Coding
13	NC_009344	T	6	6	549	554	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
14	NC_009344	A	11	11	558	568	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
15	NC_009344	A	6	6	663	668	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
16	NC_009344	TAC	2	6	720	725	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
17	NC_009344	A	6	6	1746	1751	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
18	NC_009344	AAT	2	6	1758	1763	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
19	NC_009344	CAA	2	6	1808	1813	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
20	NC_009344	A	7	7	1818	1824	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
21	NC_009344	GCA	2	6	1902	1907	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
22	NC_009344	ACA	2	6	1947	1952	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
23	NC_009344	A	6	6	1952	1957	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
24	NC_009344	AAC	2	6	1970	1975	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
25	NC_009344	TGC	2	6	2023	2028	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
26	NC_009344	ATG	2	6	2048	2053	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
27	NC_009344	ATTA	2	8	2827	2834	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
28	NC_009344	A	6	6	2841	2846	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
29	NC_009344	TAT	2	6	2849	2854	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
30	NC_009344	GAAT	2	8	2952	2959	50 %	25 %	25 %	0 %	Non-Coding
31	NC_009344	TCT	2	6	4154	4159	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
32	NC_009344	ATT	2	6	4200	4205	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
33	NC_009344	CAA	2	6	4214	4219	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
34	NC_009344	AT	3	6	4228	4233	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
35	NC_009344	T	6	6	4233	4238	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
36	NC_009344	CTT	2	6	4929	4934	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
37	NC_009344	ATA	3	9	4955	4963	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
38	NC_009344	TAA	2	6	4964	4969	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
39	NC_009344	TA	3	6	5020	5025	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
40	NC_009344	CAT	2	6	5092	5097	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
41	NC_009344	AAT	2	6	5128	5133	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
42	NC_009344	CAA	2	6	5223	5228	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
43	NC_009344	CTATCA	2	12	5252	5263	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
44	NC_009344	ACTA	2	8	5272	5279	50 %	25 %	0 %	25 %	Non-Coding
45	NC_009344	ATT	2	6	5320	5325	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
46	NC_009344	TTC	2	6	6133	6138	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
47	NC_009344	GAT	2	6	6181	6186	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
48	NC_009344	T	6	6	6204	6209	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
49	NC_009344	GGC	2	6	6242	6247	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	Non-Coding
50	NC_009344	TTGC	2	8	6275	6282	0 %	50 %	25 %	25 %	Non-Coding
51	NC_009344	AGA	2	6	6284	6289	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
52	NC_009344	TGA	2	6	6298	6303	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
53	NC_009344	A	7	7	6386	6392	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
54	NC_009344	AGGA	2	8	6397	6404	50 %	0 %	50 %	0 %	Non-Coding
55	NC_009344	AT	3	6	6415	6420	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
56	NC_009344	TAT	2	6	6466	6471	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
57	NC_009344	TAT	2	6	6475	6480	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
58	NC_009344	ACA	2	6	6503	6508	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
59	NC_009344	TAA	2	6	6529	6534	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
60	NC_009344	TTATT	2	10	6549	6558	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
61	NC_009344	TATCT	2	10	6559	6568	20 %	60 %	0 %	20 %	Non-Coding
62	NC_009344	C	6	6	6617	6622	0 %	0 %	0 %	100 %	Non-Coding
63	NC_009344	TCAA	2	8	6715	6722	50 %	25 %	0 %	25 %	Non-Coding
64	NC_009344	CTG	2	6	6753	6758	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
65	NC_009344	T	6	6	6762	6767	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
66	NC_009344	AAT	2	6	6859	6864	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
67	NC_009344	TCA	3	9	6875	6883	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
68	NC_009344	TTA	2	6	6884	6889	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
69	NC_009344	T	7	7	6891	6897	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
70	NC_009344	G	6	6	6898	6903	0 %	0 %	100 %	0 %	Non-Coding
71	NC_009344	TGT	2	6	6911	6916	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
72	NC_009344	T	8	8	6916	6923	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
73	NC_009344	AAC	2	6	6953	6958	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
74	NC_009344	CATT	2	8	7097	7104	25 %	50 %	0 %	25 %	Non-Coding
75	NC_009344	GGC	2	6	7160	7165	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	Non-Coding
76	NC_009344	A	6	6	8723	8728	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
77	NC_009344	AG	4	8	8760	8767	50 %	0 %	50 %	0 %	Non-Coding
78	NC_009344	ATCA	2	8	8916	8923	50 %	25 %	0 %	25 %	Non-Coding
79	NC_009344	TCA	2	6	8934	8939	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	Non-Coding

©2012. Centre for DNA Fingerprinting & Diagnostics (CDFD), Hyderabad.