MICAS: Microsatellite Analysis Server 3.0

All Non-Coding Repeats of Synechococcus sp. JA-3-3Ab chromosome

Total Repeats: 8728

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S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Length	Start	End	A%	T%	G%	C%	Protein ID
1	NC_007775	GT	3	6	62	67	0 %	50 %	50 %	0 %	Non-Coding
2	NC_007775	TTG	2	6	1489	1494	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
3	NC_007775	GCT	2	6	1520	1525	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
4	NC_007775	AGC	2	6	1570	1575	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
5	NC_007775	GGT	2	6	1608	1613	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	Non-Coding
6	NC_007775	GAC	2	6	3163	3168	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
7	NC_007775	CAAAA	2	10	3174	3183	80 %	0 %	0 %	20 %	Non-Coding
8	NC_007775	CAA	2	6	3207	3212	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
9	NC_007775	AATC	2	8	3228	3235	50 %	25 %	0 %	25 %	Non-Coding
10	NC_007775	GGGGAA	2	12	5143	5154	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	Non-Coding
11	NC_007775	TTA	2	6	5162	5167	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
12	NC_007775	CAA	2	6	5177	5182	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
13	NC_007775	GATG	2	8	6267	6274	25 %	25 %	50 %	0 %	Non-Coding
14	NC_007775	GCT	2	6	6293	6298	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
15	NC_007775	G	7	7	6326	6332	0 %	0 %	100 %	0 %	Non-Coding
16	NC_007775	ATAGAG	2	12	9705	9716	50 %	16.67 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
17	NC_007775	AAG	2	6	9717	9722	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
18	NC_007775	GAA	2	6	9724	9729	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
19	NC_007775	GCA	2	6	9783	9788	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
20	NC_007775	C	7	7	9799	9805	0 %	0 %	0 %	100 %	Non-Coding
21	NC_007775	GCTT	2	8	11238	11245	0 %	50 %	25 %	25 %	Non-Coding
22	NC_007775	TC	4	8	11666	11673	0 %	50 %	0 %	50 %	Non-Coding
23	NC_007775	AG	4	8	11723	11730	50 %	0 %	50 %	0 %	Non-Coding
24	NC_007775	TTCG	2	8	11781	11788	0 %	50 %	25 %	25 %	Non-Coding
25	NC_007775	AGT	2	6	13335	13340	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
26	NC_007775	CGC	2	6	13365	13370	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	Non-Coding
27	NC_007775	TC	3	6	13383	13388	0 %	50 %	0 %	50 %	Non-Coding
28	NC_007775	AGC	2	6	13417	13422	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
29	NC_007775	TGC	2	6	13450	13455	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
30	NC_007775	ATC	2	6	13473	13478	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
31	NC_007775	TCCAA	2	10	14960	14969	40 %	20 %	0 %	40 %	Non-Coding
32	NC_007775	TTTC	2	8	15478	15485	0 %	75 %	0 %	25 %	Non-Coding
33	NC_007775	TAG	2	6	16075	16080	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
34	NC_007775	GTAA	2	8	16107	16114	50 %	25 %	25 %	0 %	Non-Coding
35	NC_007775	GC	3	6	16170	16175	0 %	0 %	50 %	50 %	Non-Coding
36	NC_007775	G	6	6	17031	17036	0 %	0 %	100 %	0 %	Non-Coding
37	NC_007775	G	6	6	17119	17124	0 %	0 %	100 %	0 %	Non-Coding
38	NC_007775	CT	4	8	17136	17143	0 %	50 %	0 %	50 %	Non-Coding
39	NC_007775	AAGGC	2	10	18583	18592	40 %	0 %	40 %	20 %	Non-Coding
40	NC_007775	TTC	3	9	18601	18609	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
41	NC_007775	CCATGA	2	12	18657	18668	33.33 %	16.67 %	16.67 %	33.33 %	Non-Coding
42	NC_007775	GGA	2	6	18678	18683	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	Non-Coding
43	NC_007775	AGC	2	6	21474	21479	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
44	NC_007775	GTTT	2	8	21567	21574	0 %	75 %	25 %	0 %	Non-Coding
45	NC_007775	GAG	2	6	21606	21611	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	Non-Coding
46	NC_007775	GTTG	2	8	21663	21670	0 %	50 %	50 %	0 %	Non-Coding
47	NC_007775	AGTG	2	8	21671	21678	25 %	25 %	50 %	0 %	Non-Coding
48	NC_007775	AGG	2	6	21718	21723	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	Non-Coding
49	NC_007775	ATT	2	6	21929	21934	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
50	NC_007775	CTG	2	6	22043	22048	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
51	NC_007775	GAA	2	6	23186	23191	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
52	NC_007775	GCT	2	6	23267	23272	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
53	NC_007775	GGC	2	6	23287	23292	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	Non-Coding
54	NC_007775	GGT	2	6	24731	24736	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	Non-Coding
55	NC_007775	GCC	2	6	24796	24801	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	Non-Coding
56	NC_007775	GGA	2	6	24902	24907	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	Non-Coding
57	NC_007775	GCC	2	6	26118	26123	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	Non-Coding
58	NC_007775	CAGC	2	8	26132	26139	25 %	0 %	25 %	50 %	Non-Coding
59	NC_007775	G	6	6	26158	26163	0 %	0 %	100 %	0 %	Non-Coding
60	NC_007775	CGG	2	6	26165	26170	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	Non-Coding
61	NC_007775	GAA	2	6	26571	26576	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
62	NC_007775	GAG	2	6	26594	26599	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	Non-Coding
63	NC_007775	AGC	2	6	26685	26690	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
64	NC_007775	GGGTA	2	10	29551	29560	20 %	20 %	60 %	0 %	Non-Coding
65	NC_007775	C	6	6	29645	29650	0 %	0 %	0 %	100 %	Non-Coding
66	NC_007775	GAGCT	2	10	29690	29699	20 %	20 %	40 %	20 %	Non-Coding
67	NC_007775	C	6	6	30166	30171	0 %	0 %	0 %	100 %	Non-Coding
68	NC_007775	ATA	2	6	30220	30225	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
69	NC_007775	CTT	2	6	30279	30284	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
70	NC_007775	AGA	2	6	30313	30318	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
71	NC_007775	GAGT	2	8	30397	30404	25 %	25 %	50 %	0 %	Non-Coding
72	NC_007775	CGG	2	6	30443	30448	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	Non-Coding
73	NC_007775	GGGAA	2	10	30471	30480	40 %	0 %	60 %	0 %	Non-Coding
74	NC_007775	GGGT	2	8	30883	30890	0 %	25 %	75 %	0 %	Non-Coding
75	NC_007775	CAG	2	6	32214	32219	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
76	NC_007775	GCCCC	2	10	32282	32291	0 %	0 %	20 %	80 %	Non-Coding
77	NC_007775	C	6	6	32288	32293	0 %	0 %	0 %	100 %	Non-Coding
78	NC_007775	C	6	6	32297	32302	0 %	0 %	0 %	100 %	Non-Coding
79	NC_007775	G	6	6	32309	32314	0 %	0 %	100 %	0 %	Non-Coding
80	NC_007775	G	6	6	32320	32325	0 %	0 %	100 %	0 %	Non-Coding
81	NC_007775	AGTCGG	2	12	32337	32348	16.67 %	16.67 %	50 %	16.67 %	Non-Coding
82	NC_007775	GCG	2	6	32379	32384	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	Non-Coding
83	NC_007775	TGC	2	6	32430	32435	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
84	NC_007775	CTT	3	9	32458	32466	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
85	NC_007775	GGT	2	6	32543	32548	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	Non-Coding
86	NC_007775	CAG	2	6	32556	32561	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
87	NC_007775	TCC	2	6	33252	33257	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	Non-Coding
88	NC_007775	GTTA	2	8	33260	33267	25 %	50 %	25 %	0 %	Non-Coding
89	NC_007775	CG	3	6	33272	33277	0 %	0 %	50 %	50 %	Non-Coding
90	NC_007775	GTT	2	6	33296	33301	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
91	NC_007775	ACTA	2	8	33320	33327	50 %	25 %	0 %	25 %	Non-Coding
92	NC_007775	AAG	2	6	33333	33338	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
93	NC_007775	CCG	2	6	33364	33369	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	Non-Coding
94	NC_007775	TCT	2	6	33433	33438	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
95	NC_007775	CGT	2	6	33451	33456	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
96	NC_007775	AAGC	2	8	33489	33496	50 %	0 %	25 %	25 %	Non-Coding
97	NC_007775	T	6	6	33503	33508	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
98	NC_007775	GCT	2	6	33525	33530	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
99	NC_007775	GAG	2	6	33533	33538	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	Non-Coding
100	NC_007775	GAAT	2	8	33554	33561	50 %	25 %	25 %	0 %	Non-Coding
101	NC_007775	CCAG	2	8	33571	33578	25 %	0 %	25 %	50 %	Non-Coding
102	NC_007775	GAG	2	6	34097	34102	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	Non-Coding
103	NC_007775	TCTCA	2	10	34229	34238	20 %	40 %	0 %	40 %	Non-Coding
104	NC_007775	CTAG	2	8	34261	34268	25 %	25 %	25 %	25 %	Non-Coding
105	NC_007775	TCCC	2	8	34277	34284	0 %	25 %	0 %	75 %	Non-Coding
106	NC_007775	TCT	2	6	34354	34359	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
107	NC_007775	CAA	2	6	34429	34434	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
108	NC_007775	GAA	3	9	34477	34485	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
109	NC_007775	TTTAA	2	10	34509	34518	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
110	NC_007775	AGGA	2	8	34540	34547	50 %	0 %	50 %	0 %	Non-Coding
111	NC_007775	GA	3	6	34546	34551	50 %	0 %	50 %	0 %	Non-Coding
112	NC_007775	ACC	2	6	35505	35510	33.33 %	0 %	0 %	66.67 %	Non-Coding
113	NC_007775	GGT	2	6	35535	35540	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	Non-Coding
114	NC_007775	TGT	2	6	37135	37140	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
115	NC_007775	GTA	2	6	37214	37219	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
116	NC_007775	GCG	2	6	37328	37333	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	Non-Coding
117	NC_007775	AGA	2	6	39226	39231	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
118	NC_007775	GGGC	2	8	39334	39341	0 %	0 %	75 %	25 %	Non-Coding
119	NC_007775	TGGG	2	8	39349	39356	0 %	25 %	75 %	0 %	Non-Coding
120	NC_007775	CTT	2	6	39396	39401	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
121	NC_007775	TC	3	6	39422	39427	0 %	50 %	0 %	50 %	Non-Coding
122	NC_007775	ATG	2	6	39499	39504	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
123	NC_007775	GGA	2	6	41720	41725	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	Non-Coding
124	NC_007775	TGAGA	2	10	43856	43865	40 %	20 %	40 %	0 %	Non-Coding
125	NC_007775	C	6	6	44747	44752	0 %	0 %	0 %	100 %	Non-Coding
126	NC_007775	GCAGA	2	10	45892	45901	40 %	0 %	40 %	20 %	Non-Coding
127	NC_007775	TC	3	6	46748	46753	0 %	50 %	0 %	50 %	Non-Coding
128	NC_007775	TTG	2	6	46858	46863	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
129	NC_007775	A	6	6	46867	46872	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
130	NC_007775	AG	3	6	47861	47866	50 %	0 %	50 %	0 %	Non-Coding
131	NC_007775	CCCTCT	2	12	47931	47942	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	Non-Coding
132	NC_007775	G	6	6	47963	47968	0 %	0 %	100 %	0 %	Non-Coding
133	NC_007775	TGC	2	6	48619	48624	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
134	NC_007775	CAATC	2	10	48675	48684	40 %	20 %	0 %	40 %	Non-Coding
135	NC_007775	ATTGA	2	10	48702	48711	40 %	40 %	20 %	0 %	Non-Coding
136	NC_007775	GA	3	6	48720	48725	50 %	0 %	50 %	0 %	Non-Coding
137	NC_007775	CAA	2	6	48729	48734	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
138	NC_007775	AAGC	2	8	48806	48813	50 %	0 %	25 %	25 %	Non-Coding
139	NC_007775	TGGC	2	8	48825	48832	0 %	25 %	50 %	25 %	Non-Coding
140	NC_007775	CAG	2	6	48851	48856	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
141	NC_007775	GCC	2	6	49845	49850	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	Non-Coding
142	NC_007775	TC	3	6	52653	52658	0 %	50 %	0 %	50 %	Non-Coding
143	NC_007775	TTAAA	2	10	52686	52695	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
144	NC_007775	CCCTTA	2	12	52713	52724	16.67 %	33.33 %	0 %	50 %	Non-Coding
145	NC_007775	TTGA	2	8	53886	53893	25 %	50 %	25 %	0 %	Non-Coding
146	NC_007775	GCAG	2	8	53913	53920	25 %	0 %	50 %	25 %	Non-Coding
147	NC_007775	AAGA	2	8	53949	53956	75 %	0 %	25 %	0 %	Non-Coding
148	NC_007775	CAT	2	6	58864	58869	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
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150	NC_007775	CCG	2	6	59015	59020	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	Non-Coding
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185	NC_007775	ACC	2	6	64720	64725	33.33 %	0 %	0 %	66.67 %	Non-Coding
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