MICAS: Microsatellite Analysis Server 3.0

All Non-Coding Repeats of Staphylococcus saprophyticus subsp. saprophyticus ATCC 15305 plasmid pSSP2

Total Repeats: 180

S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Length	Start	End	A%	T%	G%	C%	Protein ID
1	NC_007352	TC	3	6	25	30	0 %	50 %	0 %	50 %	Non-Coding
2	NC_007352	A	6	6	46	51	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
3	NC_007352	TAA	2	6	77	82	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
4	NC_007352	AT	3	6	109	114	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
5	NC_007352	AGG	2	6	170	175	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	Non-Coding
6	NC_007352	TCA	2	6	740	745	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
7	NC_007352	CTCC	2	8	787	794	0 %	25 %	0 %	75 %	Non-Coding
8	NC_007352	T	6	6	860	865	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
9	NC_007352	AGT	2	6	872	877	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
10	NC_007352	TAAAT	2	10	1094	1103	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
11	NC_007352	ATA	2	6	1106	1111	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
12	NC_007352	ATA	2	6	1160	1165	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
13	NC_007352	CCG	2	6	1229	1234	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	Non-Coding
14	NC_007352	AAC	2	6	1266	1271	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
15	NC_007352	A	7	7	1272	1278	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
16	NC_007352	ATA	2	6	1362	1367	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
17	NC_007352	TAT	2	6	1373	1378	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
18	NC_007352	AAG	2	6	1389	1394	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
19	NC_007352	AATT	2	8	1401	1408	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
20	NC_007352	TA	3	6	1448	1453	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
21	NC_007352	TAACA	2	10	1458	1467	60 %	20 %	0 %	20 %	Non-Coding
22	NC_007352	GAT	2	6	1468	1473	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
23	NC_007352	T	6	6	1530	1535	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
24	NC_007352	TA	3	6	2272	2277	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
25	NC_007352	TAT	2	6	2280	2285	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
26	NC_007352	TTA	2	6	2291	2296	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
27	NC_007352	TA	3	6	2327	2332	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
28	NC_007352	TA	3	6	2349	2354	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
29	NC_007352	TAT	2	6	2356	2361	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
30	NC_007352	TA	3	6	2416	2421	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
31	NC_007352	T	6	6	2480	2485	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
32	NC_007352	TA	3	6	2507	2512	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
33	NC_007352	TTA	2	6	2540	2545	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
34	NC_007352	AT	4	8	2549	2556	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
35	NC_007352	TAA	2	6	2596	2601	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
36	NC_007352	TTTG	2	8	2611	2618	0 %	75 %	25 %	0 %	Non-Coding
37	NC_007352	TA	3	6	2621	2626	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
38	NC_007352	TTA	2	6	2639	2644	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
39	NC_007352	TA	3	6	2643	2648	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
40	NC_007352	ATT	2	6	2657	2662	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
41	NC_007352	ACTT	2	8	2685	2692	25 %	50 %	0 %	25 %	Non-Coding
42	NC_007352	TTA	2	6	2701	2706	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
43	NC_007352	TCA	2	6	3765	3770	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
44	NC_007352	ATT	2	6	3772	3777	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
45	NC_007352	T	6	6	4070	4075	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
46	NC_007352	ATT	2	6	4082	4087	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
47	NC_007352	AAT	2	6	4105	4110	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
48	NC_007352	TATT	2	8	4113	4120	25 %	75 %	0 %	0 %	Non-Coding
49	NC_007352	TAA	2	6	4137	4142	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
50	NC_007352	T	6	6	4148	4153	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
51	NC_007352	TAA	2	6	4166	4171	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
52	NC_007352	T	6	6	4193	4198	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
53	NC_007352	A	6	6	4263	4268	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
54	NC_007352	A	6	6	4297	4302	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
55	NC_007352	TTTTTG	2	12	4325	4336	0 %	83.33 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
56	NC_007352	AT	3	6	4345	4350	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
57	NC_007352	TA	3	6	4382	4387	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
58	NC_007352	TAAAAA	2	12	4472	4483	83.33 %	16.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
59	NC_007352	CTA	2	6	4486	4491	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
60	NC_007352	A	6	6	4494	4499	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
61	NC_007352	TAG	2	6	4501	4506	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
62	NC_007352	GTA	2	6	4531	4536	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
63	NC_007352	TGC	2	6	4600	4605	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
64	NC_007352	A	7	7	4632	4638	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
65	NC_007352	CGA	2	6	4640	4645	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
66	NC_007352	ACG	2	6	4719	4724	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
67	NC_007352	TAA	2	6	4835	4840	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
68	NC_007352	TAA	2	6	4871	4876	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
69	NC_007352	GAA	2	6	5702	5707	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
70	NC_007352	TTA	2	6	5838	5843	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
71	NC_007352	TCT	2	6	6506	6511	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
72	NC_007352	TA	3	6	6523	6528	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
73	NC_007352	T	6	6	6628	6633	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
74	NC_007352	TTC	2	6	6658	6663	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
75	NC_007352	TA	3	6	6665	6670	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
76	NC_007352	TA	3	6	6679	6684	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
77	NC_007352	TAA	2	6	6730	6735	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
78	NC_007352	T	6	6	6762	6767	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
79	NC_007352	T	6	6	6779	6784	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
80	NC_007352	A	7	7	7057	7063	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
81	NC_007352	AAC	2	6	7859	7864	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
82	NC_007352	GAA	3	9	7869	7877	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
83	NC_007352	TAA	2	6	7914	7919	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
84	NC_007352	ATC	2	6	7962	7967	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
85	NC_007352	AAAT	2	8	7979	7986	75 %	25 %	0 %	0 %	Non-Coding
86	NC_007352	ATA	2	6	8025	8030	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
87	NC_007352	A	6	6	8089	8094	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
88	NC_007352	ATTT	2	8	8127	8134	25 %	75 %	0 %	0 %	Non-Coding
89	NC_007352	T	6	6	8132	8137	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
90	NC_007352	A	6	6	8154	8159	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
91	NC_007352	CT	3	6	8242	8247	0 %	50 %	0 %	50 %	Non-Coding
92	NC_007352	TAT	2	6	8258	8263	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
93	NC_007352	TAAA	2	8	8362	8369	75 %	25 %	0 %	0 %	Non-Coding
94	NC_007352	A	6	6	8456	8461	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
95	NC_007352	AGT	2	6	8485	8490	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
96	NC_007352	TAA	2	6	8539	8544	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
97	NC_007352	T	6	6	8558	8563	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
98	NC_007352	T	6	6	8579	8584	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
99	NC_007352	A	6	6	8611	8616	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
100	NC_007352	T	6	6	8639	8644	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
101	NC_007352	TCT	2	6	8649	8654	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
102	NC_007352	T	6	6	8654	8659	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
103	NC_007352	TGA	2	6	8678	8683	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
104	NC_007352	GAA	2	6	8714	8719	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
105	NC_007352	CTC	2	6	8730	8735	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	Non-Coding
106	NC_007352	TTA	2	6	8765	8770	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
107	NC_007352	TAA	2	6	8775	8780	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
108	NC_007352	ATTA	2	8	8793	8800	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
109	NC_007352	TTTTCA	2	12	8820	8831	16.67 %	66.67 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
110	NC_007352	ACCAA	2	10	8868	8877	60 %	0 %	0 %	40 %	Non-Coding
111	NC_007352	T	7	7	8893	8899	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
112	NC_007352	ATT	2	6	8904	8909	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
113	NC_007352	AG	3	6	8922	8927	50 %	0 %	50 %	0 %	Non-Coding
114	NC_007352	ATA	2	6	8943	8948	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
115	NC_007352	ATA	2	6	8990	8995	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
116	NC_007352	TAG	2	6	8998	9003	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
117	NC_007352	TCT	2	6	9061	9066	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
118	NC_007352	AGT	2	6	9918	9923	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
119	NC_007352	TAC	2	6	9950	9955	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
120	NC_007352	T	6	6	9961	9966	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
121	NC_007352	CAA	2	6	9984	9989	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
122	NC_007352	TA	3	6	10055	10060	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
123	NC_007352	AAG	2	6	10071	10076	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
124	NC_007352	A	6	6	10085	10090	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
125	NC_007352	CGA	2	6	10091	10096	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
126	NC_007352	T	7	7	10164	10170	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
127	NC_007352	TA	3	6	10181	10186	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
128	NC_007352	AGG	2	6	10202	10207	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	Non-Coding
129	NC_007352	TTC	2	6	11030	11035	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
130	NC_007352	TTC	2	6	11082	11087	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
131	NC_007352	TAA	2	6	11103	11108	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
132	NC_007352	AAAT	2	8	11196	11203	75 %	25 %	0 %	0 %	Non-Coding
133	NC_007352	T	7	7	11213	11219	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
134	NC_007352	A	6	6	11255	11260	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
135	NC_007352	TAATAT	2	12	11285	11296	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
136	NC_007352	ATC	2	6	11329	11334	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
137	NC_007352	TAA	2	6	11360	11365	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
138	NC_007352	ATTA	2	8	11378	11385	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
139	NC_007352	ACC	2	6	12843	12848	33.33 %	0 %	0 %	66.67 %	Non-Coding
140	NC_007352	TTA	2	6	12872	12877	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
141	NC_007352	AAAT	2	8	12899	12906	75 %	25 %	0 %	0 %	Non-Coding
142	NC_007352	TC	3	6	12910	12915	0 %	50 %	0 %	50 %	Non-Coding
143	NC_007352	CCT	2	6	12998	13003	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	Non-Coding
144	NC_007352	CATA	2	8	13057	13064	50 %	25 %	0 %	25 %	Non-Coding
145	NC_007352	TA	3	6	13126	13131	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
146	NC_007352	TAA	2	6	13206	13211	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
147	NC_007352	AGG	2	6	13222	13227	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	Non-Coding
148	NC_007352	TA	3	6	13228	13233	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
149	NC_007352	TTA	2	6	13325	13330	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
150	NC_007352	TTC	2	6	14004	14009	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
151	NC_007352	C	6	6	14021	14026	0 %	0 %	0 %	100 %	Non-Coding
152	NC_007352	TCT	2	6	16451	16456	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
153	NC_007352	ATC	2	6	16850	16855	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
154	NC_007352	TTCA	2	8	16861	16868	25 %	50 %	0 %	25 %	Non-Coding
155	NC_007352	ATTT	2	8	16872	16879	25 %	75 %	0 %	0 %	Non-Coding
156	NC_007352	TAT	2	6	16885	16890	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
157	NC_007352	TCA	2	6	16904	16909	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
158	NC_007352	GCAA	2	8	16911	16918	50 %	0 %	25 %	25 %	Non-Coding
159	NC_007352	TGAA	2	8	16924	16931	50 %	25 %	25 %	0 %	Non-Coding
160	NC_007352	AAGT	2	8	16940	16947	50 %	25 %	25 %	0 %	Non-Coding
161	NC_007352	AGA	2	6	16982	16987	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
162	NC_007352	TGA	2	6	18188	18193	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
163	NC_007352	TAT	2	6	18219	18224	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
164	NC_007352	A	7	7	18769	18775	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
165	NC_007352	T	6	6	18825	18830	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
166	NC_007352	T	6	6	18897	18902	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
167	NC_007352	ATT	2	6	18917	18922	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
168	NC_007352	T	6	6	18921	18926	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
169	NC_007352	GCAA	2	8	18942	18949	50 %	0 %	25 %	25 %	Non-Coding
170	NC_007352	GAT	2	6	18956	18961	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
171	NC_007352	AT	3	6	18963	18968	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
172	NC_007352	GATAA	2	10	18994	19003	60 %	20 %	20 %	0 %	Non-Coding
173	NC_007352	ACT	2	6	19007	19012	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
174	NC_007352	T	7	7	19051	19057	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
175	NC_007352	AT	3	6	19120	19125	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
176	NC_007352	ATT	2	6	19185	19190	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
177	NC_007352	A	6	6	19239	19244	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
178	NC_007352	AGG	2	6	19252	19257	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	Non-Coding
179	NC_007352	AGG	2	6	21855	21860	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	Non-Coding
180	NC_007352	TTA	2	6	21861	21866	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding

©2012. Centre for DNA Fingerprinting & Diagnostics (CDFD), Hyderabad.