MICAS: Microsatellite Analysis Server 3.0

All Non-Coding Repeats of Staphylococcus saprophyticus subsp. saprophyticus ATCC 15305 plasmid pSSP1

Total Repeats: 219

S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Length	Start	End	A%	T%	G%	C%	Protein ID
1	NC_007351	T	6	6	5	10	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
2	NC_007351	GTTTA	2	10	37	46	20 %	60 %	20 %	0 %	Non-Coding
3	NC_007351	CTA	2	6	370	375	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
4	NC_007351	ATCA	2	8	431	438	50 %	25 %	0 %	25 %	Non-Coding
5	NC_007351	TAA	2	6	447	452	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
6	NC_007351	AGT	2	6	505	510	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
7	NC_007351	TGAA	2	8	534	541	50 %	25 %	25 %	0 %	Non-Coding
8	NC_007351	TTC	2	6	568	573	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
9	NC_007351	TAA	2	6	616	621	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
10	NC_007351	TTA	2	6	647	652	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
11	NC_007351	ATT	2	6	656	661	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
12	NC_007351	TTA	2	6	670	675	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
13	NC_007351	AATT	2	8	779	786	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
14	NC_007351	CCTT	2	8	1252	1259	0 %	50 %	0 %	50 %	Non-Coding
15	NC_007351	CAT	2	6	1281	1286	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
16	NC_007351	T	6	6	1290	1295	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
17	NC_007351	TTA	2	6	1312	1317	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
18	NC_007351	ATA	2	6	1323	1328	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
19	NC_007351	ATA	2	6	4371	4376	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
20	NC_007351	TTA	2	6	6545	6550	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
21	NC_007351	ATTC	2	8	6571	6578	25 %	50 %	0 %	25 %	Non-Coding
22	NC_007351	TA	3	6	6648	6653	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
23	NC_007351	TCT	2	6	8660	8665	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
24	NC_007351	ATT	2	6	8667	8672	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
25	NC_007351	TA	3	6	8682	8687	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
26	NC_007351	TA	3	6	8691	8696	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
27	NC_007351	CTATA	2	10	8720	8729	40 %	40 %	0 %	20 %	Non-Coding
28	NC_007351	A	6	6	8735	8740	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
29	NC_007351	TAA	2	6	9047	9052	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
30	NC_007351	CT	3	6	9059	9064	0 %	50 %	0 %	50 %	Non-Coding
31	NC_007351	TTA	2	6	9083	9088	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
32	NC_007351	TTTA	2	8	9102	9109	25 %	75 %	0 %	0 %	Non-Coding
33	NC_007351	TAA	2	6	9156	9161	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
34	NC_007351	A	6	6	10074	10079	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
35	NC_007351	TA	3	6	10123	10128	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
36	NC_007351	T	8	8	10142	10149	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
37	NC_007351	TCC	2	6	11077	11082	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	Non-Coding
38	NC_007351	TAT	2	6	11088	11093	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
39	NC_007351	TTC	2	6	11094	11099	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
40	NC_007351	T	6	6	11110	11115	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
41	NC_007351	ACC	2	6	11677	11682	33.33 %	0 %	0 %	66.67 %	Non-Coding
42	NC_007351	TTA	2	6	11706	11711	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
43	NC_007351	TC	3	6	11744	11749	0 %	50 %	0 %	50 %	Non-Coding
44	NC_007351	TTAATT	2	12	11836	11847	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
45	NC_007351	T	6	6	12113	12118	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
46	NC_007351	TTA	3	9	12123	12131	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
47	NC_007351	T	6	6	12168	12173	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
48	NC_007351	CAT	2	6	12508	12513	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
49	NC_007351	TAA	2	6	12522	12527	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
50	NC_007351	AATAAC	2	12	12539	12550	66.67 %	16.67 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
51	NC_007351	TAA	2	6	12579	12584	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
52	NC_007351	AT	3	6	12608	12613	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
53	NC_007351	TTA	3	9	12616	12624	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
54	NC_007351	TAA	2	6	12696	12701	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
55	NC_007351	CATA	2	8	12724	12731	50 %	25 %	0 %	25 %	Non-Coding
56	NC_007351	GAT	2	6	12788	12793	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
57	NC_007351	A	6	6	12830	12835	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
58	NC_007351	ATAA	2	8	12900	12907	75 %	25 %	0 %	0 %	Non-Coding
59	NC_007351	TGA	2	6	12912	12917	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
60	NC_007351	GTT	2	6	12920	12925	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
61	NC_007351	AGA	2	6	12965	12970	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
62	NC_007351	A	6	6	13006	13011	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
63	NC_007351	T	6	6	13012	13017	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
64	NC_007351	A	6	6	13054	13059	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
65	NC_007351	CAA	2	6	13101	13106	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
66	NC_007351	AGC	2	6	13134	13139	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
67	NC_007351	TA	3	6	13149	13154	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
68	NC_007351	TAT	2	6	13611	13616	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
69	NC_007351	CT	3	6	13620	13625	0 %	50 %	0 %	50 %	Non-Coding
70	NC_007351	ATTA	2	8	18962	18969	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
71	NC_007351	TAC	2	6	18973	18978	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
72	NC_007351	TA	3	6	18993	18998	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
73	NC_007351	TAA	2	6	19054	19059	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
74	NC_007351	GAA	2	6	19069	19074	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
75	NC_007351	T	6	6	19126	19131	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
76	NC_007351	AAT	2	6	19140	19145	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
77	NC_007351	TA	3	6	19147	19152	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
78	NC_007351	AT	3	6	19167	19172	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
79	NC_007351	A	7	7	19174	19180	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
80	NC_007351	AT	3	6	19185	19190	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
81	NC_007351	ATT	2	6	19204	19209	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
82	NC_007351	AGG	2	6	19219	19224	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	Non-Coding
83	NC_007351	ATA	2	6	19431	19436	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
84	NC_007351	A	6	6	19458	19463	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
85	NC_007351	TCT	2	6	19805	19810	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
86	NC_007351	CAT	2	6	19815	19820	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
87	NC_007351	T	7	7	19831	19837	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
88	NC_007351	TA	3	6	19842	19847	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
89	NC_007351	A	7	7	19850	19856	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
90	NC_007351	TAAA	2	8	19863	19870	75 %	25 %	0 %	0 %	Non-Coding
91	NC_007351	GGA	2	6	19874	19879	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	Non-Coding
92	NC_007351	A	7	7	20807	20813	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
93	NC_007351	TGT	2	6	20835	20840	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
94	NC_007351	A	6	6	20868	20873	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
95	NC_007351	AAT	2	6	20880	20885	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
96	NC_007351	A	6	6	20889	20894	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
97	NC_007351	TAA	2	6	20903	20908	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
98	NC_007351	TTG	2	6	20912	20917	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
99	NC_007351	A	6	6	20926	20931	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
100	NC_007351	TTA	2	6	20951	20956	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
101	NC_007351	GAT	2	6	20965	20970	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
102	NC_007351	A	6	6	20984	20989	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
103	NC_007351	CCT	2	6	22064	22069	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	Non-Coding
104	NC_007351	ATTC	2	8	22090	22097	25 %	50 %	0 %	25 %	Non-Coding
105	NC_007351	TA	3	6	22099	22104	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
106	NC_007351	TGT	2	6	22112	22117	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
107	NC_007351	TTTC	2	8	22151	22158	0 %	75 %	0 %	25 %	Non-Coding
108	NC_007351	GTT	2	6	22176	22181	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
109	NC_007351	ATTC	2	8	22186	22193	25 %	50 %	0 %	25 %	Non-Coding
110	NC_007351	TA	3	6	22195	22200	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
111	NC_007351	TGT	2	6	22208	22213	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
112	NC_007351	TTTC	2	8	22247	22254	0 %	75 %	0 %	25 %	Non-Coding
113	NC_007351	ATTC	2	8	22282	22289	25 %	50 %	0 %	25 %	Non-Coding
114	NC_007351	TA	3	6	22291	22296	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
115	NC_007351	TGT	2	6	22304	22309	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
116	NC_007351	TTTC	2	8	22342	22349	0 %	75 %	0 %	25 %	Non-Coding
117	NC_007351	GTT	2	6	22367	22372	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
118	NC_007351	ATTC	2	8	22377	22384	25 %	50 %	0 %	25 %	Non-Coding
119	NC_007351	TA	3	6	22386	22391	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
120	NC_007351	TGT	2	6	22399	22404	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
121	NC_007351	TTTC	2	8	22438	22445	0 %	75 %	0 %	25 %	Non-Coding
122	NC_007351	ATTC	2	8	22473	22480	25 %	50 %	0 %	25 %	Non-Coding
123	NC_007351	TA	3	6	22482	22487	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
124	NC_007351	TGT	2	6	22495	22500	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
125	NC_007351	TTTC	2	8	22533	22540	0 %	75 %	0 %	25 %	Non-Coding
126	NC_007351	ATTC	2	8	22568	22575	25 %	50 %	0 %	25 %	Non-Coding
127	NC_007351	TA	3	6	22577	22582	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
128	NC_007351	TGT	2	6	22590	22595	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
129	NC_007351	TTTC	2	8	22628	22635	0 %	75 %	0 %	25 %	Non-Coding
130	NC_007351	GTT	2	6	22653	22658	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
131	NC_007351	ATTC	2	8	22663	22670	25 %	50 %	0 %	25 %	Non-Coding
132	NC_007351	TA	3	6	22672	22677	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
133	NC_007351	TGT	2	6	22685	22690	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
134	NC_007351	AAAT	2	8	22727	22734	75 %	25 %	0 %	0 %	Non-Coding
135	NC_007351	TA	3	6	22747	22752	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
136	NC_007351	TTA	3	9	22757	22765	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
137	NC_007351	GTA	2	6	22797	22802	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
138	NC_007351	TAA	2	6	22822	22827	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
139	NC_007351	TTTA	2	8	22842	22849	25 %	75 %	0 %	0 %	Non-Coding
140	NC_007351	TAT	2	6	22868	22873	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
141	NC_007351	AATG	2	8	22876	22883	50 %	25 %	25 %	0 %	Non-Coding
142	NC_007351	TTA	2	6	22907	22912	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
143	NC_007351	AT	3	6	22925	22930	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
144	NC_007351	TTA	2	6	22940	22945	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
145	NC_007351	T	6	6	22976	22981	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
146	NC_007351	A	6	6	24259	24264	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
147	NC_007351	G	6	6	24900	24905	0 %	0 %	100 %	0 %	Non-Coding
148	NC_007351	AAT	2	6	25192	25197	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
149	NC_007351	AGTG	2	8	25296	25303	25 %	25 %	50 %	0 %	Non-Coding
150	NC_007351	CATA	2	8	25313	25320	50 %	25 %	0 %	25 %	Non-Coding
151	NC_007351	A	6	6	25333	25338	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
152	NC_007351	AAT	2	6	25353	25358	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
153	NC_007351	ACT	2	6	25461	25466	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
154	NC_007351	TTA	2	6	25516	25521	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
155	NC_007351	ATAA	2	8	25559	25566	75 %	25 %	0 %	0 %	Non-Coding
156	NC_007351	GAT	2	6	25574	25579	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
157	NC_007351	TAAA	2	8	25610	25617	75 %	25 %	0 %	0 %	Non-Coding
158	NC_007351	AT	3	6	25668	25673	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
159	NC_007351	GTC	2	6	25709	25714	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
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161	NC_007351	T	8	8	25729	25736	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
162	NC_007351	AT	3	6	25751	25756	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
163	NC_007351	TAA	2	6	25760	25765	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
164	NC_007351	AAT	2	6	25770	25775	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
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167	NC_007351	A	6	6	26705	26710	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
168	NC_007351	ATA	2	6	26737	26742	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
169	NC_007351	TTA	2	6	26743	26748	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
170	NC_007351	A	6	6	26748	26753	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
171	NC_007351	CCT	2	6	27315	27320	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	Non-Coding
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174	NC_007351	GGA	2	6	27435	27440	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	Non-Coding
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176	NC_007351	TTA	2	6	31391	31396	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
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179	NC_007351	ACA	2	6	31528	31533	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
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183	NC_007351	TCT	2	6	33221	33226	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
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185	NC_007351	TA	3	6	35094	35099	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
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192	NC_007351	ATT	2	6	36600	36605	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
193	NC_007351	TTA	2	6	36645	36650	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
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©2012. Centre for DNA Fingerprinting & Diagnostics (CDFD), Hyderabad.