MICAS: Microsatellite Analysis Server 3.0

All Non-Coding Repeats of Synechococcus elongatus PCC 6301 chromosome

Total Repeats: 5889

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S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Length	Start	End	A%	T%	G%	C%	Protein ID
1	NC_006576	CAA	2	6	42	47	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
2	NC_006576	TTG	2	6	67	72	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
3	NC_006576	TGTT	2	8	163	170	0 %	75 %	25 %	0 %	Non-Coding
4	NC_006576	GGGTA	2	10	173	182	20 %	20 %	60 %	0 %	Non-Coding
5	NC_006576	TTG	2	6	221	226	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
6	NC_006576	TAA	2	6	229	234	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
7	NC_006576	CT	3	6	306	311	0 %	50 %	0 %	50 %	Non-Coding
8	NC_006576	GAGT	2	8	1358	1365	25 %	25 %	50 %	0 %	Non-Coding
9	NC_006576	AAT	2	6	1384	1389	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
10	NC_006576	ACG	2	6	1415	1420	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
11	NC_006576	CTT	2	6	1459	1464	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
12	NC_006576	GAT	2	6	1667	1672	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
13	NC_006576	CGG	2	6	1689	1694	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	Non-Coding
14	NC_006576	ATC	2	6	3978	3983	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
15	NC_006576	TCAT	2	8	4005	4012	25 %	50 %	0 %	25 %	Non-Coding
16	NC_006576	ATC	2	6	4035	4040	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
17	NC_006576	CT	3	6	4060	4065	0 %	50 %	0 %	50 %	Non-Coding
18	NC_006576	GT	3	6	4079	4084	0 %	50 %	50 %	0 %	Non-Coding
19	NC_006576	T	6	6	4138	4143	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
20	NC_006576	CTG	2	6	4205	4210	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
21	NC_006576	CT	3	6	4324	4329	0 %	50 %	0 %	50 %	Non-Coding
22	NC_006576	CTT	2	6	4346	4351	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
23	NC_006576	TAA	2	6	4421	4426	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
24	NC_006576	TGA	2	6	4487	4492	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
25	NC_006576	TAG	2	6	4510	4515	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
26	NC_006576	ACT	2	6	4520	4525	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
27	NC_006576	AC	3	6	4526	4531	50 %	0 %	0 %	50 %	Non-Coding
28	NC_006576	TGT	2	6	4571	4576	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
29	NC_006576	GCT	2	6	4663	4668	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
30	NC_006576	ATTG	2	8	4749	4756	25 %	50 %	25 %	0 %	Non-Coding
31	NC_006576	GCTT	2	8	4835	4842	0 %	50 %	25 %	25 %	Non-Coding
32	NC_006576	AG	3	6	4849	4854	50 %	0 %	50 %	0 %	Non-Coding
33	NC_006576	TTG	2	6	4869	4874	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
34	NC_006576	GTCT	2	8	4891	4898	0 %	50 %	25 %	25 %	Non-Coding
35	NC_006576	GAAC	2	8	4934	4941	50 %	0 %	25 %	25 %	Non-Coding
36	NC_006576	CCT	2	6	5048	5053	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	Non-Coding
37	NC_006576	GT	3	6	5064	5069	0 %	50 %	50 %	0 %	Non-Coding
38	NC_006576	CTT	2	6	5116	5121	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
39	NC_006576	CTA	2	6	5127	5132	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
40	NC_006576	GAT	2	6	5139	5144	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
41	NC_006576	CA	3	6	5253	5258	50 %	0 %	0 %	50 %	Non-Coding
42	NC_006576	TGA	2	6	6609	6614	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
43	NC_006576	AAAC	2	8	6623	6630	75 %	0 %	0 %	25 %	Non-Coding
44	NC_006576	ATT	2	6	6648	6653	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
45	NC_006576	TGC	2	6	6664	6669	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
46	NC_006576	GT	3	6	6672	6677	0 %	50 %	50 %	0 %	Non-Coding
47	NC_006576	AGA	2	6	6822	6827	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
48	NC_006576	AAT	2	6	6832	6837	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
49	NC_006576	ATC	2	6	6984	6989	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
50	NC_006576	CAT	2	6	7040	7045	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
51	NC_006576	ATC	2	6	7670	7675	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
52	NC_006576	GCC	2	6	7696	7701	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	Non-Coding
53	NC_006576	AGC	2	6	8981	8986	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
54	NC_006576	ATCC	2	8	9801	9808	25 %	25 %	0 %	50 %	Non-Coding
55	NC_006576	TC	3	6	9847	9852	0 %	50 %	0 %	50 %	Non-Coding
56	NC_006576	A	6	6	9877	9882	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
57	NC_006576	A	6	6	10020	10025	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
58	NC_006576	CAG	2	6	10078	10083	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
59	NC_006576	CTG	2	6	10139	10144	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
60	NC_006576	TC	3	6	10166	10171	0 %	50 %	0 %	50 %	Non-Coding
61	NC_006576	TTC	2	6	10186	10191	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
62	NC_006576	AAAAT	2	10	10229	10238	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
63	NC_006576	GCT	2	6	10250	10255	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
64	NC_006576	TTG	2	6	10291	10296	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
65	NC_006576	TGC	2	6	12836	12841	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
66	NC_006576	CGGT	2	8	12843	12850	0 %	25 %	50 %	25 %	Non-Coding
67	NC_006576	GCA	2	6	15397	15402	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
68	NC_006576	TTC	2	6	15480	15485	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
69	NC_006576	CTG	2	6	15546	15551	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
70	NC_006576	TTC	2	6	15598	15603	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
71	NC_006576	AGC	2	6	15686	15691	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
72	NC_006576	ATCG	2	8	15703	15710	25 %	25 %	25 %	25 %	Non-Coding
73	NC_006576	TTG	2	6	15772	15777	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
74	NC_006576	CAT	2	6	15829	15834	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
75	NC_006576	T	6	6	15838	15843	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
76	NC_006576	CTA	2	6	15990	15995	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
77	NC_006576	GGC	2	6	16011	16016	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	Non-Coding
78	NC_006576	AC	3	6	16050	16055	50 %	0 %	0 %	50 %	Non-Coding
79	NC_006576	AGG	2	6	17244	17249	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	Non-Coding
80	NC_006576	GAT	2	6	17985	17990	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
81	NC_006576	TC	3	6	18025	18030	0 %	50 %	0 %	50 %	Non-Coding
82	NC_006576	GCT	2	6	18040	18045	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
83	NC_006576	CGA	2	6	18049	18054	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
84	NC_006576	TGT	2	6	18354	18359	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
85	NC_006576	GCA	2	6	18451	18456	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
86	NC_006576	TA	3	6	18540	18545	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
87	NC_006576	TAG	2	6	18560	18565	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
88	NC_006576	TAA	2	6	18577	18582	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
89	NC_006576	AGC	2	6	18678	18683	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
90	NC_006576	TCG	2	6	18694	18699	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
91	NC_006576	CTT	2	6	18714	18719	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
92	NC_006576	GCT	2	6	18751	18756	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
93	NC_006576	AGT	3	9	18809	18817	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
94	NC_006576	TTCT	2	8	18830	18837	0 %	75 %	0 %	25 %	Non-Coding
95	NC_006576	TGA	2	6	18871	18876	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
96	NC_006576	AGA	2	6	18923	18928	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
97	NC_006576	TCA	3	9	18969	18977	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
98	NC_006576	TGC	2	6	19025	19030	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
99	NC_006576	CT	3	6	19115	19120	0 %	50 %	0 %	50 %	Non-Coding
100	NC_006576	AAT	2	6	19129	19134	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
101	NC_006576	CTT	2	6	19744	19749	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
102	NC_006576	TGAAT	2	10	19750	19759	40 %	40 %	20 %	0 %	Non-Coding
103	NC_006576	GAA	2	6	20491	20496	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
104	NC_006576	TG	3	6	20649	20654	0 %	50 %	50 %	0 %	Non-Coding
105	NC_006576	TGA	2	6	20657	20662	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
106	NC_006576	AG	3	6	20748	20753	50 %	0 %	50 %	0 %	Non-Coding
107	NC_006576	GTT	2	6	20902	20907	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
108	NC_006576	GCA	2	6	20937	20942	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
109	NC_006576	ATC	2	6	20983	20988	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
110	NC_006576	GTT	2	6	21030	21035	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
111	NC_006576	TGG	2	6	21056	21061	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	Non-Coding
112	NC_006576	AAAAT	2	10	21152	21161	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
113	NC_006576	AAG	2	6	21203	21208	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
114	NC_006576	AG	3	6	21207	21212	50 %	0 %	50 %	0 %	Non-Coding
115	NC_006576	TGA	3	9	21292	21300	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
116	NC_006576	TGA	3	9	21307	21315	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
117	NC_006576	AAT	2	6	21378	21383	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
118	NC_006576	AGA	2	6	21419	21424	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
119	NC_006576	TGA	2	6	21464	21469	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
120	NC_006576	ATG	2	6	21472	21477	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
121	NC_006576	AT	3	6	21530	21535	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
122	NC_006576	AAG	2	6	21549	21554	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
123	NC_006576	A	6	6	21587	21592	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
124	NC_006576	ACTCG	2	10	21604	21613	20 %	20 %	20 %	40 %	Non-Coding
125	NC_006576	TTGC	2	8	21848	21855	0 %	50 %	25 %	25 %	Non-Coding
126	NC_006576	T	6	6	21873	21878	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
127	NC_006576	TCC	2	6	21895	21900	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	Non-Coding
128	NC_006576	TGAC	2	8	21902	21909	25 %	25 %	25 %	25 %	Non-Coding
129	NC_006576	G	6	6	22495	22500	0 %	0 %	100 %	0 %	Non-Coding
130	NC_006576	ATC	2	6	22580	22585	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
131	NC_006576	AGA	2	6	22667	22672	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
132	NC_006576	GTTT	2	8	22704	22711	0 %	75 %	25 %	0 %	Non-Coding
133	NC_006576	AGC	2	6	22744	22749	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
134	NC_006576	ATA	2	6	23295	23300	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
135	NC_006576	TTA	2	6	23348	23353	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
136	NC_006576	TGCTTT	2	12	23375	23386	0 %	66.67 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
137	NC_006576	A	6	6	23463	23468	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
138	NC_006576	TAC	2	6	23541	23546	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
139	NC_006576	TGGCT	2	10	23547	23556	0 %	40 %	40 %	20 %	Non-Coding
140	NC_006576	TCA	2	6	23633	23638	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
141	NC_006576	GAA	2	6	23751	23756	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
142	NC_006576	ACG	2	6	23790	23795	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
143	NC_006576	GTC	2	6	23881	23886	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
144	NC_006576	TCA	2	6	26624	26629	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
145	NC_006576	AAC	2	6	26735	26740	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
146	NC_006576	AGCT	2	8	26779	26786	25 %	25 %	25 %	25 %	Non-Coding
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289	NC_006576	GCCTCT	2	12	101767	101778	0 %	33.33 %	16.67 %	50 %	Non-Coding
290	NC_006576	GATCG	2	10	101847	101856	20 %	20 %	40 %	20 %	Non-Coding
291	NC_006576	GTT	2	6	101942	101947	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
292	NC_006576	T	6	6	101946	101951	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
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294	NC_006576	TAA	2	6	102004	102009	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
295	NC_006576	ATA	2	6	102049	102054	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
296	NC_006576	AATA	2	8	102110	102117	75 %	25 %	0 %	0 %	Non-Coding
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299	NC_006576	TCG	2	6	102323	102328	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
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416	NC_006576	CAAA	2	8	145607	145614	75 %	0 %	0 %	25 %	Non-Coding
417	NC_006576	CT	3	6	145660	145665	0 %	50 %	0 %	50 %	Non-Coding
418	NC_006576	AGATT	2	10	145673	145682	40 %	40 %	20 %	0 %	Non-Coding
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422	NC_006576	CAGT	2	8	147343	147350	25 %	25 %	25 %	25 %	Non-Coding
423	NC_006576	GCT	2	6	148309	148314	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
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425	NC_006576	GCT	2	6	148555	148560	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
426	NC_006576	GGC	2	6	148603	148608	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	Non-Coding
427	NC_006576	GCT	2	6	148649	148654	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
428	NC_006576	AGC	2	6	148703	148708	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
429	NC_006576	A	7	7	152495	152501	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
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431	NC_006576	CCT	2	6	152554	152559	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	Non-Coding
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433	NC_006576	CTG	2	6	152669	152674	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
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435	NC_006576	CTCA	2	8	154292	154299	25 %	25 %	0 %	50 %	Non-Coding
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442	NC_006576	AGC	2	6	158875	158880	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
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449	NC_006576	TGT	2	6	160999	161004	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
450	NC_006576	CAG	2	6	161073	161078	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
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452	NC_006576	CTGG	3	12	162764	162775	0 %	25 %	50 %	25 %	Non-Coding
453	NC_006576	G	6	6	162783	162788	0 %	0 %	100 %	0 %	Non-Coding
454	NC_006576	AGA	2	6	162826	162831	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
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456	NC_006576	TTC	2	6	162875	162880	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
457	NC_006576	TAG	2	6	164007	164012	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
458	NC_006576	TGA	2	6	164604	164609	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
459	NC_006576	CTG	2	6	164702	164707	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
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463	NC_006576	AGC	2	6	167510	167515	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
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465	NC_006576	TCG	2	6	167563	167568	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
466	NC_006576	TCCC	2	8	167590	167597	0 %	25 %	0 %	75 %	Non-Coding
467	NC_006576	CTG	2	6	167678	167683	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
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