MICAS: Microsatellite Analysis Server 3.0

All Non-Coding Repeats of Synechocystis sp. PCC 6803 plasmid pSYSG

Total Repeats: 171

S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Length	Start	End	A%	T%	G%	C%	Protein ID
1	NC_005231	ACT	2	6	7	12	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
2	NC_005231	CGA	2	6	78	83	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
3	NC_005231	TGA	2	6	165	170	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
4	NC_005231	CCA	2	6	188	193	33.33 %	0 %	0 %	66.67 %	Non-Coding
5	NC_005231	CCA	2	6	231	236	33.33 %	0 %	0 %	66.67 %	Non-Coding
6	NC_005231	TCT	2	6	246	251	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
7	NC_005231	TGG	2	6	266	271	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	Non-Coding
8	NC_005231	GCG	2	6	283	288	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	Non-Coding
9	NC_005231	TCC	2	6	329	334	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	Non-Coding
10	NC_005231	CCT	2	6	402	407	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	Non-Coding
11	NC_005231	G	6	6	468	473	0 %	0 %	100 %	0 %	Non-Coding
12	NC_005231	TCT	2	6	593	598	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
13	NC_005231	AGG	2	6	621	626	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	Non-Coding
14	NC_005231	TTCC	2	8	630	637	0 %	50 %	0 %	50 %	Non-Coding
15	NC_005231	GGC	2	6	652	657	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	Non-Coding
16	NC_005231	CCT	2	6	668	673	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	Non-Coding
17	NC_005231	GTG	2	6	767	772	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	Non-Coding
18	NC_005231	ATG	2	6	773	778	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
19	NC_005231	GAT	2	6	913	918	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
20	NC_005231	TGA	2	6	962	967	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
21	NC_005231	CAC	2	6	1069	1074	33.33 %	0 %	0 %	66.67 %	Non-Coding
22	NC_005231	CTT	2	6	1111	1116	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
23	NC_005231	TCC	2	6	1139	1144	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	Non-Coding
24	NC_005231	CTT	2	6	1197	1202	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
25	NC_005231	GGA	2	6	1238	1243	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	Non-Coding
26	NC_005231	CGT	2	6	1254	1259	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
27	NC_005231	TTG	2	6	1268	1273	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
28	NC_005231	TGCAC	2	10	1346	1355	20 %	20 %	20 %	40 %	Non-Coding
29	NC_005231	TGA	2	6	1479	1484	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
30	NC_005231	TGT	2	6	1554	1559	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
31	NC_005231	AGGGGT	2	12	1591	1602	16.67 %	16.67 %	66.67 %	0 %	Non-Coding
32	NC_005231	GCCT	2	8	1843	1850	0 %	25 %	25 %	50 %	Non-Coding
33	NC_005231	CCT	2	6	2972	2977	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	Non-Coding
34	NC_005231	TCC	2	6	6610	6615	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	Non-Coding
35	NC_005231	CTT	2	6	6627	6632	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
36	NC_005231	GAACTT	2	12	8245	8256	33.33 %	33.33 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
37	NC_005231	GTTGCT	2	12	8319	8330	0 %	50 %	33.33 %	16.67 %	Non-Coding
38	NC_005231	TTC	2	6	8339	8344	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
39	NC_005231	GGC	2	6	8404	8409	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	Non-Coding
40	NC_005231	CGC	2	6	8425	8430	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	Non-Coding
41	NC_005231	TGC	2	6	8651	8656	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
42	NC_005231	TCCTA	2	10	8703	8712	20 %	40 %	0 %	40 %	Non-Coding
43	NC_005231	GA	3	6	8720	8725	50 %	0 %	50 %	0 %	Non-Coding
44	NC_005231	CTAA	2	8	8736	8743	50 %	25 %	0 %	25 %	Non-Coding
45	NC_005231	A	6	6	8742	8747	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
46	NC_005231	GTT	2	6	8749	8754	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
47	NC_005231	ACA	2	6	9631	9636	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
48	NC_005231	TATT	2	8	9676	9683	25 %	75 %	0 %	0 %	Non-Coding
49	NC_005231	CAA	2	6	9695	9700	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
50	NC_005231	CAT	2	6	10380	10385	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
51	NC_005231	AG	3	6	11883	11888	50 %	0 %	50 %	0 %	Non-Coding
52	NC_005231	AGAAC	2	10	11893	11902	60 %	0 %	20 %	20 %	Non-Coding
53	NC_005231	GAA	2	6	11911	11916	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
54	NC_005231	TTC	2	6	11954	11959	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
55	NC_005231	TCA	2	6	11990	11995	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
56	NC_005231	AGA	2	6	12026	12031	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
57	NC_005231	CTA	2	6	12066	12071	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
58	NC_005231	TTC	2	6	12124	12129	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
59	NC_005231	ACAG	2	8	12163	12170	50 %	0 %	25 %	25 %	Non-Coding
60	NC_005231	TCT	2	6	12194	12199	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
61	NC_005231	TCA	2	6	12251	12256	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
62	NC_005231	GGAA	2	8	12281	12288	50 %	0 %	50 %	0 %	Non-Coding
63	NC_005231	AGC	2	6	12308	12313	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
64	NC_005231	CAA	2	6	12320	12325	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
65	NC_005231	T	6	6	12354	12359	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
66	NC_005231	ACT	2	6	12380	12385	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
67	NC_005231	GAA	2	6	12448	12453	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
68	NC_005231	GACCC	2	10	12487	12496	20 %	0 %	20 %	60 %	Non-Coding
69	NC_005231	CAA	2	6	12556	12561	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
70	NC_005231	ACA	2	6	12607	12612	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
71	NC_005231	AAG	2	6	13163	13168	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
72	NC_005231	G	7	7	13191	13197	0 %	0 %	100 %	0 %	Non-Coding
73	NC_005231	AGA	2	6	13220	13225	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
74	NC_005231	ACG	3	9	13240	13248	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
75	NC_005231	CA	3	6	13270	13275	50 %	0 %	0 %	50 %	Non-Coding
76	NC_005231	AG	3	6	13280	13285	50 %	0 %	50 %	0 %	Non-Coding
77	NC_005231	AGA	2	6	13457	13462	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
78	NC_005231	GAA	2	6	13636	13641	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
79	NC_005231	GGT	2	6	13668	13673	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	Non-Coding
80	NC_005231	AAG	2	6	15321	15326	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
81	NC_005231	CCTC	2	8	15401	15408	0 %	25 %	0 %	75 %	Non-Coding
82	NC_005231	T	7	7	15417	15423	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
83	NC_005231	ACAA	2	8	15529	15536	75 %	0 %	0 %	25 %	Non-Coding
84	NC_005231	GA	4	8	15544	15551	50 %	0 %	50 %	0 %	Non-Coding
85	NC_005231	A	11	11	15551	15561	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
86	NC_005231	AGG	2	6	17345	17350	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	Non-Coding
87	NC_005231	AAC	2	6	17380	17385	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
88	NC_005231	CT	3	6	17509	17514	0 %	50 %	0 %	50 %	Non-Coding
89	NC_005231	AT	3	6	17600	17605	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
90	NC_005231	T	6	6	17661	17666	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
91	NC_005231	TC	3	6	18454	18459	0 %	50 %	0 %	50 %	Non-Coding
92	NC_005231	GTT	2	6	19716	19721	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
93	NC_005231	GGC	2	6	19767	19772	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	Non-Coding
94	NC_005231	TTC	2	6	19788	19793	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
95	NC_005231	TGG	2	6	19827	19832	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	Non-Coding
96	NC_005231	T	6	6	19865	19870	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
97	NC_005231	CTG	2	6	21285	21290	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
98	NC_005231	AGG	2	6	21584	21589	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	Non-Coding
99	NC_005231	AT	3	6	21657	21662	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
100	NC_005231	AT	4	8	21666	21673	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
101	NC_005231	CTT	2	6	21775	21780	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
102	NC_005231	TCA	2	6	22332	22337	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
103	NC_005231	TAGT	2	8	22353	22360	25 %	50 %	25 %	0 %	Non-Coding
104	NC_005231	TTG	2	6	22420	22425	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
105	NC_005231	CTAA	2	8	22442	22449	50 %	25 %	0 %	25 %	Non-Coding
106	NC_005231	CGC	2	6	23065	23070	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	Non-Coding
107	NC_005231	GCA	2	6	23094	23099	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
108	NC_005231	ACCC	2	8	23106	23113	25 %	0 %	0 %	75 %	Non-Coding
109	NC_005231	CCA	2	6	23124	23129	33.33 %	0 %	0 %	66.67 %	Non-Coding
110	NC_005231	GTC	2	6	23172	23177	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
111	NC_005231	A	7	7	24098	24104	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
112	NC_005231	CTTA	2	8	24119	24126	25 %	50 %	0 %	25 %	Non-Coding
113	NC_005231	GCA	2	6	24286	24291	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
114	NC_005231	CTT	2	6	25000	25005	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
115	NC_005231	A	6	6	25039	25044	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
116	NC_005231	A	7	7	25109	25115	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
117	NC_005231	TGA	2	6	28476	28481	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
118	NC_005231	AAT	2	6	32638	32643	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
119	NC_005231	GTA	2	6	32686	32691	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
120	NC_005231	CTC	2	6	36504	36509	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	Non-Coding
121	NC_005231	AAT	2	6	36510	36515	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
122	NC_005231	ACA	2	6	36581	36586	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
123	NC_005231	GGT	2	6	36630	36635	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	Non-Coding
124	NC_005231	ATGACC	2	12	36681	36692	33.33 %	16.67 %	16.67 %	33.33 %	Non-Coding
125	NC_005231	TGT	2	6	36740	36745	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
126	NC_005231	ACT	2	6	36844	36849	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
127	NC_005231	AGC	2	6	37159	37164	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
128	NC_005231	AAT	2	6	37194	37199	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
129	NC_005231	GAA	2	6	37217	37222	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
130	NC_005231	CTA	2	6	37226	37231	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
131	NC_005231	TCA	2	6	37235	37240	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
132	NC_005231	CCG	2	6	37288	37293	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	Non-Coding
133	NC_005231	GCA	2	6	38072	38077	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
134	NC_005231	AAG	2	6	38089	38094	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
135	NC_005231	G	8	8	38122	38129	0 %	0 %	100 %	0 %	Non-Coding
136	NC_005231	GTA	2	6	38150	38155	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
137	NC_005231	TGAT	2	8	38176	38183	25 %	50 %	25 %	0 %	Non-Coding
138	NC_005231	A	8	8	38284	38291	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
139	NC_005231	ATTT	2	8	38309	38316	25 %	75 %	0 %	0 %	Non-Coding
140	NC_005231	TAGTC	2	10	38318	38327	20 %	40 %	20 %	20 %	Non-Coding
141	NC_005231	ACAG	2	8	38369	38376	50 %	0 %	25 %	25 %	Non-Coding
142	NC_005231	CAAG	2	8	38381	38388	50 %	0 %	25 %	25 %	Non-Coding
143	NC_005231	TC	3	6	39462	39467	0 %	50 %	0 %	50 %	Non-Coding
144	NC_005231	GA	3	6	41004	41009	50 %	0 %	50 %	0 %	Non-Coding
145	NC_005231	ACT	2	6	41923	41928	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
146	NC_005231	TGA	2	6	41939	41944	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
147	NC_005231	AAAC	2	8	41948	41955	75 %	0 %	0 %	25 %	Non-Coding
148	NC_005231	CTG	2	6	42915	42920	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
149	NC_005231	CAT	2	6	42956	42961	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
150	NC_005231	TAC	2	6	43031	43036	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
151	NC_005231	GTCCT	2	10	43074	43083	0 %	40 %	20 %	40 %	Non-Coding
152	NC_005231	TCG	2	6	43135	43140	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
153	NC_005231	AAT	2	6	43227	43232	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
154	NC_005231	AAC	2	6	43379	43384	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
155	NC_005231	TG	3	6	43387	43392	0 %	50 %	50 %	0 %	Non-Coding
156	NC_005231	CAA	2	6	43399	43404	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
157	NC_005231	ATC	2	6	43409	43414	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
158	NC_005231	GCA	2	6	43427	43432	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
159	NC_005231	GTT	2	6	43462	43467	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
160	NC_005231	CCG	2	6	43494	43499	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	Non-Coding
161	NC_005231	CGA	2	6	43532	43537	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
162	NC_005231	TGA	2	6	43590	43595	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
163	NC_005231	CGG	2	6	43641	43646	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	Non-Coding
164	NC_005231	CTT	2	6	43764	43769	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
165	NC_005231	GGC	2	6	43936	43941	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	Non-Coding
166	NC_005231	TGG	2	6	44036	44041	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	Non-Coding
167	NC_005231	TTG	2	6	44072	44077	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
168	NC_005231	GGTC	2	8	44079	44086	0 %	25 %	50 %	25 %	Non-Coding
169	NC_005231	GA	3	6	44205	44210	50 %	0 %	50 %	0 %	Non-Coding
170	NC_005231	GT	3	6	44258	44263	0 %	50 %	50 %	0 %	Non-Coding
171	NC_005231	CGA	2	6	44301	44306	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding

©2012. Centre for DNA Fingerprinting & Diagnostics (CDFD), Hyderabad.