MICAS: Microsatellite Analysis Server

All Non-Coding Repeats of Shewanella oneidensis MR-1 chromosome

Total Repeats: 16122

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S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Length	Start	End	A%	T%	G%	C%	Protein ID
1	NC_004347	TA	3	6	22	27	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
2	NC_004347	TCT	2	6	30	35	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
3	NC_004347	TAT	2	6	36	41	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
4	NC_004347	AATC	2	8	111	118	50 %	25 %	0 %	25 %	Non-Coding
5	NC_004347	ATG	2	6	201	206	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
6	NC_004347	ATA	2	6	236	241	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
7	NC_004347	T	6	6	272	277	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
8	NC_004347	GTT	2	6	304	309	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
9	NC_004347	AGA	2	6	326	331	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
10	NC_004347	CT	3	6	783	788	0 %	50 %	0 %	50 %	Non-Coding
11	NC_004347	TGT	2	6	841	846	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
12	NC_004347	T	6	6	924	929	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
13	NC_004347	A	6	6	2539	2544	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
14	NC_004347	T	6	6	2561	2566	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
15	NC_004347	ATC	2	6	3977	3982	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
16	NC_004347	GGC	2	6	3993	3998	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	Non-Coding
17	NC_004347	GCC	2	6	4006	4011	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	Non-Coding
18	NC_004347	TTA	2	6	6437	6442	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
19	NC_004347	A	6	6	6481	6486	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
20	NC_004347	CAA	2	6	6521	6526	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
21	NC_004347	CAC	2	6	6585	6590	33.33 %	0 %	0 %	66.67 %	Non-Coding
22	NC_004347	TAG	2	6	6626	6631	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
23	NC_004347	TAA	2	6	6689	6694	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
24	NC_004347	TTG	2	6	6712	6717	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
25	NC_004347	TGA	2	6	6742	6747	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
26	NC_004347	TGA	2	6	6752	6757	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
27	NC_004347	TTG	2	6	6783	6788	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
28	NC_004347	ATT	2	6	6795	6800	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
29	NC_004347	T	6	6	6799	6804	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
30	NC_004347	TGA	2	6	6849	6854	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
31	NC_004347	CGC	2	6	9403	9408	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	Non-Coding
32	NC_004347	GCG	2	6	9415	9420	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	Non-Coding
33	NC_004347	ATG	2	6	9483	9488	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
34	NC_004347	TGA	2	6	9526	9531	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
35	NC_004347	GA	3	6	10627	10632	50 %	0 %	50 %	0 %	Non-Coding
36	NC_004347	GATA	2	8	13066	13073	50 %	25 %	25 %	0 %	Non-Coding
37	NC_004347	AGCTT	2	10	13097	13106	20 %	40 %	20 %	20 %	Non-Coding
38	NC_004347	TTTG	2	8	13113	13120	0 %	75 %	25 %	0 %	Non-Coding
39	NC_004347	ATG	2	6	13830	13835	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
40	NC_004347	ATA	2	6	13973	13978	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
41	NC_004347	GCT	2	6	13988	13993	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
42	NC_004347	TAATG	2	10	14020	14029	40 %	40 %	20 %	0 %	Non-Coding
43	NC_004347	A	6	6	15126	15131	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
44	NC_004347	T	6	6	18240	18245	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
45	NC_004347	CTT	2	6	18248	18253	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
46	NC_004347	TCT	2	6	18927	18932	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
47	NC_004347	GTT	2	6	22161	22166	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
48	NC_004347	GAGG	2	8	22257	22264	25 %	0 %	75 %	0 %	Non-Coding
49	NC_004347	GAT	2	6	22271	22276	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
50	NC_004347	GAG	2	6	22317	22322	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	Non-Coding
51	NC_004347	GGC	2	6	23128	23133	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	Non-Coding
52	NC_004347	AAT	2	6	23184	23189	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
53	NC_004347	ATT	2	6	23214	23219	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
54	NC_004347	ACG	2	6	23222	23227	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
55	NC_004347	ATAAA	2	10	23245	23254	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
56	NC_004347	A	6	6	23252	23257	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
57	NC_004347	TGATAT	2	12	23285	23296	33.33 %	50 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
58	NC_004347	ATT	2	6	26680	26685	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
59	NC_004347	T	6	6	26684	26689	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
60	NC_004347	CT	3	6	26703	26708	0 %	50 %	0 %	50 %	Non-Coding
61	NC_004347	CAG	2	6	26715	26720	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
62	NC_004347	CAT	2	6	26728	26733	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
63	NC_004347	TG	3	6	26743	26748	0 %	50 %	50 %	0 %	Non-Coding
64	NC_004347	ACA	2	6	26776	26781	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
65	NC_004347	TGG	2	6	26886	26891	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	Non-Coding
66	NC_004347	TAA	2	6	26910	26915	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
67	NC_004347	ATTT	2	8	26935	26942	25 %	75 %	0 %	0 %	Non-Coding
68	NC_004347	TAT	2	6	27034	27039	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
69	NC_004347	TCAT	2	8	27046	27053	25 %	50 %	0 %	25 %	Non-Coding
70	NC_004347	AAT	2	6	29078	29083	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
71	NC_004347	TCAC	2	8	31460	31467	25 %	25 %	0 %	50 %	Non-Coding
72	NC_004347	GAT	2	6	31609	31614	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
73	NC_004347	TGCT	2	8	32238	32245	0 %	50 %	25 %	25 %	Non-Coding
74	NC_004347	AAG	2	6	37911	37916	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
75	NC_004347	AAT	2	6	40756	40761	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
76	NC_004347	AGG	2	6	40767	40772	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	Non-Coding
77	NC_004347	T	6	6	40783	40788	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
78	NC_004347	TG	3	6	40804	40809	0 %	50 %	50 %	0 %	Non-Coding
79	NC_004347	TGG	2	6	40840	40845	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	Non-Coding
80	NC_004347	TAAT	2	8	42125	42132	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
81	NC_004347	ATA	2	6	42143	42148	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
82	NC_004347	GC	3	6	43561	43566	0 %	0 %	50 %	50 %	Non-Coding
83	NC_004347	GC	3	6	43673	43678	0 %	0 %	50 %	50 %	Non-Coding
84	NC_004347	TA	3	6	44963	44968	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
85	NC_004347	CAGGT	2	10	45573	45582	20 %	20 %	40 %	20 %	Non-Coding
86	NC_004347	A	6	6	45604	45609	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
87	NC_004347	GGCA	2	8	45677	45684	25 %	0 %	50 %	25 %	Non-Coding
88	NC_004347	AAG	2	6	45748	45753	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
89	NC_004347	GTG	2	6	45835	45840	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	Non-Coding
90	NC_004347	TGA	2	6	45852	45857	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
91	NC_004347	TG	3	6	45894	45899	0 %	50 %	50 %	0 %	Non-Coding
92	NC_004347	TGA	2	6	45988	45993	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
93	NC_004347	TCT	2	6	46032	46037	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
94	NC_004347	TTC	2	6	46085	46090	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
95	NC_004347	ACA	2	6	46095	46100	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
96	NC_004347	GGC	2	6	46144	46149	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	Non-Coding
97	NC_004347	GCA	2	6	46175	46180	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
98	NC_004347	GCG	2	6	46208	46213	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	Non-Coding
99	NC_004347	CGA	2	6	46383	46388	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
100	NC_004347	GAT	2	6	46408	46413	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
101	NC_004347	GCA	2	6	46457	46462	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
102	NC_004347	GT	3	6	46510	46515	0 %	50 %	50 %	0 %	Non-Coding
103	NC_004347	GAA	2	6	46516	46521	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
104	NC_004347	GGA	2	6	46552	46557	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	Non-Coding
105	NC_004347	AGA	2	6	46599	46604	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
106	NC_004347	CAG	2	6	46625	46630	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
107	NC_004347	G	6	6	46772	46777	0 %	0 %	100 %	0 %	Non-Coding
108	NC_004347	GGA	2	6	46816	46821	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	Non-Coding
109	NC_004347	GGC	2	6	46836	46841	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	Non-Coding
110	NC_004347	GAA	2	6	47079	47084	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
111	NC_004347	TGC	2	6	47155	47160	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
112	NC_004347	GTC	2	6	47167	47172	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
113	NC_004347	TGG	2	6	47245	47250	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	Non-Coding
114	NC_004347	GGA	2	6	47281	47286	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	Non-Coding
115	NC_004347	GAC	2	6	47294	47299	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
116	NC_004347	TCA	2	6	47306	47311	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
117	NC_004347	AC	3	6	47332	47337	50 %	0 %	0 %	50 %	Non-Coding
118	NC_004347	TCG	2	6	47399	47404	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
119	NC_004347	AC	3	6	47501	47506	50 %	0 %	0 %	50 %	Non-Coding
120	NC_004347	AAG	2	6	47537	47542	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
121	NC_004347	G	7	7	47560	47566	0 %	0 %	100 %	0 %	Non-Coding
122	NC_004347	CAC	2	6	47571	47576	33.33 %	0 %	0 %	66.67 %	Non-Coding
123	NC_004347	CCT	2	6	47642	47647	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	Non-Coding
124	NC_004347	TGTT	2	8	47668	47675	0 %	75 %	25 %	0 %	Non-Coding
125	NC_004347	CA	3	6	47683	47688	50 %	0 %	0 %	50 %	Non-Coding
126	NC_004347	TTG	2	6	47695	47700	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
127	NC_004347	AAGGG	2	10	47711	47720	40 %	0 %	60 %	0 %	Non-Coding
128	NC_004347	ATG	2	6	47792	47797	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
129	NC_004347	A	7	7	47818	47824	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
130	NC_004347	AC	3	6	47836	47841	50 %	0 %	0 %	50 %	Non-Coding
131	NC_004347	TCT	2	6	47882	47887	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
132	NC_004347	ACG	2	6	47925	47930	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
133	NC_004347	GTA	2	6	48018	48023	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
134	NC_004347	TCA	2	6	48105	48110	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
135	NC_004347	TAG	2	6	48198	48203	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
136	NC_004347	GCGA	2	8	48206	48213	25 %	0 %	50 %	25 %	Non-Coding
137	NC_004347	TGA	2	6	48309	48314	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
138	NC_004347	G	6	6	48355	48360	0 %	0 %	100 %	0 %	Non-Coding
139	NC_004347	TCC	2	6	48365	48370	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	Non-Coding
140	NC_004347	CTGA	2	8	48385	48392	25 %	25 %	25 %	25 %	Non-Coding
141	NC_004347	GGA	2	6	48675	48680	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	Non-Coding
142	NC_004347	TAC	2	6	48879	48884	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
143	NC_004347	CGG	2	6	48897	48902	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	Non-Coding
144	NC_004347	CGTC	2	8	48910	48917	0 %	25 %	25 %	50 %	Non-Coding
145	NC_004347	AAC	2	6	48929	48934	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
146	NC_004347	AGC	2	6	49019	49024	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
147	NC_004347	CAT	2	6	49025	49030	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
148	NC_004347	AAAG	2	8	49033	49040	75 %	0 %	25 %	0 %	Non-Coding
149	NC_004347	AGTCG	2	10	49055	49064	20 %	20 %	40 %	20 %	Non-Coding
150	NC_004347	ACC	2	6	49097	49102	33.33 %	0 %	0 %	66.67 %	Non-Coding
151	NC_004347	GA	3	6	49372	49377	50 %	0 %	50 %	0 %	Non-Coding
152	NC_004347	AGGCT	2	10	49384	49393	20 %	20 %	40 %	20 %	Non-Coding
153	NC_004347	GCG	2	6	49397	49402	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	Non-Coding
154	NC_004347	GGT	2	6	49421	49426	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	Non-Coding
155	NC_004347	GGTG	2	8	49428	49435	0 %	25 %	75 %	0 %	Non-Coding
156	NC_004347	TGA	2	6	49471	49476	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
157	NC_004347	AGT	2	6	49496	49501	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
158	NC_004347	TCT	2	6	49524	49529	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
159	NC_004347	TAG	2	6	49541	49546	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
160	NC_004347	GGT	2	6	49570	49575	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	Non-Coding
161	NC_004347	GA	3	6	49600	49605	50 %	0 %	50 %	0 %	Non-Coding
162	NC_004347	TGA	2	6	49669	49674	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
163	NC_004347	CT	3	6	49681	49686	0 %	50 %	0 %	50 %	Non-Coding
164	NC_004347	ATTG	2	8	49803	49810	25 %	50 %	25 %	0 %	Non-Coding
165	NC_004347	CGG	2	6	49851	49856	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	Non-Coding
166	NC_004347	ATG	2	6	49927	49932	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
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169	NC_004347	TGG	2	6	50182	50187	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	Non-Coding
170	NC_004347	TCC	2	6	50208	50213	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	Non-Coding
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173	NC_004347	GGT	2	6	50345	50350	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	Non-Coding
174	NC_004347	CGG	2	6	50432	50437	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	Non-Coding
175	NC_004347	TCA	2	6	50460	50465	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
176	NC_004347	CGT	2	6	50540	50545	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
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179	NC_004347	GT	3	6	50793	50798	0 %	50 %	50 %	0 %	Non-Coding
180	NC_004347	TCC	2	6	50903	50908	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	Non-Coding
181	NC_004347	AAG	2	6	50951	50956	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
182	NC_004347	TAA	2	6	50982	50987	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
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185	NC_004347	GTTAA	2	10	51200	51209	40 %	40 %	20 %	0 %	Non-Coding
186	NC_004347	TCCGC	2	10	51276	51285	0 %	20 %	20 %	60 %	Non-Coding
187	NC_004347	T	6	6	51324	51329	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
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193	NC_004347	TAA	2	6	51721	51726	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
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197	NC_004347	CTG	2	6	57334	57339	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
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277	NC_004347	GCC	2	6	96885	96890	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	Non-Coding
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281	NC_004347	CAT	2	6	97845	97850	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
282	NC_004347	ATTG	2	8	97883	97890	25 %	50 %	25 %	0 %	Non-Coding
283	NC_004347	CTC	2	6	98521	98526	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	Non-Coding
284	NC_004347	TGCT	2	8	98677	98684	0 %	50 %	25 %	25 %	Non-Coding
285	NC_004347	TTG	2	6	98781	98786	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
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288	NC_004347	GCT	2	6	99418	99423	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
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290	NC_004347	GTT	2	6	99468	99473	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
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421	NC_004347	TTG	2	6	151388	151393	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
422	NC_004347	AGCT	2	8	151428	151435	25 %	25 %	25 %	25 %	Non-Coding
423	NC_004347	CGT	2	6	151475	151480	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
424	NC_004347	GCA	2	6	154114	154119	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
425	NC_004347	TGAT	2	8	155383	155390	25 %	50 %	25 %	0 %	Non-Coding
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431	NC_004347	ATC	2	6	155641	155646	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
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