MICAS: Microsatellite Analysis Server 3.0

All Non-Coding Repeats of Salmonella enterica subsp. enterica serovar Typhi str. CT18 plasmid pHCM2

Total Repeats: 308

S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Length	Start	End	A%	T%	G%	C%	Protein ID
1	NC_003385	TA	3	6	353	358	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
2	NC_003385	T	6	6	359	364	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
3	NC_003385	TCT	2	6	654	659	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
4	NC_003385	TTG	2	6	662	667	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
5	NC_003385	TTAT	2	8	676	683	25 %	75 %	0 %	0 %	Non-Coding
6	NC_003385	GCG	2	6	699	704	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	Non-Coding
7	NC_003385	AAC	2	6	1512	1517	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
8	NC_003385	TTG	2	6	1583	1588	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
9	NC_003385	ATA	2	6	1592	1597	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
10	NC_003385	A	6	6	1605	1610	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
11	NC_003385	TAAG	2	8	2727	2734	50 %	25 %	25 %	0 %	Non-Coding
12	NC_003385	TA	3	6	2739	2744	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
13	NC_003385	A	6	6	2756	2761	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
14	NC_003385	TTG	2	6	6174	6179	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
15	NC_003385	CGTT	2	8	6212	6219	0 %	50 %	25 %	25 %	Non-Coding
16	NC_003385	CGAG	2	8	6235	6242	25 %	0 %	50 %	25 %	Non-Coding
17	NC_003385	TACT	2	8	6259	6266	25 %	50 %	0 %	25 %	Non-Coding
18	NC_003385	TTA	2	6	6731	6736	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
19	NC_003385	AAC	2	6	6802	6807	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
20	NC_003385	CTT	2	6	6810	6815	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
21	NC_003385	TC	3	6	6837	6842	0 %	50 %	0 %	50 %	Non-Coding
22	NC_003385	GAAA	2	8	6867	6874	75 %	0 %	25 %	0 %	Non-Coding
23	NC_003385	ATTA	2	8	6925	6932	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
24	NC_003385	ATC	2	6	6954	6959	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
25	NC_003385	TAA	2	6	7573	7578	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
26	NC_003385	CAA	2	6	7609	7614	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
27	NC_003385	TGG	2	6	11692	11697	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	Non-Coding
28	NC_003385	AG	3	6	11755	11760	50 %	0 %	50 %	0 %	Non-Coding
29	NC_003385	TCGT	2	8	13039	13046	0 %	50 %	25 %	25 %	Non-Coding
30	NC_003385	TA	3	6	13058	13063	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
31	NC_003385	AT	3	6	13065	13070	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
32	NC_003385	TTA	2	6	15291	15296	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
33	NC_003385	TG	3	6	15315	15320	0 %	50 %	50 %	0 %	Non-Coding
34	NC_003385	ATC	2	6	15605	15610	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
35	NC_003385	TAC	3	9	15639	15647	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
36	NC_003385	A	6	6	15771	15776	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
37	NC_003385	AAACA	2	10	15836	15845	80 %	0 %	0 %	20 %	Non-Coding
38	NC_003385	TAC	2	6	15855	15860	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
39	NC_003385	T	6	6	17485	17490	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
40	NC_003385	T	6	6	17527	17532	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
41	NC_003385	TA	3	6	17536	17541	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
42	NC_003385	TTG	2	6	17563	17568	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
43	NC_003385	TAT	2	6	17581	17586	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
44	NC_003385	TGA	2	6	17591	17596	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
45	NC_003385	ATGAAT	2	12	18099	18110	50 %	33.33 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
46	NC_003385	ACG	2	6	18118	18123	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
47	NC_003385	GCAG	2	8	18176	18183	25 %	0 %	50 %	25 %	Non-Coding
48	NC_003385	TAA	2	6	18216	18221	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
49	NC_003385	GCT	3	9	20628	20636	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
50	NC_003385	ATT	2	6	20657	20662	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
51	NC_003385	TGT	2	6	20699	20704	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
52	NC_003385	ATC	2	6	20777	20782	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
53	NC_003385	TGG	2	6	21428	21433	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	Non-Coding
54	NC_003385	TGC	2	6	22248	22253	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
55	NC_003385	GCAAA	2	10	22273	22282	60 %	0 %	20 %	20 %	Non-Coding
56	NC_003385	TTA	2	6	22303	22308	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
57	NC_003385	TATT	2	8	22313	22320	25 %	75 %	0 %	0 %	Non-Coding
58	NC_003385	A	6	6	22764	22769	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
59	NC_003385	A	6	6	22804	22809	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
60	NC_003385	AAG	2	6	22826	22831	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
61	NC_003385	GGT	2	6	22910	22915	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	Non-Coding
62	NC_003385	TGG	2	6	22951	22956	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	Non-Coding
63	NC_003385	ACC	2	6	22967	22972	33.33 %	0 %	0 %	66.67 %	Non-Coding
64	NC_003385	CAT	2	6	23016	23021	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
65	NC_003385	CGG	2	6	23028	23033	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	Non-Coding
66	NC_003385	TTG	2	6	23037	23042	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
67	NC_003385	GCTC	2	8	23112	23119	0 %	25 %	25 %	50 %	Non-Coding
68	NC_003385	CGG	2	6	23148	23153	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	Non-Coding
69	NC_003385	GCC	2	6	23160	23165	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	Non-Coding
70	NC_003385	TTC	2	6	23169	23174	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
71	NC_003385	TCAT	2	8	23196	23203	25 %	50 %	0 %	25 %	Non-Coding
72	NC_003385	CAA	2	6	23229	23234	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
73	NC_003385	TAC	2	6	23322	23327	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
74	NC_003385	AGCC	2	8	23396	23403	25 %	0 %	25 %	50 %	Non-Coding
75	NC_003385	CGC	2	6	23413	23418	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	Non-Coding
76	NC_003385	GCTG	2	8	23478	23485	0 %	25 %	50 %	25 %	Non-Coding
77	NC_003385	GAT	2	6	23493	23498	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
78	NC_003385	GGAAT	2	10	23499	23508	40 %	20 %	40 %	0 %	Non-Coding
79	NC_003385	AACC	2	8	23515	23522	50 %	0 %	0 %	50 %	Non-Coding
80	NC_003385	GTG	2	6	23556	23561	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	Non-Coding
81	NC_003385	GT	3	6	23602	23607	0 %	50 %	50 %	0 %	Non-Coding
82	NC_003385	CTT	2	6	23653	23658	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
83	NC_003385	GTAT	2	8	23672	23679	25 %	50 %	25 %	0 %	Non-Coding
84	NC_003385	TAAG	2	8	23754	23761	50 %	25 %	25 %	0 %	Non-Coding
85	NC_003385	CAG	2	6	26230	26235	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
86	NC_003385	GCA	2	6	26241	26246	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
87	NC_003385	CAGCG	2	10	26361	26370	20 %	0 %	40 %	40 %	Non-Coding
88	NC_003385	GTT	2	6	26378	26383	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
89	NC_003385	TACT	2	8	26448	26455	25 %	50 %	0 %	25 %	Non-Coding
90	NC_003385	A	6	6	26471	26476	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
91	NC_003385	CCA	2	6	26480	26485	33.33 %	0 %	0 %	66.67 %	Non-Coding
92	NC_003385	CTT	2	6	27321	27326	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
93	NC_003385	A	6	6	27394	27399	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
94	NC_003385	AC	3	6	27469	27474	50 %	0 %	0 %	50 %	Non-Coding
95	NC_003385	CTT	2	6	29807	29812	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
96	NC_003385	A	6	6	31198	31203	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
97	NC_003385	TTAC	2	8	31963	31970	25 %	50 %	0 %	25 %	Non-Coding
98	NC_003385	ATA	2	6	32077	32082	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
99	NC_003385	TA	4	8	32097	32104	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
100	NC_003385	TAA	2	6	34121	34126	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
101	NC_003385	TAA	2	6	34145	34150	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
102	NC_003385	ATT	2	6	35199	35204	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
103	NC_003385	AAC	2	6	35214	35219	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
104	NC_003385	A	6	6	35329	35334	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
105	NC_003385	GGT	2	6	35357	35362	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	Non-Coding
106	NC_003385	AAC	2	6	35408	35413	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
107	NC_003385	AGT	2	6	35439	35444	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
108	NC_003385	TAA	2	6	35480	35485	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
109	NC_003385	TCA	2	6	36479	36484	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
110	NC_003385	T	7	7	37608	37614	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
111	NC_003385	ACTT	2	8	37625	37632	25 %	50 %	0 %	25 %	Non-Coding
112	NC_003385	CTG	2	6	40251	40256	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
113	NC_003385	ATA	2	6	40264	40269	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
114	NC_003385	CA	3	6	40270	40275	50 %	0 %	0 %	50 %	Non-Coding
115	NC_003385	CTT	2	6	44698	44703	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
116	NC_003385	ATA	3	9	46819	46827	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
117	NC_003385	AG	3	6	52513	52518	50 %	0 %	50 %	0 %	Non-Coding
118	NC_003385	TA	3	6	53355	53360	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
119	NC_003385	CTTA	2	8	53361	53368	25 %	50 %	0 %	25 %	Non-Coding
120	NC_003385	AAT	2	6	54649	54654	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
121	NC_003385	GGC	2	6	55951	55956	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	Non-Coding
122	NC_003385	GCC	2	6	55960	55965	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	Non-Coding
123	NC_003385	TACC	2	8	56955	56962	25 %	25 %	0 %	50 %	Non-Coding
124	NC_003385	TTTCC	2	10	60375	60384	0 %	60 %	0 %	40 %	Non-Coding
125	NC_003385	AAC	2	6	62345	62350	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
126	NC_003385	TA	3	6	62429	62434	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
127	NC_003385	TAA	2	6	62437	62442	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
128	NC_003385	TA	4	8	62456	62463	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
129	NC_003385	TACT	3	12	65928	65939	25 %	50 %	0 %	25 %	Non-Coding
130	NC_003385	ATA	2	6	65940	65945	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
131	NC_003385	TAA	2	6	69162	69167	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
132	NC_003385	TTA	2	6	69182	69187	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
133	NC_003385	TATT	2	8	69210	69217	25 %	75 %	0 %	0 %	Non-Coding
134	NC_003385	CACC	2	8	69219	69226	25 %	0 %	0 %	75 %	Non-Coding
135	NC_003385	AT	3	6	69242	69247	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
136	NC_003385	ATTT	2	8	69271	69278	25 %	75 %	0 %	0 %	Non-Coding
137	NC_003385	GAA	2	6	69331	69336	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
138	NC_003385	T	7	7	69339	69345	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
139	NC_003385	A	6	6	69358	69363	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
140	NC_003385	ATTTT	2	10	70183	70192	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
141	NC_003385	T	6	6	70189	70194	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
142	NC_003385	T	6	6	70461	70466	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
143	NC_003385	TG	3	6	70583	70588	0 %	50 %	50 %	0 %	Non-Coding
144	NC_003385	TGTCG	2	10	70663	70672	0 %	40 %	40 %	20 %	Non-Coding
145	NC_003385	CCG	2	6	70941	70946	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	Non-Coding
146	NC_003385	CT	3	6	70992	70997	0 %	50 %	0 %	50 %	Non-Coding
147	NC_003385	TGG	2	6	71026	71031	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	Non-Coding
148	NC_003385	AAAG	2	8	71036	71043	75 %	0 %	25 %	0 %	Non-Coding
149	NC_003385	CCCCT	2	10	71056	71065	0 %	20 %	0 %	80 %	Non-Coding
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293	NC_003385	CCA	2	6	104723	104728	33.33 %	0 %	0 %	66.67 %	Non-Coding
294	NC_003385	AG	3	6	105826	105831	50 %	0 %	50 %	0 %	Non-Coding
295	NC_003385	AAC	3	9	105901	105909	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
296	NC_003385	AAAT	2	8	105949	105956	75 %	25 %	0 %	0 %	Non-Coding
297	NC_003385	CT	3	6	106028	106033	0 %	50 %	0 %	50 %	Non-Coding
298	NC_003385	GTT	2	6	106046	106051	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
299	NC_003385	CGT	2	6	106054	106059	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
300	NC_003385	AG	3	6	106116	106121	50 %	0 %	50 %	0 %	Non-Coding
301	NC_003385	CT	3	6	106192	106197	0 %	50 %	0 %	50 %	Non-Coding
302	NC_003385	GTT	2	6	106204	106209	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
303	NC_003385	TGC	2	6	106210	106215	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
304	NC_003385	ACGC	2	8	106299	106306	25 %	0 %	25 %	50 %	Non-Coding
305	NC_003385	CAG	2	6	106357	106362	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
306	NC_003385	TCG	2	6	106383	106388	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
307	NC_003385	TGG	2	6	106433	106438	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	Non-Coding
308	NC_003385	T	6	6	106509	106514	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding

©2012. Centre for DNA Fingerprinting & Diagnostics (CDFD), Hyderabad.